有一位少年-牧歌，活在一个使用”弓箭”为理所当然的年代里。他是个憧憬20世纪战争中的战士，却对于校园生活兴趣缺缺，每天都是怠惰的度过。就连同年的眼镜妹艾儿也无法了解他在想些什么。就在某天，因为寻找”旋律战士”黑船而逃家的少女-小夜子，出现在牧歌面前。

Bocca has become a Meros Warrior, and Tsunagi gives the young warrior his own Aibar machine. Left with more questions than answers when Tsunagi abandons him, Bocca once again encounters the pickpocket, Sayako. And the pair soon finds trouble in school.

　　与旋律战士-黑船并肩作战的牧歌，突然间看到了幻影少女”忘却的旋律”。她是只有旋律战士才能够看到的梦幻女神。修理机械的津奈木爷爷，将旋律战士所用的道具-机甲神驹”巨羚维鲁特”交给了牧歌。隔天，怪兽赫鲁为了復仇，找上了牧歌。

Bocca finally learns that the robot creature he fought before was from the organization, Monster Union, who are humans who serve under the monsters, using the robot creatures as their weapons.Keiko Hamasaki, the sister of Kew, and the owner of the inn, remembers her past, and is reminded of why she joined the Monster Union. Later, the robot creature strikes again, and Bocca is faced with it again, giving Bocca a great surprise.

　　怪兽同盟的代理人－午夜雏子的真面目，就是饭店的老闆娘滨崎敬子这件事，在”白夜的海岬”，是公开的秘密。为了这个城镇的所有人，而操控著机械怪兽的敬子和知道所有的事，却为了要挑衅姊姊敬子，仍故意被袭击的小久，爱恨交错的敬子和小久姊妹间，牧歌介入了…

　　有著无数只小机械鼠的奇妙山谷──鼠讲谷。建在溪谷中的水库，是聚集世界上小孩们的眼泪的悲哀水库。在水库的一边，有个为了不让水库被破坏，而将手腕塞在水库墙壁上的洞穴中的蓝眼美少年。还有在水库上作画的画家：彦山绘市。因为绘市的介绍，牧歌见到了这个山谷中最有权力的人．金谷蜜里…

　　拥有称为”鸣弦”的技巧，却憎恨著”旋律的战士”的美少女－远音。轻视著不知道自己的旋律名，也不擅使用弓箭的牧歌。然而，远音的出现，受到最大冲击的竟然是山谷的拥有者，金谷蜜里。蜜里跟远音的过去……。那天，去找寻被叫做”鬼”的少年的小蜜里与小远音，遇到了红色头髮的少女。

　　跟名为”蜜里欧尼亚”的怪兽对战的牧歌。不知道自己的旋律名的牧歌，因为不会使用”鸣弦”而陷入苦战。另外一边，远音再次与少年相见。那时，跟蜜里分开的小远音，在森林中跟美得像娃娃一样的少年相遇。她把他藏在家里。有著天空色眼眸的他，深深吸引著远音。

　　来到海边的牧歌，被工厂厂长．桥本优聘请去当卡车保镳。在那边出现的少女．可可跟三个少年．小光、尼克跟库隆。他们是对抗工厂的武装剧团"杰谭罗"。驾驶著机甲神驹的牧歌，直接跟小光对打了起来。他们是怪兽吗？还是……

　　知道这个海湾也被怪兽控制的牧歌，跟津奈木爷爷及"杰谈罗"，计画破坏浮在海面上的宇宙船"引擎一号"可是被代理人哈司尔．蒙基抓住的小夜子，也在那台宇宙船上。一定要救出她才行。为此，牧歌和可可、阿光三个人，一起到工厂去。

　　被留在宇宙船发动机一号的人们----这些人被称为"猿人"。津奈木爷爷回忆起了过往。好几十年前，匯聚人类的智慧建造而成的宇宙要塞密托兰多，曾为将怪兽从地球上一举歼灭重要作战企划筹码。可是计划受挫。因为企划的领导者兼科学家V组长，背叛了全人类-。

　　在锁链的引导之下，牧歌和小夜子来到了一座小岛。那座岛原本在太古时代就应该已经沉没了。黑船的机甲神驹"美洲虎．太阳号"则一直在等待主人的出现。岛上没有黑船的踪影。原来他是消失在岛里深处中门扉的另一端"迷宫"里。牧歌将小夜子留下，只身前往一旦进去就再也出不来的"迷宫"。

　　在过去和未来交错，时间和空间被混乱的迷宫里，牧歌救了拥有和圣痕相似印记的少年索罗。和黑船也再度见面了。他和仇敌赫鲁不停持续在迷宫里战斗。他告诉牧歌尽快离开迷宫之后，便在迷宫的深处消失。因为他选择了以战士的身份永远战斗下去为旅程。即使得知在迷宫外面有正等待著自己的小夜子，他似乎依然一点犹豫和踌躇都没有……。

