苍斧萤汰的班上来一名转校生少女，竟然是自己的童年玩伴彩火乃纪。刚开业的地下游乐场“Bottom the World”发生了职工大量死亡事件，死亡人数达一百多。前来调查的阿嘉松滋、都古麻御确信是阿尔加农现象，于是把火乃纪叫来。放学回家的萤汰意外地来到“Bottom the World”并迷路。被失控的设施机械追赶的萤汰遇上坐在奇怪束缚椅的不可思议少女纱孔罗。纱孔罗作出“已经死了许多人”警告，萤汰先行离开，慌不择路的逃跑中又遇上驾驶着觉醒人1号的火乃纪。被失控机械追赶的萤汰躲进了驾驶舱，而且意外地是一名合适的驾驶员。在火乃纪的指示下，萤汰作出各种声音命令，让觉醒人1号变成AV模式，使出突触弹击将失控的机器人击倒。觉醒人1号的Linker Gel（能源）也耗尽了，另一个失控巨大机械却紧接出现。就在这危机时刻，一名戴墨镜的神秘男子出现在他们面前。他啃食一种未知的果实后身体产生惊人的变化，看到这一幕的麻御小姐惊讶的喊出他的名字——“Betterman”！

巨大怪物化的Betterman与机械玩偶间的战斗将觉醒人1号压在瓦砾下，被救出的萤汰等人在事后见到的是像化石般的Betterman残骸，私下展开调查的麻御小姐发现Betterman残骸的构成部分与人类的肝细胞十分相似，而她成为Mode Warp的调查员似乎有着很深的个人问题。因为作为Head Diver的卡塔斯死去，需要补充人员，萤汰被带到阿嘉松工业。萤汰见到诸多新奇事物而兴奋不已，很快与性格古怪的阿嘉松社长成为了好朋友。从阿嘉松工业成员的口中萤汰了解到觉醒人1号和Dual Kind的相关，同时也被告知地下游乐场悲剧的真相——阿尔加农（Algernon）。从觉醒人1号的录像中大家发现Betterman拥有超乎想象的战斗能力，自由地操作电磁波和超声波，甚至通过分析对方的构造然后发出了超高周波的超声波将接卸玩偶共振破坏成为齑粉，战斗结束后Betterman化为遗留在现场的化石，Betterman变回人形的外貌让火乃纪想起了过失的兄长真理绪......

为了检查萤汰是否具有作为Head Diver的Dual Kind适用性，在麻御小姐的带领下萤汰与火乃纪一起乘上C-21运送机，从海上机场·萤鱿出发飞向Mode Warp总部。火乃纪去上洗手间期间，运送机的照明设备突然关闭，想去问明情况的萤汰和麻御却发现乘务员被换成了替身人偶。机内回响了“去死吧”毛骨悚然的声音，机内的大量人偶开始破坏活动。萤汰注意到声音是从木箱中的扬声器传说来的，这绝非超自然现象而是人为所做。麻御分析，人类害怕黑暗是因为想象力，想象着在黑暗中看不到的东西而感到恐惧，这个装置刺激人类的想象力使其不能冷静。被带着凶器的人偶们追逐的萤汰和麻御跟火乃纪汇合，随即被逼得走投无路。这时，涅普拉形态的拉米亚以生物不可能达到的飞行速度与高度赶来救援，人偶在他们眼前被粉碎声波化为齑粉，连坠落的飞机也在涅普拉的Pectusfores・Viride（操控电气能力）下获得拯救，在太阳从海面升起的那一刻这恐怖的一夜终于过去了......

