某天，遭遇了大学入学考试两次落榜的主人公·佐桥皆人，在他面前突然一个谜之美少女从天而降。少女名为结，正在被不可思议的女性追赶着。皆人决定帮助这样的结。而后，对皆人温柔的神情而感到心跳加速的结，突然亲了皆人！然后结的后背浮现了鹡鸰纹。其实，结是投放在新东帝都的108羽鹡鸰的其中一羽。因为与皆人的接吻而羽化的结，选择了皆人作为自己的苇牙！究竟皆人的命运会……！？

被赶出公寓的皆人与结，决定要在偶然发现的“出云庄”居住了。受到了房东小姐浅间美哉与居民很大的帮助，两人开始了新生活。过程中，皆人好像在庭院的树木旁看到了不可思议少女的幻影……

皆人在打工处结识的濑尾香，是以前追杀着结的鹡鸰·光和响的苇牙。被濑尾半强硬性地带去了一个植物园的皆人，在那里遇见了在他的梦中哭泣着寻求着帮助的幼小少女·草野。但是，她正在遭遇恶劣的鹡鸰的袭击。

在结之后草野也得到了羽化，皆人也因此得到了第二羽的鹡鸰。而后在某天夜里，本来应该和出云庄的房东浅间美哉一起睡着的草野，因为看见了鬼怪而逃到了皆人的房间。事后，害怕的草野把鬼怪描述为长发的眼镜女性在镜中诡异地笑着，美哉听完后好像对事情有了头绪……

至今为止还未找到自己苇牙的未羽化鹡鸰·月海，最近经常感到像是胸口揪痛的感觉。那是苇牙就在附近的证明。但是将苇牙视为下等猴子的月海，顽固地否定了与苇牙相遇并羽化的事实。

皆人向讨厌苇牙的月海提出了成为自己的鹡鸰的请求。生气的月海向皆人发泄了自己的怒火，但是当正受到光和响的攻击以及濑尾的威吓的她看到皆人仍然奋不顾身保护自己的时候，她的心也开始动摇……！？

围绕着皆人的“正宫之座”，今天结、月海、草野三人也在出云庄互相竞争着。看到这样肥皂剧般的情感纠纷，松却在一旁偷乐着。之后的某一天，自称鸦羽的鹡鸰来拜访结。被称作“黑之鹡鸰”的令人畏惧的鸦羽，结与她的关系却非常亲密。另一边，皆人他们被告知“鹡鸰计划”要进入新的阶段了。

帝都被M・B・I私立军所封锁后，“鹡鸰计划”进入了第二阶段。以帝都为舞台，鹡鸰之间的死斗终于要开始了。同时，出现了一只战胜对手后直接离开现场的谜之鹡鸰。就在皆人他们在加强警备的同时，钿女来到医院看访自己躺在病床上的苇牙·千穗。

为了保护久能，遥决意要逃离帝都。但是，与外界连接的大桥全部被M・B・I给封锁了。此时濑尾提议从“般若”控制的帝都北部逃离。问题就是，处罚违规者的鹡鸰“惩罚部队”。响应了皆人的愿望，决定出力的结她们。但是，只有月海不认可从不战斗的鹡鸰·久能。

违背规则的帝都逃离计划终于开始了。松能入侵M・B・I监控卫星的时间大概是一个小时。这个期间必须要把遥他们送到桥的外面。一度压制了检查站的草野等人，预料到了作战计划的御中派出了私立军。为了拯救被M・B・I军包围的草野，松终于要出手了！？

在惩罚部队的猛攻下结的鹡鸰纹消失了！久能的“软绵绵之歌”也没能完全解决战局，赶来的月海也被惩部队逼到了绝路。皆人打算独自抗敌，这时候机能应该停止了的结再次启动，身体上发出了耀眼的光芒，腹部的鹡鸰纹也逐渐显现……！！