統道學園新的一年又開始了，原本風平浪靜以發揚武術為宗旨的校園裏，今天卻因為闖入兩名踢館的新生風宗一郎和鮑伯牧原而鬧得雞飛狗跳，最後還得勞動武術高強的柔劍部部長棗真夜帶着部裏的高手高柳雅孝親自出馬，只會街頭打架的宗一郎不是棗真夜的對手，一招就被打飛掉到樓下，卻正巧掉到正在淋浴的棗真夜的妹妹亞夜身上...

宗一郎被真夜一招打敗之後，和鮑伯一起進入統道學園就讀，對宗一郎一見鍾情決心要嫁給宗一郎的亞夜則每天纏着宗一郎不放，這天宗一郎和高柳在狹路相逢，只會憑一股狠勁打架的宗一郎不是練家子高柳的對手，只好使出陰險招數取勝，沒想到卻激怒了原本和善的高柳，被狠狠地揍了一頓，有生以來第一次真正吃了敗仗...

晚上宗一郎和鮑伯在公寓談天的時候，突然傳來一陣焦味，出去一看有人放火燒了鮑伯的機車，兩人突然警覺到剛剛去自助洗衣的秋子可能有危險，當兩人趕到洗衣店時，秋子早已被玷污，而犯人也就是執行部派來制裁他們的龍崎正在洗衣店等着他們，兩人不是會使用火之氣龍崎的對手，被徹底的修理了一頓，隨後趕到的亞夜也無能為力。知道強中還有強中手的宗一郎和鮑伯決定加入柔劍部修煉武術，讓自己變得更強...

宗一郎和鮑伯加入了柔劍部學習武藝，柔劍部的成員們正好利用黃金假期住進棗家進行集訓，真夜根據宗一郎和鮑伯的特質施以不同的訓練，宗一郎沒有多久就展現了練武的天賦，短短几天就有驚人的進步。而這時候執行部發現兩人沒有依照命令辦理退學反而加入柔劍部，也對相良下了制裁指令。亞夜去探望集訓的宗一郎，卻撞見正在池子裏洗澡的姊姊和旁邊鼾睡的宗一郎，心中不禁起了一絲疑念...

集訓到一半的柔劍部決定出去打打保齡球放鬆一下。執行部也下了動員令打算剷除柔劍部，副會長五十鈴、摔角高手相良和使棍高手田上帶着大批徒眾前往保齡球館。亞夜因為懷疑真夜和宗一郎有私情而悶悶不樂，第一次用超能力龍眼看到了當夜的情景，因為嫉恨和誤解打了真夜一個耳光，奪門而出。真夜則因擔心亞夜而被潛伏在洗手間的五十玲偷襲，造成右手粉碎性骨折。亞夜則在樓梯走廊上遇到了田上，衝去幫助棗家姊妹的宗一郎則對上了相良，高柳和鮑伯則要在百人中殺出一條血路，一場大戰即將展開...

柔劍部和前來進行殲滅站的執行部在保齡球館展開大戰，宗一郎對上化身鐵面薩加的摔角高手相良，本來瞧不起宗一郎的薩加在吃了幾記拳腳後也拿出看家本領來對付宗一郎，另一面亞夜則被上田逼到了樓梯死角，真夜則在洗手間和五十鈴大戰，克服右手骨折以及地形不利的劣勢，真夜仍然憑自己不能輸的毅力空手戰勝了使用暗器的五十鈴，鮑伯和高柳仍然在大廳和人羣搏鬥，而這時候，執行部幕後的指揮者光臣出場了...

