统道学园新的一年又开始了，原本风平浪静以发扬武术为宗旨的校园里，今天却因为闯入两名踢馆的新生风宗一郎和鲍伯牧原而闹得鸡飞狗跳，最后还得劳动武术高强的柔剑部部长枣真夜带着部里的高手高柳雅孝亲自出马，只会街头打架的宗一郎不是枣真夜的对手，一招就被打飞掉到楼下，却正巧掉到正在淋浴的枣真夜的妹妹亚夜身上...

宗一郎被真夜一招打败之后，和鲍伯一起进入统道学园就读，对宗一郎一见钟情决心要嫁给宗一郎的亚夜则每天缠着宗一郎不放，这天宗一郎和高柳在狭路相逢，只会凭一股狠劲打架的宗一郎不是练家子高柳的对手，只好使出阴险招数取胜，没想到却激怒了原本和善的高柳，被狠狠地揍了一顿，有生以来第一次真正吃了败仗...

晚上宗一郎和鲍伯在公寓谈天的时候，突然传来一阵焦味，出去一看有人放火烧了鲍伯的机车，两人突然警觉到刚刚去自助洗衣的秋子可能有危险，当两人赶到洗衣店时，秋子早已被玷污，而犯人也就是执行部派来制裁他们的龙崎正在洗衣店等着他们，两人不是会使用火之气龙崎的对手，被彻底的修理了一顿，随后赶到的亚夜也无能为力。知道强中还有强中手的宗一郎和鲍伯决定加入柔剑部修炼武术，让自己变得更强...

宗一郎和鲍伯加入了柔剑部学习武艺，柔剑部的成员们正好利用黄金假期住进枣家进行集训，真夜根据宗一郎和鲍伯的特质施以不同的训练，宗一郎没有多久就展现了练武的天赋，短短几天就有惊人的进步。而这时候执行部发现两人没有依照命令办理退学反而加入柔剑部，也对相良下了制裁指令。亚夜去探望集训的宗一郎，却撞见正在池子里洗澡的姊姊和旁边鼾睡的宗一郎，心中不禁起了一丝疑念...

集训到一半的柔剑部决定出去打打保龄球放松一下。执行部也下了动员令打算铲除柔剑部，副会长五十铃、摔角高手相良和使棍高手田上带着大批徒众前往保龄球馆。亚夜因为怀疑真夜和宗一郎有私情而闷闷不乐，第一次用超能力龙眼看到了当夜的情景，因为嫉恨和误解打了真夜一个耳光，夺门而出。真夜则因担心亚夜而被潜伏在洗手间的五十玲偷袭，造成右手粉碎性骨折。亚夜则在楼梯走廊上遇到了田上，冲去帮助枣家姊妹的宗一郎则对上了相良，高柳和鲍伯则要在百人中杀出一条血路，一场大战即将展开...

柔剑部和前来进行歼灭站的执行部在保龄球馆展开大战，宗一郎对上化身铁面萨加的摔角高手相良，本来瞧不起宗一郎的萨加在吃了几记拳脚后也拿出看家本领来对付宗一郎，另一面亚夜则被上田逼到了楼梯死角，真夜则在洗手间和五十铃大战，克服右手骨折以及地形不利的劣势，真夜仍然凭自己不能输的毅力空手战胜了使用暗器的五十铃，鲍伯和高柳仍然在大厅和人群搏斗，而这时候，执行部幕后的指挥者光臣出场了...

