海水浴客で賑わう海の家れもんを切り盛りする相沢姉妹。そんな忙しない最中、次女の栄子の前に奇妙な格好の少女が現れる。三角帽子にウネウネした水色の髪の毛、真っ白なワンピース。自らをイカ娘と名乗る少女は人類を侵略するためにやってきた海の使者だという。 現実感の無い言葉に取り合おうとしない栄子だったが、その態度がイカ娘の逆鱗に触れて！ ----- 海の家れもんでアルバイトをするはめになったイカ娘。 こき使われ意気消沈していると、背後から忍び寄る影が。その影から逃げること適わず、触手を捕まれてしまうイカ娘。振り返ると、そこには好奇心に目を輝かせた少年の姿が…。 ----- 雨降りで閑散としているれもん。 肌寒さにくしゃみをしたイカ娘の口から、真っ黒な液体が長女の千鶴を襲う。その物体を千鶴が舐めると…旨み成分満点のイカ墨だった。人間がイカ墨をスパゲティにからめて食べることを知ったイカ娘は…。

触手がつって溺れていたところをライフセイバーの悟郎に助けられたイカ娘。ライフセイバーが海を守る仕事だと聞いて親近感を覚えるイカ娘だったが、実際の彼の仕事は人類征服を目論むイカ娘が想像するものとは違っていた。 仕事の足を引っ張ろうとするイカ娘を煙たがる悟郎に対して、仕返しを企むイカ娘の前にチャンスが訪れるのだが・・・。 ----- 人間が誕生日を祝うことに興味を示したイカ娘は、自分の誕生日を勝手に決め付けて誕生パーティをしてほしいとねだり始めた。千鶴の好意で早速イカ娘の誕生パーティを開くことが決定し、準備に取り掛かるれもんの一同だが、その様子を見たイカ娘は・・・？ ----- 栄子の同級生、早苗が愛犬のアレックスを連れてれもんに遊びに来た。栄子がアレックスを可愛がる姿にやきもちを焼いたイカ娘は、犬と対等の扱いを要求するが、意図せず千鶴に犬として弄ばれてしまう。そんな様子を眺めていた早苗はイカ娘を自宅へ招くのだが・・・。

テレビの恐怖番組を観ても全く怖がらないイカ娘は、本物の幽霊を見るまでその存在を信じないと言い張る。そこで栄子は幽霊の怖さをイカ娘に知らしめようと、夜のお墓での肝試しを企画する。 悟郎と早苗も参加することになり、恐怖におののきながら夜のお墓を進んでいく一行。しかし、イカ娘だけは平然としたまま、ふらふらと一行の列からはぐれてしまう・・・。 ----- たけると海水浴を楽しんでいたイカ娘は、天敵のシャチと遭遇する。そのシャチを手玉に取る人間たちの姿に衝撃を受けたイカ娘は、動転して一緒にいたたけるを溺れさせてしまう。溺れたたけるのために、悟郎とイカ娘が泳ぎを教えることになったのだが・・・。 ----- 海の家れもんに新人アルバイトの渚が加わることになった。海を愛するサーファーの渚は意欲満々で仕事に臨むが、挨拶に現れたイカ娘の姿を見て恐怖に怯えてしまう。自分のことを侵略者として見てくれる渚の様子に感激したイカ娘は悪乗りして・・・。

浜で財布を拾ったイカ娘は、持ち主からお礼として1万円を受け取った。お金の価値が全く分からないイカ娘は、渚に付き添ってもらい商店街へ買い物に出かけるが、何を買ったらよいのか分からず右往左往してしまう。結局、好物のエビを大量に買い込むことになったのだが、2人の買い物の様子を背後から早苗が覗き見していた・・・。 ----- れもんの営業時間終了後、イカ娘は相沢家へ一緒について行きたかったのだが、栄子に頑なに拒まれてしまう。仕方なく、イカ娘はれもんでテレビを観て過ごそうとするのたが、テレビが故障してしまう。暇を持て余し、侵略ごっこに興じるイカ娘は店の備品を持ち出して・・・。 ----- となりの海岸の偵察にやって来たイカ娘と栄子は、ビキニ姿にイカ娘風の頭部を被ったニセイカ娘に遭遇する。口から黒い液体を垂れ流し、触手まで動くそのニセモノを作ったのは、海の家南風の店長だった。彼は本物とニセモノを交換してほしいと勝負を挑んでくるのだが・・・。

真っ赤なビキニ姿に金髪をなびかせる美女、シンディ。彼女はアメリカから宇宙人出没の情報を掴んでやってきたらしく、イカ娘を見るなり宇宙人と決め付けて研究所へ連れて行こうとする。必至に抵抗するイカ娘は触手とイカスミで自らがイカである事を証明しようとするのだが、シンディはそれこそ宇宙人の証だと確信を深めてしまう！？ ----- 夏休みの登校日で栄子が高校へ向かおうとすると、イカ娘はそこがどんな場所なのか興味津々。栄子は混乱を恐れて、イカ娘にれもんに居るよう釘を刺してから登校するのだが、学校にはイカ娘の姿が。理科室、家庭科室、体育倉庫と調査を進めていくイカ娘は学校が人間の軍事基地であることを確信する！ ----- 海岸を散歩していた栄子は、「ピャ～ピャ～」という泣き声を耳にする。波打ち際を見ると、瓶の中で小さな生き物がもがいているのを発見する。栄子はその瓶と小さな生き物を家へ持って帰る・・・。

