12世紀後半、源氏と平家が覇権を争った戦乱の時代に活躍した武将・源義経（滝沢秀明）の波乱の生涯を描く。1159年、平治の乱で源氏は壊滅的な打撃を受ける。総大将・義朝（加藤雅也）の愛妾・常盤（稲森いずみ）は京を追われ、乳飲み子の牛若（後の義経）とその兄弟を連れ逃亡。が、常盤は道中で義朝が死に、母が平家に捕えられたと知る。覚悟を決めた常盤は平家総大将・清盛（渡哲也）に出頭。自分の命と引き換えに、母と子の助命を請う。

清盛（渡哲也）を父と信じ、牛若丸（神木隆之介）は7歳に成長。だが、清盛の嫡男・重盛（勝村政信）は、源氏の遺児に処分がないのはおかしいと、清盛に牛若丸の処断を迫る。ある日、清盛は大切な屏風に牛若丸の落書きを発見。が、清盛は牛若丸を責めず、屏風に描いた理想の都・福原への夢を語る。一方、清盛の妻・時子（松坂慶子）は夫が常盤（稲森いずみ）の家に通っていると噂を聞く。驚いた時子は常盤と面会。常盤が清盛の子を妊娠中と知り愕然とする。

平家に出入りを禁じられた牛若（神木隆之）は、都で孤児の五足（北村有起哉）らと遊ぶようになっていた。その姿を見た重盛（勝村政信）は、源氏の残党が牛若を中心に結集する恐れがあると清盛（渡哲也）に進言。清盛から牛若の処分を迫られた常盤（滝稲森いずみ）は、牛若を仏門に入れることを決意する。鞍馬寺へ預けられた牛若は遮那王（滝沢秀明）と名づけられ修行を開始。だが、理由もわからず出家させられた牛若は母を慕い、たびたび寺を抜け出す。

鞍馬寺での修行でたくましく成長を遂げた遮那王（滝沢秀明）。だが、心の中では自分が源氏の血を引いている事実を受け入れられずにいた。遮那王は自分が源氏だと教えてくれた新宮十郎（大杉漣）を捜しに都へ。だが、新宮十郎は姿を消しており、失意の遮那王は迷いを捨てるため、鬼一法眼（美輪明宏）のもとで兵法に打ち込む。一方、都では濡れ衣から寺を追放された武蔵坊弁慶（松平健）による刀狩りが騒ぎになっていた。

洛中から戻る途中、遮那王（滝沢秀明）は五条大橋で平家から刀狩りをしていた弁慶（松平健）に呼び止められる。弁慶は遮那王を平家と勘違いし襲いかかるが、鞍馬山で鍛えられた遮那王の武術に一蹴される。一方、清盛（渡哲也）は時子（松坂慶子） に徳子（中越典子）を帝の妃にする計画を告白。時子ら一門の女たちは水面下で動きはじめる。そんな中、伊豆の国主・源頼政（丹波哲郎）が清盛を訪問。そのとき、源氏の家宝である髭切（ひげき）りの太刀が、幼き日の頼朝（池松壮亮）にすり替えられていたことが判明する。

遮那王（滝沢秀明）を消そうとする平家の圧力は、鞍馬寺まで及びはじめていた。盛国（平野忠彦）は鞍馬寺を訪ね、遮那王の出家が遅れていると覚日（塩見三省）を責める。吉次（市川左團次）は遮那王の身を案じ、都を去って先祖ゆかりの奥州に移れと勧める。同じころ、伊豆では遮那王の腹違いの兄・頼朝（中井貴一）が北条時政（小林稔侍）の監視下で暮らしていた。ある日、狩りに出た頼朝は、時政の娘・政子（財前直見）に出会う。

ある日、福原へ向かう清盛（渡哲也）の行列を見かけた遮那王（滝沢秀明）。かつて清盛が語った理想郷・福原へのあこがれを強める。遮那王は吉次（市川左團次）に同行を頼み、福原へ。その海の光景に感動するが、船上に清盛に似た人影を見たとき、自分と清盛との埋まらない隔たりを悟る。そのころ伊豆では、政子（財前直見）が恋わずらいに沈んでいた。政子を心配する時政（小林稔侍）は、その原因が頼朝（中井貴一）だと知り動揺する。

遮那王（滝沢秀明）が奥州行きの準備を始める一方、平家では摂関家との間で衝突が続き、清盛（渡哲也）と重盛（勝村政信）の間に意見の対立が生まれていた。また都では、伊豆の頼朝（中井貴一）が政子（財前直見）と親密な仲になっているとの 噂が飛び交い、源氏の復興を恐れた宗盛（鶴見辰吾）は清盛に遮那王の処分を急ぐよう進言。平家の脅威を感じた遮那王は、都を離れる前にお徳（白石加代子）のもとを訪ね、清盛に会いたいと訴える。

