Il villaggio in cui vive Raki, un ragazzo appena adolescente, è infestato dalla minacciosa presenza d'uno di quei pericolosi mostri chiamati Yoma che divorano cervello ed interiora umane; viene pertanto chiamata in aiuto una Claymore: solo questa difatti può provar a stanare il demone in quanto ne può percepir la presenza e l'odore anche se esso rimane camuffato dietro l'apparenza d'un essere umano. Raki, la cui intera famiglia (tranne il fratello maggiore) è stata sterminata dallo Yoma, rimane subito affascinato dalla giovane e magrissima guerriera, ed incomincia a seguirla; tutti gli altri abitanti sembrano invece temerla al massimo grado - quasi come temono i demoni stessi - e non si sognerebbero mai di rivolgerle la parola nel modo in cui invece subito fa senza problemi Raki: le Claymore sono difatti "streghe dagli occhi d'argento", per metà umane e metà demoniache, assunte a combattere gli Yoma utilizzando la spada da cui traggono il nome, la Claymore per l'appunto.

A Claire è appena stata consegnata una "lettera nera" da Lint, uno degli uomini misteriosi che sembrano far parte del reparto organizzativo delle Claymore: quando le guerriere utilizzano un quantità troppo ampia del potere demoniaco insito nell'interno di sé per contrastare gli Yoma, rischiano di divenire esse stesse demoni per l'accumulo di tale forza negativa, perdendo così col tempo le proprie originali facoltà umane. Ed ecco che allora, quando ciò sta per accadere, la Claymore, che sceglie di concludere la propria vita con cuore e mente ancora perfettamente umani, invia la lettera nera conservata all'interno della loro spada alla persona che ha scelto debba ucciderla. Helena, ch'è stata la migliore amica di Claire durante la prima giovinezza, si trova oramai sul punto di soccombere dominata com'è sempre più dalla mostruosa natura demoniaca: nonostante le proteste di Raki Claire, prima che l'amica divenga interamente Yoma, la passa a fil di spada.

Claire, sempre accompagnata dal fedele Raki, è appena stata ingaggiata dal vescovo di Rawona, una delle città sacre della regione per stanare - e possibilmente togliere di mezzo - uno di quegli Yoma definiti come "voraci" (quelli più astuti ed esperti nell'arte della mimetizzazione) installatosi da tempo all'interno della cittadella religiosa. Siccome le Claymore sono almeno in parte esseri sovrannaturali, seguendo la consuetudine della leggi tradizionali vigenti non possono in alcun caso venir ammesse all'interno delle mura della città santa (nel qual caso la renderebbero impura) Claire, mandata da Lint ad investigare, si trova allora costretta ad assumere uno speciale farmaco che ne inibisce temporaneamente i poteri, rendendo così all'esterno irriconoscibile la propria natura. Purtroppo però usando un tal sotterfugio lei stessa non è più in grado di riconoscere con la facilità che gli è usuale la presenza degli Yoma.

Per due interi giorni Raki veglia e prega ai piedi del capezzale di Claire, fino a che ella non si riprende. Neanche il successivo prender in esame uno per uno di tutti i monaci, compreso il gran sacerdote, porta a nulla: dove si nasconde lo Yoma? Il mostro infine appare nei pressi del fonte battesimale, celato in una mummia conservate nel gran sarcofago di pietra. Claire, ancora fortemente debilitata, si trova in difficoltà; ecco allora intervenire in suo aiuto Gark, cavaliere della cittadella, e Raki che lancia all'amica la sua pesante Claymore tenuta fino ad allora ben nascosta all'interno d'una statua dalle fattezze femminili. Purtroppo però la donna utilizza troppa della sua energia-Yoriki nello scontro contro lo Yoma e rischia pertanto di venir sopraffatta dalla propria natura demoniaca; un tal avvenimento viene denominato "risveglio".