在Mode Warp总部经检查确认，萤汰具有出色的Duel Kind。一边进行着Head Diver的训练，萤汰一边过着普通的学生生活，但在学校火乃纪对他依然冷漠，她解释道他们俩的工作必须要保密，刚转校就显得熟悉会不太自然。放学后独自一人留在校园里的火乃纪遭到一名拖着火焰放射器、戴着焊接面具的男子的袭击，逃进地下室的火乃纪被拉米亚救下，面具男子却在他眼前引爆了煤气瓶。感觉发生意外的萤汰返回学校，并碰上了奇怪的发光幻象。会合的两人被不知何人控制着的、放射着火焰的产业废弃物处理用机器人所包围。纱孔罗的感知能力让阿嘉松工业的众人及时送来了觉醒人1号。跟火乃纪一起乘坐上觉醒人1号的萤汰，展示出惊人的驾驶技术，将袭来的机器人一一打倒。战斗结束后，萤汰对火乃纪说，不隐瞒他们是童年玩伴一事也不要紧，火乃纪坦率地点了点头。然后，在煤气爆炸中活下来的拉米亚，在暗处注视着萤汰展示的能力……

八七木翔和红枫从Mode Warp法国支部调回到日本，Bottom the World的调查重新开始。萤汰与枫搭档乘搭觉醒人1号潜入地下。据麻御报告，上次在学校袭击萤汰和火乃纪的工业机器人，控制它们的电脑的电缆竟然延伸到Bottom the World，。但是调查中的觉醒人1号因为脚下坍塌而掉落更深层的地下。翔和火乃纪乘上Neuronoids“暴君号”去搜索觉醒人1号，途遭到不明机器的攻击，多谢纱孔罗的提示，翔成功地克服危机。这时暴君号发生异常，跟阿嘉松等人失去通信。翔感觉到幕后黑手是己方成员。来到地底深处的暴君机却突然遭到觉醒人1号。觉醒人1号被不明人士控制着，萤汰与枫都无能为力。被逼入绝境的翔使出了突触弹击，觉醒人1号也使出突触弹击迎战。连接胶一下子浊化的觉醒人1号停止了机能，这才是翔的目的。感觉失败了的幕后黑手引爆了地下洞穴， 但这瞬间强烈的感情被纱孔罗的临界频道捕获。那个幕后黑手就是阿嘉松工业的社员平地一穗，他正被拉米亚用Pectusfores・Flarum所制服。

L.T.P.解析装置得到的数据表明，所有事件的幕后黑手正是感染Algernon的平地一穗，而且死去的卡塔斯和Bottom the World的员工们也参于其中。听到这难以相信的事实，阿嘉松社长的内心强烈地动摇。几天后，阿嘉松等人来到印度，为了对四年前一切事件开始的根源地——阿旃陀石窟进行再度调查。应在现场等待的ModeWarp研究员全部失踪了，为了寻找调查队，萤汰等人进入石窟。洞窟内传出令人毛骨悚然声音，除萤汰外，大家看到了自己不愿面对的幻象。被悲伤的幻觉纠缠的枫的超能力失控，导致石窟地面坍塌。掉落地底的萤汰见到了神秘的少女，她用临界频道传达“这里很危险”的话后就离开了。紧接着，一只巨大的黄色象头怪物贝希摩特（ベヘモット/Behemot）出现了。为救下萤汰和火乃纪，拉米亚变身为涅普拉。涅普拉被贝希摩特强大的力量所压制，且其绝招的音波攻击竟然被对方用耳朵产生的障壁所抵御。涅普拉在贝希摩特的重拳下被撕下头颅，Betterman战败了......

贝希摩特跟Betterman战斗过后离开了，昏迷的萤汰和火乃纪也逐渐转醒。这个石窟是僧侣们的修行场，火乃纪说这是一个让人容易看到幻觉的地方，她的父母和哥哥就是四年前在这里失踪的调查队的成员。二人在洞窟深处遇上恢复意识的翔等人，麻御猜测是贝希摩斯的声音令大家产生幻觉。前行的众人遭到不明生物的追赶，因为摔跤而落后萤汰，救了他的是一名穿着蜥蜴铠甲的神秘少女。后来萤汰从印度居民口中得知那女孩是住在森林中的杀缪女神昌迪。不久，大家发现了从地下掉下的装载车，这时贝希摩特却出现在他们面前。摊在花丛中的拉米亚在赛美的引导下在附近找到Forteの实，为拯救萤汰等人再次出现的拉米亚吃下Forteの实变身成新的战斗形态·弗尔特。拥有强大力量的弗尔特完全无视贝希摩特发出的攻击给予它致命的打击，最后更是使用Psychic Glory攻击贝希摩特的物质崩坏点令其产生物质崩坏而毁灭，而萤汰等人则趁着两者互相战斗的空挡乘上Neuronoids，使用突触弹击成功逃出生天......