遮那王（滝沢秀明）は京を離れ、供を申し出る喜三太（伊藤淳史）を連れて奥州平泉に出発する。道中、遮那王は山賊の三郎（南原清隆）に襲われたのを弁慶（松平健）に助けられ、弁慶を家来に。三郎にも家来になりたいとせがまれる。その後、遮那王は尾張で吉次（市川左團次）と合流。吉次から尾張が亡き父・義朝の最期の地だと聞いて、その場で元服を決意し、「源九郎義経」と名を改める。元服を果たした義経は、平家の追っ手から逃れるため、陸路を避け、海路を選択。吉次の手引きで次郎（うじきつよし）の船に乗り込む。

義経（滝沢秀明）ら一行は、藤原秀衡（高橋英樹）が支配する奥州・平泉に到着。その夜、自分たちを歓迎する酒宴の席で、義経は秀衡らの前で眠ってしまう。無礼な行動に怒った秀衡の嫡男・泰衡（渡辺いっけい）らは義経を保護することに反対。が、秀衡はようすを見るよう指示する。その後、義経が実は自分に一目おいていたことを知った秀衡は徐々に義経に好意を抱くように。義経が人を引き寄せる天性の魅力を備えていると気づく。

義経（滝沢秀明）は泰衡（渡辺いっけい）を捜しに出た。途中、断崖の木に引っ掛かった泰衡の武具を発見。たくみに手綱を操って断崖を駆け降りると、傷だらけの泰衡が壁にもたれていた。秀衡（高橋英樹）は泰衡の救出に成功した義経に直々に太刀を贈る。この件で義経の器量が評判になり、娘との縁談を申し出る者が現われるように。義経が断わったため、「義経の正妻はうつぼ（上戸彩）なのでは」という噂が広まってしまう。

平泉から越後への旅路にあった義経（滝沢秀明）は、女武者に追われる男侍と出会った。それがいとこの義仲（小澤征悦）とその恋人・巴（小池栄子）だと知り、胸を高鳴らせる義経は、後を追う。一方、都の人々は頻発する火事や盗賊の横行に、恐怖と不安を募らせていた。やがてそれは、平家への不満となってくすぶるように。そんな中、清盛（渡哲也）がもっとも信頼していた嫡男・重盛（勝村政信）が死去。平家の栄華に陰りが見えはじめる。

重盛（勝村政信）の死後、平家の横暴は目に余るものに。京に残って、清盛（渡哲也）に仕えていた源氏一門の仲綱（光石研）は宗盛（鶴見辰吾）からひどい侮蔑を受ける。仲綱の父で源氏の長老・頼政（丹波哲郎）は屈辱に耐えかね、平家を討伐しようと決意。皇族の以仁王（岡幸二郎）をかついで頼朝（中井貴一）や義仲（小澤征悦）ら全国の源氏に挙兵を呼びかける。奥州に滞在中の義経（滝沢秀明）のもとにも、叔父の行家（大杉漣）が使者としてやってくる。

平家打倒に立ち上がった源氏の長老・頼政（丹波哲郎）は、知盛（阿部寛）らが率いる追討軍の前に敗北。頼政は立てこもった宇治の平等院で自害する。遷都を強行し、権力の頂点を極めた清盛（渡哲也）は頼政の亡霊に悩まされるように。そんな中、反平家の機運が高まっていた東国では、その大将に担ぎ上げられた頼朝（中井貴一）が兵を挙げる。頼朝の挙兵を知った義経（滝沢秀明）は奥州を発って兄の軍勢に加わりたいと秀衡（高橋英樹）に訴える。

兄・頼朝（中井貴一）が平家に兵をあげたと聞き、義経（滝沢秀明）は平泉をたった。頼朝と対面した義経は、敵陣の見張りを命じられる。その夜、平家は水鳥の羽音を敵の襲撃と間違え、次々と陣を逃げ出す。義経はその陣の跡でケガをした静（石原さとみ）を見つける。

盗賊が横行し、京は荒れ放題の状態に。都を福原から京に戻そうという声が平家の中にも多くなり、ついに清盛（渡哲也）は京へと戻る命令を出す。そんな中、頼朝（中井貴一）と亀の前（松嶋尚美）の密会現場を政子（財前直見）が目撃。怒った政子によって家を焼かれ、鎌倉にいづらくなった亀の前は故郷へ帰ることに。亀の前を見送った義経（滝沢秀明）は、静（石原さとみ）に「今も京に帰りたいのか」と問いかけ、「そばにいてほしい」と心の内を打ち明ける。