Inizia la narrazione della vita di Teresa, la Claymore più potente, temuta e spietata della sua epoca; ha difatti la capacità di combattere gli Yoma senza dover utilizzare lo Yoriki e pertanto, al posto di smorfie spaventevoli, durante la lotta sul suo volto sembra dipingersi quasi un etereo sorriso. A seguito di questo fatto inizia ad esser riconosciuta come "Teresa del sorriso". Nella città di Teo le capita d'uccidere ben sette Yoma in brevissimo tempo, tra cui uno che abusava di una ragazzina umana: la giovane, magrissima e muta, non ha nessuno al mondo che si possa prender cura di lei e viene abbandonata al suo destino da tutti. Da quel momento in poi la piccola continua imperterrita a seguire Teresa - come aggrappandosi con disperazione a lei - attraverso valli e monti, nonostante la Claymore le faccia chiaramente capire che non vuole assolutamente averla tra i piedi in quanto rappresenta solo fastidio ed intralcio.

Orsay, l'uomo vestito di nero che sorveglia di Teresa, invia le quattro Claymore più forti dopo Teresa ad eseguire la condanna a morte: queste sono in ordine Priscilla, Irene, Noel e Sophia. La numero due, Priscilla, è una ragazzina appena entrata nell'organizzazione e che ha subito scalato tutti i gradi fin a giungere quasi alla vetta per le grandi potenzialità dimostrate: dopo che le altre tre vengono presto e facilmente messe fuori gioco, inizia tra Teresa e Priscilla una singolar tenzone che le vede di fronte in un duello all'ultimo sangue. Le altre tre che fino ad allora hanno assistito mute e stupefatte davanti alle eccezionali capacità dimostrate dalle due contendenti, iniziano a rilasciare parte del loro Yoki in preparazione d'un attacco combinato. Claire, che vede Teresa sempre più come la sua unica protettrice, trema in attesa.

Ferite seriamente tutte e tre le sue avversarie, Teresa si dimostra essere troppo forte e veloce anche per la giovane ed inesperta Priscilla, che presto viene così sopraffatta: potrebbe ucciderla, ma sorprendentemente Teresa con magnanimità la risparmia: si allontana accompagnata da Claire, sempre più fedelmente attaccata a lei. Irritata oltremodo per il fatto d'esser stata battuta, Priscilla le insegue perdendo via via sempre più il controllo del proprio Yoki: giunta al limite racconta d'aver dovuto uccidere il proprio stesso padre divenuto Yoma e subito dopo prega Teresa d'eliminarla fintanto che possiede ancora una coscienza umana. Ma nel momento in cui la Claymore alza la spada per decapitare la ragazza, questa oltrepassa la soglia e, divenuta interamente mostro con una mossa fulminea prima le amputa entrambe le mani e poi le stacca la testa dal collo: il corpo di Teresa crolla immediatamente esanime al suolo.

Dopo la morte di Teresa, ancora con la sua testa stretta tra le braccia, Claire chiede a uno dei sorveglianti di farla diventare una Claymore, trapiantandole la carne e il sangue dell'amica. Torniamo al tempo presente della vicenda e la guerriera Claire, sempre in compagnia di Raki, viene fatta aggregare per oscuri motivi dall'Organizzazione ad un gruppo di 4 per dare la caccia ad uno Yoma definito "vorace". Le altre tre sono Miria, Helen e Deneve. Dopo aver lasciato Raki ad attenderla in una locanda, la guerriera parte in missione con le compagne, tra le quali Helen si dimostra subito quella più irridente ed aggressiva nei confronti di Claire, che è la numero 47 della lista delle Claymore, ovvero è considerata la più debole di tutte, l'ultima. Addentratesi verso la cima della montagna si trovano di fronte non un semplice "vorace", bensì un risvegliato e per di più maschio.

