なるが、人気アイドル白鳥みかん主演ドラマのオーディションを受けることになった。なるに誘われてテレビ局へ行ったうさぎは、そこで亜美やレイたち、いまだに記憶を失ったままのセーラー戦士と再会するがオーディション資格のないうさぎだけは会場に入れない。しかし、そのオーディションは、すでにエイルとアンが乗っ取っていた。亜美たちからエナジーを吸い取るカーディアン。その時、意を決したルナがみんなに語りかける！

まことの幼なじみ篠崎が、カーディアンに襲われて重傷を負ってしまった。自分のために犠牲になった篠崎のために輸血をするまこと。一方ルナは、最近出没する謎の敵について話し合うために、火川神社にセーラー戦士を集めていた。その頃、夏美は衛にひとめぼれしてしまい、うさぎは銀河星十郎から告白されてしまう。突然の告白にドギマギするうさぎ。しかし、そのときカーディアンの出現場所を、レイの祈とうがつきとめた！

うさぎは十番町にオープンしたバーチャルリアリティ・シアターで衛、銀河兄妹とひょんなことからダブルデートをすることに。しかし、そこにカーディアンが現われ、人々からエナジーを吸い取り始めてしまう。うさぎは変身して戦うが、ムーン・ティアラ・アクションが作動しない！カーディアンに追い詰められるセーラームーン。そのとき“月影の騎士”が現われた！セーラームーンは、衛と月影の騎士が同時に存在することに混乱する。

うさぎたちは、桜田先生やなる、夏美と花見に。おいしいお弁当を食べて楽しいひとときを過ごすうさぎたち。しかし、そこへカーディアンが出現し、なるや桜田先生からエナジーを奪っていく。さらにレイや亜美たちもとらわれてしまい、セーラームーンはひとりで戦うが、やはりティアラは飛ばない。戦う武器のないセーラームーンは追い詰められカーディアンにつかまってしまう。すると、セーラームーンの変身までもが解けてしまった！

美奈子は、いじめられていた幼稚園児のミエを助けたことから友達になった。そしてセーラームーンが本当にいるということを信じているミエのために、美奈子は幼稚園へ行き、ほかの園児たちにセーラームーンはいると力説する。一方で、幼稚園バスを襲うカーディアンの出現が頻発していた。うさぎはバスに乗り込むため、幼稚園の先生に変身。そして、うさぎが乗ったバスには、美奈子とミエも乗っていた。

エイルとアンが狙う次の標的は、新鮮な生命エネルギーに満ちた幼児だった。そして保育園がカーディアンに襲われ、たまたま事件現場にいあわせたうさぎと衛は、エナジーを奪われて入院中の母親に代わり、赤ちゃんの面倒をみることになってしまう。はじめての子守りでやることなすこと失敗ばかりのうさぎだが、衛の部屋で、赤ちゃんの世話を楽しんでいた。しかしそのとき、別の保育園にもカーディアンが現われたとの連絡が…。

レイの通うＴ．Ａ女学院の文化祭がはじまった。実行委員長でステージにも出演するレイは大忙し。そして文化祭の当日、うさぎたちも学園にやってきて、いろいろな出店を楽しんでいた。やがて体育館でレイのステージがはじまった。自作の歌を歌い始めるレイ。しかし、そこへエイルとアンが送り出したカーディアンが出現。会場にいた人々からエナジーを奪い始め、レイもカーディアンにつかまってしまった！

セーラー戦士がピンチになると、どこからともなく現われる月影の騎士。亜美とまことは、その正体について考えを巡らせていた。まことは、その人間離れした身のこなしを目撃し、星十郎こそが月影の騎士だと思い接近する。だが、まことは星十郎に一目ぼれして、猛烈アタックを開始してしまう。まことは手作りのお弁当を星十郎に渡し、自分の想いをぶつける。しかし、まこととデートをする星十郎のところにアンが現われた！

衛が十番ホールで演劇をすることになって、うさぎたちも手伝うことになった。うさぎの提案で演目は白雪姫に決定。しかし、衛の相手役になる白雪姫役を誰が演じるかで大騒ぎ。そんな時、ひそかに白雪姫役を狙う夏美が、あみだくじで決めるべきだと提案。くじの結果で夏美が白雪姫に決まった。実は夏美がくじに細工していたのだ。しかし、そのことを聞きつけたエイルはエナジーを集めるため、カーディアンを十番ホールに送り出し…。

