예로부터 사람을 잡아먹는 요마가 발호하는 세계-.사람은 요마에 대항하기 위해 반인반요의 여전사를 탄생시켰다. 남에게 의태하는 요마의 정체를 판별하는 은안과 클레이모어를 짊어진 요마와 싸우는 숙명을 짊어진 "클레이모어"라고 불리는 여전사들-.요마에게 부모를 살해당한 소년 라키는 요마 퇴치 의뢰를 받고 마을을 찾은 한 명의 클레이모어에 관심을 갖게 된다.

요마의 피가 만들어내는 요력을 해방시킴으로써 "클레이모어"는 사람을 넘어 요마에 필적하는 힘을 발휘한다.하지만 과도한 요력 해방은 힘의 폭주를 초래해 사람으로서의 마음과 이성을 잃고 요마가 될 위험을 안고 있었다-.라키와 함께 요마 퇴치 여행을 시작한 클레어 앞에 조직의 지령 전달 역할을 맡은 르브르라는 남자가 나타났다.르브르로부터 "흑의 서"를 건네받은 클레어는 거기에 새겨진 도장을 보고 깜짝 놀라는데…

성도 라보나의 사제로부터 극비 요마 퇴치 의뢰를 받은 클레어.요기를 억제하는 약을 먹고 요마가 잠적할 것으로 보이는 대성당 내 조사를 시작하지만 마을 경비병 시드와 가크에게 들키면서 침입자로 쫓기게 된다.두 사람의 추적을 피한 클레어였지만, 그 틈을 타 대성당 내에서 요마에 의한 살인이 자행되고 만다.교묘하게 자취를 감추고 대성당에 숨어 있는 요마의 정체는…?

마침내 정체를 드러낸 요마와 대치하는 클레어. 하지만 이전 싸움에서 받은 상처가 아물지 않은 클레어는 강력한 요마를 상대로 고전을 면치 못한다.달려온 시드와 가크의 협조를 얻어 셋이서 요마에게 맞서지만 점차 궁지에 몰리고 있다.라키로부터 대검을 받은 클레어는 단숨에 반격에 나서지만 치명상을 입지 못하고 요마에게 사로잡히고 마는데…

역대 클레이모어 중에서도 으뜸가는 실력자로 꼽히는 전사…"미소의 테레사". 임무 수행 중인 테오의 마을에서 테레사는 할 말을 잃은 한 소녀와 만난다.몸이 불편한 소녀는 테레사를 그리워하며 열심히 테레사의 뒤를 따라오려 한다.흥미가 없는 테레사는 쫓아내지만 소녀의 모습에 이윽고 뿌리를 내린다.테레사는 이름 모를 그 소녀에게 어떤 "여신"의 이름을 붙이는 것이었다.

클레어를 데리고 요마 퇴치 의뢰가 있던 록토 마을로 향한 테레사.마을의 요마를 처치하면 테레사는 마을 사람에게 클레어의 신병을 맡기기로 한다.이별을 싫어하는 클레어를 두고 마을을 떠나는 테레사.그러나 요마의 존재가 사라진 록트 마을은 도적의 표적이 되고 만다.테레사는 이글거리는 록트 마을에서 상처받은 클레어의 모습을 보는데… .

조직을 배신한 테레사를 처치하기 위해 2인자에서 5명의 클레이모어 토벌대가 조직되었다.테레사와 클레어는 들른 마을에서 진정하려고 하지만 쫓아온 토벌대 전사들에게 둘러싸여 버린다.상위 넘버의 일제 공격을 여유롭게 받아내는 테레사. 힘의 차이를 보여주는 테레사였지만, 조직의 신예 넘버 2 프리실라의 잠재 능력 높이에는 테레사도 괄목할 만한 점이 있었다.

토벌대 네 명과 싸우는 테레사는 압도적인 힘을 쏟아내는 전사들을 더욱 웃도는 강도로 쳐부수섰다. 그러나 긴박한 투쟁 속에서 전사 경험이 적은 프리실라가 폭주.한계를 넘어 이형의 모습으로 변한 프리실라를 위험시한 테레사는 자신도 요력을 개방해 맞아 쏜다.엄청난 힘과 힘의 충돌은, 머지않아 결말의 때를 맞이하는데…

이상 식욕자를 사냥하는 토벌대로 편성된 클레어는 넘버6 밀리아, 넘버15 데네브, 넘버22 헬렌과 팀을 이루게 된다. 최하위 넘버인 클레어를 업신여기고 도발하는 헬렌. 그걸 간파하는 리더격 밀리아. 표정을 잃지 않고 관망하는 데네브. 통제할 수 없는 멤버로 이상 식욕자 사냥 임무를 성공시킬 수 있을까...?!

