Ами, Рэй, Макото и Минако случайно встречаются в ходе прослушивания на роль в фильме, но вмешательство монстра, посланного Эйлом и Анной, вынуждает Луну пробудить их воспоминания, чтобы они смогли противостоять новой угрозе.

Посланец инопланетян нападает на Синодзаки, друга детства Макото, так что ей приходится защищать его. Усаги безнадёжно пытается заставить Мамору всё вспомнить, даже пробудить в нем Такседо Маска. Наконец-то появляется новый загадочный герой-союзник, его зовут Рыцарь Лунного Света.

Усаги вместе с отцом и братом отправляется в аркадный центр виртуальной реальности, который является новой атакой инопланетян. Но в самый важный момент боя, силы Усаги дают сбой, не давая победить врага.

Во время любования цветением вишни демон нападает на Усаги и её друзей. Королева Серенити соединяет Серебряный Кристалл с медальоном Усаги, что и даёт ей новую силу.

Минако знакомится с девочкой из детского сада, которая считает своим кумиром Сейлор Мун. В это время Эйл и Анна решают, что энергия детей наиболее подходящая для них.

После атаки на ясли, Усаги и Мамору вынуждены присматривать за малышом, мама которого пострадала, закрыв сына собой.

Рей пишет песню для предстоящего школьного праздника. Эйл и Анна решают набрать энергии именно на этом событии, но сами невольно становятся участниками конкурсов.

Макото пытается привлечь к себе внимание Эйла, предлагая ему коробку с едой, тем самым вызывая раздражение у Анны.

Университетские друзья Мамору решили поставить спектакль "Белоснежка и семь гномов", но в итоге все участники поссорились, так что только Усаги и её подруги могут спасти положение. Анна надеется, что если она получит роль Белоснежки, то Мамору в роли принца поцелует её. Эйл ревнует и атакует представление с помощью демона.

Усаги и Анна остаются после занятий из-за того, что Усаги ела во время урока, а Анна наговорила непонятных слов на своем языке учительнице. В наказание им нужно выполнить задание по английскому, и они решают его сделать наперегонки, а победительнице достанется Мамору. Анне не хватает сил, и она пытается забрать энергию у Усаги. А тем временем воины вновь сражаются с картой Эйла.

На фестивале «Сейлор Мун» демон Ямандака забирает у людей энергию. Сама Усаги отправляется в дом к Седжуро и Нацуми, а Эйл и Анна отправляют Усаги в комнату, где Дерево Тёмного Мира берёт у неё энергию.

Дерево Тёмного Мира берёт энергию у Усаги и Мамору. Туда же проникают остальные Воины в Матросках, но Эйл и Анна пытаются их убить. Эйл и Анна узнают, что Усаги Цукино это Сэйлор Мун. Тогда Анна пытается проучить Сэйлор Мун, но Мамору жертвует собой, чтобы спасти Усаги. Рыцарь Лунного света пытался заставить раскрыть сердца Эйла и Анны, а дерево разозлилось. Анна жертвует собой, закрыв Эйла от ветви разъяренного Дерева, и признается ему в Любви. Дерево Тёмного Мира рассказывает свою историю. По просьбе дерева, Сейлор Мун очищает его своей силой любви и оно возрождается. Рыцарь Лунного света поведал Усаги о том, что он двойник Мамору, и на прощание пробудил память Мамору. Эйл и Анна забирают росток дерева на другую планету.

Во время свидания на Усаги и Мамору с неба сваливается девочка,представившаяся как Усаги. Она намеревается заполучить Серебряный Кристалл.А в это же время в Токио появляется космический корабль: Рубеус и сёстры преследовательницы собираются убить Малышку и уничтожить Серебряный Кристалл.

Мамору рвёт отношения с Усаги. Бертерайт распространила по ветру рекламу косметики, и буклет нашла Усаги. Она пошла в магазин косметики и там встречает ещё одного врага.