うさぎと夏美は、ただでさえ不機嫌な桜田先生の機嫌をそこねて、放課後居残り授業を受けるはめになった。しかし、そのころ桜田先生は恋人からのデートの誘いを受けてふたりのことを忘れて帰ってしまう。そうとは知らないうさぎと夏美は、衛をかけて問題の早解き勝負をすることに。そのころ、エイルが衛を襲うためにカーディアンを呼び出した。しかし、カーディアンはエイルの言うことを聞かずに勝手な行動を始めてしまうが…。

エイルとアンの魔界樹が枯れ始めてしまった。魔界樹が枯れれば、自分たちも死んでしまう。エイルとアンは、魔界樹の復活を試みるため、一度にたくさんのエナジーを奪おうとカーディアンを呼び出した。そのころ、何日も学校を休んでいる銀河兄妹を心配して、うさぎと亜美、まことは兄妹の部屋へお見舞いに行った。本心から自分たちのことを心配してくれる、うさぎの優しさに触れて、エイルは心の中に流れる温かなものに戸惑う。

マンション全体を飲み込んでしまうほどに巨大化した魔界樹との戦いに苦戦するセーラー戦士たち。ようやく魔界樹にとらわれた、うさぎと衛のもとにたどり着いたものの、エイルとアンに撃退されてしまう。うさぎはエイルたちの前でセーラームーンに変身し、衛を魔界樹から守ろうとする。うさぎを攻撃することにちゅうちょするエイル。しかし、アンの容赦のない攻撃はセーラームーンと衛を襲う。その時、魔界樹がさらに暴走を始める。

かつての記憶を取り戻した衛とうさぎは、ふたりだけの甘いデートを楽しんでいた。その時突然、女の子が空から降ってきて銀水晶を渡せと、うさぎを脅す。しかもその女の子は、自分の名もうさぎだというのだ！うさぎは、銀水晶のことを知っていて、しかも自分と同じ名前を名乗るその女の子を警戒する。しかし、衛とのデートを終えて家へ帰ったうさぎを待っていたのは、親戚の子として月野家に居座っている、あの女の子の姿だった！

ちびうさが姿を消した。うさぎはジョギング中の衛とちびうさを探し、公園のブランコで発見する。その時、またも衛の脳裏をよぎる謎の光景。このちびうさと出会ってから、衛がときどき見るようになった不思議な光景は、うさぎの悲惨な運命を予見しているものだった。うさぎから距離を取ることを決意した衛は、本当の想いを押し殺して、うさぎに絶交を宣言する。そんな衛の本心を知らないうさぎは、大きなショックを受ける…。

うさぎたちは、ドイツへ留学する亜美のために歓送会を開くことにした。医者になるためにドイツへ留学するのが、亜美の夢だったのだ。うさぎは、衛に続いて亜美までが自分から離れていってしまうことに心を痛めていた。その頃ちびうさは、銀水晶を探すために亜美の部屋へ乗り込んでいった。そんなちびうさに、亜美は夢をかなえるためにドイツへ行きたいが、一方ではみんなと一緒にいたいという迷いを、ちびうさに打ち明ける。

雑誌にエッチなおじいちゃんがいると掲載されてしまったために、さっぱり女の子の参拝客が来なくなった火川神社。レイのおじいちゃんは、神主を引退して神社の中でエステクラブを始めてしまう。しかし、その場所こそがクリスタルポイントだった。ブラックムーンは、銀水晶を探すために、そこをダークパワーに差し替えてしまった。そうとは知らないおじいちゃんは、雄一郎を使って女の子をたくさん集めてしまっていた！

カミナリが嫌いなちびうさをおびき出すため、ブラックムーンは、十番街に雷雨を呼んだ。小学校でカミナリにおびえるちびうさは、がまんできずに学校を飛び出してしまう。その直後、うさぎがちびうさを迎えに小学校へ到着するが見つからない。うさぎは、途中で出会った衛とともにちびうさを探す。そのころ、ちびうさはひとりで銀水晶を探す孤独に耐えかねて、元の世界に戻ろうとして時空を操るブローチを作動させてしまう！

