二十世紀に人間とモンスターとの大戦争があった。激しい戦いの末、勝ち残ったのはモンスターの方だった。時は流れ新世紀、かつての戦争を忘れていった人間達、そんな中、学校で教わる教育に不満を抱く少年ボッカは、メロスの戦士、"黒船"と出会う・・・

メロスの戦士"黒船"とモンスター"ホル"との戦いをまのあたりにしたボッカは、その最中に「忘却の旋律」を見る。姿を消したつなぎじいさんの言葉に複雑な気持ちのボッカは、以前財布をすった謎の少女、小夜子と出くわす。

年中オーロラが見えると言う一大観光地「白夜岬」。「忘却の旋律」の秘密を探す為、ここに住む有名な物知り婦人を探す事となるボッカ。一方、スリのカモを探して一人の少女にターゲットをつけた小夜子は巨大なロボットに襲われるのであった・・・。

生け贄の女の子"キュウちゃん"を襲ったのはモンスターではなく、モンスターに使える人間達「モンスターユニオン」の仕業である事を知るボッカ。そして謎のロボットを操る「モンスターユニオン」のエージェント"ミッドナイトひよこ"の正体はボッカ達のよく知る意外な人物であった・・・。

モンスタ－ユニオンと戦おうとするボッカは、わかだんと無数の大人たちの罠にかかり捕まってしまう。牢屋に入れられたボッカを助けに来た小夜子だが、逆にわかだんに見つかって一緒におりに入れられるハメに・・・。

「鼠講谷」にやって来るボッカと小夜子は巨大なダムに腕を挟まれている”謎の少年”とダムの壁面に絵を描き続ける”彦山絵師”に出会う絵師の世話になる事になったボッカたちは、谷の有力者”金谷みり”に挨拶に赴くのだが・・・

谷に帰ってきた”遠音”という少女、子供たちの悲しみの涙を集める「働きマウス」たちを「鳴弦」という技で一瞬にして追い払う。メロスの戦士であることが判明したのだが、遠音はメロスの戦士を憎んでいたのであった・・・

モンスターユニオンとの戦いの傍らで語られる遠音と絵市の想い、そして”謎の少年”との出会い。すれ違う人々の想いに隠された過去の因果を断ち切る為、今、遠音のメロスが鳴り響く！

モンスタ－ユニオンのエ－ジェントに捕まった小夜子は、オフィスビルに幽閉されてしまう。一方、「チェンタウロ」の”ココ”らと一緒に行動していたボッカは、小夜子を救出する為、「ENGINE1」に赴くのだが・・・

小夜子を救出したボッカ、ココらは、「ENGINE１」の動力室に残った人々を救出するために行動を開始していた。そして制御室にたどり着いたボッカたちは、「ENGINE１」の驚くべき秘密を知る事になる。

「迷宮島」にやって来たボッカと小夜子はアイバーマシン"ジャガーの太陽号"を発見する。黒船を探しに水上トンネルの牛頭扉の前まで来たボッカたちは、そこでモンスターユニオンのエージェントとの戦闘になる。

黒船を求め迷宮をさまようボッカは、ソロと名乗る少年に出会う。モンスターを見ても平気なソロに対し、メロスの戦士なのではと思うボッカ。そして迷宮を進むボッカ達は、宿敵と戦う過去の「黒船」を見る。

黒船と別れ、延々と迷宮をさまよい続けるボッカは、ホルとの戦いで過去の幻影を見せられ苦戦を強いられる。反撃のチャンスを窺っていたボッカだが、その最中ソロが、ホルにさらわれてしまう・・・

「幸運河」にやって来るボッカと小夜子。そこでは、たくさんの子供たちが何者かに誘拐されていた。モンスターユニオンの仕業かどうか調査を開始するボッカ。そんな時、河岸に一人の少年が流れ着いた・・・

モンスターユニオンに捕らえられてしまった小夜子を探していたボッカ。その途中偶然に、ココら「チェンタウロ」のメンバーと再会する。そしてボッカはココと二人だけで、敵の「水門塔」に進入する事になるのだが・・・

「水門塔」でボッカは、モンスターユニオンの「ラッキーさらぶれっと」と対峙していたが、小夜子を人質に取られて苦戦を強いられていた。一方ココは、もう一人のエージェント「フライングばにー」と戦っていた。

「中央停車場」にやって来るボッカと小夜子。敵の情報を仕入れるために、しばらくテント生活を続けていたのだが、思った成果が得られない。小夜子は、気分転換に「ホテル」に泊まろうと提案するのだが・・・

「マホロバ」の秘密を聞き出すため、「総理大臣」を誘拐したチェンタウロのメンバーは、ボッカたちが泊まっているホテルの部屋に立てこもる。そこでボッカたちは、総理大臣から驚くべき過去、「二十世紀戦争」について聞かされる。

モンスターユニオンの「サイレント作戦」を阻止するため、ボッカたちは、「マホロバ」を起動させようとしていた。それぞれに出発の準備を始めるメロスの戦士たち。一人旅立とうとするボッカに対し、小夜子はある決心をする。

ミトラノームを目指し「マホロバ」で宇宙へ上がったボッカ、遠音、ココたちは、モンスターユニオンの攻撃にさらされる。慣れない「バイオ・コンツェルト」で戦いに臨む事になるボッカたちだったが・・・

モンスターユニオンは「子供オオトカゲ」をミトラノームにドッキングさせた。遅れてミトラノームに到着するボッカたち。内部に侵入したボッカたちは、「破壊された通路」の一画を発見する・・・

暴走した"4号"に「ヴィンターライゼ」が乗っ取られる。ボッカたちは、ミトラノームを守るために戦っていた。そこへモンスターユニオンが、「サイレント作戦」の本当の狙いを告げる。

ついに「旋律劇場」へ辿り着いたボッカは、「モンスターキング」と対峙していた。その舞台の中心で、ボッカは「忘却の旋律」の秘密を知る。そこへ、鎖に繋がれ意識を失っている小夜子が現れて・・・。