在M・B・I的主导下持续着严森警备的新东京帝都。在意旧惩罚部队·谜之鹡鸰“结女”的存在的红翼，让灰翅帮忙调查。知道真相的鸦羽，却一字不提。风花知道鹡鸰纹在反应，但是还是选择默默注视着皆人。找到了自己身为鹡鸰的命运的美哉。祈祷着与结她们的和平日子能一直持续下去的皆人。在每个人的想法在互相交织的的过程中、在这不寻常的沉寂之下，鹡鸰计划再次开始了。然后终于，新舞台的序幕正在慢慢升起——。

某天清晨，和往常一样正在吃着早饭的大家，突然摆着一副奇怪表情的松对大家说道，外出的时候一定要十分谨慎。在现在的帝都，就连曾经保持和平主义的苇牙，也参与到了战斗当中。过程中，皆久违地收到了妹妹由香理的联络，并约定好了一起到外面吃个晚饭。作为护卫跟来的月海和皆人，一个不详的身影正在监视着他们二人——。

皆人二人在前往与由香理约定好的地点的途中，受到惩罚部队中两人的袭击，皆人也因此被掳走了。月海在帝都拼命地四处寻找，而松也通过入侵监视卫星系统来搜找皆人。过程中，最先找到皆人的所在之处的NO.03的风花，赶往了皆人身边。在那里，看到皆人不顾自己处境在保护着自己的风花，心灵受到了动摇——！？

逐渐恢复的皆人，回到了出云庄。为了庆祝皆人平安归来，皆人的鹡鸰们在出云庄为宴会准备着。过程中，钿女忍受着寂寞的表情，决定要离开出云庄。非常在意皆人的篝，不知为何感到非常生气。在每个人都抱着各自的想法的过程中，为了让“鹡鸰计划”进入下一个阶段，御中展开了行动。

御中为了煽动所有苇牙而发送了一条“未羽化的最后一羽”的邮件。篝清楚地知道通知中的鹡鸰就是自己，不顾自己的危险，为了杀死御中，离开出云庄前往了M・B・I总部。皆人发现了篝所留下手机的来电，电话的对面·高美打来，拜托皆人无论如何也要阻止篝。对眼前所发生的事感到困惑的同时，皆人也下定了决心——。

一场围绕着No.06焰的战斗开始，随后出现了御子上的鹡鸰·秋津和领巾的鹡鸰·钿女。另一边，在注视着状况的御子上和陆奥面前，柿崎听从了冰峨的命令后带着多只鹡鸰出现了。就在这时，焰渐渐失去了对力量的控制能力，决定自行烧毁自身。被火焰所包围，做好了觉悟的焰——。

顺利将焰羽化后，成功回到了出云庄的皆人一行人。长时间勉强自己身体的焰在连续睡了两天两夜后，身心得到了稳定，出云庄也因此恢复了以往的日常。然而皆人在对“鹡鸰计划”完全不知情的情况下让鹡鸰去战斗这件事感到了自己的不成熟，终于下定了要进一步了解“鹡鸰计划”的决心。然后，接受了这份决心的松开始诉说的是，“初代惩罚部队”的存在、以及“鹡鸰计划”与M·B·I的深深联系——。

在与皆人约会完后回家的路上，草野被眼前的猫咪所吸引，不禁跟了上去，与皆人走散了。草野迷路后来到的是，某个医院的庭院。在那里，她与一个不知名字的女性相遇了。另一边，月海对迟迟不归的皆人和草野感到很急躁，为了寻找二人而从出云庄飞奔出去了。途中，在偶然来到的公园里，月海目睹到了同为鹡鸰之间的战斗，但是其中一方的鹡鸰居然保持“只守不攻”的姿态——。

为了寻找草野丢失的动物玩偶，皆人、结、月海、草野这四人出到街上搜索，他们在路过的医院里与消失的钿女再遇了。但是在短暂的欢喜之后，为了保住自己的苇牙·千穗的性命，钿女化身为“领巾鹡鸰”向结和月海发出了战斗的请求。在双方抱着互不相让的心态持续着一进一退的激斗的过程中，监视着这场战斗的人物，也展开了行动——。

因为担心病情加重的千穗，皆人赶到了医院。在那里，皆人终于见到了在背后控制着钿女的人物·东之冰峨。冰峨交给皆人某件东西的同时，讲明了现代医学无法治好千穗的病情，现在只有一种方法可以拯救她。皆人为了寻求可能性而展开了行动。就在这时，由于M・B・I社长御中的所想，皆人也因此得到了某个建议——。

皆人他们总算是顺利到达了M・B・I社长御中所在的帝都塔。在短暂的安心过后，不知从何处传来的御中的声音“现在开始限时60分钟”。在电梯无法运作的情况下，皆人他们只能走阶梯。另一边，想要支援皆人的松她们潜进了接待室中。在这座有着巨多陷阱的帝都塔中，皆人到底能不能成功到达顶点——！？

启动了设置在帝都塔的炸弹，并且锁定了系统的御中。在接待室中，为了解开这个锁定而在奋斗着的松与在身边保护她的草野，守卫机器人正在一步步逼近着她们。就在二人陷入了空前危机之时，一个意外的人物却出现了。另一边，与结一起抵达了顶点的皆人，从御中那里成功得到了千穗的治疗数据。但是塔已经到达了极限，开始崩塌……究竟他们的命运会如何——！？