Po walce z Królestwem Ciemności, wszystkie Czarodziejki wróciły do życia, lecz straciły pamięć i nie pamiętają siebie nawzajem. Tymczasem na Ziemię przybywa para kosmitów: Ail i Anna, którzy chcą odbierać ludziom energię. Luna musi przywrócić pamięć Usagi.

Po przywróceniu pamięci, jedynie Usagi może walczyć z kardianami wysyłanymi przez Obcych Makaiju. Orientuje się ona także, że Mamoru również stracił pamięć i jej nie pamięta. Ail i Anna przedstawiają się w szkole jako Seijuro i Nastumi. Po kolejnym ataku kardiana, Luna budzi pozostałe wojowniczki i przywraca im pamięć.

Przyjaciel Makoto – Shinozaki zostaje zaatakowany przez kardiana. Mako oddaje dla niego krew w szpitalu, a jednocześnie, chcąc wziąć odwet, naraża swoje życie. Podczas walki pojawia się Książę Księżycowej Poświaty.

Usagi, za wszelką cenę usiłuje przywrócić pamięć Mamoru i odzyskać jego uczucia. Tymczasem Ail i Anna usiłują zebrać energię w czasie trwania konkursu gier w Teatrze Wirtualnej Rzeczywistości.

W dzielnicy Juuban organizowane jest doroczne święto kwiatów – hanami. Z tej okazji klasa Usagi idzie do parku, na piknik. W tym samym czasie Ail i Anna chcą wykorzystać tę okazję do zebrania dużej ilości energii. Podczas walki, Srebrny Kryształ, który był zaklęty w broszce przemiany, zostaje zniszczony.

Minako, spiesząc się do szkoły, ratuje po drodze małą dziewczynkę – Mię. Okazuje się, że starsi koledzy dokuczają jej, ponieważ powątpiewają w istnienie Sailor Moon, której dziewczynka jest fanką. Minako postanawia przekonać chłopców, że Sailor Moon naprawdę istnieje i jedzie razem z dziećmi autobusem, jako opiekunka. Wówczas, autobus zostaje zaatakowany przez Kardiana.

Kardian przeprowadza atak na dzieci w przedszkolu, podczas którego ranna zostaje także jedna z matek. Jej syn – Manami jest bezpieczny, ale do czasu aż jego matka opuści szpital, pozostaje bez opieki. Wobec takich okoliczności, Mamoru i Usagi deklarują wspólną opiekę nad dzieckiem.

Rei organizuje festiwal, na którym sama ma wystąpić. W tym samym czasie reszta dziewczyn pomaga w świątyni Hikawa. Ail i Anna chcą wykorzystać tę okazję by zdobyć energię od ludzi, przebywających na występie.

Mako i Usagi zastanawiają się kim w rzeczywistości jest Książę Księżycowej Poświaty. Dochodzą do wniosku, że może nim być Seijuro. Zauroczona w nim Makoto, deklaruje, że zbada tę sprawę i pozna prawdziwą tożsamość Księcia.

Mamoru przygotowuje sztukę do wystawienia w teatrze. Jednak w ostatniej chwili jego aktorzy pokłócili się o role i zrezygnowali. Wobec tego, Usagi i reszta dziewcząt oferują Mamoru swoją pomoc. Dołącza do nich także, zauroczona w Mamoru, Natsumi.

Z powodu kolejnego spóźnienia się do szkoły, Usagi musi zostać po lekcjach. Ten sam los spotkał także Natsumi, która rzuca głównej bohaterce wyzwanie o uczucia Mamoru. W tym samym czasie Ail wysyła kolejnego Kardiana do zbierania energii.

Ail i Anna orientują się, że drzewo Makaiju, którym się opiekują, zaczyna obumierać. Zastanawiając się co zrobić, opuszczają kilka dni nauki w szkole. Usagi wraz z Mamoru, niepokojąc się o nich, odwiedza ich w domu. Wówczas oboje wpadają w pułapkę drzewa.

Po tym, jak drzewo Makaiju obezwładniło Usagi i Mamoru, pozostałe wojowniczki postanowiły przyjść im z pomocą. Pomimo próśb i nakazów ze strony, Aila i Anny, drzewa odmówiło wypuszczenia głównych bohaterów. Po przybyciu wojowniczek drzewo wyjawiło prawdziwy cel swoich działań. Jednocześnie Książę Księżycowej Poświaty ujawnił, że w rzeczywistości jest alter ego Mamoru Chiby.

Do Tokio przybywają członkowie Rodziny Czarnego Księżyca. Mamoru i Usagi po odzyskaniu swoich wspomnień udają się wspólnie na randkę, podczas której spotykają, w dość niezwykłych okolicznościach, tajemniczą małą dziewczynkę. Twierdzi ona, że także nazywa się Usagi (Chibiusa) i szuka Srebrnego Kryształu.

Mamoru dręczą koszmary senne, w których słyszy głos mówiący mu o zagładzie świata, jeśli nadal będzie spotykał się z Usagi. Ku wielkiemu zaskoczeniu dziewczyny, Chiba nagle z nią zrywa, mówiąc, że już jej nie kocha, jednak nie wyjawiając prawdziwego powodu.

