Suite à une attaque organisée par une mystérieuse organisation près de la faille du Japon, le docteur Oki et ses petits-fils ; Goro et Susumu se rendent sur place avec un sous-marin. Mais la veille du départ, des espions se sont introduits dans le laboratoire de l'institut d'études des mers…

Le docteur Oki et son petit fils ; Goro ont disparu . Tandis qu'ils interrogent deux êtres de l'Empire de la mer ; Ze Stronestro et Ze Stroger, Susumu découvre que les opérations de l'institut Oki ne sont pas ce qu'il croyait ; si pacifiques !

Le Submarine Super 99 tombe dans un pièce tendu par l'Empire des mers tandis qu'il réponds à un faux SOS. Susumu retrouve la trace du premier sous-marin; le Kuroshio qui avait disparu.

Après avoir visionné un film trouvé sur le sous-marin, Susumu va chercher par tous les moyens à retrouver le siens. Ze Stronestro pose une bombe sur le Submarine Super 99…

Le Submarine Super 99 parcours la faille du Japon afin de trouver l'Empire des mers. Mais les courants marins de la faille mettent le sous-marin en danger et une avarie survient…

Le Submarine Super 99 est obligé d'abandonner Susumu dans la faille. Ce dernier reprends connaissance auprès de Ze Stronestro et Ze Stroger qui vont l'aider. Il lui explique leur perte de confiance dans le général Hell Deathbird…

Tandis que l'Empire des mers assemble un arsenal de sous-marin de guerre de type Z, Susumu remonte à la surface pour y prendre les plans du moteur à énergie du Docteur Oki. Pendant ce temps, Miyuki fait de terribles découvertes en analysant les données prises par le Submarine Super 99.

Tandis que le général Hell Deathbird et Ze Strait renversent la Reine Ze Violencia et s'emparent du pouvoir, le Submarine Super 99 est équipé d'un nouveau système de visée. Et Susumu explore une étrange manoir sensé appartenir à l'Empire des Mers.

Le Submarine Super 99 s'oppose aux bâtiments de l'Empire de la Mer qu'il met en déroute. Pendant ce temps, le docteur Oki et Goro parviennent à s'échapper. Mais le général Hell Deathbird prépare une nouvelle attaque contre le Submarine Super 99.

Le docteur Oki et Goro retrouvent enfin Susumu et le Submarine Super 99. Pendant ce temps, le général Hel Deathbird décide de réduire l'Empire des Mers à néant.

Tandis que le général Hell Deathbird a commencé l'attaque et la destruction de l'Empire des Mers, le peuple aquatique commence sa migration pour lui survivre.

Le général Hell Deathbird se retire dans une base secrète tandis qu'il laisse Yana se charger de surveiller ses arrières. Le Submarine Super 99 arrive en vue de Yana pour le combattre.

Dans la base secrète, les membres du Submarine Super 99 incite la reine Ze Violencia à prendre la fuite avant que le général Hell Deathbird n'engage le combat final pour tout détruire…