古より人を捕食する妖魔が跋扈する世界―。人は妖魔に対抗する為、半人半妖の女戦士を生み出した。人に擬態する妖魔の正体を見極める銀眼と、背負いし大剣を武器に、人にあだなす妖魔と闘う宿命を 背負った“クレイモア”と呼ばれる女戦士たち―。妖魔に両親を殺された少年ラキは、妖魔退治の依頼を受け、村を訪れた一人の“クレイモア”に興味を持つ…。

妖魔の血が生み出す妖力を解放することで、“クレイモア”は人を超え、妖魔に匹敵する力を発揮する。だが、過度の妖力解放は力の暴走を招き、人としての心と理性を失い、妖魔と化する危険を孕んでいた―。ラキと共に妖魔退治の旅を始めたクレアの前に、組織の指令伝達役を務めるルヴルという男が現れた。ルヴルから“黒の書”を手渡された クレアはそこに刻まれた印を見て愕然とする。

聖都ラボナの司祭から、極秘の妖魔退治の依頼を受けたクレア。妖気を抑える薬を飲み、妖魔が潜むと思われる大聖堂内の調査を始めるが、町の警備兵であるシドとガークに見つかり、侵入者として追われる事になる。二人の追跡をかわしたクレアだったが、その隙に大聖堂内で妖魔による殺人が 行われてしまう。巧妙に姿を隠し、大聖堂に潜む妖魔の正体とは…？

ついに正体を現した妖魔と対峙するクレア。しかし、以前の闘いで受けた 傷が癒えきっていないクレアは、強力な妖魔を相手に苦戦を強いられる。かけつけたシドとガークの協力を得て、三人で妖魔に立ち向かうが、次第に追い詰められていく…。ラキから大剣を受け取ったクレアは 一気に反撃に出るが、致命傷を与えられず妖魔に捕らわれてしまう。

歴代クレイモアの中でも随一の実力者と謳われる戦士…“微笑のテレサ”。 任務遂行中のテオの町で、テレサは言葉を失った一人の少女と出会う。身寄りの無い少女は、テレサを慕い、懸命にテレサの後をついて来ようとする。興味の無いテレサは邪険に追い払うが、少女の姿にやがて根負けする。テレサは名も知らぬその少女に、ある“女神”の名前を付けるのだった。

クレアを連れ、妖魔退治の依頼があったロクトの町へと向かったテレサ。町の妖魔を始末すると、テレサは町の者にクレアの身柄を預けることにする。別れを嫌がるクレアを置いて、町から立ち去るテレサ。しかし、妖魔の存在が消えたロクトの町は、盗賊の標的にされてしまう。燃え盛るロクトの町で、傷つけられたクレアの姿を目にしたテレサは…。

組織を裏切ったテレサを始末する為、ナンバー２から５のクレイモアによる討伐隊が組織された。テレサとクレアは、立ち寄った町で落ち着こうとするが追ってきた討伐隊の戦士に囲まれてしまう。上位ナンバーの一斉攻撃を余裕で受け流すテレサ。力の差を見せ付けるテレサだったが、組織の新鋭ナンバー２プリシラの潜在能力の高さには、テレサも目を見張るものがあった。

討伐隊の四人と闘うテレサ。圧倒的な力を繰り出す戦士達を、さらに上回る強さで打ち倒していく。しかし緊迫した闘いの中で、戦士としての経験が浅いプリシラが暴走。限界を超え、異形の姿と化したプリシラを危険視したテレサは、自身も妖力を開放して迎え撃つ。凄まじい力と力のぶつかり合いは、やがて決着の時を迎えるのだが…。

異常食欲者を狩る討伐隊へと編成されたクレアは、ナンバー6のミリア、ナンバー15のデネヴ、ナンバー22のヘレンとチームを組むことになる。最下位ナンバーであるクレアを蔑み、挑発するヘレン。それを諌めるリーダー格のミリア。表情を崩さず、静観するデネヴ。統制の取れないメンバーで異常食欲者狩りの任務を成功させることができるのか…?!

覚醒者の圧倒的な力を目の当たりにした討伐隊は苦戦を強いられる。ミリアは極限の闘いの中で見せる仲間達の特異な能力に、疑念を抱き始める。ヘレンとデネヴは戦闘不能に陥り、ミリアも次第に追い詰められていく…。絶望的な状況下でミリアとヘレンが目にしたものは、敵の妖気を読み取り、攻撃を回避しながら、覚醒者へと立ち向かっていくクレアの姿だった。

集められた討伐隊のメンバーには、ある共通点があると言い放つミリア。その共通点とは、過去に覚醒しかけた経験があることだった…。今回の任務の裏には、組織の別の目論見があったことを悟るクレア達。そんな中、覚醒者との闘いで致命傷を負ったデネヴが、決死の妖力開放で傷の回復を試みる。覚醒寸前まで妖力を開放したデネヴの運命は…？

組織の命令で、新たな覚醒者討伐の任務へと赴くことになったクレア。ゴナールの町に到着したクレアは、そこでオフィーリアというナンバー4の クレイモアに出会う。任務を共にする仲間であるはずのオフィーリアだが、真意の掴めぬ彼女の剣は、戯れにクレアと共に連れ添うラキに向けられる。「ゲームをしましょう」と不気味に微笑むオフィーリアと相対したクレアは…。

半覚醒状態であることをオフィーリアに見抜かれたクレアは、血塗られた凶戦士との異名を持つオフィーリアに執拗に追われる。圧倒的な力を前に、追い詰められたクレアは、自らの死を偽装することでオフィーリアを欺こうとするが見抜かれ、絶体絶命の状態に…。窮地に陥ったクレアを救ったのは、かつてのナンバー2・イレーネだった。