　　校外教学旅行的观光巴士里。和索罗分散了的牧歌，遇到了被赫鲁吃掉的好友小圭。并且得知被他吃掉的孩子一直被迫重复徘徊于痛苦的死亡过程。目睹了这一切而愤怒的牧歌，被安排到了新的斗牛场里。而那里就是黑船曾将赫鲁打倒的场所。赫鲁的牛吉普，于是和牧歌展开对峙。

　　在绑架小孩子事件频传的运河边，旋律战士不约而同地聚集到这里。这里是拉奇．撒拉布雷多的管辖地域。救了受了伤而搁浅在河边的空色，牧歌因此得知远音在水门塔被抓。而就在同时，芙莱茵．邦妮对他们展开空中袭击。而对于陷入苦战的牧歌，原本无法飞翔的巨羚．维特鲁的仪錶板突然闪起灯。

　　牧歌和可可以及阿光他们会面了，可是小夜子却被拉奇．撒拉布雷多抓走。代理人拉奇．撒拉布雷多的真正身份其实就是小夜子的哥哥秀马。自称为「被生为这个世界上最特别的男人，就是这个如此幸运的我」的秀马，从小就被父母宠爱于一身，曾经，他甚至打算牺牲掉小夜子成就自己……。

　　可可自监禁室救出远音。但是将水门塔装置了炸弹的拉奇．撒拉布雷多，以小夜子为人质要胁他们卸除武装。牧歌一行3人因此被迫投降于他。因为逮捕到旋律战士，自认战略完美而洋洋得意的拉奇．撒拉布雷多。可是没想到原本应该在他胸前的炸弹遥控器，被小夜子这个扒手给盗走了……。

　　小夜子挂在嘴边的73次。牧歌在中央停车场，自旋律的支援组织得到了「去找穆罕洛巴」这样的讯息。另一方面，月之森时子委託了一个侦探前来寻找小夜子的下落。身为旋律战士的使命，以及对小夜子的情感……。为了试探牧歌的态度为何，小夜子决定今晚要带他去车站饭店过夜……。

　　曾经坠落在中央停车场附近的巨大宇宙船〝穆罕洛巴〞。为了前去阻止怪兽．同盟的〝静音作战〞，正在寻找穆罕洛巴的杰谭罗一行人便抓了总理大臣。但是总理大臣对于牧歌他们的战斗，以他们都还太年轻为由否定了他们。对于拥有那场二十世纪战争的记忆像他们那样的老人而言，世界早就已经死去了……。

　　中弹倒地的总理大臣最后的遗言，告诉了他们穆罕洛巴所在之处以及其装备能力。被封印在地底下的穆罕洛巴士一艘并未具备返回大地的能力的宇宙船。搭上这艘船之后，或许就必须和留在大地的其他人永远的别离了……。正在做出航准备的可可与阿光。被囚困在环状线的远音，她的选择会是-------。然后，牧歌和小夜子则是……。

　　追击奥托卡葛孩童号的穆罕洛巴，来到了大气圈之外。如果要制御并且破坏宇宙要塞，就必须与它接泊然后潜入，从内部破坏。双方以宇宙要塞为目标，展开的激烈战斗。第一次来到圈外的牧歌和远音，可可加他们如何机甲神驹驱动程式〝生物．协奏曲〞的操作方法……。

　　两艘宇宙战舰与密托兰多接舶。牧歌他们前往中央核心。然后他们遇见了曾在核心沉睡的独角受系列少年，并且与怪兽．同盟的首领柴尔德．多拉贡对峙。环伺在密托兰多的攻防似乎渐入佳境。然而，这并不是〝静音作战〞真正的目的……。

　　第三幕。迳自暴走的维恩特莱杰。牧歌、远音、可可全力守护密托兰多。然而怪兽．同盟的〝静音作战〞的最终阶段即将展开。在眼前逐渐扩大的碧绿地球。这片大地闪耀著巨大的光球，那是让战斗意识丧失并且抹灭一切的光芒。柴尔德．多拉贡为了庆祝胜利而唱著暴力的旋律，在宇宙里迴响著……。

　　回到大地的牧歌。迎接他的是曾经在迷宫深处里遇见的少年〝索罗〞。他邀请牧歌一同前往美少女牧场。而在这里的，都是凭自己志愿前来报名成为活祭品人选，似乎是个幸福的社会。在无限空间的保龄球场，牧歌与玉罗喜展开对决。然后，他前往地球的中心。牧歌终于来到了旋律剧场，和〝忘却的旋律〞见面……。