Il giovane Peter Parker è l'Uomo Ragno da un anno: ha combattuto contro criminali e ha salvato vite umane, ma ha ancora molto da imparare per poter diventare un vero supereroe.

Nick Fury, il brusco comandante dello S.H.I.E.L.D., un'organizzazione spionistica e militare internazionale, gli darà la possibilità di ricevere una formazione specifica per poter accedere ad un livello superiore e trasformarsi nell'Ultimate Spider-Man.

Reclutato insieme ad altri giovani eroi come lui (Nova, White Tiger, Power Man e Iron Fist) lungo il percorso Peter imparerà a lavorare con la sua squadra e affronterà con coraggio tutte le sfide dei suoi addestratori, per arrivare infine ad una comprensione più profonda del suo destino di supereroe ed alla definitiva consapevolezza del suo potere.