Po utracie T.A.R.C.Z.Y. i towarzyszy w walce z Doktorem Octopusem i Hydrą, Spider-Man musi zebrać nową drużynę, aby powstrzymać złoczyńców przed przejęciem Nowego Jorku.

Spider-Man sprowadza do naszego świata Milesa Moralesa, który pomoże mu powstrzymać Goblina.

Spider-Man musi powstrzymać Doktora Octopusa przed wyeliminowaniem Normana Osborne'a.

Sęp ujawnia, że Doktor Octopus ma swojego szpiega na Akademii T.A.R.C.Z.Y. Wojownicy Sieci urządzają obławę, by namierzyć kreta.

Spider-Man i Scarlet Spider muszą pokonać Kravena, aby uratować swojego pojmanego towarzysza, Agenta Venoma.

Spider-Man i Iron Spider odkrywają, że Doktor Octopus przejął kontrolę nad Sandmanem.

Doktor Octopus i jego nowy asystent Morbius tworzą Anty-Venom, aby zniszczyć jednego z Wojowników Sieci.

Po odebraniu tajemniczego sygnału z nieznanej bazy, Spider-Man trafia do opuszczonego budynku z nadzieją odnalezienia Nicka Fury'ego.

Spider-Man musi stawić czoła kulminacji wszelkich nikczemnych knowań Doktora Octopusa, gdy nowa Podstępna Szóstka przypuszcza atak na Wojowników Sieci i Akademię T.A.R.C.Z.Y. w Triskelionie.

Octopus dowiaduje się, że klucz do urządzenia, które umożliwi przywrócenie zatopionej Wyspy Hydry, znajduje się w domu cioci May. Spider-Man musi walczyć, by uchronić przed nim swoją rodzinę.

Gdy zmęczony walką Nova prosi o pomoc w odnalezieniu Nicka Fury'ego, Spider-Man odnajduje go w niebezpiecznych ruinach starożytnego miasta.

Spider-Man i Agent Venom odkrywają plany Hydry i Morbiusa, którzy zamierzają stworzyć nową, ulepszoną Bombę Venomową – niepowstrzymaną Bombę Carnage.

Po zdetonowaniu Bomby Carnage, która zmienia cywilów w nowe wersje Carnage, Spider-Man, Kapitan Ameryka i Akademia T.A.R.C.Z.Y. łączą siły, by ocalić Nowy Jork.

Spider-Man i towarzyszący mu bohaterowie muszą pokonać Morbiusa i udaremnić jego plan wykorzystania Królowej Carnage jako broni przez Hydrę i Arnima Zolę.

Spider-Man i Kid Arachnid podróżują do innych wymiarów, by zebrać szczątki roztrzaskanego portalu Siege Perilous.

W poszukiwaniu zaginionych szczątków portalu Siege Perilous Spider-Man i Miles trafiają do wymiaru zamieszkanego przez Piratów, gdzie spotykają Spider-pirata imieniem Web Beard.

Spider-Man i Kid Arachnid przybywają do Wszechświata Noir, gdzie muszą powstrzymać Mister Negative. Zamierza on użyć portalu Siege Perilous, by pozbawić świat życia i barw.

Po zebraniu wszystkich szczątków Siege Perilous Spider-Man wraca do wszechświata Milesa Moralesa na ostateczną konfrontację z Wolf Spiderem.

Uczestnicy halloweenowej zabawy zaczynają zmieniać się w potwory. Spider-Man, Doktor Strange i Ant-Man muszą wspólnie powstrzymać Barona Mordo.

Spider-Man musi połączyć siły z dawnym zdrajcą, Scarlet Spiderem, aby uniemożliwić Doktorowi Octopusowi reaktywację dawnego programu, którego celem jest stworzenie złych sobowtórów Spider-Mana.

Spider-Man i Scarlet Spider muszą przeniknąć na zatopioną Wyspę Hydry, aby Scarlet mógł zniszczyć laboratorium, w którym powstał.

Spider-Man wprowadza blokadę Triskelionu, gdyż tajemniczy złoczyńca zaczyna usuwać bohaterów jednego po drugim.

Spędzając wigilijny wieczór w domu, Spider-Man musi sprzymierzyć się z Moon Knightem, aby obronić dom przed nowym Mysterio.

Doktor Octopus grozi, że zrobi krzywdę Cioci May, jeśli Spider-Man jeszcze raz założy maskę. Bohater musi dopaść Octopusa, zanim ten spełni swoją groźbę.

Peter Parker musi znaleźć sposób, by powstrzymać Doktora Octopusa i Nową Podstępną Szóstkę przed zniszczeniem wszystkich bohaterów w Nowym Jorku i przejęciem władzy nad światem.