ちびうさは、一本の角と美しい翼を持つ白馬・ペガサスの夢を見た。そしてペガサスの呼びかける声に、ちびうさはなぜか心を揺さぶられた。その頃、数世紀ぶりに東京で皆既日食が観測される。東京が暗闇に閉ざされたその隙に、新たな敵デッドムーン・サーカスが出現していた。

新たな敵、デッドムーンは世界征服の野望のために、美しい夢の中に住むペガサスを探していた。アマゾン・トリオのタイガーズ・アイが狙う次のターゲットは、元基の恋人のレイカだった。レイカはこれまでの研究が認められて、ヨーロッパに行くことを勧められていたが……。

うさぎとちびうさが、育子ママの作ったレモンパイを巡って大ゲンカ。ちびうさに甘い育子ママに、うさぎは怒って家を飛び出してしまう。ホークス・アイが捕らえた新たなターゲットは、なんと育子ママ。セーラームーンは育子ママを救おうとするが必殺技が通じない！

失敗続きのアマゾン・トリオは焦っていた。タイガーズ・アイは、なるを次のターゲットに。ペガサスをおびき出すために余命３ヶ月と偽って、なるに近づくタイガーズ・アイ。なるに迫る危機にセーラームーンが駆けつけた。そして、ちびうさの呼びかけにペガサスが現われ……｡

衛の高校時代からの同級生、沙織に、うさぎを恋人だと紹介する衛。だが、沙織は本気にしない。沙織の様子から、衛のことが好きなのではないかと疑うちびうさ。もし、衛がうさぎと結ばれなかったら、自分の存在が消えてしまう。そんなちびうさの不安は的中してしまい……。

アルテミスの元気がない。原因は、アルテミスが十番教会のシスターに見とれていたと、ルナに言われてしまったからだ。落ち込むアルテミスの前に、突然しゃべる子猫のダイアナが出現。ダイアナから「お父さま」と呼ばれたところをルナに見られて、すっかり嫌われてしまう。

ベストセラー小説『月夜の天馬』の作者はまことの親友、高瀬智子だった。うさぎたちは、智子のサインをもらうために智子の家に向かう。しかし、智子はスランプで小説が書けなくなっていた。そんな智子のところに、タイガーズ・アイが現われた。

タイガーズ・アイは、誰の影の中にも入ることのできるレムレスを使い、ペガサスを宿主から追い出し捕まえようと考えた。タイガーズ・アイの狙いはちびうさの学校の美術教師の森野。ちびうさは、襲われた森野を助けるためペガサスを呼ぶが、ペガサスの影にレムレスが進入し……。

衛の部屋で勉強するうさぎたち。しかしダイアナの勘違いにより衛の部屋が使用不能になってしまった。大学のレポートを仕上げなければならない衛は、レイの家に行くことになる。うさぎは、衛とレイが昔つき合っていたことを心配して、忍者の姿でレイの家に忍び込むが……。

ちびうさは、美しい妖精のイラストが描かれた本に夢中になり、その作者の北方と知り合う。本に描かれた花はペガサスの世界の植物に似ているらしい。翌日、北方を訪ねたちびうさは、フィッシュ・アイの化けた不思議な女の子と遊ぶ北方を目撃する。以後、北方は人が変わって……。

亜美は、衛がキレイな女性と一緒にいるところを見かけて、浮気と勘違い。しかし、その女性は小さな自動車修理工場のオーナーのなつみだった。なつみの夢は、若くして亡くなった夫との想い出のクラシックカーを修理して走らせること。そんななつみの夢をホークス・アイが狙う！

天下一刀流の秋山チハルは、鉄橋下の川原にテントを張り、日本一の剣士になる修行を続けていた。もっと強くなりたいと思っているちびうさは、ミハルをうさぎの部屋に下宿させることにする。翌日、ミハルがひとりの女性に打ちのめされていた。その女性はミハルの母だという……。

人気デザイナーの碓氷芳樹は商店街にお店を開店することになった。しかし、碓氷はデザインのことで悩んでいた。新しいイメージを求めていた碓氷は、街で見かけたひとりの美少年に目を奪われた。美少年は碓氷の事務所でワガママ放題。助手やスタッフを追い出してしまった！