美奈子とまことが、どちらが過去の恋を引きずっているかで大げんかをはじめてしまった。うさぎは、なんとかふたりを仲直りさせようと、いろいろな恋のグッズがそろう“おまじないハウス”へ誘った。うさぎの狙いどおりに仲直りするふたり。そこへちびうさと衛がやってきた。しかし、そこはすでにブラックムーンのペッツが、ダークパワーに差し替えていたのだ。そして、ペッツとカラベラスは、うさぎたちを襲ってきた。

ちびうさの小学校で、保護者同伴のカレーパーティーが開催されることになった。うさぎは、ちびうさのためにパーティーへ衛を誘い、亜美やまことにカレー作りを特訓してもらう。そのころダークパワーを増やすために、スーパーで怪しいブラックフルーツを売るベッツとカラベラスの姿があった。買い物客も商品も徐々にダークパワーで汚染されていく。カレーの材料を買うためにやってきたうさぎは、ルナとともに調査をはじめるが…。

レイがひとりで離れ小島に精神修養に行ってしまった。うさぎたちは、ひと夏のバカンスを過ごすために島へ押しかける。青い海で思いきり楽しむうさぎたち。しかし、ちびうさとレイがつまらないことでケンカを始めてしまう。ひとり海へ出て行ったちびうさは、溺れかけてしまうが一匹の首長竜の子どもに助けられた！サメに追われてちびうさと首長竜がたどり着いたのは、断崖に囲まれた大きな洞窟。だが島の火山が奇妙な震動を始め…。

うさぎに叱られたちびうさは、家を飛び出してしまった。悲しみにくれるちびうさは、大泣きして大量のエナジーを放出してしまう。このときを待っていたブラックムーンが出現。危ういところをルナに助けられ、工事現場に隠れた。うさぎは、ちびうさが“ルナＰボール”を通じて話をする謎の人物との会話から、ちびうさが未来から来たことを知る！しかし、そこへコーアンが現われた。ついにセーラー戦士とあやかしの四姉妹が対決！

衛は悪夢にうなされていた。夢の中で、うさぎと結ばれると不幸が訪れると予言されていたのだ。一方、うさぎたちはブラックムーンの本拠地について話し合っていた。そこへ衛がバイクの後ろに少女を乗せてやってきた。衛に別の恋人がいると思い、うさぎ以上にショックを受けたちびうさは、家を飛び出しブラックムーンに見つかってしまう。助けにやってきたセーラームーンだが、ドロイドによって永遠の悪夢に取りつかれてしまった！

ワイズマンの予言でちびうさが火川神社に現われることを知ったルベウスは、コーアンを向かわせる。化粧品のセールススタッフに変装したコーアンは、神社に遊びにやってきたちびうさを発見するが、雄一郎とセーラーマーズにジャマされてしまう。マーズとコーアンの戦いがはじまった！その戦いのなかで、雄一郎をかばいマーズは傷ついてしまう。しかし、ちびうさを取り逃がしてしまったコーアンは、ルベウスから最後の命令を受ける。

チェスタワーのオープニングセレモニーでワールドチェストーナメントが開催されることになる。そのチェスタワーをダークパワーに変えようとするベルチェと、セーラーマーキュリーが対決。いったんは引き下がったベルチェだが、もう失敗は許されないことを悟る。ベルチェはマーキュリーと再戦するため、チェストーナメントに参加。そしてトーナメント当日、亜美の試合を観戦するうさぎたちの中には、人間になったコーアンの姿が…。

すっかりうさぎたちと仲よくなったコーアンとベルチェは、幸せなひとときを過ごしていた。しかし、ルベウスは四姉妹の忠誠を疑い、残されたペッツとカラベラスにダークパワー増強装置を渡して最後のチャンスを与える。ペッツたちはコーアンとベルチェを誘拐し、セーラー戦士とちびうさをおびき出そうとする。変身して飛び出していくセーラームーンとセーラー戦士たち。しかし、変身するところをちびうさに見られてしまった！

