Naraku se encuentra escondido junto con Kanna en una especie de templo; por otro lado Kagura observa como Goryumaru, encerrado por el mismo Naraku, absorbe demonios para asimilarlos. Mientras, en la era actual Aome realiza un examen hasta que es interrumpida por InuYasha, partiendo después como siempre a la era feudal sólo para ser atacados por Hakudōshi, quien mejora a Moryorumaru para que proteja a su hermano Akago con el propósito de destruir a Naraku.

Sesshōmaru se enfrenta con el nuevo Moryomaru (pero en el combate, la espada Tōkijin de Sesshomaru se rompe) mientras Kagura es envenenada por el shouki (veneno) de Naraku. Ya moribunda, meditando la soledad de su libertad, se le aparece Sesshomaru, el cual la contempla y habla con ella hasta su muerte. Tras la muerte de Kagura, el grupo de InuYasha llega para encarar a Sesshomaru por estar ahí, pero él sólo responde que Kagura murió sonriendo.

Sesshōmaru se encuentra con Totosai y éste le dice que su corazón ya ha madurado a causa de la muerte de Kagura y que Tenseiga ya está lista para ser un arma, enseñando un nuevo ataque llamado "Luna infernal" ("Meidou Zangetsuha"), que lleva directamente al oponente al inframundo. Después, Shippō se envuelve en una aventura al saber que tiene que enfrentar una prueba para medir su magia de Zorro.

"Ryurin no Tessaiga" es la nueva forma de Tessaiga, con escamas de dragón, que permite absorber energía y destruir el shouki. Tessaiga adquiere esta técnica al romper la espada-demonio Dakki, la cual podía absorber energía youkai. Esta técnica es muy útil, ya que puede absorber las habilidades de un monstruo; pero InuYasha no es capaz de controlar la energía que almacena la espada y acaba herido por esta.

Moryomaru decide absorber a Ginka y Kinka, dos hermanos los cuales son siameses y según la leyenda uno deberá destruir al otro para ser libre, cuya sangre le daría una gran unión a su caparazón. InuYasha busca a Totosai para que le diga como manejar la "Ryuurin no Tessaiga", y éste le dice que vaya a donde Yorei Taipei, el cual finge con su apariencia haciendo creer que sus vísceras habían sido absorbidas.

Naraku ha absorbido a Yomeiji, un árbol que con sus ramas es capaz de atravesar cualquier campo creado por un youkai, y ahora Naraku va tras Moryomaru para absorberlo. Luego de que creerse que Naraku había sido absorbido por Moryomaru, Naraku atraviesa el campo de Akago y lo absorbe al igual que a Moryomaru.

Kikyō ha purificado el miasma de Miroku y ahora Naraku le tiende una trampa para contaminarla con sus telarañas, ya que ha regresado a su cuerpo el corazón humano que desecho en el monte Hakurei. Mientras que, Aome tiene que sopesar la prueba, del espíritu guardián del monte, a su corazón en la cual, para conseguir el arco que Kikyo le dijo, tiene que superar el odio que le tiene a esta.

Naraku se ha llevado a Kikyo en sus telarañas con los demás. InuYasha encuentra a Aome y van por los demás. Naraku atraviesa con sus extremidades mortalmente a Kikyo. A la perla se adhieren los dos fragmentos purificados de Koga. Luego, es purificada por Kikyo y la flecha de Aome, después Naraku la contamina nuevamente quedando en el centro de esta una luz blanca.

Naraku se ha llevado a Kikyo en sus telarañas con los demás. InuYasha encuentra a Aome y van por los demás. Naraku atraviesa con sus extremidades mortalmente a Kikyo. A la perla se adhieren los dos fragmentos purificados de Koga. Luego, es purificada por Kikyo y la flecha de Aome, después Naraku la contamina nuevamente quedando en el centro de esta una luz blanca.

Naraku se da cuenta que el haz de luz que Kikyo ha dejado en el centro de la Shikon no Tama amenaza su vida. El grupo de InuYasha encuentra una aldea donde todos los aldeanos son muy amables y hay un olor muy agradable, aunque muy molesto para Shippo y Kirara. InuYasha no puede dormir por temer soñar con Kikyo y pronto se da cuenta que los aldeanos estaban siendo manejados por Kaou, el príncipe de las flores, el cual se aprovecha del dolor de las almas que captura.

El grupo de InuYasha se ha refugiado en una cueva para pensar en como atacar al youkai del espejo de Kanna. Mientras eso, son descubiertos e InuYasha es atacado por este youkai. Después del ataque, InuYasha se convierte en un youkai completo y puede controlar su cuerpo y mente, ya que Tessaiga fue quien le pidió su youki después de que éste haya sido absorbido por el youkai del espejo.

Miroku y Sango se enfrentan a una mujer youkai y su padre, los cuales tienen la capacidad de absorber los huesos de cualquier ser vivo. Miroku ha sido afectado por el veneno de ellos y Sango escoge como única salida aplicarle un poderoso veneno a su Hiraikotsu y lanzárselo al padre de la mujer youkai, para que éste se disuelva.

Aparece ante Sesshōmaru un joven diciéndole que sabe qué le falta a Tenseiga, a pesar de eso todo resulta una trampa porque aquel niño en realidad era Shishinki, un enemigo del Inu no Taishō, al cual éste le había robado el Meidou Zangetsuha. Sesshomaru se entera de que la Tenseiga en realidad es la parte que sobra de la Tessaiga.