うさぎは美奈子が見知らぬ美青年とデートしている現場を目撃した。しかも、どうやら美奈子は２人の青年にフタマタを掛けているらしい。ところが、美奈子に近づいていたのはタイガーズ・アイとホークス・アイ。どちらが先にターゲットの美奈子をモノにするかを競い合っていた。

大きな屋敷にひとりで住むマヤ子は、疑い深いことで有名なおばさん。傘を差し出した衛さえ、地上げ屋の仲間扱い。しかし、びしょ濡れのダイアナには親切だったという。しかも、ひとり暮らしなのに、食事の用意は２人分。ちびうさは、怪しいとにらんで調査に向かうが……。

うさぎたちは、進悟を連れて夏の海辺に遊びにきていた。衛は大学の研究があるので、ボディーガード代わりにに連れてきていたのだ。うさぎにいいように使われて面白くない進悟だが、亜美だけは優しくしてくれるのが嬉しかった。そんな亜美にタイガーズ・アイが近づき……。

うさぎとちびうさはプリマドンナを夢見て、『ジゼル』公演が近い山岸バレエ団の団員募集に応募した。うさぎたち初心者を熱心に指導する山岸だが、なぜかプリマの桐子には厳しい。そんな山岸の夢の鏡を狙うフィッシュ・アイは、山岸を魅了して、プリマ役を奪ってしまう。

うさぎとちびうさは、おつかいの途中で浮世離れした不思議な雰囲気の女性に出会った。結局、うさぎたちはその女性と祭り見物をすることになってしまった。じつは、その女性はアメジスト王国のルビーナ王女。そんなルビーナをデッドムーンのホークス・アイが付け狙っていた。

衛の大学の学園祭に、うさぎたちは遊びに出かけた。その学園祭のダンスパーティが、数々の出会いを生み出したと聞き、うさぎたちもダンスを楽しんでいた。そこへタイガーズ・アイが現われて、まことにダンスを申し込む。一途なまことは、逆にダンスを申し込むが……。

ターゲットの衛を一目見たフィッシュ・アイはすっかり衛に魅了されてしまうが、衛に拒絶され、夢を持っていない自分たちの存在に疑問を感じてしまう。そして、ジルコニアに呼び出されたアマゾン・トリオは、次に失敗したら二度と人間の姿には戻れなくなると脅されてしまった。

次の新月までにペガサスを見つけなければ、元の醜い姿に戻ってしまう！うさぎの家にやってきたフィッシュ・アイは、うさぎがセーラームーンだと気付くが、ジルコニアはペガサスの宿主がうさぎだと勘違いし、ホークス・アイにうさぎを狙うよう指令を下してしまった。

デッドムーンサーカスがいよいよ開幕。うさぎたちの前に、不思議な少女たちが現われ、その少女のひとりが、ちびうさのクラスメートの桃にデッドムーンサーカスのチケットをプレゼントしてくれた。桃は、ちびうさやうさぎたちを誘って、デッドムーンサーカスへ出かけるが……。

亜美はパソコン通信で聞いた美しい音楽に影響されて、そのメロディに合う詩を書いていた。ある日、ダイアナがその作曲者・西野利幸を見つけ出した。亜美は、うさぎたちと一緒に西野のピアノ教室へ行くことに。そこに、西野の夢の鏡を狙ってベスベスが現われた。

火川神社はレイ目当ての参拝客が毎日押し寄せるようになった。そんなレイに憧れて、馬場ナナ子という少女が巫女になりたいとやってきた。ナナ子とレイの神秘の巫女姉妹になって、ますます繁盛する火川神社。しかし、ナナ子は夢を捨てて巫女になりたいのだというのが……。

うさぎとちびうさは、甘いモノが大好き。しかし、歯磨きをきちんとしなかったので、すっかり虫歯になってしまい、ちびうさと２人で歯医者に行くはめに。その頃、十番街では新しく出来た歯医者が大繁盛。だが、そこはパラパラが美しい夢を探すために作った歯医者だった。