義経（滝沢秀明）と結ばれた静（石原さとみ）は京に戻らず、鎌倉で暮らすように。三郎（南原清隆）らは弁慶（松平健）がしつこく静を京に帰そうとするのを見とがめ、説教する。が、色恋に興味のない弁慶は義経と静の関係が理解できない。そんなとき、弁慶は海で溺れ、漁師の娘・千鳥（中島知子）に助けられる。成り行きから千鳥の裸を見た弁慶は、赤面して礼も言わずに逃げ帰ってしまう。一方、義経を呼び出した政子（財前直見）は嫁を世話したいと申し出る。

頼朝（中井貴一）の御所内に屋敷をもらった義経（滝沢秀明）だが、目立った仕事は与えられず、家来たちは不遇を嘆いていた。そんなとき、京では清盛（渡哲也）が突然、病に倒れる。時子（松坂慶子）ら平家一門は全力で看病するが、熱は下がらず、清盛の死が迫っていると覚悟を決める。頼朝から清盛の危篤を聞かされた義経は、内心の動揺を隠し、源氏の一員として気丈に振る舞う。

義経（滝沢秀明）は頼朝（中井貴一）から兄・範頼（石原良純）を紹介された。清盛や五足（ごたり）の死で落ち込んでいた義経は、数少ない肉親と巡り合えたことを喜ぶ。頼朝は主だった家臣と弟を集め、平家の衰退を教訓にして武家による新たな政治体制を築くという方針を発表する。一方、清盛の遺言に従って源氏討伐に向かった平家の大軍は、尾張で行家（大杉漣）を破る。

平家と戦う前に背後を固める必要を感じた頼朝（中井貴一）は北関東に出兵し、東国一円に支配権を確立。さらに行家（大杉漣）をかくまっていることを理由に、みずから大軍を率いて義仲（小澤征悦）を攻める。和睦の条件として、頼朝は義仲の子・義高（富岡涼）を鎌倉に送るよう要求する。一方、戦が相次いでいるにもかかわらず義経（滝沢秀明）に出陣の命令がなく、弁慶（松平健）は不満をもらす。

義経（滝沢秀明）は酒宴に誘われた。その席で良郷（伊藤達広）が「義仲（小澤征悦）の“人質”である義高（富岡涼）を亡き者にすべき」と発言。怒った頼朝（中井貴一）に良郷の処遇を任された景時（中尾彬）は、良郷を斬首。義経は、情よりも理を尊ぶ頼朝に異論を唱える。

義仲（小澤征悦）に敗れた後、平家の衰えが顕著に。都では夜盗が横行するようになる。宗盛（鶴見辰吾）は敗軍の将・維盛（賀集利樹）に激怒し、都に戻ることを禁じる。一方、義経（滝沢秀明）は三郎（南原清隆）に命じて鎌倉から大軍が向かっているとのうわさを義仲の陣営に流させる。義経は義仲が退却すれば戦わずにすむと期待したのだった。が、義仲は逆に、先手をとって京へと兵を動かす。

義経（滝沢秀明）は8年ぶりにうつぼ（上戸彩）と再会し、平家が都落ちをしたことを聞く。義経は、平家追い討ちに向かう義仲（小澤征悦）の動向を探ることに。一方、後白河法皇（平幹二朗）は没落した平家を見限り、比叡山に身を隠す。3日後、義仲はついに都入りをする。

義経（滝沢秀明）は義仲（小澤征悦）の動向を見守っていた。義仲の軍勢は、兵糧不足のため都で乱暴を働くようになる。一方、平家は兵を募り、勢力の巻き返しを図っていた。没落した平家に代わって義仲を頼った後白河法皇（平幹二朗）も彼を見限り、頼朝（中井貴一）に密偵を送る。都の異変を知った義経は、義仲らのようすを頼朝に書状で知らせ、義仲追討の指示が下るのを待つ。

近江で軍議を重ねる義経（滝沢秀明）と範頼（石原良純）は、義仲（小澤征悦）を討つために軍を二手に分けて京へ。都入りした義経軍は、幽閉されていた後白河法皇（平幹二朗）を救出する。2つの軍勢に追われて兵力を分散させられた義仲軍は、義経軍によって討たれる。初陣で義仲を破った義経の名は、都中に知れ渡る。義経は源氏の大将として京に凱旋し、うつぼと再会する。

