ローランド帝国から少し北。ネルファ皇国の森で、ライナ・リュートとフェリス・エリスがネルファ兵と対峙していた。『複写眼(アルファ・スティグマ)』と卓越した剣技で応戦し、難なくその場を切り抜けたふたりは『勇者の遺物』が眠る遺跡を目指す。一方、ローランド帝国王のシオン・アスタールは激務の中、国内の視察から凱旋したばかりにもかかわらず、仕事の手を緩めることはなかった。｢ここで手を緩めたら、すべてが後戻りになってしまう｣

数年前の学院時代、シオンは｢ローランド最強の魔術師｣と謳われ、その瞳に朱の五方星が宿る『複写眼』保持者のライナに興味を惹かれていた。半ば強引に自分の班に引き入れたシオンは、ライナにある決意を語る。しかし突然、黒装束の男たちがシオンを襲う。徐々に追いつめられ、窮地に立たされたシオンの前に、ひとりの美少女が降り立つ。

隣国のエスタブール王国が、ローランドの領土に進軍した。また戦争が始まる、と怯える生徒たちに下る出兵命令。しかし、シオンの根回しによって彼のクラスは非戦闘地域への出兵となる。安堵の息を漏らす生徒たちだが、ライナに想いを寄せるキファ・ノールズはだけは何かに怯え続けていた。

戦争での功績を称えられ、英雄扱いのシオンは｢剣の一族・エリス家｣に赴いていた。エリス家の当主であるルシル・エリスに、王となる資格があるか試されていたのだ。一方、ローランド王によって投獄されていたライナは、牢獄内で昼寝王国の王様として君臨しながらも、とある研究を行っていた。そして数年の月日が流れ、遂にライナの処刑が決定されるのだが……

シオンに命じられ、『勇者の遺物』を探す旅に出たライナとフェリスは、古い時代の遺跡が残るネルファ皇国を訪れていた。ふたりは『勇者の遺物』に関する書物を探すために王立図書館へ向かうも、門番に入場を阻まれてしまう。しかし、ひょんなことからライナがネルファ皇国皇帝の孫、トアレ・ネルフィを助けたことで、無事、図書館に入ることができた。

反国王派が仕組んだ｢ネルファ皇国｣訪問に議論を交わすローランド王宮内。フェリスの妹、イリス・エリスからの報告を受け、ライナとフェリスがネルファ皇国にいることを知ったシオンは、クラウ達の反対を押し切り、ミラン・フロワードを連れて訪問を決める。両国間の緊張が高まる中、シオンとネルファ皇国王、グリード・ネルフィの会見が開かれる。

ネルファ皇国のとある砦で『勇者の遺物』探しをしていたライナとフェリスは、宝探しで忍び込んだというスイ・オルラとクゥ・オルラという不思議な兄妹に出会う。翌朝、そのスイとクゥのたれ込みによって、再びミルク・カラード率いる忌破り隊に捕えられそうになったライナ達であったが……

｢誰もが笑ってくらせるような、幸せになろうと思えば、誰もが幸せになれるような…そんな国が作りたい…出来るかな、サラウェル?｣｢出来ますとも、姫様｣｢これより、ローランドとの戦闘を開始します。エスタブールの独立を、この手に取り戻すのです!｣

ネルファ皇国の宿屋にいるライナとフェリスのもとに、イリスがシオンの伝言を持ってやってきた。だんごを食べるのに夢中になっているイリスによると、どうやらネルファの森に出現した竜を調査するようにという命令らしい。森に向かったふたりの前には、付近の住民やネルファの兵士たちの無残な光景が広がっていた。

戦いで、謎の声を聞いたライナは、暴走状態となり周囲を破壊し続けた。しかしフェリスは動じることなく、ライナに向かって｢お前は化け物じゃない｣と語りかけるのだった。頬から一筋の涙がこぼれ、脱力するライナを抱き留めるフェリス。一方、シオンは、大陸北方に不穏な動きがあることに頭を悩ませていた。

国王派の貴族を優遇し、能力ある者は市民でも役職に登用することを決めたシオン。反国王派を挑発することになるが、シオンはあえてこの強攻策を取ることで、国内統一の強化をはかる。一方、ライナとフェリスは、複写眼を持つアルアという少年がルーナ帝国の魔法騎士にさらわれたのを知り、救出に向かうのであった。

