国際防衛組織N.I.D.F.は、戦闘機ヴァイパーなど数々の兵器を拡充して来るべき“その時”に備えていた。そして、N.I.D.F.パイロット候補生の哀羽シュウたちは、未知の変異生物“ハーディアン”の調査とその出現に関係を持つという「死者の書」の調査を進めていた。そんな中、ついに“その時”が訪れる…。

突如、ハーディアンの総攻撃を受けた人類は、世界各地でハーディアンとの激戦を繰り広げていた。その中、N.I.D.F.科学主任である流姫那由乃は傷ついたシュウの命を救うため、彼に「死者の書」の力を与える。一方、由乃の行動を知ったN.I.D.F.の燻総司令は、人類に残されたさらなる手段を模索し始める…。

「死者の書」により“伝承者”の力を得た者“ネクロダイバー”となったシュウだったが、そんな彼の姿に狼騎たちは恐怖していた。その頃、人類はハーディアンとの抗戦の準備を整えていた。N.I.D.F.もコクピットアーマーを中心に準備を進める中、自分の力に戸惑うシュウに対して七生がある言葉を言い放ち…。

人類とハーディアンとの総力戦から半年が過ぎた。N.I.D.F.の仲間たちとはぐれたシュウは、砂漠の町・ルクソールでハーディアンに襲われる2人の少女・乃亜とイエラと出会う。シュウがN.I.D.F.の生き残りと聞いて驚く2人。そんな時、甲虫型のハーディアンに追われた3人は、地下遺跡へと逃げ込んで…。

戦いの中で散った姉・由乃を悲しみ嘆く乃亜。その裏に隠れされた「死者の書」を巡るかつての仲間の陰謀に、シュウの怒りは激しさを増していく。その頃、わずかに生き残った人々が集う乃亜の住む村は、日々続くハーディアンの執拗な攻撃に新たな生存者たちを求めての移動か、徹底抗戦を行うべきかの決断を迫られていて…。

乃亜たちと旅を続けていたシュウは、人々から“伝承者”の力のせいで恐れられていた。さらに、その力が不思議な少女を見せるが、そんな彼女が見えない乃亜たちから奇異な目で見られてしまうシュウ。人間と“伝承者”の狭間の存在で悩んでいたシュウは、ある日、N.I.D.F.の服を着た人物がいたとある男から聞き…。

海辺の町・サルファハーンで亜久里との悲しい再会と別れをしたシュウの脳裏を、N.I.D.F.配属当時の仲間たちや由乃との思い出がフラッシュバックしていた。その頃、ハーディアンの目を逃れるようにN.I.D.F.の潜水艦に京香と真崎、そして玲が潜んでいた。シュウと亜久里の再会を知り得ていた京香は…。

生存者が立てこもる要塞はハーディアンの攻撃を受けていた。そこに冥蟲ベルゼブの群が迫った時、人々が「ネクロダイバー」の名を呼ぶと、“伝承者”の力を受け継いだ者のような容姿をした男が現れた。その頃、ハーディアンから助けた夫婦より、シュウは自分以外にハーディアンと戦う別の“救世主”の存在を聞かされて…。

廃墟の町で傷だらけの少年・カズキと出会ったシュウたち。N.I.D.F.の制服に反応するカズキを見て、シュウはさらなるメンバーの生存に期待する。一方、先の戦いで仲間たちを失い、自らの愚かさと体に取り込まれたハーディアンの本能に恐れおののく狼騎に、玲は“本物の伝承者”であるシュウを倒すように囁き…。

シュウたちは自分と同様に化け物を倒す力を持つ“ガルナザル”を探して、ハーディアンが巣食うという山を越える旅路を進めていた。その頃、シュウの仲間だった冬音は、雪原の中を彷徨ううちに行き倒れ、親切な人々に介抱されていた。だが、暫くして意識を取り戻した彼が見たのは、介抱された人々の変わり果てた姿で…。

ガルナザルを探し、目的の町にたどり着いたシュウたち。その荒れ果てた町で、ハーディアンに対抗して戦っていたガルナザルと出会ったシュウは、彼から異常気象を引き起こしているハーディアンを倒すため、共に戦おうとの申し出を受ける。そして暫しの休息を迎えたシュウたちは、冬音とはぐれていた少女・鈴音と出会い…。

新たにたどり着いた街で、ハーディアンによる人間狩りが行われていることを知ったシュウたち。そこで被害を食い止めるためにハーディアンの巣への攻撃を提案するイエラに対して、3人のしもべたちが探り当てた燻京香の居場所へと向かおうとするシュウ。意見が対立したシュウは、イエラや乃亜と別れて行動をとるが…。

