A harmadik évad első epizódja hét hónapot ugrik az időben. Tomot vezetőnek választották, ám egyik döntése felháborodást vált ki. Eközben Hal rémálmokkal küzd, Anne pedig mindenórás terhes.

A megszállókkal szembeni gyűlölet újra tetőfokára hág, amikor egy atomfizikus merész tervvel áll elő. Eközben egyre több jel mutat arra, hogy a csapat tagjai között ellenséges besúgó rejtőzik. A vezetők emiatt kegyetlen döntésre kényszerülnek. Anne aggódik újszülött gyermeke miatt.

Az idegen megszállás második évfordulóján Charleston polgárai támadásra készülnek, ám végül egy mesterlövész őket támadja meg. Hal úgy véli, hogy megtalálta a besúgót. Eközben Anne aggodalma tovább fokozódik.

Az idegenek technológiáját használva Charleston lakói meghiúsítanak egy támadást. Ezt követően Tomot találkozóra hívja egy rejtélyes idegen. A csapat olyan információ birtokába jut, ami mindannyiuk életét veszélyeztetheti.

A küldetés rémálomba fordul, Tom és Pope a túlélés érdekében fegyverszüntetet köt. Weaver mindent kockára tesz, hogy megtalálja a két férfit. Ezalatt Marina megkérdőjelezi Tom vezetői tekintélyét.

Hal-ban tudatosul, hogy mi okozhatja belső vívódását. Lourdes egy új és meglehetősen veszélyes műtéti eljárással kísérletezik. A csapat kutatásba kezd, ami aztán vezetőváltást eredményez.

Masonék élete veszélybe kerül, amikor egy vidéki ház barátságtalan lakói fogságba ejtik őket. Az idegen technológián alapuló fegyver építése lassan halad és konfliktust szül.

Útban Charleston felé Tom sokkoló felfedezést tesz. Ezalatt Pope és Weaver lépéseket tesz a feltételezett besúgó kiiktatására.

A csapat bizalmas információ birtokába jut, ám ekkor hatalmas robbanás rázza meg Charlestont, és fény derül a besúgó kilétére is.

A 2. ezrednek sikerül elpusztítani egy fontos espheni bázist, és ezzel legyőzni egy könyörtelen ellenséget. Az űrből új lények érkeznek a földre. A túlélők sorsa továbbra is bizonytalan.

Tom élete veszélybe kerül a tragikus, ámde sikeres küldetés után. Anne átveszi a 2. ezred vezetését, miközben új terv készül a háború megnyerésére.

A fürgék támadása után a 2. ezred ételt keres. A csoport azt is felfedezi, hogy az espheniek egy hibrid lényt hoztak létre.

A 2. Ezred rábukkan az ellenség láthatóan kifogyhatatlan erőforrására. Eközben Tom megpróbálja összefogni a megmaradt milíciákat.

Sara halála teljesen összetöri Pope-ot, a férfi bosszút esküszik Tom ellen és szövetségeseket toboroz Mason ellen. Anthony is a többiek ellen fordul. Közben Anne Cochise életéért küzd.

A 2. ezred elhagyja a Chinatownt abban a reményben, hogy megkezdődik az utolsó küzdelem az Espheni ellen. Útjuk során az ellenállók összezavarodott és kétségbeesett lövészekkel találkoznak, akik túszul ejtik Weavert. Eközben Tom megpróbálja megvédeni Halt Popetól és veszélyes túlélő csoportjától.

A sebesült Tomot egy család fogadja, amely elhatárolódott a háborútól eközben a csoport talál egy espheni eszközt.

A 2. ezred biztonságos menedékhelyre érkezik. Amint a két csoport terveket készít az espheni elleni utolsó támadásra, a 2. ezred kezd rájönni, hogy a dolgok nem pontosan azok, aminek látszanak.

Weaver rájön a fájdalmas igazságra régi barátjával kapcsolatban és a 2. Ezred védelmére kel. Közben Maggie és Isabella kénytelen szövetkezni, Tom pedig csapata megmentésén dolgozik.

Tom erőteljes fegyvert kap az Esfeni ellen. Közben Ben az életét kockáztatja, hogy megszerezze az ellenség tervét. Pope végső támadásra indul, a 2. Ezredet pedig nem várt vendég látogatja meg.

A végső küzdelem emlékezetes helyre hozza a Mason családot, a 2. ezredet és új szövetségeseiket.