失敗続きで進退きわまったルベウスは、みずからセーラー戦士抹殺のために行動を開始する。一方、ちびうさは、うさぎが部屋に置き忘れた銀水晶のブローチを見つけ、そのまま持ち去ってしまった。しかし、未来へ帰れなくて泣き出してしまったちびうさのもとに、ルベウスが現われる。そこへセーラー戦士がやってきて一度は難を逃れるが、セーラー戦士を信じられなくなっていたちびうさは、再びひとりで逃げ出してしまった！

セーラー戦士４人が、ルベウスのＵＦＯに連れ去られてしまった。うさぎは仲間を取り戻すため、ひとりでルベウスのもとへ行く決意を固める。ちびうさも、そんなうさぎを追って家を飛び出してしまう。しかし、ふたりともルベウスのＵＦＯに引き込まれてしまった！うさぎはルベウスと戦うが、必殺の“ムーンプリンセス・ハレーション”さえ効かない。しかも、ＵＦＯはいつの間にか地球を離れて、宇宙空間へと飛び出してしまっていた！

ちびうさは、熱と悪夢にうなされ「邪黒（じゃこく）水晶」の名を口にして苦しんでいた。助けを求めるちびうさの声に反応し、ルナＰボールを通してセーラープルートが現われた！プルートは、ちびうさを救って欲しいというのだ。うさぎたちは、ちびうさの心の中に入りちびうさを探す。しかし、そこで見つけたちびうさは、うさぎたちのことを知らないという。うさぎたちは変身して、ちびうさを守るために戦うが、敵に攻撃が効かず…。

30世紀のブラックムーンから、次なる司令官エスメロードが20世紀に向けて出発した。そのころ十番街で新規開店したケーキ屋では特別セールの食べ放題に女の子たちが群がっていた。ところがエスメロードは、そのケーキ屋の下にネガティブ・ポイントを見つけ、ダルク・ヘンジの最初のいけにえとしてしまう。その頃、ケーキ屋の店内ではうさぎが、ちびうさが衛を独占していることに嫉妬してケーキのやけ食いをしていた！

うさぎは、衛と恋人同士に戻れないことを悲しんでいた。その様子を見かねた亜美とまことは、うさぎを励ますために流行のプロミスリング専門店へ連れて行く。そこにはなると海野も来ていて、いっしょにプロミスリング作りを始めることになった。しかし、その店はすでにエスメロードに乗っ取られていたのだ。そしてその夜、プロミスリングを作りながら眠ってしまったうさぎは、衛と同じ未来を予言する不吉な夢を見てしまった。

クリスマスが近づいたころ、十番街を中心に特殊なインフルエンザが流行していた。セーラー戦士も美奈子以外は全員ダウンしてしまった。ひとりだけ元気いっぱいの美奈子は、はりきって仲間たちを看病してまわるがドジばかり。失敗続きの美奈子は、最後にうさぎの家へ向かう。ちびうさと一緒にうさぎの看病を始める美奈子のドジっぷりは、さらにエスカレート。しかし、じつはこのインフルエンザは、エスメロードの仕業だったのだ！

ルナにドジ呼ばわりされたアルテミスは、手柄をたてるために行動を開始。偵察中、すて猫たちを車に乗せて連れ去る男をあやしみ、後をつける。しかし、その男が入ったのは捨てられた動物たちを引き取って育てている「動物大王国」だった。一方、ルナはアルテミスを連れ戻すために動物大王国へ向かう。だがそのころ、動物大王国ではドロイドに操られた動物たちが人間を襲い始めた。アルテミスは、ひとりでドロイドに立ち向かうが…。

学年末試験で、また亜美は学年トップになった。しかし、なぜか亜美がカンニングをしたと悪口を言い始める者が…。しかも、海野までもが亜美を責めてきた。悪口を言うのは、みな同じ英才塾に通っている生徒ばかり。亜美は英才塾を怪しみ、そこでドロイドに襲われてしまう！やがて、ほかのセーラー戦士たちもやってくるが、ドロイドの幻覚術に掛かった亜美は、マーズやジュピターたちが自分の悪口を言っている幻影に苦しめられる。

熱を出して学校を休んでいたちびうさを、同級生のももがお見舞いに来てくれた。翌日、元気になったちびうさは学校へ行くが、そこでは生徒同士がケンカをしていた。しかも、親友のももからも攻撃されてしまう。さらに先生や他の生徒からも攻撃され、荒れ果てた校内を逃げ回ることに。小学校がダークパワーの拠点にされていたのだ。小学校に向かおうとしたうさぎたちだが、そこに美奈子から十番公園でも事件が起こったと通信が入る！

