Aunque oficialmente su tío, el cardenal Rodrigo Borgia, reúne a sus tres hijos, la falta de control de Juan y de Cesare amenazan el trabajo de su vida.

Cuando un complot para envenenar el Papa es desbaratado y el testamento original del pontífice es restaurado, Cesare mira como aumenta la estima de Rodrigo hacia su hermano.

Una pelea comienza entre los cardenales, y viejas cuentas están siendo saldadas. Mientras, Cesare ofrece a su hijo como un sacrificio a Dios, abandonando el recién nacido.

Rodrigo promete fincas y oficinas para los que voten a su favor, y cuando el humo blanco se levanta, deja el cónclave como Papa Alejandro VI .

La boda de Lucrecia con Giovanni Sforza es para sellar la unión entre las familias de los Borgia y los Sforza, pero el matrimonio no se consumó.

Como la paz sigue siendo frágil, Rodrigo reconoce públicamente su paternidad de Juan, César, Lucrecia y Goffredo para fortalecer los lazos familiares.

En lugar de mantener la paz, Rodrigo cede a la insistencia de Giulia y manda a sus hombres tomar las armas, pero bajo el mando de Juan la campaña falla.

Con el avance de sus enemigos y sus tropas abandonando el mando de Juan, Rodrigo tiene que tomar una decisión difícil que pone la vida de César en juego.

Rodrigo se encuentra entre la espada y la pared gracias a que las tropas francesas ocupan la ciudad eterna, pero gracias a su hijo César, una frágil paz puede ser negociada.

Por la intervención de España, Francia se ve obligada a retirarse, pero Isabel de España exige una purga de los Judios de la Ciudad Eterna.

Para demostrar que es digno de la corona de Nápoles, Juan propone convertir a los Judios en un bautizo de masas, pero accidentalmente revela un oscuro secreto.

Cesare comanda una comisión de investigación sobre la muerte de Juan, pero no puede encontrar al culpable y pronto teme que él mismo matara a su hermano.

César Borgia codicia la mano de Carlota de Aragón y el trono de Nápoles. Rodrigo y Lucrecia, por su parte, anhelan superar el fallecimiento de Juan Borgia.

César Borgia celebra la misa de Miércoles de Cenizas para el rey de Nápoles y su corte. En la liturgia, le hace la señal de la cruz a cada uno de los presentes, excepto al monarca. La provocación niega el espíritu de contrición de la festividad.

Enviado por el papa Alejandro VI, César llega a Florencia y es recibido por las miradas de reproche y los murmullos de la desaprobación. Asiste a la misa de Domingo de Ramos celebrada por Girolamo Savonarola, donde se encuentra con Maquiavelo.

Savonarola es condenado a la horca por el papa Alejandro VI tras confesar actos de herejía bajo tortura. Maldice a César Borgia y su familia. Más tarde, éste asiste a la misa de Pascua de medianoche y enciende los tradicionales fuegos artificiales.

En la Basílica de los Santos Apóstoles, el cardenal Giuliano della Rovere selecciona uvas para la bendición de los primeros frutos. César lleva una armadura de oro que perteneció a su difunto hermano Juan y se sienta como un rey en el trono papal.

El techo de la cámara papal cae sobre Rodrigo Borgia al estar con su amante Giulia Farnese. Es encontrado con vida bajo los escombros en estado de shock y comienza a hablar en distintos idiomas, en la creencia de que el Espíritu Santo está en él.

Rodrigo enfrenta su adicción a las drogas, mientras que César provoca intrigas en la corte del Rey de Francia al ganar la mano de Carlota de Aragón. Por otra parte, Lucrecia debe superar la triste realidad de su vida amorosa.

El cardenal Riario-Sansoni arma una representación teatral en la que se cuenta la historia de Alexis. Por su parte, Cesare continúa las negociaciones para tratar de levantar un ejército, obtener un título y una esposa. Lanzol pide abandonar Roma.

Las multitudes se reunieron en la Plaza de San Pedro en Roma, mientras que otra gran celebración tiene lugar en Spoleto. Este episodio, dedicado en gran parte a la celebración, finaliza la narración con la Transfiguración de Rodrigo a un grupo de niños.

César y el rey de Francia organizan sus bodas el día de la Asunción. Orsini, enfermo, se preocupa por lo que pueda venir luego de su muerte. Lucrecia juega con la esperanza que ofrece la salvación y la misericordia para calmar tensiones políticas.

Vannozza reza ante la tumba de Juan y Lucrecia lo interrumpe para preguntar sobre los secretos de su familia. Durante su oración, ella comienza a entender la historia de su dinastía y considera reparar los errores del pasado.

Alessandro Farnese, tesorero del Vaticano, anuncia que la firma de Imola y Forli no ha pagado sus impuestos. El pontífice entonces convoca a Caterina Sforza, la regente, y su hijo, el heredero de estos principados.