2012年、海上都市・人工島は建設半ばで『海が燃える現象』に遭い崩壊した。その近海での観測実験の最中に、現象に遭遇した波留真理は眠り続けることとなり、目覚めたときに肉体は老い、精神は事故当時のまま50年もの時が経過していた。そして2061年、電理研統括部長、久島永一朗はメタリアル・ネットワーク、通称メタルと呼ばれる高次情報空間の中に人工島を崩壊させた『海が燃える現象』を観測していた。

『海が燃える』現象、そして謎の衝撃波に見舞われたアイランド。その影響でアイランド全域が停電となり、病院の生命維持装置などが停止していた。この事態を解決するために、ミナモは一人、使われなくなったモノレールの上を走り変電所を目指す。一方、メタリアル・ネットワークにダイブした波留は、その中に新しい海を感じ取り、ダイバーとしての潜脳能力を発揮し始めるのだった。

メタリアル・ネットワークの中にある実践型格闘コミュニティに出入りし、研鑽を重ねる蒼井ソウタ。彼は負けた理由を知るためにホロンに会いに行く。同じ頃、事務所を開いた波留にプレゼントをしようと、蒼井ミナモはダイバーのトレンドマーク、スー･マランというサングラスを探していた。それは実践型格闘コミュニティの不敗のチャンプ、アイアン・シュバルツのトレードマークでもある。ミナモがスー・マランを探している中、人工島に悲鳴が上がる。そしてその中心にはアイアン・シュバルツの姿があった。

毎日のようにホロンと組み手を交わすソウタ。だが、ソウタは一度もホロンに勝てないでいた。メタルの格闘コミュのＡＩ相手であれば勝てるのだが、実際のホロンに勝つことがなぜかできない。なぜ俺は勝てないのか。そのことについて悩むソウタ。そうした中、『ハナマチ』の風俗店でホロンと同型の公的アンドロイドが流用されているという報告がなされる。ソウタは単身、この調査に臨む。

久島が消えた。その報告を受けた電理研は混乱の極みにあった。ソウタは久島を捜すため、ホロンとともに人工島内を奔走する。波留はメタルの海から久島を捜そうと無謀なダイブを繰り返していた。手がかりのないままに迷走する調査員たち。ソウタはジェニー・円を疑い、向かっていくが返り討ちにあってしまう。軍用義体の使い手であったジェニーはなにかを知っているようだった。久島はどこにいるのか。波留はメタルの中で、久島を捜すため五感を研ぎ澄ます。そして、そこで見たものは、眠り続ける波留自身の姿であった。

地球律に伴う衝撃波が気象分子プラントを襲い、燃える海の中へと飲み込んでいく。一秒、一秒訪れるタイムリミット。それを防ぐために超限界ダイブを実行に移す波留。ソウタや電理研のサポートをうけて深海とメタル、両方の海に同時ダイブを実施する。一方、アイランドでの介助を行うミナモの姿があった。ミナモは前進するために、自らができることをはじめていた。そしてアイランドから燃えていく海を見つめるのであった。