壬生京四郎与鬼眼狂刀展开了宿命的决斗，不料结果竟然是京四郎与鬼眼狂刀变成同一个躯体。而一心想要抓到鬼眼狂刀的奖金侠女椎名由夜，把京四郎当成鬼眼狂刀，用色诱京四郎掉入陷阱，然而鬼眼狂刀只有特殊的时刻才会出现…

　由于杀人狂尔门的出现，让杀气腾腾鬼眼狂刀现身了，而鬼眼狂刀就是传说中的百万悬赏通缉犯。他的特征是手上拿着五尺大刀，背上有太极图的征纹，脸上有鬼一般的深红双眼，罪行是斩杀千人。然而鬼眼狂刀与京四郎似乎有着纠缠不清的过去…

随着鬼眼狂刀的出现，引出了幸村以及神秘的女人阿国等人，而京四郎与同行的由夜却在不知不觉当中踏入了另一个危险的陷阱。在善良的流民收留下，没想到鬼头底下的三众彩－白鸦、黑蝎、红虎，正虎视眈眈等着取下鬼眼狂刀的人头…

虽然鬼眼狂刀杀了白鸦与黑蝎，红虎却臣服于鬼眼狂刀惊人的刀法，并且爱上了由夜，决定与他们同行。然而他们三个人到了江户之后…

真寻利用由夜的身体要取鬼眼狂刀的命，但是还是被鬼眼狂刀躲过，然而鬼眼狂刀却没有杀了她。原来真寻与鬼眼狂刀之间有一段过去，当年鬼眼狂刀为了求名刀来找村正，而真寻是村正的妹妹。真寻一直认为是鬼眼狂刀杀了她的姐姐…

　幸村对鬼眼狂刀提出条件，如果鬼眼狂刀取下德川家康的脑袋，就愿意告诉他他的身体在什么地方。于是鬼眼狂刀答应幸村的要求，去参加德川家康主办的御前比武大赛，没想到幸村居然也男扮女装参加了这场决斗…

御前比武开始，狂等三人顺利打赢过第一次预赛。除了他们三人之外，通过预赛的人还有神秘的兽假面、东乡重位等高手，其中还有狂他们在前往江户时遇到的谜样少年弥羿罗。紧接展开的预赛将由鬼眼狂刀对战红虎，狂轻松地破解红虎凌厉快速的攻击，还信口揶揄他的程度只有如此，万万没想到红虎的招式竟然是…

信之、幸村俩将展开一场兄弟亲情与自我信念的战争。信之为了秀忠的天下而战，幸村则为了振兴真田家而战。战斗之中，信之狂妄的对幸村说，他的剑法只是为了生存，所以绝对无法赢他。就在信之倾全力对幸村发动攻击的那一瞬间，幸村看到狂转身而去的背影，心中顿时涌现一股强烈的念头…

混乱之中江户城渐渐被淹没，脱困后的狂与幸村竟然以互相残杀为乐。弥羿罗及时阻止了他们，并且语重心长的说，拥有真正村正的他们，三个人应该同心协力，让混沌的世界恢复原有的风貌。然而狂却表示自己的目标只有一个，那就是打败京四郎夺回最强的称号！幸村听到后就告诉他他的身体被藏在何处，然而就在狂想动身找寻自己的身体时，由夜却遇到了一位神秘青年…

鬼眼狂刀一行人在树海之前，投宿了一间豪华的客栈，却没想到这客栈就是十二神将之一的宫毘罗布下的死亡陷阱。宫毘罗擅于使用傀儡，假扮复制一模一样的敌手，但是却仍然骗不过鬼眼狂刀的眼力…

红虎回到的以前修业的山上，在探访师父的坟墓时，却遇上了谋害师父的师兄豹翼。豹翼自从利欲熏心之后，就投靠了那个人的阵营，成为十二神将之一的迷企罗。于是昔日的师兄弟展开了一场厮斗…

鬼眼一行人遇到了真田幸村派来的忍者，猿飞佐助。佐助是真田十勇士里最强的一个忍者，从小在人吃人的树海中长大，因此年纪小小却拥有高超的技术和冷酷的心。在路上被那个人派出的十二神将波夷罗和摩虎罗所埋伏，险些无法动弹任人宰割…

