1年生キャプテン・谷口の下、墨谷高校野球部は倉橋・半田・鈴木という新メンバーを加え再始動した。倉橋の提案で強豪・川北高と練習試合を開始するが、圧倒的な力の差で初回から大差で引き離される墨高ナイン。倉橋は実力のない半田を引き合いに暴言を言い始める。巻き起こるナイン間の軋轢の中、谷口の采配は…。

川北高との練習試合の最中、右肩の激痛で病院に運ばれた谷口は、人差し指の怪我が治る可能性があるという言葉を医師から聞く。しかし失敗すれば二度と野球はできなくなるという。皆に事情を隠し、手術を受けるか悩み苦しむ谷口。唯一その経緯を知り、谷口を心配する田所。苦悩の中、ふと神社に行った谷口は…。

2年生となった谷口の下に松川・島田・加藤という精鋭が加わった。彼らのプレイに感化され、練習に力を入れる部員たち。谷口は夏の大会の目標に5回戦進出を掲げ、対戦する可能性のある高校を手分けして偵察し始める。しかし、相手をなめている3年生が1回戦の相手の偵察をロクにして来なかったことに、倉橋は激怒し…。

地区予選1回戦・言問高校との試合が開始。墨高ナインは言問高に先取点を取られてしまう。谷口と倉橋は言問に脅威を感じるが、他のナインは楽観的。9回表、1点差を縮める事ができず最後の攻撃となり、ようやく焦り始めた墨高ナインは、倉橋の心理作戦と谷口の3塁打で逆転のチャンスを掴むのだが…。

墨高の4回戦の相手は強豪のシード高・聖陵高校。特訓中、前キャプテンの田所が激励に訪れ、4回戦突破すれば鰻丼を奢るという約束を交わす。そして試合開始、先発は1年の松川だが、初回から猛打を浴び、松川は意気消沈する。更に倉橋が攻撃中でのクロスプレーで聖陵キャッチャーに猛抗議、波乱を巻き起こす。

聖陵キャッチャー西田の行動が走塁妨害だという倉橋の抗議は審判に認められなかった。しかしクロスプレーはまたも発生。今度は中山が守備妨害でアウトに。谷口は「派手に抗議した方が審判も注意深くなる」という倉橋の行動の意味を理解し、改めて頼もしく思うのであった。8回裏、5点差を追う墨高は1点を返すが…。

いよいよ墨高最後の攻撃。谷口の機転と聖陵のミスから、ツーアウト2点差まで追い上げる。倉橋がヒットを放ち、松川が本塁に達しようとした時、西田はまたも走塁線上にキャッチャーマスクを置く。だが、審判がそれを蹴り上げセーフとなる。5対5、同点まで追い詰め、活気付く墨高。谷口はヒットを放つが…。

5回戦の相手・専修館高校の試合を偵察した墨高。谷口はその実力に焦りを感じ、墨谷二中時代にやっていた至近距離からのノック特訓を開始する。試合前日とは思えぬ激しさに弱音を吐くナインたち。倉橋はその態度に愛想を尽かし、半田や谷口が止めるのも聞かず退部してしまう。しかし、その後も特訓は続いて…。

倉橋がチームに戻り、ナインの結束も一段と増した墨高は、専修館との対戦に挑む。特訓が功を奏して、エース百瀬の速球にタイミングを合わせ始める墨高。しかし、専修館バッテリーはスローカーブと速球とのチェンジアップで墨高を困惑させ、ついに1点を先取する。調子が狂った墨高は8回にも追加点をあげられ…。

専修館に引き離されている墨高は8回裏の攻撃に望みを繋ぐ。しかし、巧妙なチェンジアップの対抗策が見つからない谷口は、弱気な一面を見せ始めてしまう。そんな時、以前戦った川北高からもらった専修館対策メモの図に疑問を抱いた半田。打つ手を失った谷口は、打席に妙な立ち位置が描かれたその図に賭けてみる。

専修館との死闘で全力を出し切った墨高ナインは、準々決勝を前に1日の完全休息をとっていた。谷口は、自宅に訪れた丸井に激励され全力で試合に挑む事を誓う。翌日、試合開始を迎えるが、これまで少人数で連戦を続けてきた墨高は、貫禄ある明善高に圧倒されてしまう。大差で引き離され、谷口ですら諦めかけたその時…。

3年生が抜けた墨高野球部に、谷口の中学時代の後輩、丸井が入部してきた。そして谷口の采配で新ポジションが決定、丸井は補欠になる。ライトとなった半田の勘の鈍さに疑問を抱く倉橋。一方、丸井が独学で硬式野球の特訓を積んでいたと知った谷口は、セカンドを丸井に任せ、半田と鈴木にライトを競わせるが…。

秋季大会ブロック予選、墨高は東実との決勝戦まで登り詰める。しかし鈴木が怪我で欠場、半田が公式戦初出場する事に。序盤から東実エースの球に喰らいつく墨高だが、佐野のピッチングに圧倒され、互いに0点のまま9回を迎える。点が取れず硬くなる墨高ナイン。そんな中、谷口は野球を楽しんでいた頃の自分を思い出す。