幼い頃、母の爽夜から不思議なおとぎ話を聞かされた草太。

成長した今でも、おとぎ話は夢として形を変え、草太の前に現れていた。

そんなある日、草太は秋葉原で夢と同じ謎の怪物に襲われる。その時、一人の少女と狼が草太を救う。その姿を見た草太は驚く。

なんとその少女は夢に出てきたあの愛くるしい少女だった！

草太をナイトメアリアンから救った少女と狼は、ファンダヴェーレと呼ばれる魔法の国からやって来た四つ葉騎士団の三銃士の赤ずきんとその仲間のヴァルだった。二人は「エルデの鍵」を持つ少年を探すために、この世界にやってきたという。そして、その少年こそ草太自身だった。そんな中、再びナイトメアリアンに襲われ、苦戦する赤ずきんたち。その時、三銃士の一人である白雪姫が現れた。

ナイトメアリアンに狙われ続ける草太。だが、赤ずきんたちの忠告されながらも父に迷惑をかけないため学校へと向かう。しかたなく、草太を守るため学校へ忍び込む赤ずきん。一方、草太のクラスに転校生の静森えりかがやってくる。草太同様、おとぎ話に興味があると話すえりかと仲良くなる草太。だが、翌日から学校で七不思議と呼ばれる謎の出来事が続出する。

草太と赤ずきんの身に危険が迫っていることに気づいた白雪姫とヴァル。二人が学校に駆けつけると、校舎は邪気に満ちた強力な魔法に包まれようとしていた。やがて、草太を探し出した白雪姫は隣にいるえりかの正体に気づく。彼女はサンドリヨンの配下、グレーテルだったのだ。草太を守ろうとする白雪姫たち。だが、グレーテルが発動させた亜空間魔法が草太たちに襲い掛かる。

ある日、草太は写生大会のため、公園にある植物園を訪れる。たくさんの花々の声を聞きながら、楽しい一時を過ごす草太。やがて、バラの声に導かれた草太は驚きの光景を目にする。そこにはバラに囲まれて眠っている少女の姿があった。彼女の名はいばら姫。それは草太の前に三銃士が全員勢ぞろいした瞬間だった。

突然、赤ずきんたちの前に現れたいばら姫にエルデへ来た理由を尋ねようとする赤ずきんとヴァル。その頃白雪姫はフェレナンド王の力が弱まり、エルデとファンタヴェーレを結ぶ道が閉ざされようとしていることに気づく。赤ずきんたちは急いでファンタヴェーレに戻ろうとする。その話を聞いていた草太がファンタヴェーレへ行きたいと言い出してしまう。

草太をおびき寄せるため、りんごを連れ去ったグレーテル。彼女は赤ずきんたちに「エルデの鍵」である草太を連れてくるよう要求する。草太に告げずに、一人でりんごを助け出そうとする赤ずきん。だが、りんごが人質になっているため赤ずきんは手も足も出せない。夜明けまでにはエルデとファンタヴェーレの道が閉まってしまう。はたして赤ずきんはりんごを救えるのか！！

赤ずきんたちに導かれ、ついにファンタヴェーレにやって来た草太。だが、フェレナンド王はすでにサンドリヨンの手に落ち、騎士団の仲間であるハーメルンも囚われの身になっていた。赤ずきんたちはハーメルンを助け出そうとするが、彼らの目の前にランダージョ率いるブレーメン暗殺部隊が立ち塞がる。

フェレナンド王を救うため、サンドリヨン城へ向かう赤ずきんたち。その途中でハンスという少年に出会い、彼が住むトアール村へと案内される。そこで草太は母が教えてくれた昔話がファンタヴェーレに伝わる『ふたつの世界の物語』だと知る。その頃、白雪姫は魔法を使ったことでハンスと喧嘩をしてしまう。なぜハンスが魔法を嫌うのか、その理由を知った白雪姫は・・・・・・。

目覚めた時と、寝ぼけている時の性格が極端に違ういばら姫。草太はその理由を尋ねようとするが、彼女に一蹴される。そんな中、赤ずきんたちは千年蕾を育てているリリという少女に出会う。リリはその蕾が咲くと人々が幸せになるという言い伝えを信じていた。だが、ランダージョの手により怪物になった千年蕾が赤ずきんたちを襲う。

再会したハーメルンと共に、母校の魔法学校を訪れた赤ずきん。ハーメルンは学校でサンドリヨンのことを調べようとするが、赤ずきんたちには何も語ろうとしなかった。そんな中、赤ずきんたちは戦いを忘れて年に一度行われる学園祭に参加する。だが、りんごだけは学園祭に参加せず、空を飛ぶで魔法を覚えようとする。

旅の途中、ワインの産地で有名な「エンゼル」の町を訪れた赤ずきんたち。草太は町の活気に誘われて、一人で町中を探索する。やがて草太は廃墟になった一軒の酒屋で地下室に謎の怪物がいるという噂を耳にする。興味を持った草太は、りんごと共に酒屋へと忍び込むのだが・・・。