Ами должна улететь учиться в Германию. Девочки готовят ей прощальную вечеринку. Луна и Артемис дают воинам новые талисманы. Усаги снится сон, где Ами уходит, а вместе с ней и Мамору. Малышка и Мамору приезжают в аэропорт, чтобы попрощаться с Ами, и отдают ей прощальный подарок. Ами получает новую силу и спасает всех от гибели.

Дедушка Рэй и Юичиро устраивают изящную самооборону для красоты и здоровья девушкам. На них нападают враги. После того, как Сейлор Мун убила Демона, Кермесайт решает убить её, но Рей получает новую силу.

Демон устраивает грозу, пытаясь выманить Малышку, которая боится грома. Выясняется, что Малышка прибыла из другого времени. Серебряный кристалл нужен ей, чтобы спасти родителей. Воины в матросках пытаются выяснить подробности, но Малышка ничего им не говорит.

Усаги и Малышка, а также Макото с Минако нашли время ссорятся. При этом Минако мечтает найти парня, похожего на Алана. Когда Петсайт и Калаверайт, не веря о любви, посылают своего демона на них. Макото и Минако помирились своими новыми силами. Петсайт и Калаверайт отступают, а Сэйлор Мун уничтожила Демона. В конце Рэй и Усаги поссорились.

Наступает праздник Карри, но Малышка не умеет его готовить, Мамору тоже, и Усаги начинает учиться его готовить.

Девочки отправляются отдыхать на дальний остров. Малышка, отплывает далеко и начинает тонуть, её спасает динозаврик. Тем временем Усаги и её подруги ищут Малышку по морю до самого острова с вулканом.

Малышка описалась в постель, а Усаги набросилась за это на неё. Малышка расстроена этим и хочет вернуться в будущее, но её находят враги.

Мамору снится страшный сон о том, что с принцессой Серенити произойдёт нечто ужасное. Враги с помощью демона усыпляют Сейлор Мун. Луна спешит на помощь к Мамору. Потому что никто кроме него не может разбудить Сейлор Мун.

Кермесайт отправляется в часовню Хикава за Малышкой. Рей предстала перед Кермесайтом Сэйлор Марсом, и они противостоят друг другу. От этого пострадали Юичиро и сама Марс. Воины в Матросках обезвреживают Кермесайт. В конце серии Сейлор Мун исцеляет Кермесайт, и та превращается в человека.

Бертерайт отправляется в шахматный клуб, и выходит в финал шахматного турнира с Ами, которая выигрывает. Помешательство Такседо Маска Бертерайту победить Воинов в Матросках заставило обеих сестёр предать её. Но Кермесайт перемирила свою сестру. Бертерайт становится человеком.

Калаверайт и Петсайт устраивают засаду воинам в матросках. Малышка узнает кто на самом деле Сейлор Мун и остальные воины Калаверайт и Петсайт становятся людьми.

Малышка Усаги украла брошь с серебряным кристаллом, и хотела вернуться в будущее. Но на неё напал Рубеус. Воины в Матросках пытались защитить её, и сами попали в руки Рубеуса.

Усаги и Малышка оказались на НЛО Рубеуса. Тот использовал Сэйлор Мун, как лягушку. Но Сейлор Мун не сдаётся, пыталась очистить Рубеуса от злых чар Чёрного Кристалла, нежели без серебряного кристалла. Зато Малышка обезвредила усилитель их врага. Девочки освободили воительниц. Но Рубеус создал пожар на своём корабле. Воины в Матросках вместе с Малышкой телепортировались обратно на Землю, а Рубеус был изгнан Изумрудом. Он погиб на этом корабле и его прах развеялся по космосу.

