자신은 평범한 고교생일뿐이라 생각하고 있던 타카츠키 료 앞에, 어느날 갑자기 료에게 절대적인 살의를 가진 [신구 하야토] 라는 학생이 전학을 오게 된다. 자신을 적대하는 하야토를 보며 무슨 오해가 있는 거라 생각하는 료였지만, 료는 본인이 자각하지 못하고 있었을 뿐 어릴적 아버지로부터 각종 살인 기술이나 부비트랩 제작기술을 배워 웬만한 군인들은 간단히 제압할 수 있는 실력을 가지고 있는 학생이었다. 그리고 료는 자신의 오른팔이 이상한 형체로 변하게 되는 사건을 겪으며, 여태껏 몰랐던 사실을 알게 된다. 료는 어린 시절 건물 붕괴사고로 절단해야할 정도로 팔에 큰 부상을 입게 되어, [에그리고리] 라는 국제적인 군수품 업체의 ARMS(암스) 라는 일종의 나노머신 병기를 팔에 장착하게 된 것이었다. 그리고 료는 사실을 알게 된 자신에게 이어지는 에그리고리의 위협을 내쳐가며 하야토와 함께 다른 2명의 암스를 찾아 에그리고리의 숨겨진 비밀을 파헤치기 위한 여정을 떠나게 되는데...