La battaglia contro il Risvegliato sembra subito essere per le quattro guerriere senza alcuna possibilità di successo: il Risvegliato trafigge subito in organi vitali i corpi di Helen e Deneve. Anche a Miria non pare concessa speranza di poter scampare all'eccidio ma a questo punto Claire, rimasta fino ad allora silenziosamente in attesa, si decide ad intervenire; la sua abilità consiste nel riuscire a percepire fino al massimo grado l'energia altrui, ed in tal maniera riesce ad evitare un attimo prima che la colpiscano tutti gli attacchi sferratigli dal mostro. Schivando colpo su colpo gli si avvicina sempre più e con l'aiuto di Miria riesce infine ad annientarlo. Ma per tutto il tempo che è durato il combattimento Galatea, la numero 3, ha osservato con gli occhi della mente quel che stava accadendo dalla montagna vicina, in compagnia del sorvegliante Ermita, il quale viene in tale maniera informato su come procede, si sviluppa ed infine si conclude la battaglia.

Un poco alla volta tutte e quattro recuperano almeno in parte le forze per poter rialzarsi. Miria instilla il sospetto suggerendo che l'Organizzazione abbia volutamente affidato loro questa "missione suicida" con lo scopo dichiarato di liberarsi di quelle guerriere indisciplinate, attaccabrighe e difficili da gestire: informate le altre del dubbio che le si è affacciato alla mente, stipula con loro un patto muto di alleanza reciproca per il tempo futuro. Le avvisa inoltre che tutte loro sono oramai da considerarsi come dei "risvegliati parziali", in quanto hanno raggiunto almeno una volta il loro limite e, pur riuscendo dopo uno sforzo estremo a tornare indietro, hanno mantenuto da allora in poi alcune delle potenzialità in stato latente appartenenti agli Yoma. Infine le consiglia caldamente di evitar ogni contatto con le prime 5 Claymore, che potrebbero facilmente scoprire il segreto; ma soprattutto di guardarsi da Ofelia, che è la numero 4, una spietata assassina assetata di sangue.

Claire viene presto inviata dal sorvegliante alla caccia d'un altro "risvegliato" assieme ad un'altra squadra: anche stavolta lascia Raki indietro e si avvia al luogo dell'appuntamento. Con sua somma sorpresa tuttavia il team per l'eliminazione di questo nuovo mostro e composto unicamente da due guerriere, lei stessa ed Ofelia, la quale sembra "annusare" immediatamente l'odore da risvegliato parziale emanato da Claire. Mostra inoltre subito anche la propria indole sanguinaria e sadica: prima infila le dita nella ferita ancora aperta sul petto di Claire assaporandone voluttuosamente il sangue e poi, giunto Raki, la sfida. Con un fulmineo colpo a sorpresa taglia le gambe a Claire; dovrà cercare di riattaccarsele prima che ella riesca ad uccidere il ragazzo, che inizia a difendersi un po' alla cieca con la spada consegnatagli a suo tempo da Gark. A peggiorar ancor più la situazione ecco mostrarsi il Risvegliato.

Ofelia ha scovato Claire e la affronta ai bordi di un dirupo con un fiumiciattolo che scorre molte centinaia di metri più sotto; la guerriera prova a parar meglio che può i colpi della pazza Ofelia, ma ben presto si rende conto che tutto è inutile, di conseguenza si lascia tagliare un braccio e gravemente ferita si getta giù sperando di ingannare Ofelia. Purtroppo quest'ultima intuisce che Claire è ancora viva perché prima di gettarsi afferra il braccio precedentemente tagliato con l'intento di riattaccarselo una volta al sicuro. Lo scontro quindi prosegue ma quando per Claire sembra ormai finita giunge un aiuto davvero insperato: un personaggio incappucciato e avvolto da una lunga tunica marrone si presenta davanti alle due e, in risposta all'aggressione di Ofelia, la ferisce gravemente con ripetuti e velocissimi colpi di spada.

