Nick tiene un nuevo instructor en S.H.I.E.L.D.: el Hombre Araña, que más delante lucha contra Doc Ock y los planes que tiene para el Tri-Carrier.

Hydra desata problemas en Nueva York, pero el Hombre Araña tiene su propio plan junto a Araña Escarlata, una criatura que odia a Ock.

Hydra convoca a un peligroso enemigo de una realidad paralela, por lo que Spider-Man debe atravesar un portal y buscar la ayuda de su alter ego, Miles Morales.

Puesto que son más fuertes trabajando en equipo, Peter y Miles intentar detener juntos a Doc Ock antes de que entre a la base de datos de Osborne.

Los agentes Fitz y Simmons colaboran con Spider-Man y los Guerreros Arácnidos para descubrir al topo de S.H.I.E.L.D. antes de que sea demasiado tarde.

El Hombre Araña y Araña Escarlata se lanzan al rescate tras el secuestro del Agente Venom, pero alguien de los dos está infeliz con la misión.

El Hombre Araña y Araña de Hierro se enfrentan a un gran problema cuando Doc Ock divide en dos al Hombre de Arena.

El Agente Venom y Harry se unen al Hombre Araña para derrotar a Beetle y detener el malvado plan de Doc Ock: crear al Anti Venom para eliminarlos.

La pandilla se dirige a un centro comercial en Queens donde podría estar Nick Fury, pero primero se enfrentan a un problema acuático.

Peter tiene que interrumpir la fiesta de cumpleaños de la tía May por un ataque contra S.H.I.E.L.D. Además, se revela la identidad del topo que trabaja para Doc Ock.

Spider-Man enfrenta una crisis cuando Doc Ock descubre su secreto, y el topo infiltrado en S.H.I.E.L.D queda expuesto, pero todavía le queda una esperanza: la amistad.

Una caja llena de pistas con una inscripción inhumana hace que el Hombre Araña y Tritón vayan a una antigua ciudad en ruinas para rastrear a Nick Fury de S.H.I.E.L.D.

Nick Fury llama a Spider-Man y al Chico Arácnido para que vayan al Himalaya con sus poderes multidimensionales y busquen fragmentos del Sitio Peligroso.

Spider-Man y el Chico Arácnido viajan a dos nuevas dimensiones: al mundo pirata de Barba Web y al Lejano Oeste, donde se cruzan con una cara conocida...

Spider-Man y el Chico Arácnido llegan a un universo oscuro donde Hulk es el Sr. Fix-It, un tipo duro que lucha contra el Sr. Negativo con la ayuda de un aliado.

Miles regresa a su universo con Peter, pero todo parece haber cambiado y, cuando más la necesitan, reciben ayuda de Spider-Woman para pelear contra Lobo Araña.

Un hechizo de Halloween convierte a todos los niños en los monstruos de los que están disfrazados, y Spider-Man se une a Dr. Strange y Ant-Man para enfrentar el problema.

Doc Ock crea múltiples Spider-Man malvados y el verdadero debe enfrentarse a un ejército de impostores, pero no está solo: MJ y Araña Escarlata le cubren la espalda.

En la noche de Halloween, Spider-Man intenta pedir dulce o truco cuando una extraña magia envuelve a Manhattan convirtiendo cada truco-o-tratador en lo que como ellos están vestidos. Spider-Man visita al Doctor Extraño que afirma que el hechizo responsable está en un nivel cuántico. Spider-Man y el Doctor Extraño terminan en el refugio de Ant-Man con el fin de ir al reino cuántico para encontrar la fuente del hechizo. Una vez allí, Spider-Man, Doctor Extraño y Ant-Man encuentran a un reensamblado Barón Mordo que ataca con ilusiones de Dormammu, Ultron y el Doctor Octopus mejorado con nanites, que es sólo el comienzo de su trama.

Doc Ock parece cambiado y conduce a Spider-Man y a Araña Escarlata a su laboratorio secreto en la Isla Hydra, pero MJ sospecha algo y reúne a los Guerreros Arácnidos.

De regreso en el Triskelión, y mientras Spider-Man trata de convencer al resto de S.H.I.E.L.D. de que Escarlata está de su lado, aparece el supervillano Kaine.

En Navidad, Spider-Man deja que una niña entre en el Sanctum Sanctorum del Dr. Strange, entonces descubre que es la hija de Mysterio, y que busca venganza...

En una noche de invierno en Navidad, Spider-Man cuida el Sanctum Sanctorum del Doctor Extraño, cuando escucha al Caballero Luna persiguiendo a una chica desde el exterior. Para su seguridad, Spider-Man le permite entrar en el Sanctorum sólo para descubrir que ella es Francis Beck, la hija de su presunto enemigo fallecido, Mysterio. Al culpar a Spider-Man por su muerte, Francis utiliza el casco encantado de Mysterio para atacar a Spider-Man. El casco desata una amenaza mística, que Spider-Man es capaz de contener con la ayuda del Caballero Luna para derrotar a esta mujer Mysterio.

En la graduación de la Academia S.H.I.E.L.D., Doc Ock amenaza a la tía May y se enfrenta a Peter, pidiéndole que renuncie a ser el Hombre Araña.

Peter ya no es el Hombre Araña, así que para detener a los Seis Siniestros necesita inteligencia, las computadoras de Osborne… ¡y a Doc Ock!