После гибели Рубеуса, этим делом начали заниматься Изумруд, Сапфир и Принц Алмаз: они выпускают чёрный кристалл так, чтобы демон вторгся в прошлое малышки. Воины в матросках уложили малышку в постель. В этой серии впервые появляется Сейлор Плутон. Воины в матросках в сознании малышки воспользовались ситуацией - Сейлор Мун уничтожает демона, потом они провожают малышку до её мамы.

Теперь Изумруд создаёт демонов. Она создала демона, который превращают людей в пирожные.

Усаги чуть не опоздала в школу. Юмино и Нару рассказывают ей про браслет желаний. Изумруд посылает Удеринг в магазин браслетов желания, та маскируется под учительницу для этого задания. Усаги снится сон, в котором они с Мамору поженились, но весь мир рушится, а чей-то угрожающий голос говорит Мамору, что Принцесса Серенити умрёт. Усаги идет к Мамору. Он говорит ей правду о вещих снах. Усаги выясняет, что Мамору притворялся равнодушным, чтобы защитить ее. В это время у друзей и одноклассников Усаги активируются браслеты желаний, зараженные тёмной силой. Сейлор Мун, Такседо Маск и воины в матросках останавливают врага, обезвреживают его вражеские кольца-обруча - «Браслет кошмара», «Кольцо одиночества», самые сильные Олимпийские кольца. Сейлор Мун побеждает врага. Воины решают защитить хрустальный Токио. А Усаги и Мамору снова вместе.

Изумруд насылает эпидемию гриппа на Токио. Заболели все, кроме Минако и Артемиса. Минако действует в роли медсестры, чтобы «вылечить» своих лучших подруг и их семьи. Она действует неумело и поэтому устраивает беспорядок в домах больных. Минако с Артемисом и Малышкой отправляются в больницу за лекарствами, где их ожидает демон «Гриппа». На помощь им приходит Такседо Маск и Воины в Матросках. После победы над демоном все выздоравливают, а Артемис и Минако заболевают. Усаги и Малышка навещают их.

Артемис убегает от погони повара и попадает в разные приключения. Изумруд направляет тёмную силу на кошек и собак, но Сейлор Мун обезвреживает тёмную силу.

Изумруд принимает ванну, и к ней вламывается Сапфир. Она подозвала демона-Сомнения в частную школу Ами, где все их студенты говорили, будто Ами «списывала на экзамене» и сомневались в ней. Ами в одиночестве предстала Сейлор Меркурием перед демоном-Сомнения, которая пытается применить на неё дух раздора, как обманщицу, чтобы та обманула Воинов в Матросках. Воины в Матросках заставили Сэйлора Меркурия доказывать обратное.

Новой целью Изумруд становится школа, в которой учится Малышка, в результате чего на девочку нападают её одноклассники и учительница. После того, как Сейлор Мун и остальные вызволили её из передряг, Малышка решает отправиться в будущее, чтобы встретиться с опасностью лицом к лицу.

Малышка, Воины в Матросках и Такседо Маск отправляются в будущее. Они встречают Сейлора Плутона, которая провожает их и маленькую Леди через врата пространства времени. Об этом узнают Братья, Изумруд и Мудрец. Изумруд препятствует Сэйлор Воинам на пути и они теряются в пространстве. Изумруд посылает демона Лаквесс за Малышкой, которая сначала принимет её за «свою маму». Воины выбираются из лабиринта, добираются до Малышки. Воины просто так не могут уничтожить врага - он управляет временем. Они решают уничтожить ее единой атакой всех пяти планет, им помогает малышка: она направляет луч в цель врага. Такседо Маск спасает малышку. Воины побеждают.

