常勝無敗を誇るバイクレースのヒーロー、ゲルト。彼が活躍するレースの最中、突如デモニアック（悪魔）がサーキットに乱入し、レース場は大パニック。ゲルトはこの事件をきっかけにレースが出来ない身体となってしまう。しかし、そんな失意のゲルトに語りかける１人の女性の姿があった…。

ゲルトを監視するためXATからヘルマンと同僚の女性隊員アマンダが派遣される。自分は人間であり、化け物の融合体とは違うというゲルトを信じようとするヘルマン。またマスコミを含め大衆も、人間のために戦うゲルトを英雄視していく。かつての栄光を取り戻したかのようなゲルトだったが、変身した日から悪夢にうなされ、幻覚に襲われるようになっていた。心の平安を求め、ゲルトは分かれた恋人ジルの元へと向かう。

悪夢と幻覚に支配されてしまったゲルトは、バイクもろとも崖下に落下し爆発、その生死は不明となった。一転してゲルトもしょせん化け物だったと酷評が流される中、アマンダの弟マレクは、あこがれのゲルトを信じようと心を痛めていた。一方アマンダは、ゲルトの周囲で目撃されたジョセフと、ゲルトと戦ったブラスレイターの関係を疑い、独自に調査を開始する。その頃、新たな犠牲者の容態が急変、融合体へ変化の兆候が現れていた。

ブラスレイター捜索のため帰宅できないアマンダは、弟マレクを心配しつつもその悩みに気づかない。異民で親のいないマレクは、学校でひどいいじめに合っていたのだ。街を封鎖され動きの取れないジョセフだが、新たな融合体2体が現れたことを知り、発見される危険も顧みず変身して現場に急行する。みごと融合体を倒したジョセフだったが、XAT隊員アルの狙撃を受けてしまう。重傷を負ったジョセフがたどり着いた先には…。

悪夢にうなされたジョセフが目を覚ましたのは、マレクが隠れ家とする破棄倉庫だった。マレクの手当と世話でジョセフが回復しつつある中、ゲルトが生きていたというニュースが流される。ゲルトは復讐のため、悪い奴らを倒すため帰ってきたと言うマレク。その心には自分へのいじめに対する怨念が渦巻いていた。XATに保護されたジルだったが、彼女もまた融合体に変身。人としての尊厳を失い醜い姿となって暴れる彼女の前に、ゲルトが姿を現した。

ヘルマンたちの前から走り去ったゲルトは、自分がもう怪物だという絶望と、悪夢にさいなまれていた。幻覚に惑い建設現場を破壊するゲルトの前に、回復したジョセフが現れる。戦おうとするゲルトに対して、心を保っていられるなら、消す必要はないと告げるジョセフ。一方ヘルマンは、ゲルトがマレクの書いたファンレターを目にして正気に戻ったことから、マレクならゲルトを止められると考え、マレクを連れ出す。

あこがれていたゲルトの一件で落ち込むマレク。さらにいじめグルーブの中のヨハンが、実は彼もいじめられて嫌々いじめに加わっていたことが解ったが、それを知ったときには全てが手遅れだった。 世の中への絶望感が決定的となっていくマレク。そんな少年を気遣いジョセフは街から離れずにいたが、街の監視カメラに変身を解く現場が写され、XATに素顔を知られてしまう。 ジョセフへの追手が迫る中、またしてもベアトリスが暗躍していく。

絶望と怒りからマレクはついに決断を下す。社会的地位によって何の咎めも受けなかった少年たちの前で変身するマレク。おびえて動けない少年たちに「ゲームをしよう」と提案する。ついに復讐が始まってしまった。 さらに駆けつけたXATにも刃を向けるマレク。マレクを止めようとやってきたジョセフの説得にも耳を貸そうとしない。そんな中、XAT第２班も到着。動きが止まったターゲットに対しブラッドが狙撃を開始する…！

アマンダには子供時代に孤児として養護施設で育った過去があり、そこを訪問した折に知り合ったマレクを義理の弟として引き取ったのだった。マレクを守ることが出来なかったと悔やむアマンダはマレクを救うため、ヘルマンと共にXATとは別に捜索を開始する。その頃、XATの追跡を逃れた重傷のジョセフとマレクは、廃墟の教会に隠れ潜んでいた。その二人の前に現れたのは、ジョセフが長い年月をかけて追い続けていたあの男だった。

XAT部隊内では風邪に似た症状を訴える隊員が続出、これが悲劇の始まりだった。市街地での融合体の大量出現に呼応して、XAT本部内の隊員たちが次々と融合体へ変身したのだ。命令違反で拘留されていたアマンダたちも襲撃を受けるが、ブラッドらに助けられ何とか脱出する。しかし、建物の中は融合体だらけで身動きが取れない。アマンダ達は生き残ったメンバーと合流し、武器庫にバリケードを張って籠城することになってしまう。この惨劇のさ中、ついにジョセフが意識を回復、再び立ち上がるのだった。

生き残った隊員を探しつつ、地下通路を走りヘリポートへと急ぐアマンダたち。融合体となり破壊の限りを尽くす者、絶望し自ら命を絶つ者、XAT本部はまさに地獄の様相となっていた。そして融合体の兆候はアルとブラッドにも及んでいたが、アマンダとヘルマンはまだ無事だった。アルとブラッドはXATの誇りにかけて二人を守り抜き、XATから脱出させることを誓う。一方、ベアトリスとの死闘で倒れたジョセフの前に、再びあの男が姿を現した。