Mentre Irene priva oramai di entrambe le braccia si viene improvvisamente a trovare di fronte Raffaella, la numero 5, giunta fino a lei per ucciderla in quanto ha disertato dall'organizzazione facendo perdere le proprie tracce per tutti quegli anni, Claire si scontra e combatte ancora una volta contro Ofelia, divenuta oramai una risvegliata anche se ancora non se ne rende conto. Durante la battaglia Ofelia, che sente sempre più la morsa della fame e il desiderio d'assaporar viscere umane, si specchia accidentalmente in un lago rimanendo paralizzata dallo choc: è riuscita a vedere finalmente lo stato mostruoso in cui s'è tramutata. Ripensando al fratello che gli aveva salvato la vita cadendo al posto suo nelle grinfie di Priscilla, Ofelia sembra riacquistare parte dell'umanità perduta; e grazie anche agli incoraggiamenti dati dai rimasugli di coscienza conservati da Ofelia, Claire riesce infine a abbatterla, abbandonandone le spoglie in fondo al lago.

Non essendo più stato in alcun modo possibile contattare Claire nei tre mesi successivi allo scontro con Ofelia, l'organizzazione dà carta bianca ad Ermite il quale invia per rintracciare la fuggiasca nientemeno che Galatea. Nel frattempo Claire, mascherata da ragazzo, è alla ricerca di Raki e chiede notizie a chiunque incontri spacciandolo per il fratellino perduto. Mentre sta attraversando la piazza principale della cittadina in cui si trova, ascolta casualmente le chiacchiere di una ragazzina, la quale sta dicendo al fratello che 10 giorni prima ha dovuto spiegare ad uno sconosciuto della loro stessa età e che si dimostrava estremamente interessato che la statua in mezzo alla fontana davanti a loro raffigura le due Dee gemelle simboli di bellezza e purezza, ovvero Teresa e Claire. La Claymore intuisce subito che deve trattarsi sicuramente di Raki. Ma improvvisamente una Claymore ferita a morte entra in città e cade ai piedi di Claire.

Claire giunge all'ingresso della grotta in cui vengono torturate le tre Claymore con l'intento preciso di "risvegliarle": si addentra nell'oscuro antro fino a che non gli si para davanti il gigantesco Daf, sottoposto nonché amante e protettore di Riful, l'essere abissale dell'Ovest che si mostra come una ragazzina appena adolescente. La guerriera si trova presto a mal partito e viene salvata appena in tempo da Galatea. Vengono presto messe a conoscenza dalla stessa Riful che i tre abissali hanno iniziato una gara di forza, intenzionati ad aumentare le truppe di risvegliati tra le proprie file; questo è ciò che lei stessa sta facendo in quel preciso momento, ovvero che il maggior numero possibile di risvegliati stia al proprio fianco prima dell'inevitabile scontro tra gli abissali.

Claire riesce ad aiutare Jean, attraverso un'estrema forza di volontà, a regredire dallo stato di quasi completo risveglio in cui era precipitata, guadagnando così la sua incondizionata fedeltà nel tempo a venire, dirigendosi poi velocemente in soccorso di Galatea. Dopo una serie d'attacchi e contrattacchi a ripetizione, grazie all'incredibile sangue freddo dimostrato da Claire e dall'altrettanto forte volontà di Jean riescono a sconfiggere e gravemente ferire Daf. Sinceramente ammirata dalla tenacia dimostrata da quelle Claymore, Riful confida loro la verità riguardante l'abissale del Nord, unico maschio tra i numero uno risvegliati e sull'alleata che ha trovato nella donna con un corno in fronte, Priscilla! Dopo aver avvertito le guerriere che non potranno mai sconfiggerlo senza un qualche aiuto proveniente da lei, Riful s'alza in volo e se ne va. Scovata finalmente l'antica nemica, Claire decide subitaneamente d'avviarsi in direzione del freddo Nord.