Chibiusa nadal poszukuje Srebrnego Kryształu, jednak przekonana, że nie ma go Usagi, postanawia pomieszkać przez kilka dni u Ami. Dziewczyna nie ma nic przeciw temu, ponieważ właśnie przygotowuje się do wyjazdu na nauki, na stałe do Niemiec i opuszczeniu drużyny wojowniczek.

Chibiusa, aby odebrać Srebrny Kryształ Usagi, postanawia że musi stać się silniejsza. Tymczasem dziadek Rei zaprzestał prowadzenia świątyni Hikawa i otworzył specjalny salon samoobrony dla kobiet. Mała Usagi postanawia się do niego zapisać.

Siostry Ayakashi postanawiają podwoić wysiłki w poszukiwaniu Króliczka. Ponieważ dziewczynka boi się błyskawic i piorunów, zsyłają nad Tokio burzę. Usagi jest zobligowana do odebrania Chibiusy ze szkoły po lekcjach, jednak mija się z nią po drodze.

Czekając na spotkanie wszystkich wojowniczek w parku, Minako i Makoto rozmawiają o swoich sprawach sercowych. Dochodzi pomiędzy nimi do ostrej kłótni i zerwania przyjaźni. Tymczasem Rodzina Czarnego Księżyca usiłuje zniszczyć kolejny Kryształowy Punkt w Tokio.

W szkole Chibiusy ma się odbyć impreza dla dzieci, podczas której będą przyrządzać z rodzicami curry. Ponieważ żadne z przybranych rodziców dziewczynki nie może pójść, Usagi postanawia poprosić Mamoru, by poszli we trójkę.

Rei wyjeżdża na plażę, żeby odpocząć. Kiedy pozostałe dziewczyny się o tym dowiadują, natychmiast wyruszają za nią. Relaksując się na plaży, nie zauważają, że Chibiusa zniknęła im z pola widzenia. Okazuje się, że dziewczynkę porwał prąd morski.

Mędrzec nakazuje Rubeusowi by bardziej postarał się w poszukiwaniu Króliczka. Ten powtarza to polecenie Siostrom Ayakashi. Tymczasem Usagi podsłuchuje rozmowę Chibiusy, którą prowadzi za pomocą Luny Gumy. Wówczas, Kermisite, Bertherite, Petzite i Kalaverite odnajdują dziewczynkę i atakują ją.

Usagi zauważa, jak Mamoru spotkał się z inną dziewczyną. Jest z tego powodu bardzo smutna. Tymczasem siostry Ayakashi postanawiają wysłać następnego droida – Akumudę, która pogrąży wojowniczki w snach, z których nie da się wybudzić.

Rubeus wysyła Kermisite, by sprawdziła czy w świątyni Hikawa nie pojawi się Króliczek. Kiedy Chibiusa się tam zjawia, Rei rzuca staje do walki przeciw Kermesite. Wkrótce potem przybywa także Rubeus, wyjawiając Kermesite, że wykonała za niego brudną robotę i jest już niepotrzebna. Zrozpaczona Kermesite, poddaje się działaniu Srebrnego Kryształu i staje się zwykłą kobietą.

Rodzina Czarnego Księżyca uznaje zachowanie Kermesite za zdradę. Stwierdzają, że kolejny Kryształowy Punkt leży w budynku, w którym organizowane są zawodu szachowe. Bertherite decyduje się wziąć w nich udział i spotyka się w finałowej rozgrywce z Ami. Po porażce pozostałe siostry Ayakashi, stwierdzają, że Bertherite jest zbędna. Zrozpaczona dziewczyna, po namowach Kermesite, poddaje się działaniu Srebrnego Kryształu i staje się zwykłą kobietą.

Mędrzec ostrzega Rubeusa, że jego kolejne porażki pogrążą go. Ten wysyła Peztite i Kalaverite, aby rozprawiły się z dwiema siostrami, które jego zdaniem zdradziły Bractwo Czarnego Księżyca. Petzite i Kalaverite porywają swoje siostry, czym zmuszają do interwencji Czarodziejki. Po skończonej walce, obie poddają się działaniu Srebrnego Kryształu i stają się zwykłymi kobietami.

Po tym, jak Chibiusa poznała prawdziwe tożsamości Czarodziejek, zastanawia się czy nie odebrać Usagi Srebrnego Kryształu. Początkowo ma wątpliwości, ale ostatecznie go zabiera. Tymczasem Rubeus, mając ostatnią szansę, aby wykazać się skutecznością, porywa cztery pozostałe wojowniczki.

Po odzyskaniu broszki przemiany, Usagi decyduje się sama uratować swoje przyjaciółki. Niespodziewanie, wraz z nią, na ratunek spieszy Chibiusa. Po finałowej walce Rubeus ginie w wyniku wybuchu statku kosmicznego, na którym się znajdował.

