Ghost Stories ne spune povestea lui Satsuki Miyanoshita, care, după ce mama ei a murit, se mută cu restul familiei în orașul în care s-a născut mama sa. În prima zi de școală, Satsuki Keiichirou (fratele ei mai mic - clasa I-a) Hajime Aoyama (vecinul lor), Momoko Koigakubo (o colegă din școală, mai mare ca vârstă) și Leo Kakinoki (coleg și prieten cu Hajime, și care are înclinații spre paranormal) vizitează școala veche, acum abandonată, și descoperă că acea clădire este bântuită. La scurt timp după ce descoperă că mama ei a fost cea care a sigilat fantomele care bântuiau nu numai clădirea școlii vechi, dar și restul orașului, Satsuki se vede nevoită să lupte și ea cu acele fantome care au fost eliberate din cauza urbanizării zonei din apropierea orașului. Mama lui Satsuki a lăsat în urma sa un jurnal în care detaliază modul în care pot fi exorcizate fantomele.