桃たちが卒園した本城保育園でバザーが開かれる。うさぎたちも、保育園の園長の本城目当てにバザーに参加するが、本城を巡って、まことと美奈子が対立。家庭的なまことに負けまいと、美奈子もがんばろうとするが、すべて空回り。そのバザー会場にセレセレが現れ……。

跳び箱が苦手なちびうさのために衛やまことたちは、跳び箱のコーチをすることにした。ちびうさのクラスメートで、スポーツ万能の九助も、小さい頃のトラウマで跳び箱が苦手だった。そんな九助の前にジュンジュンが現われて、跳び箱のコーチをしてやろうと持ちかけてきた。

うさぎとちびうさは、公園で似顔絵を描いている画家のカモイと出会う。カモイは似顔絵を本人そっくりに描きすぎるために、客と言い合いになって商売にならない。お金より芸術家として名を残すことがカモイの夢らしい。そんなカモイの夢を狙って、セレセレが公園にやってきた。

いつか自分が作った飛行機で空を飛ぶことが、ちびうさの隣のクラスの広木の夢。広木の飛行機が飛ぶところを見たいというペガサス。ちびうさはスタリオン・レーヴをバスケットに入れて、広木が飛行機を飛ばす空き地にやってきた。広木は失敗するが、九助の言葉に広木は……。

パラパラが公園に子供たちを集めて、まとめてゴールデンミラーを探していた。セーラームーンとセーラーちびムーンが現われてパラパラに挑む。しかし、パラパラの質問に答えてしまったせいで、ちびムーンが大人に、セーラームーンが子供になってしまった！

ペガサスの世界エリュシオンのことを知り、ペガサスと心を通わせ始めたちびうさは、夢の中でペガサスとのデートを楽しんでいた。うさぎは、最近のちびうさの様子が変だとレイたちに相談。ボーイフレンドがいるからだという結論になり、ちびうさにそれとなく探りを入れる。

美奈子は、みんなを成人式準備のボランティアに誘った。会場の設営をしていたうさぎたちは、不思議な４人の少女たちと出会い、少女たちと協力して、見事に成人式会場を作り上げた。しかし、この少女たちは成人式の意味を知らない上に、大人になるのもイヤだという。

不思議な蜘蛛の糸に触れた衛の身体に異変が起きた。ネヘレニアがペガサスを見つけるために蜘蛛の糸を放ち、暗闇を作り出そうとしていたのだ。やがて蜘蛛の巣に覆われて、十番街が闇に包まれ、邪悪な気が町中を満たした。そして、その中心にデッドムーンサーカスのテントが……。

世界が闇に閉ざされ、ペガサスがついにうさぎたちにその正体を明かす。額のゴールデンクリスタルを解き放つことができなければ、世界は滅びるのだという。一方、衛の身体はデッドムーンの闇に侵され苦しんでいた。地上が闇に覆われることで、衛の身体も蝕まれていくのだ。

ちびうさはジルコニアに捕らえられ、セーラー戦士たちは、ちびムーンを探してデッドムーンサーカスをさまよう。その頃、鏡の世界に取り込まれたちびムーンは、囚われのエリオスを見つける。そこにネヘレニアが現われ、エリオスとゴールデンクリスタルの伝説を語りはじめた。

永遠の新月が始まってしまった。ネヘレニアは、ちびムーンの命と引き替えにペガサスがエリオスの身体に戻ることを要求する。そして、ちびムーンとエリオスの絆の強さを見せつけられたネヘレニアは、無理矢理エリオスのゴールデンクリスタルを奪い取ってしまう！

ネヘレニアが封印を破り、ついに現実世界に現われた。エリオスは消滅し、ちびムーンも呪いにより永遠の眠りに。地上はまさに壊滅の時を迎える。ネヘレニアは、真の月の女王を名乗り、世界すべてを闇に包み人々を深い眠りに陥らせ、セーラー戦士も全滅の危機を迎える。

ゴールデンクリスタルは輝きを取り戻すが、ネヘレニアは最後の力を振り絞り、ちびムーンを奪い去ってしまう。セーラームーンは、ひとりでネヘレニアを追う。しかしそこには、すっかり年老いてしまったネヘレニアの姿が。そして、ちびムーンを天空高くから突き落としてしまう！