각성자의 압도적인 힘을 본 토벌대는 고전을 면치 못한다.밀리아는 극한의 투쟁 속에서 보여주는 동료들의 특이한 능력에 의심을 품기 시작한다.헬렌과 데네브는 전투 불능에 빠지고 밀리아도 점점 몰리고 있다.절망적인 상황에서 밀리아와 헬렌이 보게 된 것은 적의 요기를 읽고 공격을 회피하며 각성자로 맞서가는 클레어의 모습이었다.

모아진 토벌대의 멤버에게는, 어떤 공통점이 있다고 단언하는 밀리아. 그 공통점이란, 과거에 각성할 뻔한 경험이 있는 것이었다….이번 임무 뒤에는 조직의 또 다른 안목이 있었음을 깨닫는 클레어들.그러던 중 각성자와의 싸움에서 치명상을 입은 데네브가 결사의 요력 개방으로 상처 회복을 시도한다.각성 직전까지 요력을 개방한 데네브의 운명은…?

조직의 명령으로 새로운 각성자 토벌 임무를 맡게 된 클레어.고나르 마을에 도착한 클레어는 그곳에서 오필리아라는 넘버4 클레이모어를 만난다.임무를 함께하는 동료여야 할 오필리아지만 속뜻을 알 수 없는 그녀의 칼은 장난스럽게 클레어와 함께 동행하는 라키를 향한다. 클레어는 게임해요라며 섬뜩한 미소를 짓는 오필리아와 마주하는데… .

반각성 상태임을 오필리아에게 간파당한 클레어는 피 묻은 흉전사라는 별명을 가진 오필리아에게 집요하게 쫓긴다.압도적인 힘 앞에 내몰린 클레어는 자신의 죽음을 위장함으로써 오필리아를 속이려 하지만 간파당해 절체절명의 상태로.궁지에 빠진 클레어를 구한 것은 과거 2인자 일레네였다.

오필리아와의 싸움에서 오른팔을 잃은 클레어에게 고속검을 전수하는 일레네. 하지만 강인한 정신력을 필요로 하는 고속검은 클레어에게 적합하지 않은 기술이었다.싸우는 것을 결코 포기하지 않는 클레어를 인정한 일레네는 자신의 오른팔을 베어내고 클레어에게 넘겨주는 것이었다.일레네의 오른팔을 잡은 클레어 앞에 각성하고 끔찍한 모습에 몸을 숙인 오필리아가 모습을 드러내는데…

라키의 발걸음을 따라 큰 마을을 도는 클레어. 들른 하멜 마을에서 클레어는 각성자 사냥 임무를 받고 자코르 산으로 향하는 클레이모어 무리와 조우한다.요기를 지우고 클레이모어들을 지나쳤던 클레어였지만 다음날 클레이모어 중 한 명이 끔찍한 모습으로 귀환해 동료 구출을 호소하며 절명했다.가공할 각성자의 존재를 감지한 클레어는 자코르 산으로 향하는데…

자코르 산에 있는 성터로 발을 들여놓은 클레어는 거대한 요기를 내뿜는 남자 각성자 더프와 마주한다.두 다리 뼈가 부서져 절대 절명의 클레어의 위기를 구한 것은 조직의 3인자 갈라테아였다.상대의 요기를 조종하는 기술로 우세하게 싸우는 갈라테아는 더프의 오른손을 때려 베는다.하지만 그곳에 소녀의 모습을 한 각성자가 모습을 드러냈다."심연한 자"라고 불리는 각성자·리프르의 목적이란…?