街を捨てた住人たちから、乃亜とイエラがハーディアンの巣に向かったと聞かされて動揺したシュウ。一方、ハーディアンの巣に連れ込まれていたイエラは、そこに無数の休眠状態のハーディアンが存在していることを知る。その時、日食で周囲が暗くなったために繭の姿で休止していたハーディアンたちが活動を再開して…！

目覚めると、そこはN.I.D.Fの訓練施設。冬音、亜久里、狼騎、樹、七生らとの変わらない友情に囲まれ、シュウは今日も訓練に励んでいた。そんな中、ひょんなことでシュウが手に入れたペンダントのパーツ。それがN.I.D.Fのメンバーを混乱のるつぼに陥れる…！ 果たしてここは？ そしてこれは現実?!

巨大ハーディアンの圧倒的な力に防戦一方のシュウたちは、対ハーディアン音波装置“アフラーシステム”によって救われた。それは“竜宮城”と呼ばれていたN.I.D.Fの海底基地を拠点に、人類が秘密裏に進めていた対ハーディアン戦の切り札であった。その開発者の1人に、乃亜は研究を手伝って欲しいと依頼されて…。

対ハーディアン用音波兵器“アフラーシステム”が成果を発揮して量産の準備を整えつつある中、シュウは燻司令を追って、しもべたちと共に旅を続けていた。一方その頃、イエラたちが守る音波兵器の工場が、ハーディアンの攻撃を受ける。すぐさまアフラーシステムを起動するが、巨大なハーディアンを簡単には倒せず…。

音波兵器を手にした後も執拗にハーディアンの攻撃は続いていた。アフラーシステムの量産ラインを確立しようと、廃工場に立てこもる乃亜とイエラたち。襲い来るハーディアンとベルゼブから必死に工場を守る2人。一方、シュウはしもべたちを連れて、燻司令を探し旅をする樹同様に燻司令を追っていた。決戦の刻は近づく…。

ベルゼブと玲の攻撃を受け、満身創痍のシュウ。しかし、玲が逃げる前に残した言葉を確かめるために傷が癒える前に移動を続けていた。その途中、かつての同僚がハーディアンと戦闘しているのを見つける。一方、科学者たちと一時別れた乃亜とイエラは地下の巨大施設で人影を見る。その人影は乃亜が探し求めていた人だった！

人類とハーディアンの総力戦の日、伝承者となり、最愛の人を思い続け、復讐を誓ったシュウ。同じ日、最愛の人を偽りながら守り続けていたシュウ。親友だったはずの2人のシュウの思いがすれ違い激突する。その衝撃は床を崩し、その場にいた由乃たちを巻き込んでしまう。そして、乃亜たちは他の人たちとハグレてしまい…。

由乃を治療するために竜宮城を目指していた乃亜たちは、港湾施設で竜宮城に連絡を取ろうとしていた。だが、竜宮城にはつながらず、港にレジスタンスグループの船が激突してくる。その激突した船に生存者は存在せず、ベルゼブの大群に占拠されていた。そして、船から出てきたベルゼブの大群が乃亜たちに襲い掛かり…。

竜宮城とサラディン号はベルゼブの大群に襲われた。船内に侵入してきたベルゼブの大群に対処しようとする樹たちだが、船内と海上に大量に発生しているベルゼブに逃げ場を奪われ、絶体絶命の状況に陥る。一方、竜宮城に向かう途中で流されてしまった乃亜は京香に救われ、そこで京香から人類を裏切った理由を聞かされる…！

死を覚悟した樹たちの前に、封じられていたはずのシュウが降り立った。シュウは由乃の元にいくため、海底に向かう。そこで見たものは竜宮城とレジスタンス艦隊を襲っている巨大ハーディアンと、捕われている瀕死の七生だった…。人類の存亡をかけたハーディアンとの最後の戦いが幕を開ける！

激戦が終わった。しかし、そこには哀羽シュウの姿はなかった。光に包まれたシュウは、見たこともない場所にいた。そこに現れたのは4人目のしもべだった。そしてシュウは、死者の書の、真の目的を知らされる…!?

シュウが姿を消した後も、人々はその命をかけて最後のハーディアンに立ち向かっていた。伝承者の宿命と力を受けたネクロダイバー・シュウ。数々の仲間たちとの出会いと戦い…。その果てに待つ運命とは？ そして、人類の存亡は?! 人の、星々の、全ての、“命”の声がシュウを呼ぶ。今こそ世界は真の覚醒の刻を迎える！

哀羽シュウが姿を消してから数年。姉の後を継ぎ研究を続ける乃亜は、ネクロワールドへの扉を開く事に成功する…