从印度回到日本的纱孔罗在清醒后失去lipid channel能力，为治疗纱孔罗和平地而将他们送到最新型的医院中。但特地前往印度的Algernon调查却是完全徒劳无功，唯一的收获就是Animusの花与Betterman的新战斗形态，而阿旃陀石窟的崩毁令调查变得困难。萤汰独自一人来到医院探望因为寂寞而变得阴沉的纱孔罗，两人独处时纱孔罗表现出与以往不同的积极。纱孔罗被带去做检查期间，走错房间的萤汰看到一个诡异的房间并被拥有特长指甲的护士袭击。救下他的正是曾在印度见到的少女昌迪。察觉沙孔罗有危险的萤汰赶紧赶去，可怕的女医生手中救出了纱孔罗，被萤汰救下的纱孔罗向他道歉和致谢。然后，二人发现了一个充满毒液的游泳池，泡在上面的胶囊收容着医院的患者。捉住火乃纪的护士们在萤汰和纱孔罗面前唤出植物怪物“沙拉曼达”，昏迷中的纱孔罗不断祈求力量的愿望取回lipid channel，感应到危机的拉米亚以涅普拉的形态出现在医院内，用粉碎声波破坏了敌人，并使用自身的特殊能力Pectusfores・Album治疗中毒的萤汰等人。

Betterman频繁出现在萤汰等人面前引起麻御小姐等人的注意，然而当翔驾驶暴君号来到Rand治疗中心时无论医生护士还是病患都全部地不见了，真实被掩盖在黑暗中......翔与麻御小姐联络后失去了行踪，剩余的众人则需要调查因为不明原因而失去联络的运输货船“轰雷丸（イカヅチ丸）”，乘坐ポンポン丸出航。与枫组成搭档的火乃纪乘坐暴君号进入轰雷丸内部进行调查，在船内深处她们发现了像蜂巢般被堆积起来的人类胶囊，这时轰雷丸突然发生异变被垂直拖到海中，为拯救她们萤汰与纱孔罗组成拍档进入海中，好不容易打败眼前的怪物却又立即出现更多怪物。感应到萤汰等人危机的拉米亚吃下Aquaの实变形成为Betterman亚裘亚，这个怪物“利维坦”的真面目是由数十种海洋生物共生变异而成的巨大怪物，吸收其体液的亚裘亚使用了必杀技Psychic·Fuild令其细胞完全死亡，最终成为尸体的利维坦浮出海面看上去就像一座海中孤岛......

经历了前次的虫子袭击事件后火乃纪和律子的心灵都变得疲惫不堪，火乃纪不想再当Head Diver，萤汰在火乃纪的劝说下也决定放弃担任Head Driver，而为不再让萤汰等人遇上危险阿嘉松决定向Mode Warp申请新的Head Driver。因为不明原因城市大雾包围，如同这种情景般，人们的内心被各种的感想所包围而变得迷惑......已经察觉到UMA正体的麻御小姐决定前往北海道生命工学食料研究所BPL，在那里有她的导师梅崎博士。在他的工厂中麻御小姐见到大量在外界不可能见到的食用植物和对动植物的培育方式，但更让人吃惊（反胃）的是他的次世代蛋白质摄取的主题——虫子......梅崎博士不知为何了解到Betterman的事件，在麻御小姐讲述她的调查结果时梅崎博士却在她面前展示更惊人的事物——大量Animusの花和果实，随后麻御小姐在闻到一阵香味后变得失神而如饥似渴般大口大口地吃起工厂内的恶心虫子，而这时在纱孔罗的能力预知下萤汰等人感觉到不妙的事情正要发生......