Sesshōmaru se da cuenta de las verdaderas intenciones de su padre al dejarle a Tenseiga, por lo tanto va a donde Tōtōsai a pedirle explicaciones y éste le dice que el objetivo del amo era que el Meidou Zangetsuha que él había entrenado terminara en manos de la Tessaiga de InuYasha, cosa que no le agrada a Sesshomaru y explica las palabras de Shishinki.

Sesshōmaru recibe de Byakuya un fragmento del espejo de Kanna, el cual decide esparcir en Tenseiga e ir a retar a InuYasha con el fin de no cumplir con la voluntad de su padre; que era que el Meidou Zangetsuha que él había entrenado terminara en manos de la Tessaiga de InuYasha.

Naraku toma control del cuerpo de Hitomiko, una sacerdotisa muerta, a través de sus telarañas y logra atraer al grupo de InuYasha, especialmente a Aome, a la cual es arrastrada al recinto donde está Hitomiko después de tirar una de sus flechas a un cascabel de hitomiko que en realidad era una trampa para capturarla, la cual formó una barrera espiral que impide el paso de los demás.

Magatsuhi, la maldad que reside en la Shikon no Tama, toma parte del cuerpo de Naraku para ir por el fragmento de Kohaku. Sesshōmaru, quien protege a Kohaku, se enfrenta ante Magatsuhi, aunque al no tener un arma con la cual atacarlo es herido gravemente y Magatsuhi infecta de maldad el fragmento de Kohaku.

Tōtōsai le entrega a Sesshōmaru la vaina de Bakusaiga, y éste decide dejar a Rin, Kohaku y Jaken en la aldea de la anciana Kaede, mientras él va tras Magatsuhi. Aome se da cuenta que Magatsuhi sello sus poderes espirituales, pero tiene que regresar a la época actual a presentar los exámenes para ingresar a la preparatoria, mientras que cuando llega a su mundo se encuentra con que su familia se fue de viaje.

Aome e InuYasha no han regresado a la era Sengoku todavía. Mientras, Aome decide comprar unos alimentos para prepararle a InuYasha, y éste está con el abuelo de ella. Cuando Aome llega, InuYasha destroza la cocina de la casa usando a Tessaiga, para destruir una cucaracha.

Kohaku expulsa a Magatsuhi de su cuerpo, y éste es derrotado parcialmente por Sesshōmaru. Sesshomaru regresa a donde Rin, al saber que esta y Miroku habían sido golpeados por el aura demoníaca de Magatsuhi. Naraku, que seguía escondido tras una barrera, captura a Aome y obliga a Kohaku a intercambiar su fragmento por la vida de ella. Kohaku esconde una de las flechas de Aome y acepta la propuesta de Naraku

Naraku usa la Shikon no Tama para hacer su transformación, lo cual lo convierte en una gran araña; mientras tanto, Aome se gradúa de secundaria y recibe la sorpresa de que fue aceptada en la preparatoria. Al regresar, Aome va junto a InuYasha, Miroku y Sango tras Naraku, quien emite una poderosa nube de jyaki capaz de atraerlos, dejando el grupo atrás a Shippo. Sesshomaru decide entrar al cuerpo de Naraku a rescatar a Rin, quien sigue poseída por Magatsuhi, dentro del cuerpo de Naraku; mientras, el grupo de InuYasha hace lo mismo.

Naraku les muestra a Miroku y a Sango una ilusión del momento en el que murió el padre de Miroku, y obliga a éste usar su Kazaana, la cual está por rasgarse, por lo que Miroku decide alejarse de Sango ya que podría absorberla. Imonio y lamenta el no haber podido salvar a Kikyo y a Aome, debilidad que aprovecha Naraku sometiéndolo bajo el poder de la Shikon no Tama.

Magatsuhi ha sido derrotado con la Tenseiga de Sesshomaru, así que los poderes espirituales de Aome han regresado y a su vez una luz purificadora vuelve a aparecer en la Shikon no Tama. Sin embargo, Naraku decide utilizar esta luz como una trampa para el grupo de InuYasha, convirtiéndola de esperanza a desesperación.

Sango es atacada por el shouki de Naraku, cayendo en las profundidades del cuerpo de él, a donde la sigue Miroku. En ese momento Sango le pide a Miroku que la absorba con él, desesperación que le da poder a la oscuridad en la Shikon no Tama; mediante lo cual Naraku la absorbe y se convierte en un demonio completo.

Finalmente todos están reunidos para derrotar a Naraku, Sesshomaru pide a Jaken que se vaya junto con Ah-Un, Rin, Kohaku y Shippo; Rin le devuelve el tapabocas a Sango y Kohaku da el suyo a Miroku; mientras tanto la pelea se desata en el interior de Naraku, pero éste es destruido por Bakusaiga y Tessaiga; Naraku intenta destruir la aldea donde se encuentra Kaede mandando masas de miasma; InuYasha y los otros deciden salir del interior de Naraku y luchar desde afuera.

Aome sigue dentro de la oscuridad y, atemorizada de quedar atrapada para siempre, empieza a dudar de ella misma. InuYasha, desesperado mientras los demonios siguen comentando que es el destino de Aome luchar dentro de la perla de Shikon, se enfurece y empieza a comentar que Aome no nació para luchar dentro de la perla, si no que nació para conocerlo.