夏休みが終わり、さくらのクラスに転校生・エリオルがやってきた。仲よさそうなさくらとエリオルに小狼はおもしろくなさそう。家に帰ったさくらに語りかけるクロウ・リードの声、その時感じたいつもと違う気配、友枝町だけに降り続く雨…。何かあると感じたさくらは再びカードキャプターとして雨空の下へと出かける。

夜が明けても友枝町はあいかわらずの雨。さくらは魔法が使えなかったことを小狼に相談する。夕方、雪兎がさくらの家にやってきた。さくら、ケロ、月、知世は再び雨空の下へと出かける。襲いかかる水の柱に、さくらは魔法を使おうとするが、封印の鍵は杖にならない。が、さくらがみんなを助けたいと思う気持ちが、魔法の力をよみがえらせた！

封印の鍵は新しい呪文を唱えることで新しい杖になった。そして魔法を使うときにはカードも新しく生まれ変わらせる必要があるらしい…。登校したさくらは、音楽室から聞こえた知世の悲鳴に小狼と急いで駆けつける。すると重いピアノが勝手に動き三人めがけて飛んできた。

ぬいぐるみを作ることにしたさくらは、エリオルと手芸店へ行く。そこでさくらはぬいぐるみキットを、エリオルは糸を買う…。夜、クロウの気配を感じたさくらは、小狼、ケロ、知世とともに公園に向かう。そこでいきなり小狼が、さくらに向かって刀を振り上げてきた！ケロは、小狼が何かにあやつられていることに気付くが、答えが見つからない。

さくらはエリオルに手伝ってもらって、くまのぬいぐるみを完成させた。その日の夜、さくらは雪兎の家を訪ねて、両思いの願いを込めたぬいぐるみを手渡した。するとぬいぐるみがどんどん大きくなってしまった！さくらはくまをあやつる魔力の源をなんとか断ち、くまはもとの大きさにもどったが、なかからは魔法陣の描かれた一枚の紙が落ちてきた…。

カードを変えるのに魔力をたくさん使うため、さくらは眠くてしかたない。一方で雪兎も、いくら食べてもおなかいっぱいにならなかったり、すぐ眠くなるのをふしぎに感じていた。夜、小狼からの電話で、公園に大きな穴ができてしまったことを知ったさくらは、クロウの気配を感じとり、穴のなかへと降りていく。すると穴はまるでふたをしたように閉ざされてしまった！

さくらがカードの本を取りだすと、さくらカードが自然に浮き上がり、さくらを取り囲んだ。しかし、クロウカードは本に残ったまま冷たくなっている。このままではただのカードになってしまうとケロから聞いたさくらは、クロウカードを次々とさくらカードに変えてしまう。ところが、封印解除していない『駆』が精霊の姿に変わり、窓から外へ飛び出した！

亡き母、撫子の使っていたカレンダーが出てきた。カレンダーには家族みんなの誕生日が書きこまれていて、そのなかに＜おじいさまのお誕生日＞というのもあった。父・藤隆は、自分は、おじいさんが大事に思っていた撫子をさらった悪いやつだからという理由で、おじいさんには一度会ったきりだと言う。さくらは｢お父さんは悪いやつじゃない｣とわかってもらうため、おじいさんにプレゼントを贈ることにした。

さくらは『不思議の国のアリス』に夢中。アリスの国にあこがれ｢行ってみたい｣と考えていた。エリオルから｢しおりに｣ともらった落ち葉。その落ち葉を本にはさもうと触れたとたん、さくらは本の中へと吸いこまれてしまう。外に出ようとするさくらの目の前にチェシャ猫のエリオル、うさぎの雪兎、月、桃矢、知世も『アリス』の登場人物となって現れた。

友枝小でバザーが開かれることになった。さくらのクラスがお菓子を配る係だと聞き、ケロは大喜び。一方、奈久留からバザーに誘われたスピネルは｢甘いものがダメ｣と行きたがらない。バザー当日、校庭でケロとスピネルがバッタリご対面！ケロがスピネルの正体に気づかず、お菓子をむりやり食べさせると、スピネルは突然陽気になり騒ぎ出した。

さくら、小狼、知世、エリオルの4人はテディベア展へやってきた。小狼は楽しい時間を過ごしながら、ついさくらのことばかり目で追ってしまう。家に帰ろうとエレベーターに向かい、小狼とさくらが乗ったとたん、扉が閉まり動かなくなってしまった。真っ暗なエレベーターで涙ぐむさくらを小狼はなぐさめる。そうするうち、エレベーターが急に動いて床に穴があき、さくらが落ちてしまった！

クロウの気配を感じ、みんなは夜の公園に集まった。しかし事件らしいことは何もなく、家に帰ることに。ところがケルベロスと月の二人が仮の姿に戻れなくなってしまった。しかたなく本来の姿のまま、さくらの部屋でどうしたらいいのか考えていたがいいアイディアは浮かんでこない。翌日、夕食のしたくをするために冷蔵庫からカニを取り出したさくらはあることを思いついた。

