父親とケンカしたことで家出をした少年、東方院行人。彼は沖縄行きの客船に乗り込むが、大嵐に遭い、船から転落してしまう。 そのまま波に飲まれ、気を失った行人が流れ着いたのは藍蘭島という島だった。その島の少女すずに平手打ちや心臓マッサージ、さらには人工呼吸によって助けられた行人は、その後、長老オババの進言ですずの家で療養することに。 そんなすずは、両親がいないため一人暮らしだという。突然始まった、女の子と二人きりの生活に困惑する行人。彼はもともと女の子が苦手なのだ。 だが、すずは行人が入浴中、いっしょに入ろうと裸で入ってきた! しかも彼女は恥ずかしがる様子もなく、洗いっこをしようと言ってくる。 彼は、この異常事態に鼻血を噴出。しかし、行人の受難はこれだけでは終わらなかった。

島から脱出できず、為す術がなくなった行人は、仕方なくすずの家で居候を始めた。しかし、それは父親から離れた自由な生活ということでもある。 希望にあふれた未来へ向けて進もうとする行人だったが……前途多難。今日も今日とて繰り広げられる、すずとあやねによる行人争奪戦に始まり、島の女の子たちみんなが行人を狙っている状況なのだ。 彼女たちにより、安眠すらできない行人を見かねた島の長老・オババは、彼の争奪戦に決着をつけるべく、｢婿殿争奪おにごっこ大会｣の開催を宣言する。

島での暮らしに馴染みはじめた行人は、いつも世話をしてくれているすずに恩返しをしようと、彼女の仕事を手伝うことにした。 男としてのメンツがある行人は、女の子たちよりも頼もしいところを見せようと奮闘するが、なかなかうまくいかない。 藍蘭島は携帯電話も通じず、コンビニどころか電気もガスもない島。文明が一変した環境での仕事は、ごく普通の現代人である行人にとっては難しいものだった。

あやねの母・ちづるに大根を届けるため、彼女のいる海龍神社を訪れた行人とすずは、あやねの姉・まちに出会った。 まちから、どこかへ行ってしまったあやねを見つけてくることを依頼されたすずは、張り切ってあやねを探しに出かける。 なぜなら、あやねを見つければ、すずの大好物であるちづる(まち・あやねの母親)特製豆大福を20個もらえるからだ。

藍蘭島の動物たちは、みんなちょっと変わっている。人間と会話が可能で、読み書きそろばんは基本だというのだ。 そんな動物たちと一緒に生活している少女ゆきのは、葡萄狩りに行った際、同行していたはずの熊、くまくまとはぐれてしまう。 そこでゆきのは、偶然出会った行人とすずに、くまくま捜索の協力を依頼。二手に分かれ、すずは動物たちと、そしてゆきのは行人とともに行動することに。

藍蘭島で地震が相次ぐようになったある日、島中の風呂からお湯が出なくなった。そこで、すずたちはりんがつくったドラム缶風呂に入ることに。 だが、ボタン一つでお湯が沸かせることが当たり前だった行人にとって、水を汲み、薪で火をおこすという過程は大きな手間だった。 そのためか、彼は｢風呂なんて毎日入らなくても｣と思うが、女の子たちにとって風呂はとても大切。そんな彼女たちの困り果てた様子を見た行人は、一肌脱ごうと考えた。

南の森のぬしであり、すずの武道のお師匠様でもある猫のしまとらに呼ばれた行人とすずは、南の森でしまとらと対面する。 南の森に棲む犬族と猫族がぬしの座をかけて戦うという、年に一度の｢生き残りゲーム｣。しまとらは、そのゲームに猫チームとして参加してもらうべく、2人を呼んだのだ。

ちかげから｢見てもらいたいものがある｣と言われた行人は、すずを連れて、岬にある彼女の家へと向かった。 そこは島で唯一の洋館で、料理上手の美少女メイドと評判の、象のぱな子さんもいる。到着早々、彼女の力強い歓迎を受けた行人のもとへ、今度はちかげが姿を見せた。 だが、彼女はなんと裸エプロンでお出迎え。行人は鼻血を噴き出しそうになってしまう。ちかげはある本を参考に、行人に喜んでもらうべくさまざまなコスプレを考えていたのだ。 その本は、嵐の影響で外界から流れ着いたもので、他にも電気炊飯器や電子レンジ、冷蔵庫に液晶TVなど、流れ着いたさまざまなものがちかげの家に保管されている。 だが、藍蘭島は近代文明と無縁の場所。ちかげはそれらが何なのかわからないため、外界から来た行人に見てもらおうと思ったという。

