14-letnia Usagi Tsukino, po drodze do szkoły spotyka na swojej drodze kotkę, maltretowaną przez chłopców. Po powrocie do domu, ku swojemu zdziwieniu, Usagi zauważa kotkę w domu, która dodatkowo mówi ludzkim głosem. Przedstawia się jako Luna i twierdzi, że Usagi jest wojowniczką – Czarodziejką z Księżyca. Następnie wręcza jej broszkę do transformacji i każe podjąć walkę ze złym Królestwem Ciemności. W walce pomaga jej, tajemniczy zamaskowany mężczyzna – Tuxedo Kamen.

Jadeite z Królestwa Ciemności postanawia zbierać energię od ludzi za pomocą nowo otwartego domu wróżb. W tym celu hipnotyzuje ludzi, m.in. Gurio Umino, których osobowość staje przeciwieństwem dotychczasowych zachowań.

W lokalnej stacji radiowej, zaczyna emisję nowy program "Midnight Zero". Po zbadaniu sprawy, Usagi orientuje się, że radio nie ma w ramówce tej audycji, a jest ona nadawana przez demona z Królestwa Ciemności.

Usagi, odkrywając że przytyła, postanawia, za radą koleżanek, zapisać się do siłowni z salonem spa. Towarzyszą jej w tym także inne dziewczyny, jednak po ćwiczeniach wydają się być bardziej zmęczone niż powinny. Okazuje się, że siłownie prowadzi Jadeite.

W szkole, do której uczęszcza Usagi, panuje moda na posiadanie małych zwierzątek – chanelek. Dziewczyna udaje się do sklepu, by także sobie jedną kupić. Zbiega się to z faktem, że rodzice głównej bohaterki, odkrywają że Luna mieszka w ich domu.

Słuchając romantycznej muzyki, Usagi i Naru marzą o zamążpójściu. Tymczasem Jadeite planuje za pomocą spreparowanej kasety z muzyką, odbierać ludziom energię.

Obmyślając kolejny plan, Jadeite postanawia zorganizować fikcyjny konkurs na idola. Zaprasza wówczas różne osoby, zaczarowując je w ten sposób, że każda z nich myśli, że jest gwiazdą i odbiera im energię.

W szkole Usagi poznaje nową uczennicę – prymuskę, Ami Mizuno. Większość uczniów jej nie lubi, ponieważ twierdzą, że dziewczyna uważa się za mądrzejszą od innych. Przy bliższym poznaniu, Usagi orientuje się, że te opinie były błędne. Dodatkowo, okazuje się, ze Ami także jest wojowniczką – Czarodziejką z Merkurego.

Usagi i Ami, aby lepiej się poznać, spędzają razem czas na zakupach. Trafiają także do sklepu z zegarami, który prowadzi okazyjną wyprzedaż. Okazuje się, że zegary mają za zadanie odbierać ludziom czas i pozyskiwać ich energię.

W dzielnicy Juuban rozpowszechniła się historia o podejrzanym autobusie, który nigdy nie dociera do celu, a jego pasażerowie zaginęli. Luna każe aby Usagi zbadała tę sprawę. Niepocieszona dziewczyna odkrywa, że ma to związek z pomocnicą w świątyni Hikawa – Rei Hino, która, jak się okazuje, jest Czarodziejką z Marsa.

Luna informuje dziewczyny, że ich misją (oprócz walki z Królestwem Ciemności) jest także odnalezienie Księżniczki. Dodatkowo prosi je, aby sprawdziły co się dzieje w pobliskim wesołym miasteczku, gdzie zaginęło sporo osób.

Po licznych niepowodzeniach, Jadeite postanawia zorganizować rejs dla zakochanych, by potem odebrać ich energię. Rei udaje się zdobyć bilety na ten rejs i zabiera ze sobą Ami. Tymczasem Usagi, za pomocą długopisu przemiany, zmienia się w reporterkę i także udaje się na statek.

