חלומו של ספיידרמן להצטרף לנוקמים הופך לסיוט כאשר לוקי מחליף גוף עם יורה הקורים. ספיידרמן וחבריו חוברים לנוקמים כדי לעצור את לוקי ודוקטור אוקטופוס מלהרוס את העיר ניו-יורק עם צבא של מפלצות ארסיות.

שריד מסמביוט הוונום שהשתחרר ברחבי ניו יורק מוצא את דרכו אל הספורטאי והבריון פלאש תומפסון ומתחבר אל גופו, ובכך מגשים את חלומו להפוך לגיבור-על בדיוק כמו ספיידרמן.

שהם יוצאים לגייס את הגיבורים הצעירים למג"ן, ספיידרמן ואגרוף ברזל נתקלים בקלוק ובדאגר. הם חוברים לדוקטור סטריינג', המכשף העליון ויוצאים להילחם בדורמאמו, השליט המרושע של המימד האפל.

פיורי מורה לספיידרמן לגייס את אמדאוס צ'ו, לרשימת הגיבורים החדשים של מג"ן. צ'ו מוצא את שריון האיירון ספיידר ומקבל את תשומת לבו של טאסקמסטר, שמנסה לגנוב את השריון ולגייס אליו את צ'ו.

ספיידרמן מחפש את "הנשר" המסתורי, שנלחם בפושעים ולוקח את החוק לידיים. כשהוא מוצא אותו הוא מגלה שהזיכרונות שלו נמחקו וביחד הם מנסים למצוא רמזים לעבר שלו. אבל ספיידרמן הוא לא היחיד שמעוניין בנשר.

ספיידרמן ווולברין יוצאים אל הארץ הפראית כדי לגייס את קא-זאר לצוות הגיבורים החדשים, אך הם מגלים מהר מאוד שגם טאסקמסטר מעוניין בו, והוא מצרף אליו את קרייבן הצייד למשימה.

בפרק קרוסאובר מיוחד, מגיעה לידי ג'סי חרב מימי הביניים הנחשקת על ידי מורגן לה פיי הידוע לשמצה. ג'סי וספיידרמן מתאחדים כדי להציל את ליל כל הקדושים ואת העולם מהתוכניות המרושעות של לה פיי.

כשספיידרמן מנסה לאמן את הצוות שלו, טאסקמסטר והצוות החדש שלו משתלטים על הרחפת של מג"ן כדי למלט משם את האסירים. זו ההזדמנות של ספיידי להוכיח שהצוות החדש שלו ראוי לתואר הלוחמים החדשים.

ספיידרמן רואה איך העולם היה נראה בלעדיו כשסיוט לוקח את יורה הקורים למסע דרך העבר, ההווה והעתיד שלו.

לאחר שהגובלין גונב את גביש המצורים ממג"ן, הוא משתמש באלקטרו כדי להטעין אותו ויוצא למסעות ביקומים מקבילים כדי לאסוף מכל אנשי העכביש את ה-דנ"א שלהם.

ספיידרמן ממשיך לרדוף אחרי הגובלין בין היקומים המקבילים, ומנסה למנוע ממנו לאסוף דגימות דנ"א מאנשי העכביש של כל יקום.

ספיידרמן פוגש בספיידרנייט, הספיידרמן של ימי הביניים ועוזר לו להילחם בקראקן, ולאחר מכן ממשיך אל יקום מקביל בו הוא פוגש את מיילס מוראלס, הספיידרמן האולטימטיבי.

ספיידרמן חוזר הביתה רק כדי לגלות שהגיע מאוחר מדי. בעזרת הנסיוב שהרכיב מה-דנ"א של שאר הספיידרמנים, הגובלין הופך לחזק מאי פעם, ואיש לא יכול לעצור אותו... מלבד לוחמי הקורים.

ספיידרמן ושאר גיבורי העל מתחילים את לימודיהם באקדמיית מג"ן, כדי להפוך לטובים ביותר. הם פוגשים שם את רוברט פרנק, וויזר, המורה החדש שלהם, ולרוע המזל, גם את אחד האויבים המרים שלו מן העבר.

כשאלכס מתעורר ומגלה שהוא תקוע לנצח בדמותו של הקרנף, הוא רותח מזעם וזורע הרס ברחובות ניו יורק. ספיידרמן והסוכן ונום יוצאים לעצור אותו, והם מקבלים עזרה מיוחדת מהאלק.

דוקטור אוקטופוס יוצר רובוטיםושותל אותם בתוך גופו של ניק פיורי, מה שמאפשר לו שליטה מוחלטת בו. לעזרת ספיידרמן וחבריו נחלץ אנט-מן, גיבור העל המתכווץ, והם יוצאים למסע מסוכן בתוך גופו של פיורי.

בזמן שהם מתחמקים מהטריסקליון כדי להשיג אוכל, ספיידרמן, פאוורמן ונערת הסנאי נתקלים במזמרו ששולט במחשבותיהם של תושבי ניו יורק בעזרת הרשת הסלולרית שלו.

טריטון, גיבור-העל מאטילאן, עירם של העל-אנושיים, מוצא את עצמו במצב לא נעים כאשר משפחת המלוכה מכריזה מתקפה כנגד כדור הארץ ובני האנוש. הוא וספיידרמן יוצאים לאטילאן לחקור את משמעות הדבר.

כשארנים זולא, המדען המרושע של הידר"ה, חוטף את הגיבורים ואת סוכני המג"ן בטריסקליון ומחליף אותם בסינתיזוידים, ספיידרמן וקומץ הגיבורים הנותרים נמצאים במצב מסוכן.

לאחר שארנים זולא הרס את הטריסקליון לחלוטין, הוא נמלט ברחפת הישנה של מג"ן כשהוא מחזיק בבני-הערובה שלו. אבל עבור ספיידרמן ולוחמי הקורים הנותרים העסק רחוק מלהיגמר.

ספיידרמן נכנס בעל כורחו לתחרות הרת גורל בין טנליר טיוואן - האספן, לבין אחיו, הגראנדמאסטר: תחרות האלופים. טורניר קרבות בין גיבורים לרשעים... כשגורל כדור הארץ מונח על הכף.

ספיידרמן עולה לשלב השני של תחרות האלופים. לצוות שלו מתווספים חברים מוכרים, ולצוות שנלחם בו - אויבים ותיקים.

סיבוב חדש בטורניר הקטלני בין האספן לגראנדמאסטר מתחיל, וספיידרמן, איירון ספיידר והסוכן ונום מחליטים לקחת את העניינים בידיים.

לאחר ניצחונו של הגראנדמאסטר והשתלטותו על העיר ניו יורק ועל גיבוריה, ספיידרמן והאספן יוצאים לקרב אחרון ומכריע על עתידה של ניו יורק ועל גורל כדור הארץ.