森で道に迷った行人は、そこにある滝で水浴びをしていたりんに遭遇。裸を見られた彼女は恥ずかしさのあまり、大工で鍛えられた腕っぷしで行人を殴り飛ばしてしまう。 そんなことがありながらも、りんの案内で森を抜けた行人は、お礼に彼女の急ぎの仕事を手伝うことにした。 夜、その話をりんが家族に報告すると、彼女の祖母りつや母親りさたちは｢行人を跡取り婿にしよう｣と言い出し、行人の気を引く作戦をりんにアドバイス。 翌日、作業現場にやってきた行人に対し、りさはりんの補佐につかせた。りんと行人をいっしょに作業させることで、いい雰囲気をつくろうと考えたのだ。 早速りんは、行人に釘打ちの手本を見せていく。ところが、彼女は誤って自分の指を金づちで強打。 それを心配した行人がりんの手当をすることで、2人はいい雰囲気になってきた。 その後も、角材につまづいたりんが行人を押し倒してしまったり、失敗が続いて落ち込むりんに行人が手を差し伸べたりと、2人はさらに接近していく。

その日は、行人が藍蘭島に流れ着いてからの初めての雨。島では雨が降るとすべての仕事が休みになるという。 時間ができた行人は、すずの代わりに朝食を作ってみた。成功とは言えない味だったものの、すずは気に入ってくれた様子。 次はすずの提案で、将棋で遊ぶことに。思えば、外での仕事や遊びが多かった日々。家ですずと遊ぶのは、これが初めてのことだ。 そう思いながら、いつもとは違う楽しさを満喫する行人。だが、すずは楽しみながらも、ときどき寂しそうな顔をする。 それは、母親のことを思い出すからだった。彼女が昔、行方不明になってから、すずはずっと一人暮らしだった。 特に雨の日は母親とたくさん遊んでいただけに、その思いがいっそう募ってしまうのだ。

すずが風邪を引いて寝込んでしまった。そこで行人は、彼女の頭を冷やす氷を用意するため出かける。 オババが言うには、その氷は森の洞窟の奥にあるらしい。早速、洞窟へやってきた行人は、そこでゆきのと彼女の母・かがみに出会った。 ゆきのの案内で氷の保管場所に到着した行人だったが、氷は全く見当たらない。なんと、かがみがかき氷にして食べてしまったというのだ。 それを聞いた行人は仕方なく、雪の積もる富士山(ふじやま)まで出向き、雪を調達することに。 ゆきのやかがみ、そして動物たちも彼に同行、あっという間ににぎやかになった。

家事が苦手なまちは、料理も掃除も洗濯もおろそかになりがち。食事当番をサボってばかりの彼女に呆れたあやねは、｢家事の中でも、特に料理は花嫁修行の必須科目だ｣と言い放った。 それを聞いたまちは、行人を射止めるため、ついに花嫁修行に挑む!

今日はとんかつの誕生日。すずは、とんかつの大好物である冷奴をごちそうしようと、巨大な豆腐づくりに励んでいた。 そんな中、行人はすずを残してどこかへと出かけてしまう。彼を捜そうとしたすずは、家の中で、行人とかわいい女の子が写った一枚の写真を見つけた。 そのときすずの家に来ていたあやねが言うには、その女の子は行人が故郷に残した恋人ではないかというのだ。 確かに、2人が行人を見つけたとき、彼は物思いにふけっているようだった。そんな行人の様子を聞いたオババも、彼は故郷の人々を思いホームシックになったかもしれないという。 その後、すずは豆腐づくりを再開するべく家へと戻るが、やはり行人の姿はなく、さらに例の写真までもがなくなっていた。｢海に行ってきます｣という彼の置き手紙を残して……。

島中で、泥棒による被害が急増していた。そのどれもが、米や野菜など食べ物を狙っての犯行で、犯人の手がかりはつかめないまま。 そんなある日の朝、まちの顔にいくつもの米粒がついているのを見たあやねやりんたちは、犯人は彼女ではないかと疑うようになる。 その後、あやねたちがまちの後をつけてみると、案の定、彼女は至るところで盗み食いをしていた。 そんなまちに真相を問い詰めるあやねたちだったが、彼女は島を荒らす泥棒とは無関係だと断言。 しかし逆に、疑いをかけられたまちは黙っていなかった。被害に遭った住民たちに対し、率先して聞き込みを始め、これまでの事件発生現場の位置から、次の発生現場を予想。 それをもとに、行人たちは手分けして見張りをすることになった。