为拯救失去联络的麻御小姐，萤汰等人与Mode Warp派遣的特殊战斗队员一起前往北海道，但在高空中特殊部队运输机却遭到大量飞虫组成的“龙”袭击坠毁，萤汰乘坐的运输机虽然在觉醒人1号的活跃下避免被击坠，失去驾驶员的运输机在翔的控制下勉强降落到地上。种种可怕的事件让火乃纪变得自暴自弃，而且Neuronoid也无法与拥有惊人战斗能力的虫子相抗衡，找回自我的麻御小姐看到眼前见到的影像了解到事情正如自己所想的那样——梅崎博士的思想发生了变化——制造出大量UMA怪物，他自身也在用虫子控制着周围的人类，而大量虫子融合成3种怪物向火乃纪等人袭来。吃下最后仅存的Nebulaの实的拉米亚变身为涅普拉出现在地面上与虫子们交战，麻御小姐在被虫子们控制前被翔救下。然而虫子却与涅普拉战斗得不相上下，被虫子打飞掉进研究所的萤汰见到的是数十只在阿加高石窟见到的怪物——贝希摩特的幼体......

心情低落的火乃纪在萤汰的刺激下暂时振作起来，将整个湖水化为酸性物质的萤汰一口气将纠缠自己的虫子完全消灭；另一方面翔也制造出大量液态氦将与自己交战的虫子做成冰雕；而涅普拉使出自己全力的一击牺牲自己的身体消灭了第3只虫子。战斗就此告一段落大家建议赶快逃离这里，但看到刚才那恐怖一幕的萤汰却决定要消灭这个研究所。进入研究所的众人见到一片以人类为养分培育的Animusの花田，事到如今火乃纪不得不接受自己家人已经过世的事实，随后闻到一阵花蜜香味的众人失去理智狂笑起来。一边狂笑萤汰等人来到研究所最深处，刚经历过战斗的拉米亚也在梅崎的设计下失去战斗能力，眼看自己就能够解析Betterman一切的梅崎，却发现有不明正体的发光体正朝他接近，她拥有不可思议的力量将自己的虫子打败——她正是拉米亚的同伴赛美变身而成的战斗形态Betterman。

流明拥有的特殊能力让没有防备的梅崎吃了大亏，多纳帕蕾的消灭令脑内分泌过多的萤汰等人意识逐渐恢复正常，决定展开调查的翔驾驶暴君号向上方进发却遭到了不明生物的袭击，而在原地待机的萤汰见到了他曾经见过的大蜥蜴——普利多。袭击翔等人的是拥有红色皮肤的贝希摩特之王，马上变得沮丧的火乃纪在萤汰的鼓励下逃跑，跟着普利多他们见到了香缇和梅崎博士，面对梅崎的主张萤汰等人完全不能苟同，就在贝希摩特之王向火乃纪袭来时流明突破层层障碍救下了她，而火乃纪发现流明的外貌和自己的母亲惊人地相像......被释放的香缇在大家面前杀死了梅崎，从他尸体上拿到Forteの实的拉米亚变身成弗尔特击败贝希摩特之王，战斗结束的弗尔特用饱含奇特感情的眼神望了火乃纪一眼后离去，漫长的夜晚终于结束，大家终于迎来了明日的拂晓......

枫做了噩梦醒来，而翔也感觉到有不好的预感在当晚失踪。另一方面萤汰和火乃纪前往江岛约会——这是他们在北海道时作下的约定。大家开始回顾至今为止与Algernon有关的事件，一切的起源都是四年前的阿加高石窟地下遗迹探险开始的......该行动唯一的成果Animusの花被梅崎博士带走，随后发生了被大家称之为Algernon不明死亡事件，然而已经感染Algernon的梅崎利用Animusの花制造出D-typeHunter和无数UMA进行自己荒诞的计划。而Betterman因为不明原因一直跟随在火乃纪身边的理由则尚且不明。因为与萤汰一起回到自己家中的火乃纪心情逐渐变得开朗，但他们遇到了曾经出现在律子面前的老人。在暴雨中Somnium的菩提树奉长老的命令前来带拉米亚回去，两者无法调和之后分别吃下自己拥有的Animusの实开始战斗......

