笹原完士は大学入学を機に、それまで秘めていた「漫画・アニメ・ゲーム」への思いを分かち合えるサークルへ入ることを決意していた。ふと見学で訪れた「現代視覚文化研究会」＝「現視研（げんしけん）」で、2年生・斑目の策略により根拠のないプライドを崩されてしまう。しかし、笹原は未だ自分がオタクであることを認められず、また「現視研」になじめずにいた。そんな中、アイドル並みのルックスにもかかわらず、濃く深いオタク同級生高坂の家を訪れる。

新入生歓迎会を兼ねて、現視研メンバーは笹原を連れ立って秋葉原に向かう。笹原は初めての18禁パソゲーに心を躍らせ、男性向け同人誌を物色する。それぞれの嗜好で同人誌を買っていく斑目たち。笹原はすっかり現視研に溶け込んでいく。一方、咲は高坂を落とすべく原宿でデート。高坂をじっくり、確実に攻める咲だったが…。

嵐の予感の中、コミックフェスティバルに向かう現視研一行。開場前から妙にテンションの高い斑目は、列をはずれた際に滑って右手を強打してしまう。必死に痛みを堪えてブースを巡る斑目、初めてのコミフェスに興奮する笹原、コスプレ会場にいる田中、あまりの光景に駅から一歩も動けない咲。それぞれの思いをのせてコミフェスは過ぎていくなか、遂に斑目が…。

秋、学園祭を前に、帰国子女の大野さんが現視研の部室を訪れる。おりしも学園祭でのコスプレを勧められていた咲は、「やんないよねぇ、普通」と大野さんに同意を求める。しかし、大野さんはすでにコスプレ経験済、しかもオリジナル衣装に興味を示す始末…。そんな女オタの部屋を暴いてやろうと、咲は衣装の採寸を理由に大野さんの部屋に向かう。

サークル自治委員会から、活動が見られないサークルは12月末日をもって削減するとの通告がなされた。その削減リストの一つには現視研の名もあった。弱りはてる一同の前に、追い討ちをかけるようにハラグーロこと原口が出現。自治会の一方的な態度、原口の嫌味、そして座して待つばかりの現視研メンバーに憤りを感じた咲は、大野さんとともに（？）存続に向けて行動を開始する。

ゲームもしない、アニメも見ない咲は、オタクの高坂との距離を感じはじめていた。せっかく二人でいい雰囲気になっても高坂はアニメを見始めてしまうのだ。咲は友人の事として、現視研メンバーに相談、ゲームを覚えることに。一方、笹原は一般人（？）ギャルの妹から突然呼び出しの連絡が入る。「妹」と聞いて、興味津々の現視研一同は笹原のあとをつけるが…。

笹原が現視研に入ってから1年が経とうとしていた。初代会長もいよいよ卒業準備ということで、斑目を二代目（！）現視研会長として推薦し、斑目もこれを受けることに。

斑目新会長の下、コスプレできる機会はすべてやりたいという大野さんを擁した勧誘会の結果、二人の仮入会者が現れる。が、早くも咲の洗礼を受けることとなる。

春、プラモ作りには一番いい季節。そこで田中がプラモデル作りを初心者の笹原や大野さん向けに教えることに。ついプラモの話になると饒舌になってしまう田中。そんな田中と、大野さんや笹原が楽しそうにプラモ作りを進めていくのをみると、入りたくもないものの微妙な疎外感を感じてしまう咲。そして遂に完成した大野さんのプラモを咲が…。

最近の斑目のお気に入りは、「部室の机の上にエロゲー雑誌を大量に置いておく」こと。今日も大量の雑誌を購入し、部室に向かうと、そこには咲がただ一人。思えば1年も経つのに部室で咲と二人っきりになるのは初めての斑目。二人っきりの空間に妙な意識をしてしまって落ち着かない。そんな中、斑目は咲の顔に重大な発見をしてしまう…。

