La Sakura i els seus amics comencen la secundària a l'institut Tomoeda i, ara, tot és nou. La Sakura està contenta de retrobar-se amb en Shaoran i de saber que es quedarà a viure a Tomoeda. A la nit, la Sakura somia una cosa molt estranya i veu que totes les cartes s'han tornat transparents. L'endemà somia que rep una clau i quan es desperta resulta que la té a la mà. La clau, després, es transforma en una vara.

La Tomoyo va a casa la Sakura a preparar un pastís de formatge com els que fa la Chiharu, que els n'ha donat la recepta. Llavors, en un moment donat, la Sakura, la Tomoyo i en Kero es queden tancats en una habitació que no té ni portes ni finestres i que sembla feta de goma. Mentre la Tomoyo la punxa amb una agulla, la Sakura fa servir la vara per recuperar la carta del Bloqueig.

Tot i que no hi ha previsió de pluges, de cop i volta comença a ploure i no para en tot el dia. De camí cap a casa, la Sakura captura la carta Aqua. L'endemà, després de l'assaig de les animadores, tothom desapareix i la Sakura caça la carta del Reflex. Un cop a casa, es desmaia i té una mena de somni on veu la figura amb capa que li vol prendre la clau.

L'Akiho Shinomoto, una noia que ha estat un temps a l'estranger, entra a estudiar a l'institut Tomoeda i de seguida es fa amiga de la Sakura i el seu grup. Aquell dia, a classe, la Sakura veurà com els arbres del pati es desarrelen i es mouen, i capturarà la carta de l'Acció. Després de classe, la Sakura parla amb en Yue, que li diu que a les cartes noves, no hi nota cap mena de màgia.

La Sakura queda un diumenge amb els seus amics per fer un pícnic sota els cirerers florits. Mentre és allà, de cop nota una força molt potent que l'estira enrere i que l'atrau cap a un cirerer molt gros que hi ha enmig del bosc. Allà, caça la carta de la Gravitació. Llavors, convenç els amics perquè vagin a fer el pícnic a sota d'aquell cirerer tan bonic. Al cap d'una estona, arriba el Shaoran.

La Sakura torna a somiar amb la figura encaputxada, que ara és a dalt d'un rellotge. L'endemà, la Tomoyo demana d'anar a l'aula de música a l'hora de dinar perquè vol cantar una cançó amb l'Akiho. En Shaoran, que sap tocar el piano, les acompanya. L'Akiho, al final, decideix apuntar-se al club de coral. Després la Sakura sent un soroll estrany i captura la carta "Gravació". Però en Shaoran no hi nota cap poder màgic.

La Sakura i en Kero van a veure la Tomoyo a casa seva. Allà, la Tomoyo els diu que té una càmera nova que vola i que pot seguir tots els seus moviments. Quan surten al jardí a provar-la, se'ls acudeix de provar també la carta de la Gravació. Al cap d'una estona, arriba en Sharoan i, mentre berenen, la Sakura percep la presència d'una altra carta. Després de provar unes quantes estratègies, la caça. La carta es viu "Vol".

L'Akiho convida la Sakura i la Tomoyo a casa seva, que casualment, és la mateixa casa on havia viscut l'Eriol quan vivia a Tomoeda. Allà, l'Akiho els presenta el seu majordom, en Yuna D. Kaito, i els ensenya la biblioteca tan gran que té la seva família. Mentre l'Akiho va a la seva habitació a buscar un llibre que els vol ensenyar, la Sakura atrapa la carta de la Transparència, que estava amagada entremig d'uns llibres.

La Sakura queda amb en Shaoran per anar a veure el mateix aquari on va capturar la carta de l'Aigua. Tots dos estan molt emocionats i molt nerviosos. Quan són a la cafeteria de l'aquari, on per casualitat troben en Toya, que hi ha anat a fer una substitució, es trenca un tanc d'aigua i inunda tota la sala. La Sakura, que està convençuda que ha sigut per culpa d'una carta, vol tornar a l'aquari a la nit per capturar-la.

L'Akiho va a sopar a casa la Sakura i, mentre és allà, cau víctima dels poders d'una carta nova que la fa dormir. Llavors, mentre empaiten la carta, la Sakura i en Kero descobreixen que tota la casa és enmig d'un laberint molt intricat. Després d'una bona estona de persecució, la Sakura atrapa dues cartes noves. Quan tot torna a la normalitat, arriba en Kaito, que ve a buscar l'Akiho.

Quan surten de l'institut, la Sakura, la Tomoyo, l'Akiho i en Shaoran es troben amb en Kaito que ve de comprar. En Shaoran, quan arriba a casa, es posa en contacte amb l'Eriol i li diu que ha notat que en Kaito té algun poder màgic. L'Eriol sospita que és un mag amb cert poder d'una societat anglesa que no té gaire bona reputació. Poc després, la Sakura nota la presència d'una carta, i ella i en Kero la segueixen fins al parc del rei Pingüí.

