Le SDF Mirai met les voiles du Japon avec un escadron de 3 autres navires pour aller à Hawaï afin de participer à un exercice conjoint avec la marine des États-Unis. Dans les environs de l'île de Midway ils rencontrent une anomalie météorologique étrange. Le Mirai perd le contact avec son escadron, mais se retrouve en face de ce qui ne peut être que le cuirassé Yamato de la Marine impériale japonais

Le Mirai se trouve au milieu de la formation de la flotte combinée la nuit avant la bataille de Midway. Tout d'abord, le Mirai est signalée par le Yamato, le navire amiral, puis 2 destroyers tentent de lui barrer la route, mais il échappe avec succès à la flotte impériale japonaise en utilisant l'accélération supérieure de sa turbine à gaz moderne.

Kadomatsu sauve un officier de la marine impériale japonaise, le lieutenant commandant Kusaka, d'un hydravion en perdition. L'équipage du Mirai est réparti sur le fait qu'ils ont peut-être changé l'histoire. Le Mirai est découvert par un sous-marin américain, l'USS Guardfish (SS-217).

Le Mirai échappe de justesse aux torpilles du sous-marin américain. Un marin panique dans le CIC lance une ASROC. Le capitaine Umezu considère le naufrage du sous-marin mais, au dernier moment, autodétruit la ASROC. Les Américains s'échappent avec la connaissance d'un nouveau navire japonais avec des capacités incroyables.

Kusaka accède à la bibliothèque du Mirai et apprend l'issue de la guerre et l'avenir du Japon. Il décide de lier son sort avec le Mirai. Le VTOL Umidori est envoyé sur une mission de reconnaissance sur la base navale japonaise à Chichi-jima dans les îles Ogasawara pour évaluer la situation avant de naviguer vers Honshu.

Les VTOL endommage les 2 avions japonais et les oblige à amerrir sans blesser leurs pilotes, mais son artilleur est tué, première victime du Mirai. Kusaka propose que le Mirai aille à Singapour, occupé par les japonais, plutôt que le Japon, pour faire le plein et se réapprovisionner.

Kadomatsu et Kusaka voyagent par le chemin de fer malais de Singapour, tandis que le Mirai se cache dans l'archipel Anambas. Kadomatsu obtient une vue sur les peuples colonisés et a un petit aperçu d'une inspection brutale du Kempeitai.

Les seconds du Mirai organisent un bateau-citerne de carburant et les dispositions du rendez-vous avec le destroyer. Mais le lieutenant Tsuda, ayant reconnu Kusaka et réalisé que quelque chose d'étrange est en cours de réalisation, a découvert le navire.

Tsuda révèle que, en plus de l'équipage du pétrolier, il a mis sur pied une importante force de frappe à Singapour autour du croiseur Kashii pour traiter avec le mystérieux navire sur lequel il a été ordonné d'enquêter, si cela devenait nécessaire. Cependant, Kusaka et Kadomatsu convainquent Tsuda que la force ne fonctionnera pas et s'assure que le Mirai est alimenté et provisionné en conséquence.

Les lieutenant Oguri et Satake visitent le navire-citerne et les marins des 21e et 20e siècles ont l'occasion d'apprendre les uns des autres - et Oguri arrive donc en retard et ivre à la réunion du personnel appelé par le capitaine Umezu. Les plans de Guadalcanal sont développés. Kikuchi pense que le Mirai doit intercepter la flotte américaine et infliger suffisamment de pertes pour convaincre cette dernière de ne pas appuyer l'attaque, mais Kusaka fait valoir que les américains ne sauraient abandonner si facilement et propose de se rendre à la base japonaise de Truk pour convaincre l'amiral Yamamoto de se retirer avec les forces japonaises à la place de façon à éviter la bataille.

Kusaka est transporté dans l'Umidori pour voir Yamamoto à l'île de Truk. Sur l'ile, l'idée d'un navire venant de l'avenir est difficile à croire, mais la nature technologiquement avancée de l'Umidori est incontestable.

Le Mirai est témoin de la bataille des îles de Salomon, où la force navale alliée couvrant le débarquement est détruite par la huitième flotte japonaise de l'amiral Gunichi Mikawa. Lorsque la flotte japonaise se retire sans attaquer les transports américains, l'équipage du Mirai pense que l'histoire reste inchangée.