佐助遇上了一起在树海长大的同伴小太郎，小太郎现在却已是十二神将之一摩虎罗，两人在树林里展开对决。另一方面，鬼眼狂刀一行人也遇上了十二神将的毘羯罗和安底罗。毘羯罗融合肌肉美的武技让狂受伤不少，而安底罗也挑上了由夜姑娘不断攻击…

由夜姑娘被抓去当人质，红虎为了要把由夜姑娘救回来也脱了队。鬼眼狂刀的冷酷让大家吃了一惊，但是当大家分散后才想到，其实狂是另有心事。幸村虽然看穿了狂的心事，但是他有更重要的事情要办，而与佐助一起来到了树海居民所住的地方，并与米盖罗巧遇…

鬼眼狂刀与织田信长终于王见王，并展开了一场生死殊斗。狂已经身受重伤，再加上担心被挟为人质的由夜姑娘有危险，无法发挥所有力量。信长也因为身体尚未复活完全，而只好暂时撤退。红虎与弥羿罗巧遇而赶去搭救…

京四郎竟然醒了，一行人打算逼问招杜罗有关壬生一族召唤信长的缘由。另一方面被明冰冻住的由夜姑娘，竟然遇到命运先知的朔夜姑娘，并从她口中知道许多关于历史的另一面故事。朔夜拜托由夜快回到狂的身边帮助狂，并且将她自冰中救出…

明说他杀了由夜姑娘，也拿到了狂的身体。但是没想到由夜姑娘脱困逃出，也与狂等人碰了面。阿国姑娘没想到狂会救她，她了解到狂因为由夜姑娘而有所改变。狂本来想一个人只身前往明那里要回身体，但是大家决定要跟他一起去，都愿意一齐努力达成目标。

狂一行人好不容易到了村正家，却眼睁睁看着朔夜姑娘被岁子岁世带走。狂与村正在森林里遇到了壬生一族长者派出来杀村正的辰伶。另一方面，红虎、真寻和佐助也遇上了壬生一族派出的恶魔阻挠…

狂的蛟龙竟被萤的水破七封龙破解了，于是村正使用真的蛟龙将辰伶打跑。阿国姑娘终于发现明爷藏匿狂身体之处，却遇到了壬生一族的火焰杀人机器萤。弥羿罗和阿国纷纷在抢夺狂身体的时候受重伤…

幸村竟然决定要与壬生一族同流合污，这个决定让佐助为之大怒要杀了他，但是才藏认为幸村一定是有所苦衷。村正在传授狂无明神风流杀人剑的所有奥秘后，如烟雾般过世了，留下指示要由夜跟随着狂一起出发，前往壬生一族的神秘城堡将身体找回来…

幸村爷跟着出云阿国来到了壬生城堡，遇到了辰伶的挑衅也见到了朔夜。才藏此刻赶来搭救幸村，却被丢入了深谷。由夜红虎一行人遇到难敌的对手岁子岁世，没想到她们瞬间复合能力让他们苦于争斗无法过关…

　狂被使火焰魔力的萤打的节节败退，朔夜姑娘也找到了狂的身体，打算要把狂的身体毁掉，却遭到辰伶和招杜罗的阻碍，关进地牢里。朔夜姑娘告诉了阿国姑娘，关于京四郎和鬼眼刀之间的仇恨纠葛…

狂使出无明神风流奥义的朱雀将萤打败，却没有把萤杀死，因为他们是同伴彼此欣赏而互相争斗。此时幸村爷出现拿着最后一把真之村正与狂对打，在狂也对他使出朱雀后那把真之村正才真正觉醒…

信长复活了，却背叛了壬生将长老打死。原来招杜罗是信长生前的妹妹，由于世俗伦常无法结合，他们将这份恨意加诸在人类身上，准备要将魔界之门打开，毁灭世界让剑妖横行世界。狂等决定要将五支真之村正结合，但是也意味着狂与京四郎将为了历史的原貌而消失。

狂与京四郎决定联手，集合了五把真之村正后，将时空与未来世界连结，与信长在东京铁塔上决斗。终于将信长与铁塔同葬后，狂也夺回身体，但是魔界之门却仍然持续坠落。真达罗决定以不死之忍者术，吞没整个魔界之门。于是历史回到正轨，恢复了原有之风貌。