シオンは、アークメル地方で貴族たちの不穏な動きがあるという噂を聞きつける。そこはフロワードの父・カーラルが治める地。反国王派の貴族たちが集まり、シオンを王の座から引きずりおろすための宴が開かれていた。この計画を取り仕切り、全権を任されていたフロワードは彼らの前に立ち、こう言い放つ｢死んで下さい｣。

ライナの｢複写眼｣(アルファ・スティグマ)を調べるために、キファ・ノールズはメノリス大陸最大の軍事国家ストオルの兵士になっていた。その頃、ライナとフェリスは、ククを救出するためにレジット村のすぐ近くまで来ていた。しかしそこにスイとクゥが立ちはだかる。｢ボクたちは複写眼を狩っているのですから…｣

ルーナの森でスイとクゥと戦いを繰り広げるライナとフェリス。休戦状態になったとき馬車で眠っていたアルアが目を覚ました。悲鳴を上げるアルアに向かって、ライナは共にククを助けようと話す。ライナと同じ複写眼の持ち主であるアルアは、ライナを｢先生｣と呼ぶのだった。ククが捕らえられている貴族の館に向かおうとしたそのとき、再びスイとクゥが現れる。

船に乗っていたライナとフェリスは、ミルクたちとの大騒動と嵐のせいで、偶然ローランドの国内に流れ着いてしまう。ライナたちは、これ幸いとばかりに、自分たちをこき使っているシオンのところに向かうのだった。｢傍若無人いじめっ子大王シオンの横暴を許すなーっ!｣。

シオンがエスタブールに行くことになり、フェリスと共に護衛につくように命じられるライナ。昼寝三昧で過ごそうとしていた目論見がはずれたライナはしぶしぶエリス家に向かい、シオンの命令をフェリスに告げたあと、エリス家の道場に入り、そこでルシルと対峙する。ルシルのただならぬ雰囲気を感じ取ったライナが叫ぶ。｢てめえ、いったい何者なんだ?｣

エスタブールへの出発を前にして、ライナが突然失踪してしまう。シオンはもちろんフェリスもライナがどこに行ったのか見当がつかなかった。そんな状況の中、シオンはエスタブールにいるクラウから、｢魔眼｣保持者が現れたとの報告を受ける。シオンはクラウの援護に向かうことを決心するのだが・・・。

エスタブールで、魔眼保持者に瀕死の重傷を負わされたクラウ。衝撃を受けるシオンだが、｢策｣があると兵士たちを安心させ、クラウの身を心配するノアとエスタブールに兵を率いて出発する。一方、フェリスは、失踪したライナのことを思い理解しきれない気持ちに胸を痛めていたが……

ガスターク王・レファルのもとに、瀕死のスイを抱えたクゥが駆け込んできた。スイの話によると、自分たちをこんな目に合わせたのは、ライナ・リュートという名の｢複写眼｣の持ち主だという。レファルのところに身を寄せていたキファは、ライナの名を聞いて驚愕する。

ティーアの隠れ家に滞在することになったライナの前に刺客が現れる。シオンの命令によりライナを殺すためにやってきたと聞き、苦渋の表情を見せるライナ。相手の術中にはまりナイフを突きつけられてしまうも、そこに割って入る者が居た。それは……

もう逃げない。そう誓ったライナは、フェリスと共にローランドに帰還する。シオンの執務室に入ったふたりは、あふれる書類の山から姿を現したシオンと再会。シオンは嫌がるふたりに、膨大な書類仕事を押しつけるのだったが、そのときライナはシオンの顔色が悪いことに疑問を抱く。

不意をつかれて何者かにナイフで刺されてしまうライナ。その一部始終を見ていたルシルは、ライナを刺した男と対峙するが｢勇者の遺物｣を用いられ、逃げられてしまう。｢遺物｣は光の球体となり、ローランド城を覆う。それを見ていたシオンは苦悩の表情を浮かべるのだった。

無理矢理書類仕事で徹夜をさせられているライナとフェリス。これ以上つき合っていられないと、ライナはミルクの手助けでローランド城を抜け出す。そこで初めてミルクの誕生日パーティをすっぽかしたことを詫びるライナだった。その頃、クラウやカルネたちは、シオンの誕生日を盛大に祝うために、趣向を凝らした式典を計画していた。

激しい雨が降るローランド城下町。対峙するライナとシオン。いつかこんな風になるのではないかと思っていたと呟くライナ。それに対して、約束を守れなくてごめん、と謝るシオン。そう語り合いながらも、ふたりは戦闘態勢に入るのだった。