夜、学校の方向にクロウの気配を感じたさくらは、ケロ、小狼、知世と一緒に出かける。すると教室でバスケットボールがひとりでに跳びはねていた。さくらたちはボールを追いかけるが、空間がねじれているようで、追いつけない。それでもボールを追っているうちに、知世の姿が消えてしまった！うまく探すことができないさくらは涙ぐみながらも、知世を見つける方法を必死に考える。

小狼に｢会って話したいことがある｣と言われた苺鈴は冬休みを待たずに日本にやってきた。苺鈴と学校帰りのさくらたちが公園の前を通りかかると、突然、地響きのような音とともに小さなペンギンがたくさん現れ、さくらたちめがけて飛んできた。苺鈴は得意の拳法を、さくらは｢凍｣のカードを使って、騒ぎは落ち着くが、小狼が二人にかけた言葉で苺鈴は悲しげな表情をする…。

さくらは藤隆のクリスマスプレゼントを買いにいくため、桃矢と待ち合わせの約束をする。学校でもエリオルが聖歌をピアノで練習しており、クリスマスムードがいっぱい。放課後、強いクロウの気配がしたため、さくらは小狼と様子を見に行くことにし、桃矢との買い物には、自分と同じ姿になれる『鏡』に行ってもらうことにした。その夜、さくらは『鏡』にカセットテープを差し出した。

新年を迎え、さくらと桃矢、藤隆が月峰神社に初詣行くと、知世と園美も来ていた。さくらと知世がおみくじを引きに行くと、エリオルがおみくじを売っていた。知世のおみくじは大吉だったが、さくらのおみくじは意味がよくわからない。その夜、さくらが眠りについた後、暗い部屋の中で、クロウカードの本と、昼間引いたおみくじが光り始めた。

室内プールにやってきたさくらたち。ひと泳ぎした後、プールサイドのパーラーで、おいしいと評判のクリームソーダを注文した。話に夢中になっていたさくらが、ふとグラスを見ると中身はからっぽ。こっそりついてきたケロが飲んでしまったのだ。ものかげに隠れていたケロをロッカールームに連れて行こうとしたとき、びっくりするほど大きな波がプールに起こり、利佳が取り残されてしまった。

さくらたちは学校のスキー旅行で雪山にやってきた。夜になって奈緒子の提案で雪女の怪談話をするエリオル。翌日、スキーが上達したさくらは、エリオルと上級者コースへいくリフトに乗る。だんだん激しくなる雪を見て、さくらは昨夜の雪女の怪談と似ている、とふと思う。リフトを降りてからも雪は激しくなるばかり。そしてついになだれが起きてしまった。

桃矢のクラスで製作する映画にさくらが出演することになった。さくらの出番が終わり、撮影は桃矢と雪兎が出演するラストシーンへ。本番に入ると、雪兎が突然意識をなくして、二階のバルコニーから落ちてしまう。桃矢がとっさに手をつかんで助けようとしたが、うまくいかず雪兎はまっさかさま。さくらの魔法でケガはしなかったが、雪兎は倒れたまま目を覚まさない…。

雪兎たちの高校の文化祭を訪れたさくらは、＜星の道＞という出し物を雪兎と見にいく。たくさんの星に囲まれ、さくらは雪兎への思いを打ちあけた。そのとき、星の飾りが急に砕け散り、さくらたちに降りかかってきた。姿を現した月はさくらの身を守りながら、この異変がクロウのしわざであることを確信する。クロウの気配がするほうに走り出したさくらはそこでエリオルを目撃する。

雪兎の本心を知って、一時はつらい思いをしたさくらもすっかり元気を取り戻した。｢元気になれたのも小狼くんのおかげ｣と、感謝の気持ちで小狼を誘って月峰神社のお祭りへ行く。お祭り会場でさくらたちは、月占いができるという＜月鏡の池＞に向かった。すると池の水面に黒い人影とクロウの魔方陣が映り、奉納されていた絵馬から飛び出した馬がさくらたちに向かってきた！

エリオルがクロウの生まれ変わりだった、と正体を明かし、スピネルとルビーも本来の姿を現した。エリオルは魔法で太陽も月も隠し、友枝町は闇に包まれる。そして、知世や桃矢をはじめ、町中の人たちが眠りについてしまった。みんなを目覚めさせるには、さくらが魔法で闇を晴らすしかない。解決のカギはクロウカードのままの八枚のなかにある！

なぜ次々と事件を起こしたのか理由をきくため、さくらたちはエリオルの家を訪ねた。お茶会の準備をしてみんなを待っていたエリオルはその理由を話し、日本を離れた。翌日の帰り道、さくらは小狼に呼び止められる。小狼は、他の誰かのために一生懸命になれるさくらに影響を受けたと打ちあけ、｢ありがとう｣と言い残し走り去る。その直後、小狼が香港に帰るとの知らせが！