Comença el nou curs a l'Acadèmia de Ninges. Entre els nous alumnes hi ha en Rantaro, en Shinbei i en Kimaru, tres nens que aviat seran nomenats nintama, alumnes de primer any. Els nois no estan gaire interessats en l'aprenentatge, prefereixen veure la televisió, jugar a videojocs, tenir diners per a capricis i menjar el que els vingui de gust. Dia a dia, a més de seguir l'aprenentatge ninja, amb els mestres Doi i Yamada, s'enfrontaran als altres grups i clans enemics de l'acadèmia i també tindran temps d'escapar-se una estona i viure la vida, especialment estar amb les kunoichi, les noies ninges, o rebre la visita dels seus familiars.

Rantarou, Shinbei e Kirimaru sono apprendisti ninja nel Ninja Gakuen, dove quelli di primo grado sono chiamati "Nintamas" (contrazione delle parole ninja+tama (uovo)). Devono imparare tutto ciò che un ninja deve sapere, ma per i nostri eroi sono più interessanti i soldi, il cibo o il gioco. La serie mostra le avventure quotidiane dei nostri eroi, segmentate in modo cartoon, come 2 piccoli episodi in uno show di 30 minuti. Il cast include anche gli insegnanti (Doi-sensei e il crossdressing Yamada-sensei), i nintama kunoichis, i cattivi (Dokutake ninjas) e persino i membri della famiglia di tutto il cast..

ときは戦国時代。先祖代々、ヒラ忍者の家に生まれた乱太郎は、一流の忍者になってほしいという両親の期待を胸に、忍術学園に入学。そこには堺の豪商の息子・しんべヱや、戦で親を亡くしながらもたくましく生きるきり丸がいた。忍術学園の生徒は忍者のたまご、『忍たま』と呼ばれる。忍術学園には、ナゾの天才忍者だった学園長をはじめ、ユニークな先生や上級生、ちょっと手ごわい「くの一教室」の女の子たちや忍犬ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！乱太郎たち三人組は、授業も試験も失敗ばかり、いつもなぜかロクでもないことになってしまう。立派な忍者になるには、まだまだ遠い道のりだけど、忍たまの毎日は、あかるく・たのしく・ゆかい、なのだ！

닌자학교에 다니는 란타로와 친구들의 이야기를 다룬 애니메이션

故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏……

故事內容發生在日本戰國時代，出生於普通忍者家庭的亂太郎，為不負父母厚望成為菁英忍者，而進入忍者學校。他就讀在「一丙班」，並認識了新兵衛和霧丸，三人成為了好朋友。而每集內容主要講述三位忍蛋在忍者學校所發生的趣事。

Rantarō, Shinbei and Kirimaru are ninja apprentices in the Ninja Gakuen, where first grade ones are called "Nintamas". They must learn everything a ninja must know, but as for our heroes, money, food or playing are more interesting. The series show the everyday adventures of our heroes.