Claire e Jean, addentratesi nella foresta, si trovano davanti a Raffaella che sbarra il cammino ad entrambe; subito dopo compare anche Luvr il quale affida alle due fuggitive la missione di dirigersi alle terre del Nord dove, assieme ad altre 22 Claymore, dovranno dare la caccia ad un gruppo di risvegliati. Davanti all'esitazione della guerriera l'uomo le dice che è appena venuto a sapere che Raki, il ragazzino ch'ella si portava dietro, vi si è già diretto in cerca di sue notizie. Motivata da questa notizia vi si dirige lestamente in compagnia di Jean; a Pieta Claire si riunisce dopo molto a Miria, Helen e Denev. Tutte e 24 le Claymore pervenute si raccolgono nella piazza centrale della città, per poi esser suddivise in 5 squadre al comando delle guerriere col numero più alto, ovvero Miria, Flora, Jean, Ondine e Veronica.

Mentre tre squadre di Claymore affrontano a viso aperto i tre Risvegliati le altre due attendono in retroguardia immediatamente pronte a subentrare in caso d'arretramento della prima linea; dopo che Undine si viene a trovare in notevole difficoltà con uno dei mostri,il quale riesce con gli occhi a paralizzare e controllare la volontà, ecco intervenire in coppia Denev e Claire in un attacco perfettamente calibrato che riesce infine ad aver il sopravvento sul Risvegliato. Miria e Flora tolgono di mezzo gli altri due mostri; al termine della cruenta battaglia, nonostante molte di loro abbiano subito gravi ferite, son riuscite a non aver alcuna vittima. Raki intanto sta vagando sotto la neve tra le rovine d'una città distrutta dagli Yoma; notando una ragazzina a cui sta per cadere in testa un cornicione di pietra e di slancio gli si getta addosso per salvarla. Subito la giovane si stinge stretta al ragazzo senza lasciarlo.

Raki, sempre determinato a diventar forte per poter così proteggere Claire, persuade il giovane accompagnatore di Priscilla ad insegnargli le migliori tecniche di combattimento con la spada. Denev intanto scopre Undine rinserrata all'interno del magazzino in cui vengono conservate le loro armature singhiozzante senza ritegno; lei, che in apparenza si dà anche troppe arie di forza e coraggio, non è riuscita a trattener il terrore quando ha sentito che stava per perdere il controllo dello Yoki. Lei in realtà porta con sé due spade in quanto una di esse era stata quella della sua compagna che è morta per difenderla; poi Denev racconta la propria storia personale, quando bambina ha dovuto stare nascosta impaurita sotto il letto senza poter far nulla mentre uno Yoma sventrava la sorella maggiore. All'esterno Flora chiama in disparte Claire e chiede conto del braccio destro non suo che porta attaccato; la giovane guerriera è costretta a rivelarle che proviene da Irene.

Claire e il resto delle Claymore accampate a Pieta attendono, si preparano al sopraggiungere dell'enorme gruppo di esseri risvegliati; ora incominciano a percepirne distintamente lo Yoriki: anche Raki a cavallo, sempre in compagnia di Isley e Priscilla, vi si stanno dirigendo. Ma le guerriere sembrano essersi sapute organizzare molto bene contro l'attacco dei mostri, tanto che costringono ben presto lo stesso Riccardo a scendere in campo per prevenire ulteriori perdite dalla loro parte. Nella sua forma di gigantesco leone bipede riesce ad eliminare una dopo l'altra Veronica, Undine e Flora, e ad infliggere una grave ferita all'addome a Jean: quattro dei cinque caposquadra sono così fuorigioco. Poi si volge deciso anche contro Miria.

Claire e le altre Claymore superstiti continuano la loro battaglia contro Riccardo, tutte asserragliate a difendere Miria. Nel frattempo Raki scorge Priscilla nuda all'interno d'una grotta che si sta cibando di carne umana e ne rimane sconvolto; prova, ma senza riuscirci, ad alzare la lama della propria spada contro di lei. Isley, sopraggiunto, conferma al ragazzo che quello è il destino irrefutabile che attende ogni Claymore che abbia oltrepassato il limite, cioè la capacità di controllo del proprio Yoriki. Riccardo intanto continua a sbarazzarsi d'una dopo l'altra di tutte le Claymore rimaste ma, proprio nel momento in cui sta per dare il definitivo colpo di grazia anche a Miria, una velocissima Claire riesce ad amputargli il braccio destro.