Królowa Beryl ostrzega Jadeite, że to jego ostatnia szansa. Ten, będąc przyparty do muru, postanawia zwabić czarodziejki na lotnisko, by stoczyć z nimi finałową walkę. Po porażce, ucieka do Królestwa Ciemności, gdzie zostaje skazany na "wieczny sen".

Obowiązek zbierania od ludzi energii, przejmuje Nephrite. Jego planem jest jednak zbieranie energii od jednej konkretnej osoby, a nie od grupy. Jego pierwszym celem staje się utalentowana i popularna, nastoletnia tenisistka Rui Saionji.

Rei, Ami i Usagi odkrywają miejsce, które ich zdaniem idealne nadaje się na pierwszą randkę, lecz dowiadują się także, że niedługo ma ono zostać zniszczone. Rei postanawia, że nim to nastąpi, koniecznie wybrać się w to miejsce na randkę z Mamoru.

Nowym celem Nephrite staje się nauczycielka prac ręcznych Usagi – Higure Akiyama. Ma ona niebawem wyjść za mąż, i bierze udział w konkursie na najlepiej wykonaną suknię ślubną. Królestwo Ciemności postanawia wykorzystać tę sytuację, by zebrać od niej energię.

Niezwykle popularny i młody fotograf, Kijin Shikonawa przyjeżdża do gimnazjum Juuban, aby zrobić zdjęcia modelkom w strojach kąpielowych. Usagi planuje wziąć udział w castingu, by dostać się do konkursu.

Wybierając kolejny cel, Nephrite postanawia odebrać energię młodej lalkarce Mice. Dziewczyna przyjaźni się z Shingo – bratem Usagi. chłopak, podczas rozmowy z Miką, niechcący niszczy jej lalkę, przez co dziewczyna całkowicie zamyka się w sobie.

Chcąc jednocześnie zbierać energię i pokonać czarodziejki, Nephrite postanawia rozesłać do wszystkich dziewczyn list miłosny, podpisując się jako Tuxedo Kamen. Zostaje on jednak rozpoznany przez Naru Osakę, która od dawna jest zakochana w ziemskie osobowości Nephrite – Masato Sanjoinie.

Usagi, Rei i Ami, aby oderwać się na chwilę od walki z Królestwem Ciemności, wyjeżdżają na wakacje nad morze. Zamieszkują tam w motelu, który okazuje się być opętany przez duchy.

Na bazie popularności mang o Sailor V, Nephirte decyduje się wykorzystać rywalizację pomiędzy dwiema mangakami: Hiromi i Kazuko. Planując odebrać energię Hiromi, przybywa do studia rysowniczego jako Masato Sanjoin. Jego pojawienie się zauważa Ami.

Królestwo Ciemności, pragnąc zdobyć Srebrny Kryształ, planuje zaatakować księżniczkę z Diamentowego Królestwa, która aktualnie przebywa w Tokio. Ma ona być w posiadaniu legendarnego skarbu, który ma ujawnić podczas uroczystego balu. Usagi także wybiera się na tę uroczystość, gdzie spotyka Tuxedo.

Naru wyznaje Usagi, że jest zakochana w Masato Sanjoinie. Znając jego prawdziwą tożsamość, czarodziejki zastanawiają się co z tym zrobić. Tymczasem, Nephrite tworzy Czarny Kryształ, który ma mu pomóc w odnalezieniu Srebrnego Kryształu. Podążając za jego wskazaniami, idzie na spotkanie z Naru.

Po uratowaniu życia Naru, Nephrite ponownie się z nią spotyka, by wybadać, czy zna ona prawdziwą tożsamość Czarodziejki z Księżyca. Choć dziewczyna tego nie wie, udaje mu się odkryć prawdę. Tymczasem zazdrosny Zoisite porywa Naru, by szantażować Nephrite i odebrać mu Czarny Kryształ.