再次出现的翔抢走了暴君号，而在前往自己的目的地之前他翔遇上了前来寻找他的枫。根据纱孔罗的预言，大家猜测翔的目标就是上个月失踪的3台暴君号原型机，它们因为不明原因启动后在地底停车场袭击了翔和枫，看到它们的瞬间翔明白了一切。单凭战斗力3台原型机甚至拥有超越暴君号的战斗性能，但凭借自己的Duel Kind鼓舞自己翔打败了Premier和Trois，最后令Trois停止行动后翔走出驾驶舱迫切想要见到自己的弟弟，然而在驾驶舱中的是存放者启仍在维持生命活动的大脑皮层的胶囊，在翔的怀里启的生命安然逝去......神秘老人在萤汰面前作出了奇怪的预言后设下结界困住他们，随后他使出奇妙的力量将远程操纵Neuropathy的神秘集团击倒。而拉米亚和菩提树的战斗也告一段落，战斗能力远逊对方的拉米亚使出同归于尽的战斗方式将总算将菩提树击退。

做了噩梦醒来的阿嘉松开始听取上次与三台暴君号原型机的战斗报告，从麻御口中他得知无人控制遭到废弃的原型机们的智能系统均采用了因为意外身亡，但是仍拥有生命活动的人类大脑皮层，甚至连觉醒人和暴君号[4号机]都采用了动物的活体大脑皮层作为部件......打从一早开始萤汰、火乃纪......相关成员都遇到了让自己感觉到是噩梦的现实，而菩提树在找到拉米亚后与曾经和拉米亚战斗的UMA们展开了激烈的战斗，枫在梦中再次感觉到自身的孤独，在不断追寻同伴的途中她见到本已死去的同伴卡塔斯......然而在幕后黑手面前尊者约舒再次出现，并根据“圆”的指示用自己的力量打倒了施术者。为此醒来的众人对那如同真实的梦境感到一阵恶寒，而菩提树也终于意识到现在并不是互相战斗的时候了，他们的使命是打倒造成这一切异常的“元凶之力”，这也是只有他们才能办到的使命......

麻御小姐经调查发现造成这一系列事件的正是莹太在江岛买回的鸟居护身符，连同暴君号的袭击事件，再加上发现曾经的Head Driver卡塔斯的尸体上也和梅崎博士的尸体一样长出了Forteの实...... 联系一直以来Forteの实出现的共同点，麻御想起他们曾经进行过的实验计划“Diveinspection”。在野营时莹太收到枫发来的求救信号，赶往医疗研究所的莹太等人见到的是神情变得奇怪的纱孔罗，随后他们被变得形同僵尸的阿嘉松等人袭击，在千钧一发之际救下他们的是曾经帮助过他们的尊者约舒，随后莹太和火乃纪救出了被困在冰室中维持清醒的枫和翔。故意做戏引出幕后黑手的翔凭借自己的Dual implses试图找出敌人的真面目却在最后功败垂成，逃跑的社员在拉米亚的追击下无路可走投入焚化池中自尽。获得Forteの实的菩提树打算将其带给帕奇拉长老，却感觉到一种异样的气息——那是他正在追击的“元凶之力”坎可鲁的气息。

敌人的目的很明显是针对枫而来，现场还留下了Betterman与未知的存在战斗的痕迹，所幸大家都没有感染Algernon，麻御小姐发现所有线索都指向曾经一起共事的同伴创作的组织“超人联盟”。在前往机场的途中，麻御等人再次受到鸟居的影响看到深埋在自己内心的另一个自己。在学校中逐渐成为话题人物的火乃纪逐渐融入校园的日常生活，整备完班级工作的莹太却发现自己被困在镜屋里，最后好不容易找到对方的莹太和火乃纪拥抱在一起，这时拿着相机拍下这一幕的同学们出现在他们眼前——原来这一切都是大家为两人设下的陷阱......在幻觉中阿嘉松等人很快战胜自己，接受了自己不愿面对的部份，而拉米亚也与自己的镜像达成共识和解，最后大家在Somnium帕奇拉长老的帮助下破解了幻觉。运输车总算通过没有尽头的隧道，来到了机场......