ちびうさは、セーラー戦士とともに未来へ行くことになった。しかし、セーラー戦士が負けるかもしれないと、ちびうさの心は揺れるが、衛に励まされ決意を固めた。そして、ついにちびうさは時空の扉を呼び出し、セーラープルートの力によって未来へ旅立つ。時空の回廊を進むセーラー戦士、ちびうさとタキシード仮面。そのころ“プリンス・デマンド”は、ちびうさとセーラームーンを連れてくるようにエスメロードに命令を下していた。

セーラームーンたちは、ついに未来都市クリスタル・トーキョーに着いた。そこで出会ったのは、タキシード仮面にそっくりな人物。そして、その声はうさぎと衛の夢の中で不吉な予言をした男、未来のキング・エンディミオンだった！キング・エンディミオンは未来の地球で何が起こったのか、ブラックムーンとは何者かを語りはじめた。そしてセーラームーンこそが、未来の“ネオ・クイーン・セレニティ”だと告げる！

プリンス・デマンドの魔手を逃れたセーラームーンとタキシード仮面は、仲間のもとに戻ってきた。そしてクリスタル・パレスで眠り続けるネオ・クイーン・セレニティとはじめて出会う。しかし、セーラームーンの銀水晶ではネオ・クイーン・セレニティを目覚めさせることができなかった。絶望したちびうさは、クリスタル・パレスから離れたところをワイズマンに見つかってしまう。そしてワイズマンは、ちびうさの秘密を聞き出して…。

ワイズマンに捕らえられたちびうさは洗脳されてしまう。そして邪黒水晶のパワーを取り込み、暗黒の女王ブラックレディへと変貌し、デマンドとともに過去の地球へ向かった。そのころ、セーラームーンはプルートから、ちびうさが過去の地球に戻ったという情報を得て過去に戻る。しかし、すでにブラックレディとデマンドは新たな暗黒ゲートを開きはじめた。そして、ついにブラックレディが、セーラームーンたちの前に立ちはだかる！！

東京の中心で邪黒水晶は、さらに巨大化していく。そのころブラックムーンでは、サフィールがワイズマンの陰謀を知る。ワイズマンはデマンドを利用して、本当はデスファントムによる宇宙の支配をもくろんでいたのだ。サフィールは、そのことをデマンドに知らせるために過去の地球へ向かう。しかし、ワイズマンの攻撃で傷ついたサフィールは力尽きてしまう。倒れたサフィールを助けたのは、あやかしの四姉妹の長女ペッツだった！

邪黒水晶の塔は成長を続け、邪悪なエナジーを放っていた。セーラームーンとセーラー戦士はブラックレディになったちびうさを助けるため、力を合わせて邪黒水晶の塔に乗り込む。塔の中で他のセーラー戦士から引き離されてしまったセーラームーンは、デマンドと再会する。そして、セーラームーンはサフィールがデマンドに伝えたかったことを訴える。そのとき、ワイズマンが現われ、セーラームーンを狙って必殺の一撃を繰り出した！

邪黒水晶の塔が成長し、ついに暗黒ゲートが開こうとしていた。塔の上では、ブラックレディとセーラー戦士の戦いが始まった。ブラックレディの力に苦戦するセーラー戦士。さらにワイズマンは、新たに邪悪なエナジーをブラックレディに与える。しかし、セーラームーンは銀水晶の力でネオ・クイーン・セレニティとなり、ブラックレディに本当の記憶をよみがえらせようとする。だがワイズマンは、さらに強力なエナジーを放ってきた！

デス・ファントムとの壮絶な戦いに勝利し、ちびうさも未来の世界へ帰って行った。うさぎたちにも、つかの間の平和なときが訪れていた。しかし、すでに次の戦いが近づいていたのだ。うさぎたちのおしゃべりは、ダーク・キングダム、エイルとアン、そしてブラックムーンなど、これまでに戦ってきた敵との思い出、さらにはこれから戦うことになる敵や謎のセーラー戦士などにまで及ぶのだった…！