ヒーローショーの会場を通りかかったイカ娘は会場で盛り上がる子供たちと一緒にショーを見学することに。黒タイツの連中が子供たちに襲いかかり、お決まりの展開で登場したヒーローの名は“能面ライダー”。珍妙な容姿のヒーローに大笑いするイカ娘だったが、ボスであるイカ魔人が現れると表情が一変する！ ----- 数学の問題に頭を悩める栄子の背後で、イカ娘が問題の答えを言い当てた。イカ娘がズルをしたと疑う栄子は、更に追加の問題を解かせるが全て正解してしまう。納得がいかない栄子は最難関大学の入試問題をイカ娘に吹っかけるのだが、イカ娘はいくつもの数式を書き並べていき・・・。 ----- サーフィン中に大波にのまれたところを悟郎に助けられた渚。翌日、れもんにやって来た悟郎に渚は改めて助けてもらったお礼を言うのだが、その様子を悟郎が渚に入れ知恵しているとイカ娘は勘違いしてしまう。悟郎に対して渚に近づくなとムキになるイカ娘の姿はまるで・・・。

バイトの歓迎会も兼ねて渚は相沢家の夕食に招かれたのだが、そこにはイカ娘の姿があった。恐れおののく渚を前に、相沢家を乗っ取る計画を語るイカ娘。その計画実行を阻止する為に、渚は相沢家に泊まってイカ娘を監視する事を決意する。平和な夕食が終わり、みんなが寝静まった頃…イカ娘が蠢き始めた！ ----- イカ娘の忠実な下僕になると言うシンディの口車に乗ってしまい、彼女の研究所に行くことを約束してしまったイカ娘。仕方なく研究所に赴いたイカ娘を待ち構えていたのは、3人の研究者だった。宇宙人研究に情熱を燃やす彼らは、危険極まりない装置を数々と作り上げていた！ ----- ナンパされているところを栄子に助けられたニセイカ娘の中の人。試しにれもんでバイトをすることになるが、その美貌目当ての男性客で店は大繁盛してしまう。そんなれもんに南風の店長が現れ、イカ娘を替わりに借りていくという。嫌がるイカ娘だったが無理やり南風に連れて行かれ…。

イカ娘が体調を崩して倒れてしまった。人間と同じ生活をしていた為、夏バテになったと見立てたれもんの一同はイカ娘に夏バテ対策を施すのだが一向に回復の兆しが見えない。高熱で完全に寝込んでしまったイカ娘から栄子が聞いた病名は、人間界には存在しない謎の奇病だった。その病気にかかるとエビが…。 ----- たけるに指摘されて頭に備わっているヒレ状のピコピコが動くことに気がついたイカ娘。そのピコピコに秘められた能力が意味不明の為、れもんの一同は頭をひねる。攻撃用なのか水中コミュニケーション用なのか、はたまた空中飛行用なのか。結論は出ないまま…。 ----- 雨の中、買出しに付き合うことになったイカ娘は、栄子から借りたビニール傘に興味を示す。自らに似通った形状、雨粒をブロックするバリヤ機能。傘にただならぬ親近感を抱いたイカ娘は、調子に乗って傘を振り回して水滴を撒き散らすのだが、高機能の傘が目に留まり！？

宿題の絵をスケッチしに出かける為、晴れを願っててるてる坊主を作っていたたける。せっかくならこの場で描いてしまおうということで、イカ娘はたけるのスケッチを手伝うと言い出した。自らもペンを取ったイカ娘が描いたイラストの出来栄えに一同は驚愕してしまう！？ ----- イカ娘に抱き付こうとして、激しく弾き飛ばされてしまう早苗の姿は日常風景となっていた。そんな早苗の病んだ行動を心配した栄子は、早苗にイカ娘断ちするよう促す。その方がイカ娘に気に入ってもらえるのならと早苗は奮起するが、それは想像を絶する苦行だった。 ----- 清美が所属している野球部のピッチャーが練習試合を目前に体調を崩してしまった。イカ娘は急遽助っ人として試合に参加するのだが、ルールを知らないイカ娘は早速守備でミスをしてしまう。ミスに対して優しい言葉で励ます清美の振る舞いに感動したイカ娘は、イカの能力を発揮して！

子供の頃に大事にしていたという人形を栄子が引っ張り出してきた。朽ちた人形の不気味な風貌を気味悪がるイカ娘だったが、栄子は懐かしさから部屋に飾ると言い出した。その夜、棚に置いた人形の視線が気になってしょうがないイカ娘は、人形の向きを変えておいたのだが･･･？ ----- 日夜、宇宙人を求めて徘徊するシンディと3バカトリオが、イカ娘の次にターゲットにしたのは千鶴だった。人間離れした身体能力が宇宙人として疑われたのだ。早速、毛髪や血液などの実験サンプルを入手しようと様々な発明品を使って千鶴に近づこうとする3バカトリオだったが･･･？ ----- れもんのメンバーと一緒に登山に挑むイカ娘だったが、山登りの楽しみを理解していないため山道は苦痛でしかなかった。歩き疲れ、ずるをして触手を伸ばそうとしたその時、触手に山の動物たちが噛みついた！触手をえさと勘違いした動物たちをイカ娘は振り切ろうとするのだが･･･？

恒例のビーチバレー大会に、イカ娘と栄子がペアで参加することになった。優勝の景品である3Dテレビを目当てに、いつもの面々が立ちはだかる！早苗&シンディペア。悟郎&磯崎ペア。渚&清美ペア。南風の店長や3バカトリオまで登場して、勝負は混迷してゆく！ ----- イカ娘の触手が動かなくなってしまった。様々な治療をほどこしても回復せず、途方にくれるイカ娘。頭のピコピコも動かなくなり、イカスミまで薄まってしまったイカ娘が下した決断とは･･･？ ----- 触手回復の目途が立たず、侵略者としての自覚、イカである事の誇りを失ってしまったイカ娘の前に･･･ふと現れたのは？