Claire, con una suprema forza di volontà, ha risvegliato soltanto le proprie gambe, tramutandole così in forma caprina; in tal modo ha potuto usufruire di un aumento massiccio nella velocità di corsa ed accelerazione: può così, anche se con affanno, tener testa a Riccardo. Purtroppo però non riesce ancora a controllare perfettamente questo cambiamento, non potendo cambiare direzione né decelerare o frenare di colpo. Tutto ciò a vantaggio del Risvegliato "Re Leone dagli occhi d'argento" che pare così poter un po' alla volta riassumere pieno controllo della situazione. Riccardo, che sente il sangue bollirgli dentro da quanto di sente eccitato per aver finalmente trovato dopo moltissimo tempo un degno avversario - almeno dall'epoca della sua sconfitta per mano di Isley - s'appresta a far fuoriuscire interamente il proprio potere. Raki, che ha lasciato Priscilla per correre avanti, è finalmente arrivato.

Il Re Leone è stato incredibilmente fatto a minutissimi pezzettini; Claire ha vinto ma, cosciente di non poter più resistere a lungo - del tutto incapace di tornare al suo precedente stato normale - prega Helen di decapitarla: tutto questo mentre Raki si rifugia emotivamente disfatto e piangente in un vicolo vicino. Nel frattempo Priscilla riconosce l'energia sempre più potente emanata da Claire e, scambiandola per Teresa rivive in un deja vu tutto quel che le è accaduto da bambina quando, vedendo il padre tramutato in Yoma divorare le viscere del fratello, si è trovata costretta a decapitarlo con un'accetta. In quel preciso istante anche Claire nota la presenza di Priscilla nelle immediate vicinanze e si lancia al suo inseguimento: notevolmente incuriosito dalla strana situazione che s'è venuta a creare Isley ordina a tutti gli Yoma al suo seguito di rimanersene tranquilli in disparte, mentre lui s'appresta ad osservare in disparte.

La lotta senza quartiere tra Claire e Priscilla infuria all'interno della bocca d'un vulcano in ebollizione. La ragazzina, che non si rende ancora ben conto d'esser un Risvegliato, respinge abbastanza facilmente gli attacchi della Claymore (la quale si ritrova oramai ad avere anche lei sempre più sembianze mostruose) confondendola, nello stato semi-allucinato in cui si trova, con Teresa: i ricordi continuano ad accavallarsi affollandogli la debole mente. Nel frattempo Jean, seppur gravemente ferita, si mette in spalla Raki per correre così più velocemente verso il luogo in cui si trova Claire: nel momento in cui questa sta per essere sopraffatta dal Risvegliato col corno in fronte, Miria, Denev ed Helen si mettono in mezzo e portano in salvo la compagna da morte certa. Il combattimento prosegue, con entrambe le contendenti che espandono sempre più la loro energia fino a giungere ala massima potenza.

Claire, quasi completamente risvegliata, continua strenuamente la battaglia, ma Priscilla risulta essere ancora nettamente superiore e domina lo scontro con facilità; questo almeno fino a quando Claire, spronata da vari flashback di Teresa, comincia colpire la propria avversaria con attacchi sempre più devastanti. Priscilla torna così alla sua forma apparentemente umana e sta per essere uccisa quando interviene Raki, supplicandole entrambe d'interrompere quest'assurdo spargimento di sangue. Claire non riesce piùa trattenersi e sta per colpire il ragazzo, quando Jean s'interpone rimanendo colpita a morte al suo posto. Prima di spirare riesce però a restituirle il favore ricevuto tempo addietro e coordina il proprio Yoki con quello di Claire permettendole così di ritornar alla propria originaria forma umana. Priscilla viene recuperata da Isley e portata via.