私立高校・陽輪学園で生物を教える中村は、争いや自己主張を好まない性格。授業中にほかの科目の勉強をしている生徒も黙認するありさまだった。ある日、中村は思いを寄せる国語教師・みどりにさりげなく迫るが、やんわりとフラれてしまう。そんな中、健康診断の再検査で、がんが発覚。2日後、動揺を隠せない中村は、「どうして僕ではダメなのか」とみどりに問い、「小さくまとまっている」と指摘される。

がんで余命1年と宣告された中村は情緒不安定になり、恋心を抱く同僚のみどりともギクシャクした関係に。そんな中、みどりの父で陽輪学園の理事長・秋本は、エリート教師の久保とみどりの仲を取り持とうと2人を食事に誘う。一方、中村はなげやりになり、第一志望以外の大学には行かないという生徒・栞に「バカじゃないの？」と言い放つ。数日後、中村は自殺をはかるが失敗。病院に見舞いに訪れた教師たちに事故だと説明する中村を見て、みどりは疑問を抱く。

1日1日を前向きに過ごそうとビデオ日記を始め、学校でも積極的な行動をとりはじめた中村。放課後、熱心に授業の予行練習を行なう姿を見た理事長・秋本は、中村に対する見方を変えはじめる。そんな中、体育教師の赤井の結婚が決まる。赤井に思いを寄せていた生徒・りなはショックを受け、学校に来なくなる。りなの純粋な気持ちに心を打たれた中村は、久保との関係に薄々気づきながらも、みどりに再び思いを伝えようと決心する。

みどりに再度告白した中村は、交際を断わられながらも思いを伝えられたことに満足する。そんなある日、中村のクラスで妊娠騒動がぼっ発。「親に知られたくない」と無責任な発言をする当事者の雅人に中村は憤るが、雅人に反省の色はない。数日後、中村は誤って雅人を階段から突き落としてしまい、自宅謹慎を言い渡される。

教え子の雅人を突き落とした疑いで処分を待つ中村は、教師を続けたいと強く願う。理事長・秋本は中村が雅人に宛てた手紙を読んで真相を知り、中村の処分を取り消す。そんな中、職員室に愛華の連絡先の問い合わせが殺到。ワケがわからず教師たちは困惑する。一方、みどりは久保に結婚を前提にしたつきあいはできないと告げ、めぐみの進路について中村に相談。中村は、かつての自分と同じように歌手になると固く決意するめぐみを励ます。

みどりと交際を始めた中村は、日々の暮らしにも活気が出はじめる。だが、薬を偶然発見して中村の病気に勘づいた麗子は、2人の交際を知って複雑な思いに。一方、理事長の秋本は死んだ母親が久保との結婚を望んでいたと嘘をついたことをみどりに謝り、みどりが信じた人を信じると話す。週末、中村は映画や遊園地へ出かけ、楽しいひとときを過ごす。また後日、みどりがおにぎりやみそ汁とともに2人のお椀を持って中村の家へ。中村は幸せを感じるが、いつか病気のことを話さなければならないことに思い至り、つらい気持ちになる。時間がこのまま止まればいいと願う中村に、麗子は病気のことを尋ねる。

中村の病気を知ったみどりは、翌日学校を休み、金田を訪ねる。その夜、以前と変わらぬようすで接するみどりに、中村はつらい思いをさせたくない一心で別れを告げる。週末、中村は病気のことを母・佳代子に伝えるため田舎へ帰省。幼少時によく歌を歌っていた教会で思い出に浸っていると、そこにみどりが現われる。佳代子はみどりを息子の婚約者だと勘違いして家に泊まっていくように勧め、亡き夫からもらった形見のネックレスをみどりに渡そうとする。

中村とみどりは、結婚を決意。だが、みどりから中村が胃がんで余命がわずかしかないことを聞いた秋本は、愛する娘の将来を思い、ひとり苦悩する。後日、中村はみどりとともに秋本のもとへ。結婚の許しを請うが、秋本は終始反対の姿勢を崩さない。2人は秋本の気持ちを痛いほど理解しながらも、結婚の意志をますます強くし、中村の家でともに暮らしはじめる。また、みどりの提案で、結婚式は中村が幼いころによく歌を歌った故郷の教会で行なうことが決まる。結婚の発表を聞いた同僚の教師たちは、それぞれの思いで2人を見守る。そして秋本の賛同が得られないまま迎えた結婚式当日、教会に意外な人物が姿を現わす。

無事結婚式を挙げた中村とみどりは、同僚の教師たちに中村の病気のことを公表。寝耳に水の岡田と赤井はショックを受ける。また、結婚を知った生徒たちは、驚きながらも2人を祝福する。一方、放課後の合唱には、吉田と栞を除く全員が参加するように。中村はうれしくなり、合唱コンクール出場を目標に掲げるが、塾をさぼって合唱に励む子供たちをよく思わない保護者たちは学校に抗議する。そんな中、中村は学校で倒れ、病院に運ばれる。

中村は退院し、再び教壇に立つ。中村の余命が短いことを知った生徒たちはどのようにふるまえばいいかわからず困惑する。しかし、クラス全員が模擬試験で志望校のA判定をとれば保護者たちも放課後の合唱の継続を認めてくれると知り、吉田を除く全員が必死に勉強に取り組むように。中村は生徒たちの頑張りをうれしく思う。そんな中、イラだちを募らせる吉田を心配した久保は、中村が合唱を始めたのは、吉田が勉強ばかりでつらそうに見えたからだと本人に告げる。

余命の宣告から1年以上が経過。病状が悪化しても入院しない中村をみどりはそっと支える。そんな中、中村のクラスの生徒が次々と受験に合格。吉田だけが落ちてしまうが、「落ち込んでられない、まだ合唱がある」との前向きなことばを受け、合唱は再開される。だが、大会の準決勝を終えて拍手に包まれる舞台で中村は倒れる。