형사 토모비키가 드디어 블랙 잭을 체포하기 위해 돌아왔다. 그러나 그가 데려간 곳은 경찰서가 아닌 병원? 블랙 잭은 뜻밖의 시험을 통과하고 의사 면허 시험 자격을 얻지만 곧 의사 협회 앞에서 그 기회를 걷어찬다. 한편 협회장의 미움을 사 감옥에 갇힌 블랙 잭을 어떤 대부호가 의뢰인으로 찾아오는데..

블랙 잭의 집으로 며칠간 반복해서 걸려 오는 의문의 전화. 그를 쿠로오라 부르는 남성은 바로 블랙 잭의 아버지였다. 21년 전 불발탄 사고 이후 가족을 버린 아버지 카게미츠는 마카오로 건너가 사업적으로 큰 성공을 거두고 재혼까지 하며 새 인생을 살고 있었다. 그런 카게미츠가 블랙 잭을 찾은 이유는 다름 아닌 아내의 성형 수술을 맡기기 위해서였다.

블랙 잭의 집에서 발생한 의문의 폭발 사고. 경찰은 땅속에 묻혀있던 불발탄이 원인이며, 토모비키가 블랙 잭의 유품을 전해주며 그의 죽음을 확실시한다. 침체한 분위기 가운데 피노코만이 블랙 잭의 생존을 믿으며 며칠 동안이나 땅을 파고, 그런 피노코를 안타까워하던 톰의 마스터는 블랙 잭의 부탁대로 피노코를 부잣집 양녀로 보내기로 한다.

살아남은 블랙 잭이 혼마의 병원에서 찾은 한 장의 사진엔 자신의 친부와 혼마, 그리고 다른 의사들이 찍혀 있었다. 그 의문의 사진이 단서라 여긴 블랙 잭은 비밀을 밝히기 위해 혼마의 지인 크로이첼 박사를 찾아 북유럽으로 떠난다. 그러나 그곳에서 만난 크로이첼 박사는 대화는커녕 움직일 수도 없는 식물인간 상태였는데..

크로이첼 박사의 흉내를 내던 도중 만난 슈타인 박사가 비밀을 밝혀낼 또다른 열쇠임을 알아낸 블랙 잭. 곧바로 그의 병원이 있는 독일로 향했지만, 슈타인은 상대조차 해주질 않는다. 오랜만에 재회한 쿠와타 코노미 덕분에 끌려가는 걸 면한 블랙 잭은 최근 슈타인이 준비 중인 피아노를 칠 수 있는 완벽한 로봇 팔 이야기를 듣게 된다. 그러나 피아노를 좋아하는 소년을 보자 블랙 잭은 로봇 팔이 그의 진정한 행복이 되어줄 수 없다고 확신하는데...

도망친 슈타인을 따라 영국으로 향하는 블랙 잭과 피노코는 원활한 출국을 위해 아야코의 도움을 받아 하늘 병원에 탑승한다. 최신 기술을 자랑하며 기자들과 블랙 잭마저 태워준 닥터 화이트는 곧 하이잭의 등장에 분노한다. 가까스로 모두의 협력 속에 납치범들을 제압했지만, 조종석은 잠기고 조종자들은 안에 갇힌 최악의 상황. 추락을 앞둔 최신형 비행기 속에서 이들은 어떻게 위기를 헤쳐 나갈 것인가?

비행기 사고로 인해 불시착한 어느 중동의 마을. 흉흉한 분위기의 그곳에선 우연히 만난 같은 일본인만이 그들의 대화 상대가 되어준다. 그러나 괜찮은 만남도 잠시 쫓기던 블랙 잭은 폭행 살인 사건의 유력한 용의자로 몰리고, 다행히 식당에서 만난 일본인의 도움을 받게 된다. 그에게 은혜를 갚겠다고 했던 블랙 잭의 약속은 의외로 며칠 만에 기회가 찾아오고 마는데...

65년간 소년의 모습으로 식물인간 상태인 휴 모건. 그에게 남은 유일한 가족 모린은 휴에게 편안한 죽음을 선물해주기 위해 돈을 주면 누구든 죽여주는 의사 키리코를 부른다. 한편 안티에이징 연구를 위해 왔던 슈타인 박사 일행과 그를 따라온 블랙 잭. 노화는 멈췄지만, 가망이 없는 환자의 상태에 수술을 진행하지 않으려던 블랙 잭은 키리코와 만나 그를 저지하기 위해 마음을 바꾼다. 겉은 열다섯, 그러나 이젠 80세가 되어 깨어나야 할 노인의 수술은 과연 성공할까?

슈타인 박사가 알려준 닥터 조르주를 만나기 위해 뉴욕으로 온 블랙 잭과 피노코. 그러나 조르주는 이미 몇 년 전 병원을 그만뒀다는 이야기를 전해 듣는다. 버트 병원의 원장 빌은 그의 거처를 알려주는 대신 한 환자를 수술해달라고 부탁하고, 처음엔 적극적으로 이야기를 듣던 블랙 잭은 병명이 '혼마 혈종'이라는 말에 갑자기 돌변하여 수술을 거절한다. 이유는 바로 그의 스승 혼마 죠타로가 혼마 혈종만은 절대 손대지 말라 당부했기 때문인데...