オフィーリアとの闘いで右腕を失ったクレアに、高速剣を伝授するイレーネ。だが、強靭な精神力を必要とする高速剣は、クレアに不向きな技だった。闘うことを決して諦めないクレアを認めたイレーネは、自らの右腕を斬り落とし、クレアに譲り渡すのだった…。イレーネの右腕を携えたクレアの前に、覚醒しておぞましい姿に身を堕としたオフィーリアが姿を現したー。

ラキの足取りを追って、大きな町を巡るクレア。立ち寄ったハメルの町で、クレアは覚醒者狩りの任を受け、ザコルの山へと向かうクレイモアの一団と遭遇する。妖気を消し、クレイモア達をやりすごしたクレアだったが、翌日、クレイモアの一人が無惨な姿で帰還し、仲間の救出を訴えながら絶命した。恐るべき覚醒者の存在を感じ取ったクレアはザコルの山へ向かう。

ザコルの山にある城跡へと足を踏み入れたクレアは、巨大な妖気を放つ男の覚醒者・ダフと相対する。両足の骨を砕かれ、絶対絶命のクレアの危機を救ったのは、組織のナンバー３・ガラテアだった。相手の妖気を操る術で、優勢に闘うガラテアはダフの右手を叩き斬る。だが、そこに少女の姿をした覚醒者が姿を現した。“深淵の者”と呼ばれる覚醒者・リフルの目的とは…？

組織の女戦士初代ナンバー1が覚醒した存在“西のリフル”から逃れるため、地下に囚われているナンバー9の戦士・ジーンの救出へと向かったクレア。既に肉体を覚醒させた状態のジーンは人の心を保ったまま、精神力のみで踏み止まっていた…。覚醒状態からの引き戻しに成功したクレアは、助け出したジーンとガラテアと共に、再び強大な敵に立ち向かう。

北の地アルフォンスに複数現れたという覚醒者討伐の命令を受けたクレア。クレアに恩義を感じ行動を共にするジーンと、“始まりの町”ピエタに到着したクレアは、ヘレンとデネヴ、そして作戦のリーダーを務めるミリアと再会した。ミリアは総勢24名の戦士を五つのチームに編成し、覚醒者討伐の対抗策を練る。だが、ミリアは作戦遂行の確率がゼロに等しいことを予測していた…。

ラキから離れようとしないプリシラの様子を見たイースレイは、自分達の旅に同行しないかとラキを誘う。ラキは二人の正体を知らないまま、ピエタまでの道中を共に旅することになる…。覚醒者の先発隊を退けたクレイモアの一団は、次なる襲撃に備え、思い思いの夜を過ごしていた。クレアはラキの無事を願いながら、やがて来る宿敵との闘いを前に、思いを新たにするのだったー。

“白銀の王”イースレイの命を受け、リガルド率いる新たな覚醒者の群れがピエタの町に侵攻を開始した。前哨戦と同じ五つのチームに分かれたクレア達は、覚醒者を迎え撃つ。だがそこに戦況を静観していたリガルドが突如姿を現し状況は一変する。標的を各隊のリーダーに定めた“銀眼の獅子王”リガルドの容赦ない攻撃に、ベロニカ、ウンディーネ、フローラが命を落とす…。

リガルドの魔の手はミリアへと迫る。リガルドの圧倒的な攻撃力を前に、クレア、ヘレン、デネヴ、ミリアの四人はかつてない苦戦を強いられる。一方、イースレイと共にピエタの町を目指すラキは、プリシラの正体が覚醒者だと知る。目の前の大切な仲間を守ることすら出来ない己の弱さに絶望したクレアは、リガルドを倒すため限界以上の妖力を開放する。

下肢を覚醒させたクレアは、圧倒的なスピードでリガルドの右腕を奪った。覚醒した下肢を制御できず、思うような攻撃ができない極限状態から徐々に下肢の制御を体得したクレアの能力に感服したリガルドは、全力を賭してクレアを屠ろうと襲い掛かる。ピエタの町に辿り着いたラキは、異形の姿で闘うクレアを目の当たりにして、何もできない自分の無力さに怖気づく。

苦闘の末、“銀眼の獅子王”リガルドを討ち果たしたクレアは、身体の覚醒を止められない危機的状況の中、ヘレンに自分の首を刎ねるよう懇願する。だがその時、半覚醒したクレアの妖気からテレサの匂いを感知したプリシラが過去の記憶を甦らせる。強烈な妖気を発し覚醒体となった仇敵プリシラの出現に激昂したクレアは、プリシラの後を追い、ピエタの町から姿を消した…。

北の地アルフォンスの山脈に聳える活火山の噴火口で、宿敵プリシラと対峙したクレア。プリシラは目前の敵の中に、かつて自分を恐怖に貶めたテレサの存在を感じ取っていた。妖気を辿り駆け付けたミリア、ヘレン、デネヴの加勢を受けるも、クレアはプリシラにダメージを負わせることができない。更なる覚醒を遂げ、真の力を解放したプリシラの圧倒的力の前に、成す術もないクレアの運命は?!

闘う為の力を欲したクレアは更に上肢を覚醒させ、異形の姿へと変貌する。テレサの命を奪ったプリシラを倒すため、自ら望んでクレイモアとなったクレアにとって、敗北は全てを無意味なものへと変えてしまうに等しい…。覚醒させた四肢を駆使し、最強の敵プリシラを追い詰めたクレアの前に、ジーンが伴われ、死闘の場に駆け付けたラキが、命を懸けて立ち塞がる!!