从lipid channel的影像中拉米亚和圣明看到菩提树与坎可鲁交战后被对方同化消灭的一幕，帕奇拉长老猜测坎可鲁可能是因为弗尔特那拥有未知的可能性而袭击Somnium以此引出自己，将守护“希望”的任务交给拉米亚，帕奇拉长老决定自己去调查坎可鲁的行踪。没有通知莹太等人阿嘉松向超人同盟总部的大厦进发，等待他们的是整装以待的敌人和无数的陷阱......在反复的思考中火乃纪得出自己的家人都已经化作Animusの实死去的答案，不久阿嘉松商社遭到带着鸟居护符的特种部队袭击，带着觉醒人大家决定去找社长。依靠各自拥有的技术阿嘉松一行人顺利进入超人同盟最深处，在这里他们见到造成这一系列事件的元凶“魔门麦人”，他的目的是再现当年没有完成的Dive inspection计划，靠着枫的能力实验体进化为超人类“Brahman”，他拥有的力量连尊者约舒也不是对手，这时帕奇拉长老出现在现场，他的目标正是引发的这一系列事件的坎可鲁......

类所制造出来的生命终究无法超越Betterman，帕奇拉长老拥有的能力将Brahman瞬间消灭，但在帕奇拉长老降落到地面时却遇上了坎可鲁，理论上物质是不可能从他的攻击中逃脱，坎可鲁最后却反倒入侵到帕奇拉长老的细胞中令他毁灭......大家一路追踪魔门麦人来到东京地底的废弃城区，眼见关系逐渐变得密切的莹太打算向火乃纪告白却总找不到适当的机会。在废墟中遇上意外的火乃纪再次被拉米亚救下，而这时魔门麦人利用枫的能力成功进化为完全体的Brahman，因为身孕而在最后清醒的枫回到翔的身边。 Brahman所拥有的力量完全压倒了在场的众人，然而拉米亚却因为坎可鲁的关系而不能变身为Betterman前来支援，看着明显已经失去人类正常心灵的魔门麦人，尊者约舒将未来托付给年轻的一辈引爆自身的力量将Brahman消灭......

翔经过分析察觉到魔门麦人目前所引发的一切事件都是为了夺取枫和Linker Gel，虽然尊者约舒牺牲自己拯救了大家但枫却感觉到Brahman依然还活着，在爆炸中存活下来的众人一边警戒敌人一边在废墟中慢慢前进，虽然表面看似平静的莹太看到虫子后却惊恐得失去了理智开始逃跑。对莹太敞开心扉的火乃纪让莹太恢复平静，不愿承认超人同盟得出的答案，麻御通过分析解明了Brahman的构造，莹太发出的攻击使Brahman失去行动能力，但随后赶来支援的Blossom部队却因为感染Algernon将Brahman消灭后也将炮口对准了莹太等人。眼看战斗已经无法避免的拉米亚变身为弗尔特出现在众人面前，弗尔特的力量轻易打败了Blossom部队，但战斗结束后坎可鲁出现在弗尔特身后，掩护拉米亚的流明在它的攻击下丧生，拉米亚则趁着这小段空档变身为亚裘亚带着莹太等人化作水流逃走......

