Johnny McKee, nel 1963 detenuto ad Alcatraz accanto alla cella di Jack Sylvane, ritorna a piede libero nella città di San Francisco, dove ricomincia a uccidere persone utilizzando sostanze chimiche. Hauser, Rebecca e Soto riescono a rintracciare il luogo da lui usato come laboratorio, qui trovano gli indizi, legati all'ammirazione del ricercato verso le opere di Jules Verne, che li conducono presso il suo prossimo bersaglio: la metropolitana della città. Quando arrivano sul posto, McKee ha già bloccato uno dei treni, dove ha iniziato a liberare del gas nocivo. Con l'assistenza del personale della stazione metropolitana, riusciranno a salvare i passeggeri, mentre McKee rimane folgorato in modo non letale mentre tenta la fuga; l'uomo sarà quindi arrestato e portato presso la prigione segreta dove sono rinchiusi Sylvane e gli altri ex detenuti di Alcatraz misteriosamente scomparsi quasi 50 anni prima.