Воины обнаруживают Хрустальный Токио в будущем - в тридцатом веке. Появляется Король Эндимион. Вспомнив о Кошмаре с тем, что с Усаги или с Серенити произойдёт ужасное, Такседо Маск спросил «Кто ты такой!» и, проскочил сквозь Эндимиона - «Мамору» из будущего - по словам Сэйлор Мун. Настоящий Эндимион был в другом месте (он был ранен), «второй» Эндимион стал рассказывать сказки Воинам в Матросках - Историю Тёмной Луны и Менезисе - 11-й планете солнечной системы, о новой королеве Серенити, и о том, что 4 стража - это Воины в Матросках из будущего, Сейлор Мун - это королева Серенити, а Малышка - её будущая дочь. Принц Алмаз захватывает Сейлор Мун, та превращается в Принцессу Серенити, но Такседо Маск освобождает её.

Король Эндимион привёл всех Воинов в Матроскх к Королеве Серенити. Сэйлор Мун пыталась пробудить принцессу Серебряным Кристаллом, но никакой реакции. Неожиданно Малышка во дворе Хрустального дворца Папы и Мамы была захвачена Мудрецом, и тот раскрыл её тайну о том, как она взяла серебряный кристалл и спрятала в её тело, и вот почему на лбу появляется полумесяц. Тем временем, Изумруд хотела, чтобы Принц Алмаз любил её и отправилась за советом к Мудрецу даровать у него большую силу, и воспользовалась тёмным кристаллом, чтобы стать королевой. Но она ошибается!

Малышка была у мудреца, которого воины в матросках не знали, где она, а мудрец промывает мозги малышки до плаксы, как Усаги, что её никто не любит, а Мудрец словами «Возненавидь этот мир!» превращает её в тёмную Леди. Теперь Тёмная леди, вместо Изумруда, вместе с Принцем Алмазом отправляется в 1994 год, где они разводят тёмные врата. Когда Сейлор Мун берёт силу серебряного кристалла тёмной Леди, Мудрец приказывает ей «Возненавидь их ещё сильнее!».

Сапфир был прав, что этот негодяй Мудрец обманывает принца Алмаза и пытается остановить его: он вытащил процессор Тёмного кристалла. За это Мудрец пытается убить предателя, но раненый Сапфир бежал на Землю, где его подобрала Петсайт - его возлюбленная. Мудрец дал совет Принцу Алмазу (тот не верил в предательство своего брата) и Тёмной Леди найти Сапфира и вернуть процессор обратно, что последняя так и сделала.

Тёмные врата стал большим. Усаги с Нару договариваются встретится завтра в школе. Принц Алмаз не простил Мудреца за убийство своего брата Сапфира. Воины в матросках проникают в тёмные врата. Принц Алмаз заставляет Сейлор Мун поцеловать его. Но она открывает глаза Алмазу на обман Мудреца. Принц Алмаз пытается убить своего предателя - призрака смерти Мудреца. Защищая Сейлор Мун он получает смертельное ранение. Мудрец пытается отнять Серебряный кристалл у Сэйлор Мун и лгать ей, но она не поддается тёмной силе. Такседо Маск спасает Сэйлор Мун от смерти и вместе с Воинами в Матросках идут к тёмным вратам.

Тёмная Леди хотела открыть Тёмные врата, но Воины в Матросках помешали ей. А Сэйлор Мун превратилась в новую Принцессу Серенити, и она с помощью серебряного кристалла, вместе с Такседо Маском, отчистили тёмные чары Тёмной леди, и она стала малышкой. Мудрец открыл Тёмные врата, и пытался разрушить мир и погрузить его во тьму. Но Сэйлор Мун пыталась уничтожить призрака смерти. Малышка признала всем свою вину, и тогда у неё тоже появился серебряный кристалл и платье принцессы. Воины в матросках вместе уничтожили призрака смерти и тёмный кристалл. Земля и Немезис спасены. Малышка попрощалась с девочками и Мамору, и вернулась домой в хрустальный Токио к своим родителям.

Серия начинается с разъяснения, что это спешл. Происходит небольшое анонсирование предстоящего сезона в виде разговора Усаги, Ами, Рэй, Макото и Минако. Также извечная ссора между Рэй и Усаги за главную роль в аниме.