ナイトメアファングとの戦いの最中、小さな村を見つけた赤ずきんたちは、そこでサラマンドラという巨大な竜を崇拝する人々と出会う。村長のカテジナは赤ずきんたちにこの村に古くから伝わるおとぎ話を話す。それは遥か昔、村に突然現れた魔物を一匹の炎の竜が倒し、村人を救うという内容だった。だが、赤ずきんたちを見つけ出したグレーテルがサラマンドラの石像を破壊してしまう！！

幼い頃、兄のヘンゼルと共に「おかしな森」で暮らしていたグレーテル。だが、ヘンゼルは幼い頃の記憶を忘れていた。その様子にグレーテルは兄がサンドリヨンに操られているのではと思い始める。兄を救うため、グレーテルは赤ずきんたちの前に現れるとある取引を持ちかける。

霧が立ち込める山間の道を進む赤ずきんたちの前に突然、魔女トゥルーデが現れる。周りの草木を灰と化していくほど強力な魔力を放つトゥルーデに苦戦する赤ずきん。やがてトゥルーデが放った魔法により赤ずきんたちは離れ離れになってしまう。トゥルーデの作り出した迷宮で次々と敵に襲われる赤ずきんたち。はたしてトゥルーデの迷宮から逃れられるのか！！

旅の途中、いばら姫が生まれ育ったエルフ族の国を訪れた赤ずきんたち。しかし、いばら姫は再会を果たしたエルフ族の人々や両親である国王と女王の前でも眠 り続けてしまう。心配する赤ずきんたちに国王は幼い頃からいばら姫が「四葉の園」と呼ばれるクローバーの咲く場所が好きだったと話し始める。だが、ある日を境にいばら姫がそこへ足を運ばなくなってしまったのだと言う。

いつも赤ずきんたちにやられてばかりのランダージョ。今日も赤ずきんたちを倒すために悪知恵を働かそうとブレーメン遊撃隊の仲間と共に赤ずきんたちの後を 追う。やがて音楽が好物だという「音楽カボチャ」の存在を知ったランダージョたちは赤ずきんたちを倒す方法を思いつくとさっそく実行するランダージョだ が・・・。

ヴァルを先頭に旅先を急ぐ赤ずきんたち。だが、沼に引きずり込まれようとする少年を助けたヴァルが巨大ナマズに襲われて毒を受けて倒れてしまう。草太は ヴァルを救うために一人、薬を探しにリドムの町へ向かう。だが、そこは夜になると狼が徘徊する恐怖の町だった！！

再び魔女トゥルーデに襲われた赤ずきんたち。トゥルーデの強大な呪文の前に成す術もなく追い詰められる赤ずきんたち。そこにハーメルンと謎の老人が現れ、 赤ずきんたちを救い出す。老人の名はサルタン。彼はファンタヴェーレを古くから守ってきた七賢者の一人であり、千年前にサンドリヨンを封印した人物だっ た。

今日は年に一度の、夜空の２つの月がまるで落花生のように重なり合う「パイルムーン」の日。赤ずきんたちはその光を浴び、パイルムーンを楽しむ。そんな中、捕らえられているフェレナンドを想う赤ずきん。そこへ、ふたたびランダージョがおそいかかってきた。プリンセスモードに変身して、ナイトメアリアンと戦う赤ずきんたちだったが…。

キュピの案内により、森を進んでいく赤ずきんたち。その途中、空の上までそびえ立つ高い塔に住んでいる女の子・ラプンツェルと出会う。彼女は、遠い国の王子様と明日結婚式をあげるのだという。ラプンツェルを祝おうと考えた赤ずきんたちは、「サムシングフォー」と呼ばれるプレゼントを用意することに。だが、ラプンツェルはなぜか悲しそうな表情。そして、そこにヘンゼルとグレーテルの影が…。

川辺で水遊びをする赤ずきんたち。そこで偶然、ノドにガラスのクツをつまらせていた大きな魚を助けることに。そのガラスのクツをりんごがはいてみると、とつぜんクツが回り出し、りんごは川に流されてしまう。りんごを助けるため追いかける赤ずきんたち。だが、さらに草太も川に飲みこまれてしまった。意識をうしない、おとぎ話の中をさまよう草太。彼はそこである少女と出会い…。

ある雨の日、草太はお母さんの小夜と再会する夢を見る。そしてなんと、その夢はすぐに現実となることに。小夜との再会をよろこぶ草太。赤ずきんたちも２人の再会をうれしく思う。だが、ヴァルだけが小夜に対してうたがいの目を向けていた。その直後、ナイトメアリアンにおそわわれた草太は、幼いころの悪夢を思い出してしまう。そして草太は、小夜といっしょに元の世界にもどりたいと赤ずきんたちに話すのだった。

