Clare llega a un pueblo que está siendo amenazado por un Yōma que por las noches se come a los habitantes. Ahí conoce a Raki, un muchacho que vive con su hermano porque sus padres fueron asesinados por el Yōma, pero lo que no sabe es que el Yōma está tomando la forma de su hermano. Clare derrota al Yōma y Raki es expulsado de su pueblo por temor de los habitantes a que se convierta en un Yōma. Clare lo recoge del desierto, antes de morir.

Clare recibe una carta negra de parte de uno sus jefes de la organización, en la que una compañera suya le ha pedido que la mate antes de que ella se convierta en un Yoma. Además, Raki descubre que las Claymore usan la mente humana para poder controlar los poderes del Yoma pero esto causa que poco a poco se vayan convirtiendo en Yoma cuanto más usen esos poderes.

Clare y Raki llegan a un pueblo donde la iglesia es la máxima autoridad. Como en el pueblo está prohibida la entrada a las Claymore, Clare toma unas pastillas para ocultar su Yoki y sus ojos cambian de color para no ser reconocidas. Pero como las pastillas hacen que pierda el poder de encontrar a los Yomas, Clare decide investigar por sí misma el pueblo en su busca.

Clare, después del primer enfrentamiento contra el Yoma, se pasa dos días recuperándose. Para acabar con el problema, Clare les pide a los sacerdotes que se reúnan para descubrir quién es el Yoma, pero su investigación la lleva a uno de los cadáveres que hay en la iglesia que ataca a Raki mientras éste esperaba por Clare.

Teresa es una Claymore que no necesita el uso de sus poderes para poder vencer a un Yoma. Además, su rostro nunca cambia mientras se enfrenta a uno de ellos por eso la llaman Teresa de la débil sonrisa. Pero cuando llega a la ciudad de Teo por una misión se encuentra con una joven chica que la persigue continuamente y decide llamarla Clare debido a que no habla.

Teresa y Clare están a punto de llegar a Rokut. Teresa decide dejarla en esa ciudad para que la cuiden. Pero cuando Teresa abandona la ciudad después de vencer a un Yoma, descubre que unos bandidos se dirigen a la ciudad para atacarla después de librarse del Yoma. Teresa regresa a la ciudad para salvar a Clare de los bandidos y los mata aún sabiendo que está prohibido por las Claymore.

La organización decide enviar a las 4 mejores Claymore para matar a Teresa después de incumplir la norma y negarse a ser ejecutada. Mientras tanto, Teresa y Clare llegan a una ciudad para descansar pero en ese momento aparecen las Claymore y se enfrentan con Teresa.

El poder de Teresa es difícil de superar por las Claymore aún atacándola las cuatro a la vez. De esta forma, deciden liberar su poder de Yoma para vencerla pero no logran los resultados que se esperan. Pero la novata de las Claymore, Priscilla, libera todo su poder hasta convertirse en un horrible Yoma llamado Kakuseisha.

Clare es enviada por la organización a cazar a un Kakuseisha. De este modo, Clare debe reunirse con otras 3 Claymore de nombres Miria, Helen y Deneve. Ellas descubren que el nivel de Clare es muy inferior al de ellas pero al ser una orden de la organización no pueden negarse a trabajar con ella.

Cuando llegan al lugar indicado, descubren que el Kakuseisha es un varón. A pesar de que las Claymore son mujeres, en un tiempo atrás también había hombres pero debido a que ellos sobrepasaban sus límites en poco tiempo se decidió dejar de crear guerreros varones. Ahora, cuando todas están muy gravemente heridas por el Kakuseisha, Clare decide concentrarse en el poder que desprende su enemigo.

Una vez muerto el Kakuseisha, Miria le pregunta a sus compañeras si en algún momento estuvieron en el proceso de convertirse en un Kakuseisha. Al afirmar las tres, Miria piensa que la organización las mandó a esa misión para que el Kakuseisha acabara con ellas. De este modo, Miria continuará investigando sobre el asunto y hacen una promesa de seguir vivas para descubrir lo que ocurre.

La organización envía de nuevo a Clare a derrotar a un Kakuseisha. Ésta vez le toca hacerlo junto a Ophelia, la Nº4. Sin embargo, Ophelia desea divertirse con Clare cortándole las piernas mientras lucha contra Raki. Minutos después aparece el Kakuseisha y Clare se ve obligada a escapar junto con Raki. Una vez que Clare se aleja del lugar, le pide a Raki que se separen.

Una vez que Clare y Raki se separan, Ophelia, después de vencer al Kakuseisha, persigue a Clare para continuar divirtiéndose. Durante el combate que mantienen las dos, Ophelia es capaz de cortarle su brazo derecho. Pero cuando intenta unirlo de nuevo, Ophelia le corta su mano izquierda y se dispone a acabar con ella. Es ahí cuando aparece de pronto Irene, una de las antiguas Claymore.