Po śmierci Nephrite, Zoistite przejmuje jego obowiązki. Okazuje się, że Srebrny Kryształ został podzielony na siedem części – Tęczowych Kryształów, które są zaklęte w ludziach. Tymczasem Usagi poznaje w szkole nową uczennicę – Makoto Kino, która okazuje się być Czarodziejką z Jowisza. Obie dziewczyny śledzą mężczyznę – Crane'a, który właścicielem Tęczowego Kryształu. Ostatecznie Kryształ zabiera Zoisiste.

Usagi, wraz z Umino, usiłuje pomóc Naru w jej cierpieniu, po śmierci Nephrite. Zoisite podejmuje próbę zdobycia drugiego Tęczowego Kryształu, który jest w posiadaniu księdza. Po walce czarodziejek z demonem, Kryształ zabiera Tuxedo, który również pragnie zdobyć Srebrny Kryształ.

Królowa Beryl angażuje do pomocy Zoisite, ostatniego z czterech generałów – Kunzite. Tymczasem Ami poznaje w szkole chłopaka – Ryo Urawę, który podobnie jak ona, jest prymusem. Okazuje się on być także posiadaczem Tęczowego Kryształu, który zabierają wojowniczki.

Wraz z przyjaciółmi ze szkoły, Usagi idzie na wystawę popularnej malarki Yumemi. Jest ona także celem Królestwa Ciemności, które usiłuje zdobyć od niej kolejny Tęczowy Kryształ. Ostatecznie zdobywa go Zoisite.

Mako usiłuje się umówić na randkę z Motokim. Niespodziewanie, wychodzi na jaw, że chłopak ma już dziewczynę – Reikę. Tymczasem Zoisite odkrywa, że Reika jest właścicielką kolejnego Tęczowego Kryształu. Walcząc z czarodziejkami, usiłuje do zdobyć i udaje mu się to.

Do świątyni Hikawa przybywa nowy uczeń – Yuuichirou. W tym samym czasie dziadek Rei zostaje zaatakowany przez Zoisite, jednak odpiera atak. Rei orientuje się, że jej dziadek ma Tęczowy Kryształ i postanawia go ochronić. Jednak po kolejnym ataku Zoisite zdobywa Tęczowy Kryształ.

Luna podróżując po mieście, pada ofiarą porachunków bezpańskich kotów, które znaczą swoje terytoria. Z opresji ratuje ją gruby kot, Rhett Butler, który okazuje się być ostatnim właścicielem Tęczowego Kryształu. Zoisite łatwo zdobywa Kryształ, który jednak natychmiast zostaje mu odebrany przez Tuxedo.

Luna informuje czarodziejki, że są one reinkarnacjami wojowniczek mieszkających kiedyś na Księżycu. Tymczasem Umino, przyznaje, że kocha Naru i obiecuje ją zawsze chronić. Podczas ich wspólnego wyjścia na festiwal, Zoisite atakuje ludzi, by zmienić ich w demony, a także by sprowokować czarodziejki. Podczas pojedynków, Sailor Moon traci swój Tęczowy Kryształ na rzecz Zoisite.

Królowa Beryl, daje Zoisite ostatnią szansę na rehabilitację. Ma on bezwzględnie zdobyć pozostałe Tęczowe Kryształy. By tego dokonać tworzy fałszywą Czarodziejkę z Księżyca, by sprowokować Tuxedo do przybycia. Na miejsce spotkania przybywają także wojowniczki i wpadają w pułapkę. Pojawia się tam również ostatnia z nich – Czarodziejka z Wenus oraz jej kot – Artemis.

Zoisite odkrył prawdziwą tożsamość Tuxedo i postanawia umówić się z nim na walkę o Tęczowe Kryształy. Tuxedo zgadza się na tę propozycję i udaje się do wieży Starlight. Niespodziewanie dla Mamoru, w drodze towarzyszy mu Usagi. Okazuje się, że Zoisite zastawił na nich pułapkę. Nie mając innego wyjścia, Usagi i Mamoru, wyjawiają swoje prawdziwe tożsamości.