御所の前に義仲（小澤征悦）の首をさらすことになった。だが、義経（滝沢秀明）は気が進まない。その心中を探ろうと、後白河法皇（平幹二朗）と丹後局（夏木マリ）は、義経を御所に呼ぶ。そんななか、義経は静（石原さとみ）と静の母・磯禅師（床嶋佳子）をそばに置く決心を。

平家は10万の軍勢を集めて、一の谷に陣を構えた。義経（滝沢秀明）と範頼（石原良純）は二手に分かれ、その一の谷を目指す。源氏の動きを読んでいた知盛（阿部寛）は先手を打ち、資盛（小泉孝太郎）らを三草山に向かわせる。だが、三草山に差しかかった義経は、敵の気配を察知。義経は少数で一の谷の本陣を偵察した上で、敵の兵力を分散させる戦略を考える。

義経（滝沢秀明）らは一の谷の戦で平家を破る。戦には勝ったものの、三種の神器は平家の手中に。義経は生け捕りした重衡（細川茂樹）と引き換えに三種の神器の返却を迫ろうと提案。だが、平家は拒否。そんな中、頼朝（中井貴一）は重衡を鎌倉に連行するよう命じる。

一ノ谷での義経（滝沢秀明）の武功に対し恩賞を与えるべき、という風潮が高まった。それを無視する頼朝（中井貴一）をよそに、後白河法皇（平幹二朗）は義経を検非違使左衛門少尉に任命する。戦の恩賞については頼朝の裁量内であったことから、政子（財前直見）らは頼朝への反発と考える。頼朝は法皇に取り込まれる義経を思うと歯がゆい。そんな中、義経の母・常盤（稲森いずみ）が病にふせる。

検非違使になった義経（滝沢秀明）は、夜盗の横行に頭を悩ませていた。朱雀の翁（梅津栄）は彼を慕う盗賊を集め、源氏の兵にする代わりに、足を洗わせる。それが功を奏し、夜盗は激減し、義経は後白河法皇（平幹二朗）に従五位下への昇格を打診される。受けるべきか迷った義経は、頼朝（中井貴一）にうかがいをたてるが、頼朝は法皇の胸中を探ろうと返事を返さない。

義経（滝沢秀明）は都をたった。そのことは宗盛（鶴見辰吾）ら平家の耳にも入る。義経らは屋島の対岸・摂津に到着。義経は、味方の水軍が到着するまで待てないと判断し、屋島へ渡る方法を考える。だが、いまの兵力では危険と考えた景時（中尾彬）は、義経に異議を唱える。

義経（滝沢秀明）は屋島に着いた。多勢に無勢の義経は屋島を煙で包み、奇襲攻撃を仕掛ける。宗盛（鶴見辰吾）は三種の神器を船に移し逃走。直後、時子（松坂慶子）は小船に日輪の扇を掲げ、源氏を挑発する。義経は弓の名手・与一（今井翼）に扇を打ち落とすよう命じる。

義経（滝沢秀明）は平家方の熊野水軍の動向を探ることに。熊野別当の湛増（原田芳雄）は豪胆な男だったが、義経は弁慶（松平健）の意思を酌み、弁慶を交渉に行かせる。義経は平家のいる長門へゆっくり向かう。4日の行程をひと月かけ、兵を船に慣らそうと考えたのだ。

義経（滝沢秀明）は長門を目指していた。義経は、平家に包囲されている豊後の範頼（石原良純）の動向が気になり、手紙を出す。その後、義経は、味方についた五郎（坂部文昭）から、妹・能子（後藤真希）のようすを聞く。能子を戦に巻き込みたくない義経は、妹に手紙を送る。

元暦2年3月、源氏と平家による壇ノ浦の戦いが始まった。義経（滝沢秀明）は、安徳帝（市川男寅）が乗っていると思われる唐船を目指す。だが、中からは敵の兵士が。潮の流れも悪く、形勢不利を察した義経は、戦のおきてを破り非戦闘要員の水夫梶取（かこかんどり）を射るよう命じる。

壇ノ浦の戦いが終わった。弁慶（松平健）らが戦場を見回っている間、義経（滝沢秀明）は亡き清盛との日々や、今日までの源平の戦いを振り返る。戦には勝ったものの、義経はむなしさと理由のない胸騒ぎを実感。その夜、義経は捕えた宗盛（鶴見辰吾）らと対面する。

頼朝（中井貴一）は許可なく後白河法皇（平幹二朗）に官位をたまわった20名余りの処罰を考えていた。頼朝は義経（滝沢秀明）以外の者たちに、美濃より東に渡ることを禁じる。そんな中、義経は法皇を訪ね、三種の神器の神璽と神鏡を法皇に返納。神器を戦の駆け引きに使おうと考えていた頼朝は激怒し、景時（中尾彬）と範頼（石原良純）に、義経に従わないよう命じた文を送る。

