דוקטור אוקטופוס חובר לארנים זולא ולארגון הידר"ה, ויחד הם משתלטים על הרחפת של מג"ן. ספיידרמן, ניק פיורי, איירון ספיידר והסוכן ונום מנסים להילחם בהם לפני שישנו את הרחפת לבלי הכר.

זולא ממשיך במסע הכיבוש שלו, ובעזרת הרחפת של מג"ן הוא ממשיך אל ניו-יורק וכולא את חבריו של ספיידרמן. בינתיים דוק אוק מקים מחדש את "ששת הרשעים".

דוק אוק חובר לברון מורדו, והשניים חוטפים את הגובלין מעולמו של מיילס מוראלס כדי לחסל את ספיידרמן. אך הגובלין לא מקבל פקודות מאיש ומתחיל לזרוע הרס וחורבן.

מיילס מרגיש שפיטר מגונן עליו יתר על המידה ולא נותן לו להילחם בפושעים מסוכנים. כשדוקטור אוקטופוס והנשר תוקפים את הארי ואת נורמן אוסבורן בביתם, פיטר צריך ללמוד להרפות.

כשלוחמי-הקורים מחפשים את המרגל של דוק אוק במג"ן, וירוס-הלטאה מתפשט ברחבי הטריסקליון. החשוד העיקרי הוא דוקטור קונורס, אך ספיידרמן מסרב להאמין בכך. הופעת אורח של פיץ וסימונס מהסדרה 'סוכני מג"ן'.

הסוכן ונום מוחזק בשבי באי הידר"ה בחלל. ספיידרמן וסקרלט ספיידר יוצאים להציל אותו לפני שדוק אוק יספיק להפריד בין פלאש לבין סימביוט הוונום, שהוא מתכוון לצרף לששת הרשעים.

חילוקי הדעות בין ספיידרמן לאיירון ספיידר בנושא טוב ורע מעיבים על היחסים ביניהם, אך כל זה עומד למבחן כשהם נקלעים לאי מבודד המאוכלס בידי מפלצות החול, שנוצרו מאישיותו של איש החול.

ספיידרמן מחליט לצרף לאקדמיית מג"ן את חברו הארי אוסבורן, למורת רוחם של אביו של נורמן ושל חברו לצוות, הסוכן ונום. בינתיים דוקטור אוקטופוס מפתח את הנשק המושלם כדי לנטרל את הסוכן ונום.

ניק פיורי ונובה נעדרים כבר זמן מה, וכשספיידרמן, שמנסה לנהל את האקדמיה בהיעדרו של פיורי, מגלה אות מצוקה, הוא ולוחמי הקורים ממהרים למקום שהוא נשלח ממנו רק כדי לפגוש במוריס בנץ', הידוע כהידרומן.

דוק-אוק טומן ללוחמי-הקורים מלכודת בטריסקליון, והוא לא לבד. עם הקרנף, קרייבן הצייד, אלקטרו, הידרומן והגובלין, הוא מקים מחדש את ששת המרושעים עם תוספת מפתיעה וקטלנית במיוחד.

לאחר שסקרלט ספיידר בגד בספיידרמן, הוא פונה אל ביתה של הדודה מיי כדי לקחת ממנה את המפתח לנשק האנטי-הידרה. עכשיו ספיידרמן מוכרח להציל את הדודה מיי ואת ניו-יורק כולה.

ספיידרמן טס עם טריטון לאחת הערים של העל-אנושיים, אתארוג, כדי להציל את ניק פיורי, ושם הם פוגשים את גברת קורים - סוכנת מג"ן ומהנכסים החשובים ביותר של פיורי.

פלאש מחלים ומשתוקק לחזור לאקשן. כשהוא עומד לקבל את מה שביקש, מורביוס לוקח חתיכה מסמביוט-הוונום שלו כדי לייצר את כלי-הנשק המושלם.

לאחר שקטל מתפזר ברחבי ניו-יורק ומשתלט על גופם של אזרחי העיר, ספיידרמן יוצא לעצור אותו בעזרת ונום, קפטן אמריקה, חבריו מאקדמיית מג"ן ובעזרת הארי אוסבורן - האנטי-ונום.

ספיידרמן והסוכן ונום ממשיכים אל תיכון מידטאון, שם סמביוט-הקטל הנותר הקים לו ממלכה, ובעזרת דוקטור מורביוס מצא לו מלכה אכזרית במיוחד. הארי לוקח את שריון הפטריוטיר ויוצא לעזור להם.

ניק פיורי, גברת קורים ודוקטור סטריינג' מזעיקים את ספיידרמן ואת קיד ארכניד לקוואן-לאן. שניהם צריכים לצאת למסע חובק יקומים מקבילים כדי לאחד את רסיסי-גביש-המצורים.

ספיידרמן וקיד ארכניד ממשיכים במסעם ביקומים השונים בחיפוש אחר רסיסים נוספים של גביש-המצורים. בעולם הפיראטים הם פוגשים בזקן-קורים, ובעולם המערב הפרוע הם פוגשים ביורה-הקורים.

ספיידרמן וקיד ארכניד מגיעים לעולם שכבר מוכר לספיידי מהטיול האחרון שלו בין הממדים השונים - עולם ה-"פילם-נואר", שבו מלחמת-כנופיות הרסנית מאיימת להשמיד את ניו-יורק עד היסוד.

פיטר ומיילס מגיעים אל היקום של מיילס, ובזמן שמיילס נעדר ממנו מישהי אחרת נכנסה לנעליו - לוחמת-צדק בשם ספיידר-וומן. עכשיו עליהם להילחם יחד בעכביש-הזאב, שלכד את אמו של מיילס.

כשעל ניו-יורק מוטל כישוף רב-עוצמה שמאיים להתפשט בעולם כולו, ספיידרמן מאחד כוחות עם דוקטור סטריינג' ועם אנט-מן כדי להילחם בברון מורדו ולמנוע ממנו לסיים את העבודה.

פיטר ומרי ג'יין נתקלים בכפיל של ספיידרמן. לאחר קרב קצר הוא מוביל אותם אל מעבדה נסתרת, ושם פיטר מגלה שבמרי ג'יין יש יותר ממה שנראה לעין.

אחרי שספיידרמן מחזיר את סקרלט ואת קוטלי-העכביש אל אקדמיית מג"ן, אויב מסתורי מסתנן אל הטריסקליון ומנטרל את התלמידים בזה אחר זה.

כשספיידי נאלץ לשמור על ביתו של דוקטור סטריינג' בחג המולד, הוא מבחין ברחוב בילדה שבורחת מפני אביר-הירח המסתורי. הוא מציל אותה מפניו, אבל לומד במהרה שהעניינים אינם כפי שהם נראים.

כמה רגעים לפני סיום הלימודים באקדמיית מג"ן, דוק אוק מופיע בביתו של פיטר פארקר ומציע עסקה מפוקפקת ביותר - אם פיטר לא יפרוש מחייו כגיבור-על, הדודה מיי תשלם מחיר כבד.

סיום הלימודים, חלק בבלי כוחות-העכביש שלו, פיטר צריך להשתמש בשכלו ובאומץ לבו כדי להציל את כל יתר גיבורי-העל. הוא לומד שעוד לפני שיוכל לחזור להיות ספיידרמן האולטימטיבי, עליו להיות פיטר פארקר.