夏、現視研、海に！しかし、せっかくの海にもかかわらず、日焼けしてのコミフェスは恥ずかしいという意味不明の理由やら、体力温存のためとか言い訳して、海に入らない斑目たち。そして笹原の妹、恵子が高坂目当てで勝手に付いてきてしまって…。そんな海での一日のあとに、現視研にとって夏最大のイベント、コミフェスがいよいよ開催される。

あらゆるオタクグッズで溢れかえる高坂の部屋。そんな乱雑な部屋でつまづいた咲は頭をゲーム機に強打してしまい、なんとなく機嫌が悪い。そして部室でも同じところをぶつけてしまった咲は、部室の大掃除を決意。過去の貴重な（？）同人誌などを片付け、ふと一服したところ、なんとボヤ騒ぎに発展…。火の不始末の責任をとって咲は学園祭でコスプレをする羽目になってしまう。

ボヤ騒ぎによって、部室使用禁止処分になってしまった現視研。それぞれの部屋を持ちまわりで集まっていたが、それも徐々に重い雰囲気に。そんなある日、斑目の一言で咲は思わず涙を流してしまう。咲は自身も責任を感じ、また火に対する恐怖を持ち続けていたのだ。そして、現視研への処分としてボランティアでの奉仕活動が決定したが、なんとボランティア活動の日程と冬のコミフェスがバッティングしてしまっていた…。

Two new members join the society: the abrasive Manabu Kuchiki and the standoffish Chika Ogiue. Ohno hatches a plan to trick Ogiue into revealing her true inner self.

At Kasukabe's urging, Madarame sets out in search of a less otaku-ish outfit. Later, a heart-to-heart over sushi reveals that they might not be from completely different worlds after all. Unfortunately, this only confuses him more.

The school festival approaches, and Ohno is committed to another cosplay photo shoot. But tension brews as Ogiue scoffs at the idea of cosplay, and Ohno finds Tanaka's secret stash of costumes for the other Genshiken girls. Caught in the middle with the photo shoot only minutes away, Kasukabe hatches a scheme to smooth things over, and even get Ogiue to try something she's never done before.

6月、梅雨の真っ只中コミフェス出展の当選通知が笹原のもとに届いた。さっそく部室でコミフェス準備について話していた笹原と斑目は、ふと荻上がノートに書いていた絵に目が止まる。いまだ素直になり切れない様子の荻上に斑目は、荻上にも参加してもらおうと提案する。荻上は、コミフェスに同人誌を出すことに内心では喜んでいたのだが、頼まれたので参加する、というポーズをやはり崩せずにいた。初めてのサークル参加は分からないことだらけなため、笹原と斑目は漫研の高柳に相談しに行く事にした。高柳を訪ねるとコミフェス当選をどこで聞きつけたのか、あの「ハラグーロ」こと原口が現れて・・・・・・

コミフェス当選に沸いた日から１ヶ月が経過。印刷所の締め切りも3日後に迫り原稿はどうなったかと言えば・・・。荻上の書いた2ページ以外全く出来ていないという有様であった・・・。そこで現視研の部室で「緊急コミフェス対策原稿ほとんどできてねぇよ会議」が始まった。だが、笹原と久我山の口論が始まり、一向に方向が定まらない。すると、荻上が自分がマンガも描く、と提案する。荻上としては、かなり勇気を出して発言したのだが、そんな様子に笹原は気付けず断ってしまう。果たしてこんな状態でコミフェス参加は出来るのだろうか・・・。

現視研メンバーそれぞれの頑張りにより、なんとか同人誌は完成した。そして8月15日、ついにコミフェス当日がやって来た。初めてサークル入場をした笹原、高坂、朽木の三人は人影もまばらな会場に感動するのだった。設営を終えると、またしてもハラグーロが現れ、「完売するといいねぇ～」と笹原にとっては呪いの言葉とも取れる一言を残し去っていく。開始直後すぐに1冊目が売れたのだが、その後は一進一退で1時間で20冊という売り上げであった。ハラグーロの呪いの言葉が脳裏をよぎり笹原は嫌な予感を拭い切れなかった・・・。果たして完売は出来るのだろうか・・・。