柔剑部和执行部的战斗持续着，真夜虽然打败了五十铃却也身负重伤，此时光臣已进入保龄球馆坐镇，宗一郎想用刚学会的锻针功对抗相良，虽然声势惊人，招式却无法使全，接着换相良使出摔角连续技绝招，在旁观战的真夜虽急却因伤重无法帮忙，宗一郎好不容易躲过相良的攻击，继续和对方缠斗...。另一方面在屋顶和田上战斗的亚夜也陷入险境...。

在保龄球馆大厅的雅孝和鲍伯，碰到了执行部会长光臣，光臣命令神乐板对付雅孝，自己则和鲍伯对打。另一方面在屋顶的亚夜，由于强行打开了龙眼，压倒性地打垮了田上，回过神来又对自己的力量和做的事情感到害怕，内心陷入交战，宗一郎适时出现让才让亚夜平静下来。这一战，亚夜虽然战胜了田上，却败给了龙眼的力量。楼下的执行部这时候已经开始撤退，只有光臣带着神乐板等几个高级干部在大厅等着...

宗一郎在大厅对上了光臣，结果完全不是对手，被光臣的正宗锻针功打得摇摇欲坠，尽管已经失去了意识，但宗一郎仍然凭着本能的反射动作持续攻击，拥有超强防御力的光臣也逐渐受到伤害，当光臣要反击的时候，一旁的文七跳出来阻止了两人的争斗，于是柔剑部5个人对抗超过200人的执行部的这场战斗，就以平手收场。

柔剑部的成员们回到了枣家，亚夜已经睡下，但其他人却不肯罢休，执意要求真夜诉说两年前的不为人知的内幕（回忆篇启动）。当时光臣还是刚进统道就读的纯真一年级学生，真夜则是一心想变强，拿着长刀到处找人挑战的少女，枣慎、枣真夜、高柳光臣三人间的复杂关系，就从真夜找光臣挑战的那一天开始了...。枣慎是统道学园学生会执行部的会长，也是学园最强的人，他和好友文七组成了超强的组织KATANA，而光臣则是KATANA干部之一...

连日来，KATANA的会员遭到KATANA猎人的袭击，造成会员内部极度的不满，纷纷要求出手揪出犯人，慎和文七却一反常态对此事并不热心。慎看到真夜和光臣在道场独处，顿时心生醋意，带着式刀零毁展现出与文雅的相貌不相符的阴霾的一面，四处找人发泄情绪。慎的女友葛叶勾引光臣，并把自光臣的事情大肆宣扬，葛叶交给光臣一片记忆卡，里面录着慎疯狂杀人的可怕影像...。故事回朔到慎和真夜小时候，因为过早地接触龙眼的力量，慎内心的狂魔让他小小年纪就杀死了父母...

看过慎可怕的影像之后恐惧不已的光臣，每天的武术训练都受到影响，对慎的恐惧就像蛇一样紧紧缠绕住他的心脏，大刀队的干部们查出了猎杀大刀队的犯人，正要去报仇的时候，却被拿着式刀零毁的慎打成重伤，KATANA就此瓦解，文七知道之后，决心要找慎讨回公道...

文七押着五十铃去找光臣算帐，高柳家、葛叶家和五十铃家的关系也逐渐明朗，文七虽然是统道最强的素人，不管对手是多高明的武术家也从来没吃过败仗，但是在拥有龙眼之力的慎面前，还是微不足道，慎借着式刀零毁拥有龙眼的能力，但是却同时受到这把刀的影响而变得残暴，杀红了眼的慎不断的用零毁刺着已经倒地的文七...

倒地不起的文七趁葛叶将慎的刀子收回，用尽全力偷袭将慎一拳打倒在地，慎没有式刀零毁就无法使用龙眼的能力，文七趁此机会将慎彻底打败，两人一起被送进医院。目睹两人之战的道现师父觉得没有必要再收集慎的资料，遂取消了对慎的监视，葛叶的任务也告一段落，真夜到医院里探望慎，又勾起了从前的回忆...

KATANA瓦解之事传片校园，校园有意角逐执行部会长一职的人见有机可趁，下了挑战书给慎的接班人光臣，光臣却还未从恐惧中脱身，光臣依约到决斗地点却发现对手早已被先来的真夜干掉了，因为真夜知道已光臣目前状况很可能打输，在医院的慎决定办一场KATANA解散仪式，但是只邀光臣一个人与会，从那日，光臣发觉自己一直在追逐慎的影子，并渴望有一日能超越慎...