柔劍部和執行部的戰鬥持續着，真夜雖然打敗了五十鈴卻也身負重傷，此時光臣已進入保齡球館坐鎮，宗一郎想用剛學會的鍛針功對抗相良，雖然聲勢驚人，招式卻無法使全，接着換相良使出摔角連續技絕招，在旁觀戰的真夜雖急卻因傷重無法幫忙，宗一郎好不容易躲過相良的攻擊，繼續和對方纏鬥...。另一方面在屋頂和田上戰鬥的亞夜也陷入險境...。

在保齡球館大廳的雅孝和鮑伯，碰到了執行部會長光臣，光臣命令神樂板對付雅孝，自己則和鮑伯對打。另一方面在屋頂的亞夜，由於強行打開了龍眼，壓倒性地打垮了田上，回過神來又對自己的力量和做的事情感到害怕，內心陷入交戰，宗一郎適時出現讓才讓亞夜平靜下來。這一戰，亞夜雖然戰勝了田上，卻敗給了龍眼的力量。樓下的執行部這時候已經開始撤退，只有光臣帶着神樂板等幾個高級幹部在大廳等着...

宗一郎在大廳對上了光臣，結果完全不是對手，被光臣的正宗鍛針功打得搖搖欲墜，儘管已經失去了意識，但宗一郎仍然憑着本能的反射動作持續攻擊，擁有超強防禦力的光臣也逐漸受到傷害，當光臣要反擊的時候，一旁的文七跳出來阻止了兩人的爭鬥，於是柔劍部5個人對抗超過200人的執行部的這場戰鬥，就以平手收場。

柔劍部的成員們回到了棗家，亞夜已經睡下，但其他人卻不肯罷休，執意要求真夜訴説兩年前的不為人知的內幕（回憶篇啓動）。當時光臣還是剛進統道就讀的純真一年級學生，真夜則是一心想變強，拿着長刀到處找人挑戰的少女，棗慎、棗真夜、高柳光臣三人間的複雜關係，就從真夜找光臣挑戰的那一天開始了...。棗慎是統道學園學生會執行部的會長，也是學園最強的人，他和好友文七組成了超強的組織KATANA，而光臣則是KATANA幹部之一...

連日來，KATANA的會員遭到KATANA獵人的襲擊，造成會員內部極度的不滿，紛紛要求出手揪出犯人，慎和文七卻一反常態對此事並不熱心。慎看到真夜和光臣在道場獨處，頓時心生醋意，帶着式刀零毀展現出與文雅的相貌不相符的陰霾的一面，四處找人發泄情緒。慎的女友葛葉勾引光臣，並把自光臣的事情大肆宣揚，葛葉交給光臣一片記憶卡，裏面錄着慎瘋狂殺人的可怕影像...。故事回朔到慎和真夜小時候，因為過早地接觸龍眼的力量，慎內心的狂魔讓他小小年紀就殺死了父母...

看過慎可怕的影像之後恐懼不已的光臣，每天的武術訓練都受到影響，對慎的恐懼就像蛇一樣緊緊纏繞住他的心臟，大刀隊的幹部們查出了獵殺大刀隊的犯人，正要去報仇的時候，卻被拿着式刀零毀的慎打成重傷，KATANA就此瓦解，文七知道之後，決心要找慎討回公道...

文七押着五十鈴去找光臣算帳，高柳家、葛葉家和五十鈴家的關係也逐漸明朗，文七雖然是統道最強的素人，不管對手是多高明的武術家也從來沒吃過敗仗，但是在擁有龍眼之力的慎面前，還是微不足道，慎藉着式刀零毀擁有龍眼的能力，但是卻同時受到這把刀的影響而變得殘暴，殺紅了眼的慎不斷的用零毀刺着已經倒地的文七...

倒地不起的文七趁葛葉將慎的刀子收回，用盡全力偷襲將慎一拳打倒在地，慎沒有式刀零毀就無法使用龍眼的能力，文七趁此機會將慎徹底打敗，兩人一起被送進醫院。目睹兩人之戰的道現師父覺得沒有必要再收集慎的資料，遂取消了對慎的監視，葛葉的任務也告一段落，真夜到醫院裏探望慎，又勾起了從前的回憶...

KATANA瓦解之事傳片校園，校園有意角逐執行部會長一職的人見有機可趁，下了挑戰書給慎的接班人光臣，光臣卻還未從恐懼中脱身，光臣依約到決鬥地點卻發現對手早已被先來的真夜幹掉了，因為真夜知道已光臣目前狀況很可能打輸，在醫院的慎決定辦一場KATANA解散儀式，但是隻邀光臣一個人與會，從那日，光臣發覺自己一直在追逐慎的影子，並渴望有一日能超越慎...