어머니의 펜던트로 간신히 목숨을 건진 블랙 잭은 자신과 똑같이 어머니를 걱정하는 빌을 생각 하며 결국 혼마 혈종 수술을 결심한다. 수술 도중 그들의 캐서린이 인공 심장을 가졌다는 것, 또한 혼마 혈종의 원인이 이 인공 심장으로 인한 허혈성 질환임을 눈치챈다. 캐서린의 심장을 새로운 인공심장으로 바꾸고 수술을 성공시킨 그들은 드디어 그녀를 통해 블랙 잭의 부모님, 카게미츠와 미오의 젊은 시절 이야기를 들을 수 있게 된다.

슈타인 박사의 조언을 따라 닥터 조르주를 만나러 간 블랙 잭과 피노코. 그곳에서 자신의 오빠로부터 아버지를 보호하기 위해 총을 들고 나선 여동생 유리를 만난다. 병이 든 아버지의 안식을 위해 죽음을 선물하려는 아들. 블랙 잭은 조르주의 목숨을 노리는 자식이 죽음을 부르는 사신 의사 닥터 키리코란 사실을 알게 된다. 과연 슈타인 박사와 마찬가지로 피닉스 병에 걸린 조르주를 구하고 누아르 프로젝트의 진상을 들을 수 있을까?

유리가 알려준 대로 닥터 조르주의 개인 연구소이자 별장으로 찾아가는 블랙 잭. 그러나 갑작스럽게 거세진 눈보라에 한 치 앞조차 보이지 않고, 설상가상으로 이들을 쫓는 암살자 베니토카게에 의해 설산에서 목숨의 위협을 받는다. 가까스로 살아남아 조르주의 별장에 도착하지만, 부상을 입고 쓰러졌던 베니토카게는 전혀 협조적이지 않고, 몰아치는 눈보라에 눈사태가 별장을 덮쳐 고립되고 마는데.

베니토카게가 알려준 닥터 쿠마의 정보를 쫓아 아프리카로 향하던 블랙 잭은 홍수가 일어난 한 마을에서 멈추어 선다. 계속되는 비와 노숙이란 말에 피노코는 결국 집에 돌아가고 싶다며 투정을 부리고, 우연히 그리워하던 샤라크와 재회하게 된다. 샤라크와 그의 아빠 덕분에 잠자리를 마련한 블랙 잭은 앞으로의 가혹한 여행에 피노코가 따라오지 못할 것이라 여겨 일본으로 돌려보내기로 결심한다. 그러나 돌아가기를 싫어하던 피노코는 친구가 된 알을 수술해주는 대가로 얌전히 집에 돌아가겠다고 선언한다.

유행병이 돌아 전멸한 마을을 지나오던 그들은 드디어 닥터 쿠마가 사는 마을로 도착한다. 그러나 블랙 잭은 그곳에서 쿠마를 악마라 부르는 마을 주민들과 만나고, 마을 아이의 소개로 어렵게 만난 쿠마는 유적지에서 홀로 살아가고 있었다. 진실을 원하는 블랙 잭에게 그는 자신이 혼마 죠타로의 조수로 누아르 프로젝트 연구에 참여했었다고 털어놓는다. 드디어 밝혀지는 누아르 프로젝트와 피닉스 병의 진실. 그들이 발견한 BOP 바이러스란 무엇인가?

일본행 비행기를 기다리던 블랙 잭은 자신을 찾는 사람들을 따라 하늘 병원에 재탑승한다. 그곳에서 기다리고 있던 건 시라뵤시와 아야코, 그리고 피닉스 병에 걸린 전만덕이었다. 블랙 잭에게 만덕의 치료를 의뢰한 건 다름 아닌 그의 딸 렌카였고, 렌카는 그의 역린이 되는 가족의 정을 언급하며 피닉스 병을 치료해주길 부탁한다. 결국 의뢰를 받아들인 블랙 잭이지만, 방사선 치료의 영향으로 진화한 피닉스 병은 하늘 병원 기내에 급속도로 퍼지고 마는데...

피노코와 아야코까지 피닉스 병에 걸린 최악의 상황. 블랙 잭은 치료제를 만들기 위해 쿠마에게 자료를 넘겨받지만, 쿠마와 다른 사람들은 현재의 피닉스 병이라면 발병자에게 남은 시간은 21시간이라고 선고한다. 치명적인 바이러스의 해결책을 찾는 의사들 사이, 대통령 명령으로 보좌관은 치료법을 찾지 못하면 미사일을 발사하라는 명령을 받으며 운명의 카운트 다운이 시작된다. 절체절명의 상황 속 마지막 이야기. 블랙 잭과 시라뵤시는 설원에서 살아남아 피닉스 병으로 고통받는 환자들을 구원할 수 있을까?