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人類遭受神秘敵人“涅洛伊”的攻擊。一名戴著眼罩的少女‧坂本美緒，某天前往造訪另一名平凡的少女‧宮藤芳佳。美緒試圖邀請芳佳加入與涅洛伊對戰的部隊，第501統合戰鬥航空團，通稱強襲魔女小隊──。

芳佳一行人在前往不列顛尼亞的途中，遭到來自異世界的侵略物體“涅洛伊”攻擊。坂本少校為了爭取時間等待支援，決定獨自出面迎擊，但卻反遭敵人的猛烈攻擊而陷入危機。當在船內顫抖的芳佳抬起頭後，她所看到是！？

芳佳加入強襲魔女後，由同樣是剛加入的15歲少女莉涅特·畢所普的帶領下認識環境。芳佳很多事情都不懂，顯得非常不安，但不知為何，莉涅特對她頗為冷淡……

芳佳漸漸習慣隊內的生活，但她卻被長官巴克霍隆斥責不夠成熟，遭到嚴厲冷漠的對待。芳佳為了得到長官的認同而努力練習，此時沒想到涅洛伊竟毫無預兆地出現！

愛飆速度的夏莉，今天也為了超越音速而努力奮鬥中。在部隊全員出發進行海上訓練前，愛管閒事的魯奇尼把戰斗腳拿來調整一番，沒想到卻發生意外的狀況！？

芳佳等人前往倫敦執行特別任務，卻在回來的途中遭到涅洛伊的攻擊，最後被夜間偵察中的薩妮婭所救。身為目擊者的芳佳奉命接下夜間任務，並與薩妮婭睡在同一個房間，對此感到嫉妒的艾拉居然跑來搗亂！？

某天早上，哈特曼發現自己的製服少了一些東西。她裝出一副若無其事的樣子直接前往更衣室，穿走其他隊員的衣服前往執行任務，部隊內也因此引發一陣騷動。沒想到此時突然傳出敵襲的警報聲！？

當初載芳佳從扶桑皇國來到基地的赤城號，再次來到強襲魔女的基地停靠。芳佳收到船上成員寫給她的感謝信函，沒想到卻被米娜沒收。為此感到不可思議的芳佳，跑去跟她的好友莉涅商量…。

最近芳佳的實力變得越來越強，在部隊內的模擬戰也以漂亮的左迴轉招式獲勝。看到此狀的佩琳，以為是坂本偏心只替芳佳特訓，並把自己擅長的招式傳授給芳佳。為此感到嫉妒的佩琳，決定向芳佳下戰帖！？

遇到涅洛伊時由於芳佳擅自判斷而違反命令，因此被米娜處以在自己的房間關禁閉。但是，芳佳因為很想確認一件事而跑出房間，結果遇到由於擔心芳佳而來察看的好友莉涅。

通稱“戰鎖”的第一特殊強襲部隊，被分發到不列顛尼亞擔任對抗涅洛伊的新部隊。從以前就對軍方高層的行為感到不解的米娜等人，決定自行展開調查。

為了保護不列顛尼亞，芳佳獨自前往赴戰。眼看她就要被敵人的壓倒性戰力打得節節敗退之際，第501統合戰鬥航空團“強襲魔女”的伙伴們及時趕來救援！

在不列顛尼亞的解放高盧之戰結束後半年，剛從扶桑皇國的學校畢業的宮藤芳佳，再次收到父親寄來的神秘信函。那會是新的戰爭的預告嗎？為了保護重要的夥伴，少女再次飛向天空！

宮藤等人前往羅馬涅的途中，遭到新的涅洛伊的攻擊。威尼西亞艦隊全力迎戰，芳佳也穿上戰斗腳前往應戰。威力變得比高盧那時還要驚人的涅洛伊，讓他們陷入苦戰！？

宮藤、莉涅、佩琳三人因為離開不列顛尼亞的前線已有半年的空窗期，不論怎麼練習還是遲遲無法恢復原有力量。坂本看到此景後，決定派三人到某座島嶼進行基礎訓練。在那座島上等待著三人的是？

魔女們在新基地等待涅洛伊來襲，此時從卡爾斯蘭寄來了補給品，原來那是運用了卡爾斯蘭新技術的秘密武器！？得意洋洋的巴克霍隆，接到夏莉的戰帖！？

在大家漸漸習慣新基地生活的某天，由於儲備糧食已見底，因此決定前往羅馬市區採購。由熟悉當地的魯基尼負責帶路、夏莉負責駕駛卡車、食材則由宮藤負責尋找。但是他們抵達市區後，魯基尼突然不見了！？

坂本等人前往迎擊涅洛伊，但明明已消滅小型涅洛伊，反應卻沒有消失。坂本用魔眼搜尋後才發現，原來核心的位置在一般武器攻擊不到的地方。因此，他們決定派出所有魔女執行集體作戰。

日前由設施隊興建的基地內大浴池終於完工了。結束訓練的宮藤等人也因為滿身大汗，來到久違的大浴池打算好好享受一番時，突然響起涅洛伊來襲的警報聲，基地內也陷入一陣混亂！