經過和執行部一戰之後，柔劍部在學校大大出名，因為前幾日在與龍崎的交涉中，真夜拒絕交出宗一郎和BOB，也為了替千秋報仇而將龍崎重傷，最後卻為了此事被須負起責任接受校方的懲處，最後遭到自動退學的處罰，宗一郎和鮑伯知道真夜是為了袒護他們，因此下定決心打進執行部，另一方面亞夜到倉庫拿出禁忌的式刀零毀與雅孝一同前往執行部，想要以武力強行替姐姐撤除退學的懲處。

宗一郎和鮑伯兩人殺進執行部找光臣，想以自己提出退學作為交換，讓執行部干預，撤銷對真夜退學的處分，卻被文七打敗綁起來好好教訓了一頓，宗一郎卻説他不可能置身之外，為了真夜對他做什麼都可以，此時，拿着零毀的亞夜自動啓動了龍眼，清楚地聽見宗一郎説他對真夜一見鍾情，因此深受打擊，坐在樓頂哭泣，同時不自覺地引發了龍眼降雨的能力。宗一郎的母親真貴子也藉由感受到了強靈力的存在....

時間又回到兩年前，棗慎剛從醫院出來回到學校，KATANA的解散使執行部形同虛設，這一年的武術博覽會預賽也快要開始了...。於是慎又成立了一個新的社團柔劍社，開始只有慎、光臣和文七三個人，要湊足報名預賽的五個人還得再找兩個人才行，光臣積極的找真夜加入，一開始遭到了真夜的拒絕，在光臣的再三堅持下，真夜和光臣進行了各式各樣的決鬥，最終，真夜答應入部，並對光臣吐露了她迫切想要變強的原因。

真夜帶着班上的人渣加入柔劍部，湊足了5名報名武術預賽的成員，統道學園的武術博覽會終於開始了，除了各部都要派出5個人參賽之外，根本就沒有其它規則，因此一宣佈比賽開始之後，樹大招風的柔劍部就受到各方豪強的襲擊，而慎在緊要關頭又被統現師父傳去問話，而來自台灣的武術高手虎瀉殷，也奉命前往學園...

虎瀉殷率眾前往統道學園埋伏，將真夜打倒在地，故意讓慎看見後失去控制，試圖把慎的龍眼引爆，虎瀉殷研究了慎的龍眼超能力，原來慎並不需要零毀才能發動龍眼，而是他的力量太過巨大，一旦發動之後，沒有零毀就無法停止，所以慎其實是為了怕傷到無辜才要拿零毀。為了阻止暴走的慎，真魚找來光臣，卻被慎擊中致命的一掌。

柔劍部在武術博覽會過關斬將，終於到武術博覽會決戰的日子，剩下的兩隊是柔劍隊和5個部的主將臨時組成的超強隊伍，比賽正要開始，光臣出現了，一上場就以迅雷不及掩耳之勢在三分鐘內秒殺5人，卻等不及頒獎衝了出去...

光臣被慎的龍眼打成重傷，所剩的氣力只夠維持兩年，但是卻也變相加強了體能但是隻能維持三分鐘。光臣明白真夜想要變強來阻止慎對龍眼的力量追求，決心以已之力打倒慎，訂下了兩個月之後決鬥的約定。決戰當日，不用龍眼的慎被光臣打得毫無還手之力，心有不甘的慎最終還是忍不住使用了龍眼的力量而暴走，不但把光臣和文七打成重傷，也把離自己最近的葛葉真魚殺死。當慎清醒過來時，憎恨終究無法戰勝龍眼力量的軟弱的自己，決定和真魚一起共赴黃泉，以此了結。

為了不讓類似慎的悲劇再次發生，光臣趕走了父親，接收了高柳家所有的權勢，打算壯大執行部的力量，全力掃蕩校園裏潛在的異能者。之後兩年之間，真夜仍然率領柔劍部對抗執行部，一直到宗一郎出現，終於到了一決勝負的時候，雙方約定在一個月後的武術博覽會做個了斷。