Po wydarzeniach na statku kosmicznym, Chibiusa zapada w sen, w którym jest uwięziona. Czuwającym przy jej łóżku dziewczynom, ukazuje się Czarodziejka z Plutona, która okazuje się być przyjaciółką Chibiusy. Prosi wojowniczki, by pomogli dziewczynce, ponieważ do jej umysłu wdarła się moc Czarnego Kryształu.

Po niepowodzeniach i śmierci Rubeusa, jego obowiązki przejmuje Esmeralda. Z rozkazu lidera Rodziny Czarnego Księżyca – księcia Diamanda, ma ona otworzyć Bramę Ciemności, która umożliwi przesłanie na Ziemię energii Czarnego Kryształu. Pierwszym celem Esmeraldy staje się cukiernia.

Usagi zaczynają dręczyć te same koszmary, które śniły się wcześniej Mamoru, dzięki czemu zaczyna ona rozumieć powód zerwania. Tymczasem Esmeralda planuje wykorzystać popularność miłosnych bransoletek szczęścia, by przyspieszyć otwarcie Bramy Ciemności. Po zakończeniu walki, Usagi i Mamoru godzą się.

W Tokio panuje epidemia grypy. Chorobą zostają dotknięte także wszystkie wojowniczki, z wyjątkiem Minako. Dziewczyna stara się opiekować pozostałymi Czarodziejkami. Okazuje się, że epidemia jest skutkiem działań Esmeraldy, która wykorzystuje szpital, by rozpowszechnić mroczną energię.

Artemis, urażony przez Lunę, postanawia samodzielnie wytropić siedzibę wroga. Natrafia wówczas na podejrzane schroniska dla zwierząt, gdzie, jak się później okazuje, Rodzina Czarnego Księżyca planowała otworzyć Bramę Ciemności.

Esmeralda rozsiewa Mroczną Energię w szkole, do której Ami chodzi na zajęcia dodatkowe. Z tego powodu, wszyscy uczniowie podejrzewają, że dziewczyna ściągała na egzaminach.

Chibiusa, z powodu choroby musi pozostawać w domu, przez co czuje się samotna. Tymczasem Esmeralda postanawia znacznie przyspieszyć otwarcie Bramy Ciemności. W tym celu chce utworzyć dwa przekaźniki Mrocznej Energii jednocześnie.

W wyniku ostatnich działań Bractwa Czarnego Księżyca, Usagi i reszta wojowniczek decydują się wyruszyć, razem z Chibiusą, do przyszłości. Składają jej obietnice, że uratują jej mamę. Podczas podróży w czasie, spotykają na drodze Czarodziejkę z Plutona.

Po przybyciu do przyszłości, Czarodziejki napotykają holograficzny obraz króla Endymiona. Okazuje się, on być Mamoru Chibą z przyszłości, a także ojcem Chibiusy i mężem królowej Serenity (Usagi z przyszłości). Krótko po tej rozmowie, książę Diamand porywa Czarodziejkę z Księżyca.

Czarodziejka z Księżyca usiłuje użyć mocy Srebrnego Kryształu, by przebudzić Królową Serenity. Kiedy to się nie udaje, zrozpaczona Chibiusa ucieka z zamku i trafia wprost na czekającego na nią Mędrca. Tymczasem Esmeralda wykorzystuje otrzymaną od Mędrca moc, do walki z wojowniczkami, jednak moc obraca się przeciw niej samej.

Mędrzec wykorzystuje poczucie winy Chibiusy, spowodowane zniknięciem Srebrnego Kryształu z przyszłości, by odwrócić jej uczucia i przeciągnąć ją na swoją stronę. Gdy to się udaje, Chibiusa staje się Czarną Damą, która wraca do przeszłości, by przelać tam moc Czarnego Kryształu.

Saphir poznaje plany Mędrca, który wcale nie planuje pomóc Rodzinie Czarnego Księżyca. Saphir chce poinformować o tym brata – księcia Diamanda, lecz, będąc rannym, udaje się na Ziemię. Otrzymuje tam pomoc od sióstr Ayakashi, a także od Czarodziejek. Ponownie usiłuje powiadomić brata o zdradzie Mędrca, jednak zostaje przez niego zabity, na oczach Diamanda.

Po śmierci Saphira, Diamand nie ufa już Mędrcowi. Czarodziejki udają się na rozstrzygającą walkę z Rodziną Czarnego Księżyca. Początkowo Diamand walczy z Czarodziejką z Księżyca, jednak po rozmowie z nią, przeciwstawia się Mędrcowi. Po walce z nim, ginie z jego ręki.

Drużyna Czarodziejek staje naprzeciw Czarnej Damy i usiłuje przywrócić jej dawną postać. Udaje się to dzięki mocy Srebrnego Kryształu i wspomnieniom. Okazuje się, także że Srebrny Kryształ z przyszłości był przez cały czas wewnątrz Chibiusy. Kiedy udaje się go odzyskać Czarodziejki postanawiają zniszczyć Mędrca, który przedstawia się jako Fantom Śmierci.

Jest to odcinek specjalny, w którym zapowiedziano, a także przedstawiono sceny z nowej serii.