Gracias a Irene, Clare logra salvarse de Ophelia mientras ésta se recupera de las graves heridas que Irene le causó. Ahora, Irene le enseña a Clare como usar la Espasa Veloz con el único brazo que le queda. Pero a pesar de esto, cuando Clare está a punto de separarse de Irene, ésta se corta el brazo que le quedaba y se lo entrega a Clare. Después de eso, Clare vuelve a encontrarse con Ophelia pero ahora es un Kakuseisha.

Han pasado 3 meses desde lo ocurrido con Opehlia. Ahora, la organización está buscando a Clare y envían a una de las más fuertes para que la traiga. Mientras, Clare busca a Raki y llega a una ciudad en la que descubre que un grupo de 4 Claymore se dirigen a una misión. Cuando una de ellas llega gravemente herida, Clare se dirige a la montaña para acabar con el Kakuseisha.

Clare se encuentra con Duff, el subordinado de Riful. Ella es una joven Kakuseisha bastante poderosa que desea convertir a las Claymore en Kakuseisha para que trabajen para ella. Cuando Clare está a punto de ser vencida por Duff aparece la Claymore Nª3, Galatea, la enviada para llevar de vuelta a Clare a la organización. Sin embargo, Galatea le pide que salve a la Nº9, Jeane, que está atrapada por Riful.

Clare logra salvar a Jeane d convertirse en un Kakuseisha. De este modo, las 3 se disponen a luchar contra Duff pero acaban siendo vencidas. Aún así, Clare vuelve a levantarse y le pide ayuda de Jeane para acabar con Duff. Pero cuando están a punto de vencerle, Riful intervienen en el combate y muestra su verdadero aspecto y logra salvar a Duff

Rubel, de la organización, acaba encontrando a Clare y a Jeane. Éste les ordena que se dirijan a las Tierras del Norte para destruir a varios Kakuseisha junto con un grupo de Claymore. Cuando llegan, Clare se rencuentra con Miria y las demás, y todas las Claymore se dividen en 5 grupos. Aunque su ataque estaba previsto para el día siguiente, 3 Kakuseisha se presentan en la ciudad.

Clare y las demás Claymore se organizan con sus respectivos grupos y cada uno lucha con los 3 Kakuseisha. Sin embargo, a las Claymore, a pesar de ser mayoría con respecto a sus enemigos, les cuesta vencerles. Por otra parte, Raki continúa su viaje para encontrarse con Clare. Pero durante le viaje aparece un extraño hombre junto con una niña llamada Priscilla.

Después de la batalla contra los primeros Kakuseisha, las Claymore se recuperan. Flora, una de las más fuertes, le pide a Clare que le explique de quién es el brazo que lleva. Mientras, Raki viaja con Priscilla y Easley y éste le ayuda a manejar la espada a Raki y descubre que Raki busca a Clare.

El objetivo de Rigardo es acabar con las 5 Claymore más poderosas para asegurar la victoria. Exactamente, Rigardo logra acabar con varias Claymore lo que hace enfurecer a Clare por no poder salvarlas. Por ese motivo, Clare se ve obligado a aumentar su rapidez para poder enfrentarse a Rigardo. Además, Raki decide abandonar a Easley y Priscilla y dirigirse a Pieta para encontrar a Clare.

Clare logra despertar parte de su poder de Kakuseisha. Ahora, con unas piernas mucho más veloces, Clare logra poco a poco alcanzar a Rigardo. Finalmente, Raki logra llegar junto a Clare pero allí descubre que su compañera está empenzando a despertar los poderes de Kakuseisha y no sabe que hacer para poder ayudarla.

Una vez que Clare logra vencer a Rigardo, el poder del Kakuseisha empieza a apoderarse de Clare y sabe que no será capaz de controlarse por más tiempo. Además, Priscilla, que se encuentra en un estado de amnesia, siente el poder de Teresa que Clare desprende y logra convertirse de nuevo en Kakuseisha. Ahora, que Clare encuentre finalmente a Priscilla, decide vengarse por la muerte de Teresa.

Helen y las demás deciden seguir a Clare para impedir que sobrepase sus límites y se convierta en un Kakuseisha. Además, Miria explica que Clare no es medio Yoma ya que ella lleva en su interior la sangre y la carne de Teresa. Mientras, Priscilla continúa con su venganza por la muerte de sus padres y logra transformarse completamente como Kakuseisha. Clare, al ver que no tiene el suficiente poder para vencerla, decide volverse más fuerte.

Ahora, con mucho más poder, Clare se enfrenta de igual a igual a su oponente Priscilla. Mientras la lucha se lleva a cabo, Helen y las demás son incapaces de poder seguir sus movimientos y saben que solo Clare puede vencerla. Pero cuando la batalla está a favor de Clare y logra vencerla, Raki se interpone en el camino de Clare para que no le de el golpe final a Priscilla.