笹原と斑目は部室で大野と田中の関係について話していた。すると斑目と笹原には意外だったのだが「付き合ってないと思いますけど」と女の勘なのか荻上が言う。咲と高坂、朽木もその話題に加わり、微妙な時期だから触れにくいなどと話していると、そこに当の大野と田中が部室に現れる。空気の読めない朽木は話を全然聞いていなかったのか、二人にいきなり「デキてんですか？」と聞いてしまう・・・。田中の煮え切らない様子にイラだっていた大野は、その後も続く朽木の問題発言に怒り、なんと朽木を殴ってしまうのだった・・・。

就職活動に疲れた斑目は部室で笹原とふざけあっていた。「ネクタイなんか田中が作ったヤツだもん、お手製よ」もちろんウソである。そのウソに怒った笹原は斑目のネクタイを引っ張った。と、そこにタイミング良く？(いや、悪く？)荻上が来る。「間違いなく斑目先輩が受けだよね」腐女子スイッチが入ったのか、その光景を見た荻上の妄想はもう止まらない。笹原、斑目に止まらず、朽木、久我山、田中、高坂までも妄想の中に取り込んで行く。一心不乱にノートに「強気攻め」イメージの笹原を書いていた荻上は、咲が来た事に気付かずそのイラストを見られてしまう。が、咲はどうやら誤解をしたらしく、なにやら満面の笑みで・・・。

季節は冬になり冬のコミフェスの開催が近づいていた。コミフェスでの予定について現視研メンバーが話し合っていた。すると大野が荻上に「初日は行くんですか？」としらじらしく聞く。荻上のオタクをオープン化させる目的が半分、からかうのが面白いのが半分の発言だったのだが、当の荻上は「行かない」と必死で否定する。もちろん本当に行かないワケは無く、コミフェス初日、お台場には偽装のため髪型と服装を高校時代に戻しメガネまでかけ完全に「地方から上京したオタク娘」に成り切った荻上が居たのであった・・・。

斑目、田中、久我山の卒業式が迫っていた。久我山は医療機器のメーカーに就職が決まり、田中は服飾の専門学校に進学。未だ進路が不明なのは斑目だけだった。卒業式の日であっても感慨よりも「くじアン」の話で盛り上がる現視研メンバー達。サークル棟への帰り道、来期はどうするのか斑目に聞かれた笹原は来期は大野に会長を頼みたいとの考えを明かす。始めは辞退する大野だったが、咲の「会長になってコスプレ研究会にしちゃえばいい」の発言で一転してやる気に。そうして来年の現視研の活動は安泰？となったのだが、肝心の斑目の就職は果たして決まったのだろうか・・・。

荻上の元に夏のコミフェス当選通知が届いた。本来ならば喜ぶ所なのだが、荻上の心境は複雑だった。「いまさら」ながらやおいを描き本にする事が恥ずかしかったからである。悩んだ荻上は大野に相談しに行った。大野はコスプレとやおいとジャンルは違えど根底にある恥ずかしさは一緒だと荻上を説得する。が、荻上は「この私の恥ずかしい妄想を・・・形にして世に出すの？・・・」と未だ割り切れない様子。しかし大野の「それがどんな妄想か知りたいし、語り合いたいと思いますよ」という一言で荻上は再びコミフェスに向けて描く事を決意する事が出来たのだった・・・。

季節も初夏となり笹原、咲、高坂もそれぞれ卒業後の進路を決めなくてはならない時期になった。咲はショップを出すため高坂にも会わず忙しく動き回っていた。疲れのせいか咲は「高坂はエロゲーさえあれば自分は不要なのではないか？」という不安を抱いていた・・・。笹原は出版社を志望していたのだが、どうにも面接が上手く行かない。苦戦の一因は自己PRの弱さにあった。現視研では、自分をさらけ出す事も出来る様になっていた笹原だが、やはり他の場所でオタクを前面に出す事は、やはり出来ずにいた・・・。