Kadomatsu et son équipe utilisent un désignateur laser pour guider un missile Harpoon vide pour cibler le dépôt d'approvisionnement américain, une attaque qui ne nuit à personne, mais témoigne de leur capacité à le faire. Les américains ne reculent pas comme l'équipage du Mirai s'y attendait, mais envoyent des patrouilles dans la jungle pour débusquer des infiltrés japonais.

Le Yamato tire sur les forces américaines sur Guadalcanal , mais le Mirai utilise son système de combat Aegis et des missiles Sea Sparrow pour intercepter et détruire la première vague d'obus.

Sur les conseils de Kusaka, Yamamoto rappelle l'attaque et ordonne le retrait de Guadalcanal pour commencer.

Le Mirai entre dans la base navale japonaise à l'île de Truk sous le parrainage de l'amiral Yamamoto et l'équipage attend avec impatience une permission à terre. L'armée et la marine sont en désaccord pour reprendre Guadalcanal et une délégation de l'armée insiste pour poursuivre la bataille pour Guadalcanal avec un régiment d' élite de l'armée du colonel Kiyonao Ichiki, en route de Guam, ouvrant la voie.

Kadomatsu apprend que les opérations sur Guadalcanal vont reprendre et blâme Kusaka pour ce développement. Il débarque avec le lieutenant Tsuda pour parler à Kusaka. Kadomatsu tente de l'arrêter mais échoue.

Lorsque certains membres du personnel de la flotte combinée rechignent à l'idée d'envoyer les destroyers nécessaires pour escorter le Mirai, le lieutenant commandant Taki propose qu'un nouveau sous-marin, le I-21, soit envoyé à la place, et que lui-même soit à bord pour observer.

Kadomatsu se rend à bord du I-21 pour discuter de l'approche d'un avion éclaireur que le Mirai a détecté. Taki fait prisonnier Kadomatsu et l'I-21 s'immerge, laissant l'équipage du Mirai confus et incertain de ce qu'il doit faire alors que le temps s'écoule.

A bord du I-21, Kadomatsu tente d'envoyer un avertissement au Mirai par code morse, mais Taki l'en empêche. Dans un premier temps, le Mirai tente de quitter les lieux plutôt que de se battre, mais Taki force la décision en ordonnant à l'I-21 de faire surface de façon à ce qu'il soit vulnérable à une attaque aérienne.

Le Mirai surveille le trafic radio indiquant que le Wasp prépare une deuxième frappe. Comme le radar et le canon principal sont endommagés, l’officier d’artillerie Kikuchi recommande de lancer un missile Tomahawk pour détruire le Wasp plutôt que d’attendre que la deuxième vague frappe. Le lieutenant-commandant Oguri suggère plutôt qu’un missile Harpoon soit utilisé pour endommager le poste de pilotage.

Le missile Tomahawk frappe le wasp. Son explosion et les explosions secondaires des munitions et des avions armés du porte-avions détruisent le navire et il coule avec de lourdes pertes, laissant l’amiral Noyes et le capitaine Gray abasourdis alors qu’ils rejoignent les survivants à bord des canots de sauvetage.

Suite aux événements des épisodes précédents, les gens de tous bords ont du mal à faire face à ce qui s'est passé jusqu'à présent. Sur un destroyer américain transportant les survivants de la bataille contre la Mirai, le commandant Hutton est une épave ivre, saisie par les cauchemars de la bataille et la mélancolie sur les nombreux subordonnés qu’il a perdus. Sur la Mirai, l’équipage fait également face au choc de la bataille et à la perte de ses camarades – au point que l’officier d’artillerie Kikuchi a dû être mis sous sédatif. À G

En « retournant » à Yokosuka, l’équipage du Mirai découvre que la marine s’est arrangée pour qu’ils accostent loin du port, sous les canons d’une batterie d’artillerie navale. Le Mirai contacte la base navale de Yokosuka pour exiger qu’une personne ayant une autorité réelle soit envoyée pour négocier les conditions de leur séjour.

Ayant obtenu un congé à terre de la marine japonaise, Kadomatsu se rend dans la ville natale de son père dans le district de Fukugawa à Tokyo pour le retrouver et se libérer des vieux fantômes de la famille – son père et son grand-père avaient une relation extrêmement difficile. Cependant, il découvre à sa grande surprise que son père, âgé de 8 ans à cette époque, a été heurté par une voiture (transportant le lieutenant-commandant Taki) et est mort trois jours auparavant.