アマンダはジョセフと共に教会の廃墟へと辿り着く。そこでアマンダはジョセフの過去について知ることになる。幼少時のジョセフは、育て親代わりのミュラー神父から自分を守って死んでいった両親の話を聞く。「どれほど過酷な世界であっても、きっと生きる意味はある」というミュラー神父の教えを支えに、ジョセフは賢明に生きてゆく。しかし異民という厳しい現実が、幼いジョセフの心と体を容赦なく痛めつけるのだった。

１５歳になったジョセフは、異民の支援活動を行っている青年と出会う。「市民も異民も神様が造られた同じ人間。なぜ苦しんでいる人間をほうっておけるんだ」と語る彼の言葉にジョセフは心動かされる。ジョセフは正義感あふれる青年と一緒になって支援活動を熱心に手伝うが、心ない市民の襲撃にあって青年は怪我を追ってしまう。ジョセフが青年の見舞いへ訪れた際、おなじく青年の見舞いにやってきたサーシャと名乗る女性と出会う。

発見されたジョセフとアマンダは、謎の組織ツヴェルフの本部に招かれる。そこは、未知の科学技術にあふれた要塞と呼ぶにふさわしい巨城だった。アポカリプスナイツと呼ばれるメンバーにはアマンダが良く知る人物も含まれており、動揺を隠すことが出来ない。アポカリプスナイツは専用の超兵器を操り、かつてXATが苦戦した融合体の群衆をいとも簡単になぎ倒していく。その姿をみたアマンダは驚きよりも先に怒りがこみ上げるのだった。

全ての元凶でありながら、未だツヴェルフに協力するサーシャに疑問を投げかけるアマンダ。しかし、ジョセフとザーキンの苦しみを終わらせるためと語るサーシャは、ザーキンを自らの手で倒す覚悟を固めていた。一方、ツヴェルフ本部を目指す聖職者の格好をした男の姿があった。自分がなぜ今でも生きているのか、記憶が欠落しているせいで何も分からぬ彼は、心に秘めた思い果たす為、巨城に向かってひとり黙々と歩き続けるのだった。

融合体へ変身しツヴェルフ本部を破壊したヘルマンは、最新メカ「トリプル・シックス」に乗り逃走。それをパラディンに搭乗したアマンダが追跡する。幻覚と感情の暴走に苛まれるヘルマンは、アマンダを拒絶してしまう。だが、それでもアマンダはあきらめなかった。そこには、もう仲間を失いたくないという思いが込められていた。一方、ウォルフとデモニアックに乗っ取られた空軍基地に対して、サーシャたちアポカリプスナイツの攻撃が開始される。

事態の収拾に焦ったヴィクターは、強化措置を終えたばかりのジョセフを出撃させる。その頃、仲間の敵討ちを誓ったアマンダとヘルマンは、ウォルフに率いられたデモニアック軍団と対峙していた。襲いかかる無数のデモニアックたちにより苦戦するアマンダたち。そこへ強化措置により凶暴化モードへと変身したジョセフが登場、デモニアックたちを次々と虐殺していく。絶望と恐怖と怒りの幻覚の中、ジョセフの殺戮が続くが…!?

ジョセフによるデモニアック殺戮が続く中、逃げだしたウォルフとそれを追撃するヘルマンを追ったアマンダは、その途上で一人の少女と出会う。少女の名はスノウ、誤ってジョセフの血によって融合体となってしまい、その後はジョセフと旅を共にしていた、数少ないジョセフの理解者の一人だった。スノウからヘルマンたちの行き先を聞いたアマンダは、暴走するジョセフをスノウに託しウォルフが逃げ込んだＸＡＴ本部へと向かう。

スノウの声を聞き正気を取り戻したジョセフは、ツヴェルフによって回収され、再び強化措置の調整を受ける。しかしそのツヴェルフ本部に対して、デモニアックの大集団が襲いかかろうとしていた。それはデモニアックを強制的に従える力を得たジョセフの覚醒を確かめるため、ザーキン自らが率いたものだった。一方、ツヴェルフ本部からマレクを取り戻したいアマンダは、ヘルマンを捕らえたように偽装して、本部に入ることに成功する。

デモニアックたちの攻撃で大混乱するツヴェルフ。そんな中、サーシャは侵入したザーギンと対峙する。ザーギンを浄化するために、自分は生き返ったのだと告げるサーシャに対して、世界を終わらせることこそが浄化だと応えるザーギン。一方アマンダ達はマレクを見つけだそうと必死になっていた。そこである人物からのメッセージをアマンダ達は見つける。

ツヴェルフを脱出し、叔母が運営する孤児院に保護されたアマンダの下へサーシャが訪れる。サーシャは、ザーギンに対抗する最後の切り札、「イシス」の設計データをアマンダに預かって欲しいと伝える。しかし「イシス」の存在を知ったベアトリスが孤児院へと迫っていた。アマンダたちを守るため、ベアトリスに挑むヘルマン。ゆずれない戦いの幕が切って落とされた。

ツヴェルフの壊滅という状況に、全世界へのデモニアック事件の拡大を恐れた他国政府はドイツへの攻撃を決断、爆撃機からの攻撃を開始する。独自の警戒システムによってその事態を知ったメイフォンたちは、アポカリプスナイツの能力でミサイルの迎撃を試みる。その頃、「イシス」完成までの時間を稼ぐため、ザーギンの前に立ちはだかる一人の男がいた。

デモニアックたち、そしてザーキンや自分自身にも終末を迎えさせるナノマシン「イシス」を体内に注入し、ジョセフはザーキンと最期の戦いを続ける。一方サーシャとメイフォンはドイツを焼き尽くすために放たれた、新世代ＩＣＢＭを迎撃するため、地上と空中で決死の覚悟で奮闘していた。しかし最新システムで迎撃をかわすＩＣＢＭは刻々とドイツ上空に達しようとしていた。