宮藤突然變得無法飛行得很順暢。她與莉涅一同前往大和號並在艦上遭到涅洛伊的攻擊，但她甚至連戰斗腳都無法啟動。莉涅看到宮藤遲遲無法飛起，於是做出了某個決定。

佩琳正努力協助高盧重建，當她知道興建中的小學即將完工的消息後感到很開心，但她隨即又從村里的小孩口中得知因為橋壞了，其他朋友沒有辦法來上學。於是，佩琳開始思考如何才能把橋蓋好。

與涅洛伊的戰鬥越來越激烈，此時軍司令部為了佈局最終決戰而下令奪回被涅洛伊佔領的島嶼。由於這次是採取突襲攻擊登陸島嶼，因此需要選出兩名魔女擔任開路先鋒…。

坂本的魔法力眼看就要達到極限，此時軍方決定對威尼西亞上空的涅洛伊巢穴發動總攻擊作戰。明娜率領的第501統合戰鬥航空團，奉命護衛聯合軍的決戰武器…。

正當聯合軍與占領羅馬涅地區的涅洛伊進行最終決戰時，第501統合戰鬥航空團的成員卻將魔法力使用殆盡。聯合軍的作戰最後也因失敗而被迫撤退，但此時宮藤芳佳卻獨自挺身而出！

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1945年秋天，來自扶桑的魔女宮藤芳香降臨。第501聯合作戰航空聯隊團聚期間，某醫學院短期留學項目。非常勤勞的地學宮，忙碌而完全放縱的時光。有一天，我認識了第一個新朋友，那個來圖書館看書的名姑娘。“吉香夫人，我有客人。”

千戶窪國變化萬千，為地方寺院。巨大的搖籃曲已經抵達那霸，城就在城邊。這是恢復和平的土地，土地的出現，這個令人震驚的宮殿的到來，需要保護的農民，以及面對彼此的堅韌。"從此不可能！"面對面遭遇要塞和軍艦被一系列船隻襲擊仍然向前移動和強大，完全不可能推翻？

第 501 聯合作戰空軍的最新成員是 Shizuka Hattori。人格認同真實，一點緊張感都沒有，自信滿滿。然而，宮藤芳香是一個深得她心底支持的人，而且總是在一旁觀望。“我需要藤和一宮！從現在開始，藤一一宮在501！”

在一個安靜祥和的日子的下午出現在京都。看著機庫裡的報紙，夏璃突然大喊：“我們敗了！” 原本由Natsuri 保持了數年的摩托車最高速度記錄已經被超越。覺得夏天是時候裝修一下了，可以在車庫裡開出自己喜歡的車。“我是最快的領導者”“我太忙了！”

裴臨和宮富士門接到德蘭王后的委託，臨行前住在城堡要塞。請求接見在華國的裴凜皇后。羽荷娜，包括王后的願望，裴凜直接回應，“我有事請你過來！”

為此，搜查軍向飚林路線進發，並派出偵察團前往爆頭龍和初滿。南府的戰爭計劃全新開啟，是一個刺激刺激的戰場。

因為在宮中可以查出恢復紫藤的藥草的魔力，所以她離開了森林。洞內只有一個小神龕，箱子也只有一個，而且有好多次。結果好奇心很強，對泥人充滿了興趣。

在巡邏任務中，當桑樹或沃爾瑪遇到小偷時，他有一個隱藏的能力，可以在迷霧中找到。結果，種子落地，戰鬥基地成為戰略目標之一。在這種情況下，利用自我偵測能力來應對情況，出擊出擊的預案就成立了。“會議成功，明娜中學” 瓦吉拉由彬、宮藤、服部一樹，朝著濃霧瀰漫的方向前進。

自此，軍港基地開始了收復白樺林的計劃。然而，卻發現白林領地上空的空洞“狼”遭到了強大的火系敵人的襲擊。魔女們現在的步步進擊是無法無天的有效反制，超高速飛行，超音速，而米娜一行人造成了這種失望。當時有一種說法是烏舒拉出現了，“我們有了新裝備”。

“柏林奪回戰”的結局開始。B17咆哮軍團和501分隊直擊“狼洞”，原因是B17咆哮轟炸機開始墜落，爆炸後“狼洞”雲層不斷擴散，終於現身。“501部隊準備下降！” 由於B17咆哮轟炸機的發射，宮藤和之已經接近真正的“狼洞”，而此時，一種新的死亡方式出現了。

由於魔力耗盡，宮藤被排除在柏林奪回戰役之外。另一邊，接力棒指揮的超級坦克軍開始向橋林發起進攻，501部隊緊隨其後的是空降護航。在白林的面前，意軍隊伍展開了激烈的廝殺。

樂井軍一片混亂，501部隊被打散，唯一參戰的是宮人和人大將。面對落井的猛烈攻擊，宮藤一子想要立刻進入，但是田宮藤一被迫放棄了這一點。“我需要保護，繼續戰鬥！” 戰爭的最終會如何？