’03年放送の「大奥」から時代をさかのぼり、春日局（かすがのつぼね）の活躍を中心に大奥の創生期を描く。　慶長7年（1602年）、おふく＝のちの春日局（松下由樹）は、美濃の山里で3人の幼い息子を抱え、夫の稲葉正成（神保悟志）に仕えていた。だがある夜、夫の妾・ともえ（ひふみかおり）を刺してしまい、夫に離縁状をたたきつけられる。子を残し里を追われ、悲嘆に暮れるおふくは、京の三条西家へ身を寄せた。そんな中、将軍の乳母を募る高札を見たおふくは、三条西家に推薦状をもらい面接に挑む。

お江与（高島礼子）が、第二子を身ごもっていると発覚。男子が生まれれば、いずれ竹千代（須賀健太）と将軍の座を争うことを予感し、おふく （松下由樹）は激しく動揺する。やがてお江与に男子が誕生。お江与は竹千代にますます冷たく当たり、次男・国松（長島弘宜）を溺愛する。ある日「コイが好き」というお江与のことばを聞いた竹千代は、コイの絵を描くことに没頭。竹千代の画才におふくは感服する。そんな中、世継ぎは国松に内定したとの噂が知れ渡り、不安に駆られたおふくは秀忠（渡辺いっけい）に相談する。

おふく（松下由樹）は、内密に駿府の家康（藤田まこと）を訪問。お江与（高島礼子）が次男の国松（長島弘宜）を溺愛するため、竹千代（須賀健太）が軽んじられていると、世継ぎをめぐる内紛を訴える。だが家康は、乳母の身分で出すぎた申し出をするなとおふくを叱責。おふくは落胆し江戸に戻る。その後、家康が江戸城を来訪。家康は秀忠（渡辺いっけい）やお江与の前で、世継ぎは竹千代だと明言する。同じころ、おふくの元夫・稲葉正成（神保悟志）が、三男・正利（小阪風真）を国松に仕えさせたいと、おふくに口利きを頼みに来る。

家光（西島秀俊）は三代将軍に就任し、公家の姫・孝子（木村多江）をめとる。おふく（松下由樹）は、大奥総取締役として権力を掌握し、得意の絶頂にいた。だが、家光が男色という噂が流れ、お江与（高島礼子）はおふくに「将軍家より先に忠長（浜田学）が世継ぎをつくる」と宣戦布告。おふくが家光を問い詰めると、家光はおふくの説教がましさに反発して噂を否定せず、おふくを動揺させる。そんな中、家光は、正勝（榊英雄）を伴って忍びで参加した祭りで男に刃物で襲われる。男の正体は正利（杉崎政宏）だった。

春日局（かすがのつぼね・松下由樹）は、家光（西島秀俊）が女に興味を示さず、世継ぎ誕生の気配がないことに焦る。そんな中、家光が尼僧・慶光院（瀬戸朝香）に見とれていたと聞いた春日局は、江戸を訪れた慶光院に手厚いもてなしを。だが、江戸滞在を勧める家光の誘いを、慶光院は拒否。潔い態度に家光は好感をもつが、怒った春日局は慶光院を捕らえ、家光の側室にするべく幽閉する。

春日局（松下由樹）は町娘・おらん（京野ことみ）を見そめ、おらんを大奥に召し抱えたいと申し出る。おらんは迷うが、家族のため大奥に入ろうと決意。さらに、おらんの友人・お夏（野波麻帆）も大奥に勤めたいと春日局に直訴する。

おらん改めお楽（京野ことみ）と、お夏（野波麻帆）が家光（西島秀俊）の側室に。寂しそうなお楽を見かねたお万（瀬戸朝香）は、身内との面会を許可するよう願い出るが、春日局（松下由樹）は冷たく一蹴する。その後、家光との初夜を迎えたお楽は、緊張のあまり家光を拒否。

家光（西島秀俊）が、天然痘で病に伏した。お万（瀬戸朝香）は隼人（金子昇）と密会し、このすきに春日局（松下由樹） の追っ手から逃げるよう説得する。その後、死を覚悟した家光はお万を呼び、これまでのことを謝罪。必死に家光を看病する春日局は、家光のお万への愛情に嫉妬する。

隼人（金子昇）が斬られたとの噂を聞き、お万（瀬戸朝香）は家光（西島秀俊）を問いただす。その必死なさまに家光は嫉妬し、自分が成敗したと偽る。一方、お楽（京野ことみ）が妊娠中毒症で臥（ふ）せる間、お夏（野波麻帆）と新しい側室・おりさ（末永遥）が見栄の張り合いから騒ぎを起こす。

お夏（野波麻帆）が男児を出産。春日局（松下由樹）は家光（西島秀俊） の世継ぎ問題に頭を悩ませる。そんな中、春日局が病で昏倒。日に日に衰弱するが、かたくなに薬を拒む。ついには家光が見舞い、薬を勧めるが、春日局は拒否。かつて家光の病の回復を祈った際、自分の命は天に差し出したと話す。ほどなくして、春日局は正室や側室を集め、最期のことばを授ける。