泥棒騒ぎが収まり、梅梅は友達の河童・遠野さんとともに、晴れて島の一員となった。 すずの家の近くの水車小屋に住むことになった梅梅と遠野さんは、行人やすずたちの協力のもと、生活に必要なものを揃えはじめる。 だが梅梅は、島の住民に野菜を分けてもらおうとするも、恥ずかしさのため話しかけることすらままならない。 とはいえ、いつまでも行人やすずに頼ってばかりでもいられない、自分のものは自分で調達したいという梅梅。 そこで、彼女のあがり症を克服するべく、行人とすずが梅梅に付き添い、まずは身近な人々と話すことに。

島の東のぬし・ぱん太郎と北のぬし・大牙が、突如何者かに敗れた。それを知った南のぬし・しまとらは、行人やすずたちが住む西の地へとやってきた。 なんでも、ぬしを負かした者が西の地にいるらしく、そのため西のぬしに注意を促しに来たのだという。 家を訪ねてきたしまとらから、その者の特徴を聞いた行人は、すぐに正体がわかった。それは、あの遠野さんだった。

ある夜、島中に降り注いだ不思議な光。それにより、なんと人間は動物に、動物は人間の姿になってしまった。 行人には犬耳と尻尾がついており、すずは猫のよう。だが、周りの変わりようはそれ以上だった。 人間の少女くまくまが、熊のゆきのをさも当然のように背負い、遠野さんは人間になったにもかかわらず、服を着ないまま自分は河童だと言い張る。 彼女たちのように、島中の人間や動物のほとんどが、自分の姿の変化に気付いていなかったのだ。 そんな状況に行人とすずは戸惑うばかりだったが、やがて騒動の原因が判明する。 ちかげが、自宅で見つけた魔導書の力で魔導士となり、興味本位で魔法をかけて今回の状況をつくりだしたという。 しかも彼女は、おもしろがって元に戻す気がない。そこで、行人とすずは魔法を解く術を見つけようと、自分たちと同じように中途半端な状態でウサギへと変わっていたあやねとともに、ちかげの部屋で手がかりを探し始めた。

森の中で倒れている少女を発見した行人とすず。その少女、しのぶはみことの姉で、千影流忍者三姉妹の次女にあたる。 そんな彼女が言うには、ある日、剣の修行に出かけたものの、あまりの方向音痴のため家に戻れなくなり、空腹で動けなくなっていたという。 それを聞いた行人とすずは、自分たちの家でしのぶに食事をもてなした。そのおかげで元気を取り戻した彼女は、突然、行人に対し剣の勝負を願い出る。 しのぶは、しまとらのもとで修行を積んでいた折に、行人の存在と、彼の剣の強さを聞かされていたのだ。だが行人は、女性に対して剣を向けない主義。 しのぶの願いもあっさりと断るのだが、彼女は決して引き下がらなかった。常に行人につきまとっては勝負を申し込み、挙げ句の果てには彼の風呂や布団にも侵入する。 そんな状況に、さすがのすずも怒り心頭。これ以上、しのぶが行人のそばにいられたらたまらないと、彼女の勝負を受けるよう行人に言いつけるのだった。

すずや梅梅たちの家に、山奥の温泉宿・月見亭から招待状が届いた。早速、行人とともに月見亭へ向かう彼女たちを待っていたのは、女将のさくや。 その体はからくりで、頭や腕が外れる光景に、初対面の行人や梅梅は驚くばかり。だが、物腰が柔らく、おもてなしが大好きな彼女は人間の女将と変わりがない。 そんなさくやに、招待してくれたことへのお礼を言う行人だったが、なんと彼女は招待状を送っていないという。 しかも、逆にすずたちから、今日の日付で遊びに行くと記された手紙を受け取ったというのだ。そのことで2人が不思議がっていると、ちかげが姿を見せた。 そして彼女は、招待状や手紙を送ったのは、彼女が愛読しているミステリー小説に登場する怪人、紅夜叉のしわざだと告げる。 見れば、招待状や手紙にはどれも｢紅｣の印がついている。ちかげが言うには、紅夜叉は空想上の人物ではなく実在するという噂があり、小説内の恐ろしい事件も、紅夜叉が実際に起こしたものらしいのだ。 そして今回も、新たな事件を起こそうとしているのだという。

