Le 20 mars 1963, les prisonniers et le personnel du pénitencier d'Alcatraz disparaissent subitement. Soit 302 hommes disparus sans laisser de traces du jour au lendemain. Près de 50 ans plus tard, le mystère reste entier ! Selon la version officielle, les détenus ont été transférés hors de l'île et Alcatraz fermait ses portes pour insalubrité en raison de coûts de rénovation trop exorbitants... De nos jours. Le détective Rebecca Madsen, qui a perdu son co-équipier trois mois plus tôt, enquête sur un homicide qui va l'entraîner sur la piste d'Alcatraz. Elle va se heurter à un certain Emerson Hauser, du FBI, qui reprend l'affaire en mains. Dépitée, elle trouve une aide inattendue auprès du Dr Diego Soto, un expert d'Alcatraz qui a publié pas moins de quatre livres sur le sujet...

Lorsqu'un sniper prend pour cible de jeunes victimes dans un parc d'attractions, le détective Rebecca Madsen, l'historien Diego Soto spécialiste d'Alcatraz et l'énigmatique agent du gouvernement Emerson Hauser tentent de résoudre le mystère. Les premiers éléments de l'enquête portent à croire qu'il s'agit d'Ernest Cobb, un des prisonniers disparus d'Alcatraz qui aurait refait surface à son tour...