義経（滝沢秀明）はお徳（白石加代子）から、頼朝（中井貴一）が自分を信用していないことを聞かされ、もどかしく思っていた。そんな中、行家（大杉漣）が義経を訪ね、頼朝と対立しようと提案。内紛を避けたい義経は提案を断る。一方、鎌倉では心を閉ざしていた大姫（野口真緒）が「義経に会いたい」とつぶやいた。それを聞いた政子（財前直見）は、義経を鎌倉に呼ぼうと計画する。

義経（滝沢秀明）は鎌倉に入れず、腰越で足止めを食っていた。そこに千鳥（中島知子）と杢助（水島涼太）が登場。義経は外に連れ出そうとする千鳥を怪しむ。詰問すると大姫（野口真緒）の心の病を癒やすため義経と会わせようと考えた政子（財前直見）に、義経を連れ出すよう頼まれたと告白。それでも義経は頼朝（中井貴一）を気にし、会うことを拒む。弁慶（松平健）は頑なな義経に異議を唱える。

義経（滝沢秀明）は、頼朝（中井貴一）への手紙を公文所の広元（松尾貴史）に託した。広元は手紙を読まずに政子（財前直見）に相談。2人を会わせたくない政子は、義経の処分を決める席で手紙が来たことを明かす。だが、みんなの手前、頼朝は「手紙は読まない」と断言する。

鎌倉入りを拒まれた義経（滝沢秀明）は、頼朝（中井貴一）の真意を考えていた。一方、頼朝も今回の処置で、義経に謀反の心が芽生えるのではないかと案じる。対応を考えた頼朝は、宗盛（鶴見辰吾）と清宗（渡邉邦門）の斬首を命じる手紙を送る。手紙を受けた義経は、心迷う。

義経（滝沢秀明）は、頼朝（中井貴一）の命により佐藤忠信（海東健）に宗盛（鶴見辰吾）の首を討たせた。義経は頼朝とは別の道を進むことを静（石原さとみ）に明かす。そんな折、弁慶（松平健）から自分が任命した代官がすべて頼朝に罷免され、兵糧を没収されたと聞く。

義経（滝沢秀明）は、後白河法皇（平幹二朗）から与えられた伊予の国を頼朝（中井貴一）に奪われた。義経への怒りがおさまらない頼朝は、刺客を都に送り込む。そんななか、弁慶（松平健）は、知り合いの僧・土佐坊昌俊（六平直政）が都に来ていると知り、堀川の館を訪ねる。

義経（滝沢秀明）は、頼朝（中井貴一）との戦を避けるために都を離れる決意をした。翌日、後白河法皇（平幹二朗）は義経と行家（大杉漣）に西国行きを命じる。数日後、九州に向かった義経の船は、嵐の中で平知盛の亡霊に遭遇し、転覆してしまう。義経は、助かった弁慶（松平健）や静（石原さとみ）とともに散り散りになってしまった郎党を捜すが、自分と行家に対し追討の院宣が出たことを知る。

静（石原さとみ）と別れた義経（滝沢秀明）らは、頼朝（中井貴一）の追っ手を逃れていた。一方、静は都に戻る途中で武士に捕らえられる。そんななか、頼朝によって解官させられた後白河法皇（平幹二朗）は、義経を仲間に引き入れようと、義経の逃亡の手助けをする手紙を出す。

義経（滝沢秀明）らは、つかまった静（石原さとみ）が鎌倉へ送られることを知った。義経らは道中で救出しようと計画するが、静の母・磯禅師（床嶋佳子）は静をそっとしておいてほしいと頼む。2日後、義経は静の救出に向かう。だが、自分をおびきだすためのわなだと気づく。

義経（滝沢秀明）の逃亡は滞り、加賀国を目前にしていた。頼朝（中井貴一）は、義経が秀衡（高橋英樹）へ助けを求める前に捕えるよう命じる。義経らは、山伏にふんして安宅の関所を通ることに。だが、義経らは関守の泰家（石橋蓮司）に正体を怪しまれ、呼び止められる。

義経（滝沢秀明）一行は平泉に到着した。秀衡（高橋英樹）は義経にゆっくり過ごすよう勧める。義経は静（石原さとみ）が子を産んだが、頼朝（中井貴一）の手にかかり死んでしまったことを知る。義経の居場所を知った頼朝は、義経を引き渡すよう、秀衡に対する院宣を請う。