Po utworzeniu Srebrnego Kryształu i przebudzeniu Księżniczki, do Usagi wracają wspomnienia z poprzedniego życia, kiedy mieszkała w Srebrnym Królestwie na Księżycu. Tymczasem Królowa Beryl zabija Zoisite, za działanie wbrew jej rozkazom.

Usagi popada w depresję po porwaniu Tuxedo, przez Królestwo Ciemności. Tymczasem nową misją głównych antagonistów ponownie jest zbieranie energii od ludzi by móc przebudzić Królową Metalię. W tym celu otwierają w dzielnicy Juuban salon fryzjerski.

Chcąc poznać prawdziwą tożsamość Czarodziejki z Księżyca, Kunzite organizuje konkurs dla księżniczek, który ma poprowadzić, opętana przez demona hrabina Rose.

Współpraca pomiędzy Endymionem a Kunzite nie układa się. Tymczasem dziewczyny, wraz z Yuuichirou, wyjeżdżają w góry, gdzie odbywa się konkurs na królową zimy.

Kunzite, wiedząc że Księżycowa Księżniczka była świetną łyżwiarką, organizuje konkurs na królową łyżew, który poprowadzić mają, opętani przez demony, olimpijczycy – Janelin i Misha.

Usagi wraz z bratem Shingo i rodzicami jedzie na wypoczynek do gorących źródeł. Ku zaskoczeniu dziewczyny, na miejsce przybywa także Endymion, który pragnie obudzić, zaklętego w jeziorze, demona.

Endymion dowiaduje się, że pomimo odebrania ludziom Tęczowych Kryształów, ich właściciele pozostali ludźmi i nadal możliwe było przebudzenie ich jako demony. Z mocą Czarnego Kryształu postanawia do tego doprowadzić. O zagrożeniu ostrzega czarodziejki, Ryo Urawa – przyjaciel Ami.

Minako odwiedza jej dawna przyjaciółka. Okazuje się, że Minako, jako Sailor V, wypełniała misję przez jakiś czas w Londynie. Poznała tam chłopaka Alana oraz policjantkę – Katarinę. Teraz Kunzite, chcąc poznać tożsamości wojowniczek, nakazuje opętanej Katarinie spotkać się z Minako i wydobyć te informacje.

Aby odzyskać Endymiona, czarodziejki decydują się na prowokację wobec Królestwa Ciemności. Pozorują one ostrą kłótnię pomiędzy sobą i wysyłają wiadomość dla Kunzite, że Czarodziejka z Księżyca chce przejść na ich stronę.

Czarodziejka z Wenus i Artemis odkrywają wejście prowadzące do Królestwa Ciemności. Okazuje się, że zaraz za nim czeka Kunzite, chcący z nimi walczyć. W tm samym czasie do Usagi docierają kolejne wspomnienia z czasów, gdy żyła w Księżycowym Królestwie.

Po dojściu do Punktu D, który znajduje się na biegunie północnym, czarodziejki rozpoczynają ostatnią walkę przed ostateczną bitwą. Mierzą się tam z najpotężniejszymi demonami – DD girls. W kolejnych konfrontacjach: Makoto, Ami, Minako i Rei, tracą życie, jednocześnie pokonując swoich przeciwników.

Usagi dociera do Królowej Beryl i Endymiona, z którymi musi stoczyć ostatnią walkę. Udaje jej się przywrócić wspomnienia Tuxedo, jednak ginie on z ręki Beryl. Królowa, by zwiększyć swoją siłę, łączy się z energią Królowej Metalii. Aby pokonać Królestwo Ciemności Czarodziejka z Księżyca korzysta z pełnej mocy Srebrnego Kryształu.