La Sakura Kinomoto comença a anar a l'institut amb els seus amics, incloent-hi el seu xicot, en Shaoran Li, que tot just ha tornat a la ciutat de Tomoeda. Després de tenir un somni profètic sobre una misteriosa figura encoberta, totes les Cartes Sakura es tornen transparents i perden els seus poders. Així doncs, la Sakura comença una investigació per esbrinar què ha passat i juntament amb els seus amics i els seus guardians i protectors, en Keroberos i en Yue, descobreix i captura les cartes transparents, utilitzant la nova i molt més forta clau dels somnis místics.

小樱集齐了会给世间带来灾难的“库洛牌”，并用魔法的力量将它们变成了自己的牌。樱花盛开的4月，小樱升入了初中1年级。而后，小樱与曾返回香港的小狼重逢，并一起开心地去往学校。某个夜里，收集的牌出现了异常……而友枝町接连发生奇怪的事。小樱在梦中遇见的“钥匙”的指引下，再次开始收集卡片。这时，班里转来一个女孩子……

C’est le mois d’avril, les cerisiers sont en fleur et Sakura entame son année de cinquième. Elle y retrouve son ami Shaolan qui était retourné un temps à Hong Kong. Mais leur quotidien paisible est rapidement bouleversé par une activité anormale des cartes de Clow. De mystérieux évènements s’enchaînent dans la ville de Tomoeda. Sakura est alors guidée par la « clé » rencontrée en rêve. La collecte des cartes reprend de plus belle ! C’est alors qu’une nouvelle élève fait son apparition…

夢の鍵と透明なカードに導かれ、さくらの新たな物語が始まる！世に災いをもたらす「クロウカード」を集め、魔法の力で自分のカードに変えた さくらは、桜満開の４月、中学１年生に進級した。そこで 香港に帰国していた 小狼と再会し、一緒に学校へ通えることを喜び合ったのもつかの間、ある夜、集めたカードに異変が…！さらに友枝町では、不思議な出来事が次々起こり、さくらは夢で出会った「鍵」に導かれ、再びカードを集め始める。 そんな中、クラスに女の子が転校してきて…

Fourteen-year-old Sakura starts junior high school along her friends, including Syaoran, who had just returned to Tomoeda. After having a dream with a mysterious cloaked figure, all of Sakura's cards turn blank and are rendered powerless, thus she starts her quest to find out what is wrong. In doing so, Sakura and her allies discover and capture new transparent cards using a new key.

Guiada por la Llave de los Sueños, Sakura se embarca en una nueva aventura. Sakura logró capturar todas las Cartas de Clow que podrían haber provocado un cataclismo en el mundo y las convirtió en sus Cartas de Sakura. Ahora ha llegado la primavera, los cerezos están en flor y Sakura está por comenzar una nueva etapa en la secundaria. Su querido Syaoran ha regresado de Hong Kong y Sakura está muy ilusionada por poder ir a clase de nuevo con él. Es entonces cuando una noche ocurre algo extraño a sus cartas...

Cuando Sakura Kinomoto comienza su primer año en el la preparatoria, tiene un misterioso sueño y tras ello todas las cartas de Sakura que convirtió en el pasado pasan a ser transparentes. Este premonitorio sueño es el principio del fin de un nuevo conflicto que tendrá como escenario Tomoeda y que obligará a Sakura, con ayuda de Syaoran, Kero, Tomoyo y el resto de sus amigos, capturar de nuevo las cartas mágicas.

Câu chuyện xoay quanh cuộc sống hằng ngày của Kinomoto Sakura khi cô đã là học sinh sơ trung. Đó cũng là lúc Li Syaoran, cậu bạn pháp sư mà Kinomoto Sakura phải lòng quay trở về từ Hồng Kông. Mùa xuân năm ấy hoa đào nở rộ, một học kỳ mới bắt đầu, những người bạn mới dần xuất hiện, đặc biệt là cô bạn Shinomoto Akiho còn những người bạn cũ vẫn luôn đồng hành bên mình, hơn hết cả Syaoran cũng không còn xa cách. Tuy nhiên, những giấc mơ kỳ lạ lại kéo đến và đem theo những điềm báo mới. Các lá bài Clow Reed sau khi được chuyển hóa thành lá bài Sakura bỗng nhiên bị hóa thành trong suốt. Thị trấn Tomoeda liên tiếp xuất hiện những hiện tượng lạ.