コミフェス直前の夏休み大野と笹原は、荻上の家を訪れる。荻上が参加するコミフェスの手伝いの打ち合わせをするという名目だった。とは言え決める事など集合時間くらいしか無いため、会話は自然と荻上の原稿の内容に移っていった。大野はあの手この手で見せてもらおうとしたのだが、荻上はコミフェス用の原稿はおろか、他の投稿用原稿も二人に見せようとはしなかった。笹原を意識しているためか、荻上と笹原が互いを意識していると確信した大野は、コミフェスで鈍感な笹原の背中を少しだけ押してみようと企むのであった・・・・・・。

コミフェス当日、二人で売り子をする荻上と笹原。お互いを意識してしまっているせいか、どうにもギクシャクしている二人。だが初めて本が売れたうれしさと、他人事なのに自分の事の様にうれしそうな笹原を見ているうちに荻上の緊張も解け、笹原の就活の話や、荻上の将来についての普通に会話が出来る様になっていた。このまま大野の目論見通りに行くかと思われた。しかし荻上の中学時代の同級生が偶然通りかかった後、荻上の様子が一変する。気分が悪くなってしまう荻上。と、その時二人の前にスーが現れて・・・。

夏が過ぎても笹原の就職は決まっていなかった・・・。連敗に継ぐ連敗で笹原は、なぜそもそも編集を志望したのかさえわからなくなってしまっていた。追い詰められた笹原は出版に限らず別の業界も手当たり次第に受けてみるものの、やはりここでも連敗。半ば自暴自棄になり部室で「就職浪人でもいいかな」とまで言い出してしまう。そんな笹原を見た咲と荻上は笹原には失望した、と辛辣な言葉を投げる。自虐と自嘲で逃げに入ってしまったダメオタク笹原に荻上と咲の言葉は届くのか？ それとも・・・。

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今年度の新会員を獲得すべく、新歓会場でのイラスト実演をする会長の荻上。その絵の魅力に惹きつけられ、現視研(げんしけん)に新会員が入会を希望してきた。明るくおしゃべりな吉武。少し取っ付き難そうな矢島。正統派美人の波戸。揃いもそろって全員が立派に“腐”女子であった。BL話に花が咲き始めたころ、ある事故から波戸の秘密バレてしまう。

現視研会誌の原稿を描くことを理由に、矢島の家へ押しかける吉武。波戸も誘って、プロフィールを描くはずだったが結局、女子トークで盛り上がってしまう。語りつくした深夜、ふと目が覚めた矢島の前には、すべすべとした波戸の脚が横たわっているのであった。本当に男なのか確かめるべく、寝ている波戸のスカートに手をのばそうとするが…

社会人になって、オタク文化から離れつつある自分に気付き、久しぶりにげんしけんに立ち寄る斑目。当時の面々のことを思い出しながら、笹原の妹の恵子と話していくうちに、話題は咲の話に。隠していたはずの咲に対する気持ちが他のメンバー、そして咲本人にも知られている可能性があると知るが…

夏のコミフェス直前、げんしけんは修羅場を迎えていた。荻上の商業誌読み切りを上げる為、新会員全員で原稿を手伝うことに。連日の徹夜で、皆おかしなテンションの中、波戸が体の異変を訴えた。密室修羅場の中、波戸とメンバーが出した答えとは…。一方でアンジェラが訪日し今年のコミフェスも波乱の幕開けを予感させる。

社会人になった斑目。コミフェスを目前に、学生時代にあったはずの熱が今の自分にはないことを自覚する。アンジェラはそんな斑目の気も知らず、コミフェス三日目もアタックを続けていた。波戸は斑目のことが気になり、女装をやめて同人誌購入を手伝うことに。二人が企業ブースを訪れると、そこには天然モノで別次元の“彼”の姿があった。