La Sakura i els seus amics participen al torneig d'esports de pilota que fan a l'institut. L'Akiho i en Shaoran juguen un partit de bàdminton, i la Sakura no té clar a favor de quin dels dos vol anar. El partit està molt renyit, però llavors, es posa a pedregar de cop i volta i se n'ha d'anar tothom cap a dins de l'institut. La Sakura sospita que la pedregada és obra d'una carta.

La Meiling arriba per sorpresa a Tomoeda i li demana a la Sakura si es pot quedar a casa seva. En Yukito li pregunta a en Toya pel poder nou que li creix a dins. La Sakura li diu a la Meiling que està preocupada perquè sap que en Shaoran li amaga alguna cosa. I a l'hora d'anar a dormir, la Sakura veu que a la Meiling li han sortit orelles i cua de gat.

L'Akiho li explica a en Kaito més coses que ha llegit al llibre de l'Alícia i que, curiosament, s'assemblen molt al que li va passar a la Sakura amb la carta del Miratge. Aquell dia, l'Akiho, la Sakura i la Meiling van a casa la Tomoyo, que els vol ensenyar el vídeo que va fer d'una obra de teatre de primària on hi van actuar totes. Mentre miren el vídeo, hi ha un terratrèmol que sacseja tota la casa.

La Sakura i en Kero descobreixen que l'origen dels terratrèmols és una carta i la capturen. Quan torna cap a casa, l'Akiho es troba amb en Kaito, que per una distracció, es veu obligat a tirar el temps enrere perquè l'Akiho no recordi la conversa que acaben de tenir. Mentrestant, una noia estranya que resulta ser una altra carta, ataca la Meiling i la Sakura. Totes dues lluiten juntes contra ella i capturen la carta, que es diu "Combat".

La Sakura torna a somiar amb aquella figura misteriosa i acaba tenint la sensació que ja sap qui és i que la coneix. Després, a l'institut, han de fer uns pastissos, i quan els tenen fets, els pastissos es posen a saltar fins que s'ajunten tots i formen un monstre molt gros. La Sakura guanya el monstre i captura una carta que es diu "Aparició". L'Akiho torna a casa i li porta un pastisset a en Kaito, però ell l'adorm màgicament i li diu a la Momo que necessita les cartes noves.

Després d'ensenyar a l'Akiho i als altres el llibre d'il·lustracions de l'Alícia, la Sakura i l'Akiho tenen un altre somni compartit. A la nit, amb l'ajuda d'en Shaoran, la Sakura captura una carta que es diu "Flamarada" i s'afanya a tornar a casa sense saber que en Toya ja ha descobert que no és a la seva habitació. En Yue li pregunta a en Toya pels poders nous que té, però ell li diu que encara no és hora de revelar-los.

La Sakura, l'Akiho i en Shaoran participen en un contacontes que ha organitzat en Yukito en un hospital. Quan tornen a casa, la Sakura li diu a en Kero ha gravat l'acte amb la carta de la Gravació, i es posen a mirar-ho. Però les imatges que veuen no són del mateix dia. En Kero s'adona que són de fa dècades, cosa que vol dir que a la Sakura li han augmentat molt els poders.

És diumenge. Al matí, el besavi de la Sakura els convida a ella i a en Shaoran a casa seva perquè abans d'anar-se'n uns mesos de viatge li vol donar una cosa a la seva besneta. Quan la Sakura va a buscar més te, troba l'habitació de la seva mare i fa servir la carta de la Gravació per veure'n imatges de quan era petita. La Sakura i l'Akiho tenen un altre somni compartit. Al final, l'Eriol es posa en contacte amb en Keroberos i en Yue.

El besavi li regala a la Sakura una clau que va portar d'Anglaterra i que era una coses que més valorava la Nadeshiko. Mentrestant, l'Eriol explica a en Keroberos i a en Yue que ha descobert que van expulsar en Kaito d'una societat de mags molt important perquè va fer desaparèixer un objecte misteriós amb grans poders màgics. Quan torna a casa amb en Shaoran, la Sakura s'adona que casa seva està invertida i captura la carta "Mirall".

Tot i que no saben per què que l'Eriol amaga a la Sakura la veritat del que passa amb l'Akiho i en Kaito, en Kero i en Yue decideixen seguir les seves instruccions i estar alerta per protegir la Sakura. Els somnis compartits de la Sakura i l'Akiho són cada cop més freqüents i totes dues tenen males sensacions. A la nit, apareix la figura encaputxada davant de la Sakura i ella li planta cara.