조직의 여전사 초대 넘버 1이 각성한 존재"서쪽의 리플"로부터 도망치기 위해, 지하에 잡혀 있는 넘버 9의 전사·진을 구출하러 향한 클레어.이미 육체를 각성시킨 상태의 진은 사람의 마음을 유지한 채 정신력만으로 발을 동동 구르고 있었다.각성 상태를 되돌리는 데 성공한 클레어는 구해낸 진과 갈라테아와 함께 다시 막강한 적에 맞서는데…

북쪽 땅 알퐁스에 여러 개 나타났다는 각성자 토벌 명령을 받은 클레어.클레어에게 은의를 느끼고 행동을 함께하는 진과 "시작의 마을" 피에타에 도착한 클레어는 헬렌과 데네브, 그리고 작전의 리더인 밀리아와 재회했다.밀리아는 총 24명의 전사를 5개 팀으로 편성해 각성자 토벌의 대항책을 마련한다.하지만 밀리아는 작전 수행 확률이 제로와 같을 것을 예측하고 있었다.

라키를 떠나지 않으려는 프리실라의 모습을 본 이슬레이는 자신들의 여행에 동행하지 않겠느냐고 라키를 유혹한다.라키는 두 사람의 정체를 모른 채 피에타까지 가는 길을 함께 여행하게 된다.각성자 선발대를 물리친 클레이모어 일당은 다음 습격에 대비해 뜻밖에 밤을 보내고 있었다.클레어는 라키의 무사함을 빌면서, 이윽고 다가올 숙적과의 싸움을 앞두고, 생각을 새롭게 하는 것이었다.

"백은의 왕" 이스레이의 명을 받아 리가르드가 이끄는 새로운 각성자 무리가 피에타 마을을 침공하기 시작했다.전초전과 같은 다섯 팀으로 나뉜 클레어들은 각성자를 맞아 쏜다.하지만 거기에 전황을 관망하던 리가르드가 갑자기 모습을 드러내면서 상황은 일변한다.표적을 각 대의 리더로 정한 은안 사자왕 리가르드의 가차없는 공격에 베로니카 운디네 플로라가 목숨을 잃는다.

리가르드의 마의 손은 밀리아에게 다가온다.리가르드의 압도적인 공격력 앞에서 클레어 헬렌 데네브 밀리아 네 명은 전례 없는 고전을 면치 못한다.한편 이슬레이와 함께 피에타 마을을 지향하는 라키는 프리실라의 정체가 각성자임을 알게 된다.눈앞의 소중한 동료를 지키지도 못하는 자신의 나약함에 절망한 클레어는 리가르드를 쓰러뜨리기 위해 한계 이상의 요력을 개방한다.

하지를 각성시킨 클레어는 압도적인 스피드로 리가르드의 오른팔을 빼앗았다.각성된 하지를 제어하지 못하고 원하는 공격을 할 수 없는 극한 상태에서 서서히 하지 제어를 체득한 클레어의 능력에 감복한 리가르드는 온 힘을 다해 클레어를 죽이려 덤빈다.피에타 마을에 도착한 라키는 이형택배로 싸우는 클레어를 보며 아무것도 할 수 없는 자신의 무력함을 두려워한다.

고투 끝에 "은안의 사자왕" 리가르드를 격파한 클레어는 신체의 각성을 멈출 수 없는 위기 상황에서 헬렌에게 자신의 목을 베어달라고 간청한다.하지만 그때 반각성한 클레어의 요기에서 테레사 냄새를 감지한 프리실라가 과거 기억을 되살린다.강렬한 요기를 내뿜으며 각성체가 된 원수 프리실라의 출현에 격앙된 클레어는 프리실라의 뒤를 따라 피에타 마을에서 사라졌다.

북쪽 땅 알퐁스 산맥에 우뚝 솟은 활화산 분화구에서 숙적 프리실라와 대치한 클레어.프리실라는 눈앞의 적들 속에서 과거 자신을 공포로 폄훼했던 테레사의 존재를 감지하고 있었다.요기를 따라 달려온 밀리아, 헬렌, 데네브의 가세를 받더라도 클레어는 프리실라에게 상처를 입히지 못한다.한층 더 각성하고 진정한 힘을 풀어준 프리실라의 압도적 힘 앞에 이룰 방법도 없는 클레어의 운명은?!

싸우기 위한 힘을 원했던 클레어는 더욱 상지를 각성시키고 이형의 모습으로 변모한다.테레사의 목숨을 앗아간 프리실라를 쓰러뜨리기 위해 자청해 클레이모어가 된 클레어에게 패배는 모든 것을 무의미한 것으로 바꿔버리는 것이나 다름없다.각성시킨 사지를 구사하며 최강의 적 프리실라를 몰아붙인 클레어 앞에 진이 동반되어 사투의 장으로 달려간 라키가 목숨을 걸고 가로막는다!!