在皑皑白雪降下时大家总算迎来了圣诞节，但在知道真相的人们心里却完全高兴不起来，全世界都发生了因为Algernon而出现的大量死伤事件，Mode Warp本部也因为Algernon与麻御小姐逐渐失去联系，连重要的资料也逐一被删除。圣诞节当天翔和枫向大家坦露两人之间的关系，枫甚至已经有了4个月的身孕，这个消息给沉重的气氛带来一丝欢乐。关系逐渐变得密切的莹太邀请火乃纪到自己家中，但莹太却不断看到幻觉，最后火乃纪被电击枪击倒强制被固定在觉醒人的驾驶舱中。魔门麦人的目的正是引出Betterman解析他的DNA构造来面对Algernon的威胁，在暴君号的攻击下Brahman放开了火乃纪，但那其实是用雪做出的假人Brahman趁机逃走了。随后离开现场的拉米亚却很疑惑——为什么坎可鲁没有出现攻击他......

魔门麦人将火乃纪带到Mode Warp本部决定引出Betterman以此完成7年前没完成的BeastManProject完成最终进化，然而因为Algernon所引发的事件Mode Warp的母公司NEO（Next Enviroment Organization）却决定在8小时候毁灭Mode Warp本部。翔回忆起与拉米亚的对话，指出Betterman是为了自己才来保护火乃纪，但纱孔罗却告诉大家人类与Betterman有着共生关系，失去任何一方另一方也将无法继续生存。虽然心理还是感到不愉快，大家还是乘上搭载新装备的觉醒人和暴君号向Mode Warp本部进发。进入本部的一行人立刻遭到12架Blossom的夹击，觉醒人很快遭到攻击失去联系，翔则靠着超常发挥将追击部队尽数消灭。战斗结束后枫却因为感染Algernon而操纵暴君号对自己发动攻击，即使翔的拟示能力发挥了作用，但感染Algernon枫还是按下了攻击的按钮......

侥幸生存的麻御在总部深处见到自己的长官，从他口中麻御小姐得知了莹太的秘密，同时也明白一切的根源就是7年前的Diveinspection，创造超级生命体的BeastManProject虽然令尊者约舒拥有永生的力量，却也唤来了人类的敌人坎可鲁，组织实验的成员全部都成为带来Algernon的元凶之力......与坎可鲁战斗而奄奄一息的拉米亚从Vivele的の实中获得了新生也得到了彩真理绪的记忆......已经感染Algernon的魔门麦人执着于取得Betterman的细胞令自己变成完全的生命体，但拉米亚却指出正因为共生人类和Somnium才能生存下去，完全的生命体将会变成坎可鲁一样毁灭一切的存在。从拉米亚口中说出的熟悉话语令火乃纪深切感觉到拉米亚正是自己的兄长。压倒性不利的战斗最后却以Betterman的胜利告终，好不容易消灭魔门麦人的Betterman却被坎可鲁从背后发动的攻击倒下全身细胞陷入坏死状态，在关键时莹太一个人操纵着觉醒人救下了拉米亚。就在大家在空闲中想让疲劳的身心休息一下时，从坎可鲁被推进的Linker Gel池中却出现尊者约舒的身影，他高喊着要大家打倒“元凶之力”——自己。

进化的尽头是死亡，毁灭与死亡是迈向进化的必要过程，是迈向新生的可能性，然而一味害怕死亡的人类最终却唤来了生命的敌人坎可鲁，原本依靠秘鲁的池水压制体内坎可鲁的约舒，却因为工业污染而失去压制坎可鲁的力量还失去了记忆，向人类的免疫体Betterman发动攻击——一切都是为了消灭人类。了解到引发Algernon的正是自己的麻御小姐陷入了崩溃状态，而这时香缇出现在她面前——她是为了终结两人的生命而来的。不愿放弃希望的拉米亚将3颗Forteの实融合而成的Orutosuの实吃下，变身为究极的Betterman奥鲁托姆与坎可鲁展开最后的交战。毁灭一切的坎可鲁与拥有一切生命遗传基因的奥鲁托姆，生与死在不断交错，坎可鲁遭到Psychic Birth的攻击后消灭了，在这场关乎人类存亡的生物免疫战争最终人类活了下来。死者已经逝去，然而生命依然在不断诞生......