コミフェスの帰り道で斑目総受けを宣言してしまった波戸。荻上は自分の過去と重ね、波戸を孤立させないようにと、あえて自分の過去の作品を暴露する。一方サークル棟では、放課後のみ現れる美女の正体を突きとめるべく自治会が動き出していた。そんな中、吉武のお兄ちゃん、理人が現れる。イケメンの理人に照れまくる矢島だったが…。

来る学園祭にむけて、メバエタメ特別号を発行することにした荻上。 ノーマルな作品を載せる前提でメンバー各自で動き始めるが、なぜか波戸は浮かない顔…。なんと男の格好だと絵が全く描けなくなってしまうという。かといって女装姿で描くと、無意識にBL絵を描いてしまう制御不可能な状態であることを告白する。一方、いつもと違うジャンルの作品に挑戦する良い機会と、現視研メンバーに過去のコイバナを聞き出す荻上だったが…

メバエタメ特別号で、荻上がネームを描き、波戸が絵を描くという合作の方法を、スーから提案される波戸だが、女装しなければ描けない自分に対して、好きなイラストを描くこと自体に迷いを感じていた。合作の話を受けるべきか悩みながらも、女装をするため、斑目の部屋に。一人、BL妄想にふけっていると、いつもより早い帰宅の斑目に遭遇。久しぶりの斑目に、少し話を聞いて欲しいと相談する。

波戸と合作をすることになった荻上。少しずつではあるが作業は順調に進んでいた。一方、矢島と吉武も作品を作ることになったが、四コマなのか、戦国なのか、SF なのか…。方向性や内容などで議論が収まらない様子。そんな気もしらず、大野は田中と共にコスプレ衣装の用意に勤しむ。そんな中、咲も学園祭にくることになり波乱を予感させる。そして当日。それぞれの思いをのせて学園祭が始まる。

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朽木の言葉に振り返ったその人は、波戸の憧れの人“神永先輩”であった。高校時代に美術部に所属していた波戸は、先輩の絵に憧れを抱いていた。しかしそれは、BL全開の絵。先輩をはじめ、同級生である今野や藤が自分たちの好きなBL楽しむ一方、波戸は腐男子であることを打ち明けられずにいた。ある日、部室に置き忘れられた先輩の絵をきっかけに、波戸は今野に、自分が腐男子であることを告白するが…

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咲が学園祭にやってきた。現視研に向かう途中で、たまたまスーが斑目にキスするシーンを見てしまった咲は、それをネタに斑目をからかいだす。そんな二人の様子が気になって仕方ない波戸。一方、笹原の妹:恵子も現れ、波戸が男であることを知る。恵子と波戸のやり取りをみて何かを感じた咲は、斑目にちょっと意地悪をしようとする。斑目の気持ちを知る波戸は、なんとかしてかばおうとするが、ことごとく裏目に出てしまい…

斑目と咲の件を受けて、動き出すそれぞれの気持ち。そんな中、就活がまったく上手くいかない大野、留年も見えてきた。不安な気持ちを抱えたまま、コスプレを仕事にすることも考え出した大野は、自分のコスROMを出すことを田中に打ち明ける。コスプレという二人の共通事項、それを介して将来の話を持ち出すが…。一方、平日の秋葉原を独り歩く斑目の姿があった。

波戸が部室に来なくなった。いったい何があったのか。電話にも出ない波戸の理由が分からないまま、げんしけんメンバーは心当たりのある、斑目自宅を直撃するが空振り。いったい波戸はどこへ行ったのか。心配する荻上に、何故かスーの提案。そうだ!そうだった!こんなときは、合宿で解決だ!!!

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単行本9巻の第51話「ボンノーはとめどなく」での成田山初詣エピソードとなる。