春満開の4月、友枝中学校に進学したさくら。香港から戻ってきた小狼と再会し、学校生活が始まった。ある日、さくらは不思議な夢を見る。フードをかぶった人が現れ、目覚めると「さくらカード」はすべて透明になっていた。再び不思議な出来事が起こり、さくらは無我夢中で、夢で手にした杖で魔法を使う！

新学期、話題の中心は部活動！さくらは小学校のときと同じチア部に、知世はコーラス部に入部予定。部活が始まるのが待ち遠しい中、さくらは知世と一緒に、千春からもらったレシピでレアチーズケーキ作りに挑戦。おいしくできたけど、桃矢につまみ食いされてしまう。そんな中、さくらの部屋で異変が起こり…！？

朝からバケツをひっくり返したような大雨が降る一日。下校時にさくらと知世が公園で雨宿りをしていると、さくらの胸元で夢の鍵が光り始めて…。これってもしかしてカードのしわざ？　知世がもしものために持っていたコスチュームに着替えて準備万端のさくらだが、一気に雨がふたりに襲いかかってきた！

ある日、さくらのクラスに転校生がやってくる。彼女の名前は詩之本秋穂。長く外国で暮らしたあとに日本にやってきたため、敬語の方が話しやすいという女の子。早速お弁当を一緒に食べ、お友達になれそうな予感に心躍るさくら。そんな午後の授業中、ふと窓を見たら木が校庭を歩いていて…！

仲よしの知世、小狼、千春、奈緒子、山崎たちとみんなで、お花見することにしたさくら。当日はお花見日和の快晴で、お弁当のおにぎりを握るさくらはうきうき。転校してきたばかりの秋穂も誘って集合したら、誰かに背中をひっぱられるみたいで…。これもカードのしわざなの？

さくらはフードの人物と夢の中で対じし続けていた。不思議な夢が続く一方、学校生活では、お花見で歌を口ずさんでいた秋穂の歌声を聴きたいと、みんなで放課後に音楽室へ。小狼がピアノを弾けると知って思わず伴奏をリクエストするさくら。知世と秋穂の歌声が心地よくさくらを包んでいく。

「記録」のカードにどんな魔法があるのか試すため、さくらはケロちゃんと知世のお家を訪れる。知世の母・園美も現れ、熱い歓迎を受けた後、お庭で知世と一緒にカードを試してみることに。一方、知世も新しいカメラを初披露！大道寺トイズが開発した新型カメラが空を飛ぶ中、カードの気配を感じたさくらは…！？

秋穂が引っ越してきたのは、大魔法使いクロウ・リードの生まれ変わりのエリオルが住んでいた家だった。知世と二人で家を訪ねたさくらを迎えたのは、秋穂の世話をする海渡という執事だった。秋穂は一族が集めた本を納めた書庫を案内してくれるが、カードの気配をたどった先は本が棚ごとなくなっていた。

お父さんからもらったチケットで、小狼をお出かけに誘ったさくら。お弁当の卵焼きも頑張って作って準備万端、クロウカードを集めた時にウォーティのカードを捕まえた水族館にやってきた。お兄ちゃんがアルバイトをしているカフェで鉢合わせて、ちょっと気まずい雰囲気に。と、思っていたら水槽で異変が…！

お兄ちゃんもお父さんも出かけていない夜、秋穂がさくらの家に遊びに来た。小学校時代のアルバムをみたり、お夕飯を一緒に食べてふたりで過ごしていると、秋穂が突然眠ってしまった。カードの気配を察したさくらは、秋穂のためにもかならずカードを捕まえると決意。「飛翔」のカードで飛び立つ！

下校中に偶然、海渡と出会った小狼は、ひそかに連絡を取り合っているエリオルに伝え、二人は海渡が力の強い魔術師ではないかと推理する。一方、カードの気配に導かれ夜のペンギン公園を訪れたさくら。すると、公園の遊具がすべて逆さまになっていた。知世がケロちゃんに託した撮影の秘密兵器がさく裂する！

今日は楽しみにしていた球技大会。運動が得意なさくらはバスケットの試合に出場して大活躍！知世に依頼され、カメラを装着したケロちゃんがこっそり撮影していると、別のコートでは小狼と秋穂のバドミントンの試合が白熱していた。そんな時、急に雹（ひょう）が降ってきて…！

苺鈴や秋穂たちと月峰神社の市にやってきたさくら。日本の神社を見たことがないという秋穂と、境内で開かれるさまざまなお店をのぞいて楽しむ。ふと苺鈴を見ると、猫の耳と尻尾が生えていて…！秋穂にはうさぎ、知世は羊とあっという間に、みんな動物の姿に変わってしまった！

苺鈴と秋穂を一緒に、知世の自宅に招かれたさくら。見せたいものがあると導かれた先はホームシアターで、小学生の時にクラスでやった劇をみんなで見ることに！お姫様役のさくらと、王子様の代役をする小狼に秋穂は大喜び。すると突然地面が揺れて…カードのしわざと気づいたさくらは、杖を片手に飛立つ！

知世の家で遭遇したカードを、さくらはなんとか捕まえることができて一安心したのも、つかの間。さくらのお家にお泊まりしている苺鈴とふたりで家に帰る途中、道の向こうから女の子が現れて攻撃してきた！武芸が得意な苺鈴が受けて立つが、さくらがあることに気がついて…。

今日は楽しみにしていた家庭科の調理実習の日。エプロンを忘れて朝から大慌てなさくらだけど、課題のロールケーキ作りにウキウキ！海渡に食べてもらいたい秋穂と一緒にデコレーションに悩んでいると、突然ケーキが跳びはね始めた！なんとかしたいさくらは、教室の隅でこっそりレリーズ！

夜中にカードの気配を感じたさくらは、ケロちゃん、知世、小狼たちとともに月峰神社にやってきた。クロウカードの最初の１枚である「フライ」を捕まえたのも同じ場所だったと、思い出話で盛り上がる。そのとき、大きな炎の鳥が姿を現した！「水源」のカードを呼び出したさくらだったが…。

雪兎と約束していた絵本の読み聞かせに行けることになり、さくらは秋穂、小狼、知世を誘う。さくらの熱意に押されて秋穂は朗読で、小狼はピアノの伴奏で参加することに。本番に向けて一生懸命、練習をするさくらと秋穂。当日、知世は二人におそろいのケープを用意していた。

小狼とのお出かけ用に朝からお弁当の卵焼きに挑戦していたさくら。そこに園美から電話があり、ひいおじいさんの真嬉が会いたがっていることを伝えられる。急きょ、さくらは小狼と二人でひいおじいさんを訪ねることに。ひいおじいさんがさくらに渡したかったものとは…。

新しいカードについて相談するためケルベロスと月は、エリオルと魔法で通信していた。エリオルの調べで海渡が魔法協会からあるものを持ち出したことが明らかになるが、海渡の魔法で通信を遮断されてしまう。一方、ひいおじいさんの家から戻ってきたさくらと小狼は、さくらの家の前で異変に気付く。

ローブを着た子と夢で会い続けているさくらだったが、秋穂も同じく不思議な夢を見ていた。不穏な夢の内容に秋穂は不安をつのらせる。その夜、自室で髪を乾かしていたさくらは、外に気配を感じる。窓を開けるとそこには、夢で会ったローブの子が立っていた…。