经过和执行部一战之后，柔剑部在学校大大出名，因为前几日在与龙崎的交涉中，真夜拒绝交出宗一郎和BOB，也为了替千秋报仇而将龙崎重伤，最后却为了此事被须负起责任接受校方的惩处，最后遭到自动退学的处罚，宗一郎和鲍伯知道真夜是为了袒护他们，因此下定决心打进执行部，另一方面亚夜到仓库拿出禁忌的式刀零毁与雅孝一同前往执行部，想要以武力强行替姐姐撤除退学的惩处。

宗一郎和鲍伯两人杀进执行部找光臣，想以自己提出退学作为交换，让执行部干预，撤销对真夜退学的处分，却被文七打败绑起来好好教训了一顿，宗一郎却说他不可能置身之外，为了真夜对他做什么都可以，此时，拿着零毁的亚夜自动启动了龙眼，清楚地听见宗一郎说他对真夜一见钟情，因此深受打击，坐在楼顶哭泣，同时不自觉地引发了龙眼降雨的能力。宗一郎的母亲真贵子也借由感受到了强灵力的存在....

真夜发现零毁不见了，十分担心亚夜会因此被龙眼的力量吞噬而走上与慎一样的道路，真夜与光臣带领大批高柳家的人前往校园搜索，但是亚夜却因为心情不好跑去雅孝家过夜。另一方面，文七把宗一郎和鲍伯两个人带回千秋家，文七对三人讲述起真夜没有讲完的两年前的内幕。

时间又回到两年前，枣慎刚从医院出来回到学校，KATANA的解散使执行部形同虚设，这一年的武术博览会预赛也快要开始了...。于是慎又成立了一个新的社团柔剑社，开始只有慎、光臣和文七三个人，要凑足报名预赛的五个人还得再找两个人才行，光臣积极的找真夜加入，一开始遭到了真夜的拒绝，在光臣的再三坚持下，真夜和光臣进行了各式各样的决斗，最终，真夜答应入部，并对光臣吐露了她迫切想要变强的原因。

真夜带着班上的人渣加入柔剑部，凑足了5名报名武术预赛的成员，统道学园的武术博览会终于开始了，除了各部都要派出5个人参赛之外，根本就没有其它规则，因此一宣布比赛开始之后，树大招风的柔剑部就受到各方豪强的袭击，而慎在紧要关头又被统现师父传去问话，而来自台湾的武术高手虎泻殷，也奉命前往学园...

虎泻殷率众前往统道学园埋伏，将真夜打倒在地，故意让慎看见后失去控制，试图把慎的龙眼引爆，虎泻殷研究了慎的龙眼超能力，原来慎并不需要零毁才能发动龙眼，而是他的力量太过巨大，一旦发动之后，没有零毁就无法停止，所以慎其实是为了怕伤到无辜才要拿零毁。为了阻止暴走的慎，真鱼找来光臣，却被慎击中致命的一掌。

光臣被慎的龙眼打成重伤，所剩的气力只够维持两年，但是却也变相加强了体能但是只能维持三分钟。光臣明白真夜想要变强来阻止慎对龙眼的力量追求，决心以已之力打倒慎，订下了两个月之后决斗的约定。决战当日，不用龙眼的慎被光臣打得毫无还手之力，心有不甘的慎最终还是忍不住使用了龙眼的力量而暴走，不但把光臣和文七打成重伤，也把离自己最近的葛叶真鱼杀死。当慎清醒过来时，憎恨终究无法战胜龙眼力量的软弱的自己，决定和真鱼一起共赴黄泉，以此了结。

为了不让类似慎的悲剧再次发生，光臣赶走了父亲，接收了高柳家所有的权势，打算壮大执行部的力量，全力扫荡校园里潜在的异能者。之后两年之间，真夜仍然率领柔剑部对抗执行部，一直到宗一郎出现，终于到了一决胜负的时候，双方约定在一个月后的武术博览会做个了断。