噂の怪人・紅夜叉が、ついに行人の前に姿を見せた。 あやねに、一週間もかゆみが続くというとろろ汁を浴びせた紅夜叉は、行人に対し、月が出ている間に自分を捕らえなければかゆみを治す解毒剤を渡さないと告げ、逃げてしまう。 行人はその後を追うものの、すぐに見失ってしまった。だが、事件がこれで終わるとは思えない。 変装を得意とする紅夜叉は、闇に紛れてきっとまた現われるはず……。 そう思った行人は月見亭へと戻り、対策を考えはじめた。紅夜叉が次に現われそうな場所を、推理で突き止めようというのだ。

昔、巫女一族により封印された変化妖怪・狸又の幻十丸。その封印が、まちのちょっとしたミスで解かれてしまった。 幻十丸はイタズラ好きで、自分の姿を思い通りに変えたり、物体をすりかえたりして悪さをするという。 村に被害が出ないうちに捕らえ、封印し直そうとするまちだったが、幻十丸は自分を封印した巫女の子孫である彼女に復讐しようと、あらゆる変化術でまちをかきまわす。 そんな幻十丸に歯が立たず、すっかり翻弄されてしまった彼女だったが、巫女としての意地がある。 まちは幻十丸の最初の被害者、行人とすずに協力を依頼し、一刻も早く捕まえようと意気込むのだった。

ある日、南の森へ栗拾いに出かけたゆきのと動物たちは、帰り道で伝説の青い鳥に遭遇する。 その鳥が落としていった、青く美しい羽にすっかり魅了されたゆきのは、何としても鳥と友達になろうと、翌朝、すずを連れてその鳥を探しに出かけた。 手がかりは青い羽。犬のいぬいぬがその匂いをもとに彼女たちを先導、南の森を中心に探し回った。 そしてついに、茂みの向こうに青い鳥を発見。ところが、鳥がゆきのたちに気付き、逃げ去ってしまう。 急いで後を追う彼女たちだったが、その途中、突如発生した地割れに飲み込まれ、底へと落ちてしまった。

島でそれぞれの仕事をしている少女たちが一堂に会する場、それが寺子屋である。 ちかげ、しのぶ、まちたちが教師となり、読み書きそろばんなど基本を教えるというもの。 行人も、教師の一人として算数を教えている。 しかし、すずは勉強が大嫌いなため寺子屋に行きたがらず、登校日の朝から行方をくらませたり、いざ登校させてもすぐ抜け出したりしている。 そんな彼女の学習態度に、行人は困り果てているのだった。そこで、ちかげが一つの作戦を立案。 島の各所を封鎖し、すずを寺子屋へ誘導するというのだ。 行人は最初、嫌がるすずを無理やり連れてこさせるようなその作戦に気乗りしなかったが、勉強の楽しさを教えるべく協力することに。

ある日、いつものように仕事に出ていたすずは、海岸で小瓶を発見。 その中には、行人の妹・美咲からの手紙が入っていた。以前、行人が小瓶に詰めて海へ流した、美咲宛ての手紙の返事が来たのだ。 それをすずから知らされ、手紙が無事に届いたことに驚く行人だったが、妹からの返事を見てさらに驚いてしまう。 なんと、美咲が行人を捜しに海へ出て、遭難してしまったというのだ。行人はいてもたってもいられず、妹を助けようと海へと向かった。 だが、藍蘭島は外界と遮断されており、海を越えようとしても激しい渦に巻き込まれて押し戻されてしまう。 一方、空には常に竜巻が存在し、海と同じく越えることはできないのだ。

ぬしたちとの激闘のすえ、ようやく鍵を手に入れた行人は、すずとともに海龍様がいる龍神島へ到着した。 鍵で社の門を開け、海底洞窟への階段を降りる2人。だがそのとき、突如地震が発生。 危うく外へと逃れた行人たちだったが、地震の影響で社が崩れてしまい、中に入ることができなくなってしまった。 そこへ、手に何かをもったあやねが姿を見せる。それはなんと、海龍様のヒゲ。 行人を島から出すまいと、彼より先に願いを聞いてもらおうと海龍様のもとへ向かったあやねは、急に迫ってきた海流に巻き込まれてしまった。 そのとき、紐だと思ってつかんだ海龍様のヒゲが、抜けてしまったのだという。