峠の市場をおとずれた赤ずきんたち。そこは、たくさんの旅人たちでにぎわっていた。さまざまなテントの店がならんでいる中、白雪姫はとある雑貨屋で１本のクシを見つける。古いけど美しいそのクシに心をうばわわれる白雪姫。だが、赤ずきんが白雪姫の髪にそのクシをさした瞬間、光が周りを包みこみ、ひとりの少女があらわれた。それはなんと、おさないころの白雪姫のすがたで…。

ウィザースベルの町についた赤ずきんたち。そこには、白雪の故郷をうばった魔女が住んでいるという。いつもとちがい、敵を警戒する白雪。その前に、美男子の青年デュードがあらわれ、白雪をちやほやしはじめた。そのころ、教会をおとずれていた草太は、マレーンの肖像画を見つける。そしてその絵は光を発し、草太は絵の中へ吸いこまれてしまうのだった。

赤ずきんたちは、ついにサンドリヨンの城へとたどりついた。サンドリヨンとの戦いで草太やりんごの身に危険がおよんでしまうことを心配した赤ずきんたちは、２人をのこして城へ向かおうとする。だが草太は、「おとぎ話が何を語りたいのか、その答えを自分自身で見つけたい」と赤ずきんたちに語る。草太の気持ちを知り、いっしょに行くことにした赤ずきんたち。だが、その城そのものがサンドリヨンのワナで…。

赤ずきんとグレーテルの戦いの最中、草太は洞窟へ落ちてしまった。そこはドワーフ族の国の入り口で、草太は彼らに捕まってしまうことに。草太を助けるため、赤ずきんたちはドワーフ族の国へ向かう。ドワーフ族の長老のところに案内された赤ずきんたち。平和を愛する長老は、草太が災いの元だと考え、国から追い出そうとする。その時、ランダージョがあらわれて…。

赤ずきんとの戦いで、グレーテルは草太とともに谷底へ落ちてしまった。そして、いちごの森にたどりつくが、これまでの赤ずきんとの戦いでキズついていたグレーテルは、その場にたおれこんでしまう。草太や赤ずきんたちに看病されるグレーテル。そこへ、ランダージョとともにあらわれたヘンゼルが、赤ずきんたちにおそいかかってきた。ヘンゼルは妹のグレーテルにまで攻撃してきて…。

すでに廃墟（はいきょ）となっているヴィーゼ村にやって来た赤ずきんたち。そこは赤ずきんが生まれた村で、彼女がヴァルと出会った場所でもあった。いつものように明るい赤ずきんとヴァル。しかし、彼らが無理をして元気にふるまっていると思った草太は、その夜、ヴィーゼ村で起こった悲しいできごとのことを赤ずきんから聞くのだった。それは、赤ずきんにとってもヴァルにとっても永遠に忘れることのできない過去のお話で…。

ジェドとの戦闘中、赤ずきんはヴァルの過去を知ってしまう。それは、ヴァルがジェドの弟であり、それが理由で赤ずきんの故郷が悲劇にみまわれたということだった。その事実を知った赤ずきんは、戦いに集中できなくなってしまう。そんな２人が心配でしかたがない草太に、ヴァルは11年前のことを語り出すのだった。

いつの日か、ランダージョといっしょに劇場で演奏会を開きたいと思っているブレーメン遊撃隊。しかし、彼らが慕っているランダージョは、失敗をくりかえしていることをサンドリヨンやヘンゼルから責められていた。ランダージョがおいこまれていると知ったブレーメンたちは、彼を助けるため、ナイトメアリアンになることに…。

サンドリヨンにさからったため、牢（ろう）に入れられていたグレーテルは、兄・ヘンゼルのことを心配していた。そんな彼女に、とつぜん、サンドリヨンの命を受けたヘンゼルがおそいかかってきた。必死になって外へと逃げ出したグレーテルだったが、兄から命をねらわれたことにひどく心を痛めるのだった。そしてグレーテルは、赤ずきんたちに助けをもとめることにするが…。

おさない妹をまもるために、邪悪な魔女サンドリヨンにさまざまなことを教わったヘンゼル。そして、そんな兄に追いつくため、必死になっていたグレーテル。だが、2人のきずなはサンドリヨンの手により失われてしまっていた。兄を救うために、新たな仲間・赤ずきんたちとともに前へ進み出すグレーテル。だが、その前にサンドリヨンの力に支配された兄が現れる。兄を慕う妹の想いは、奇跡を起せるのか……。

赤ずきんたちは、サンドリヨンが封印されていた場所へとやって来た。するとそこには、サンドリヨンの力によってナイトメアリアンに変身していたジェドの姿があった。圧倒的な強さを見せるジェドに苦戦し、傷つけられていく赤ずきんたち。それを見ていた草太は、ついにエルデの力を解き放ってしまう。

サンドリヨンに連れ去られてしまった草太。救い出そうとする赤ずきんたちだったが、サンドリヨンの強大な魔力に苦戦してしまうことに。そして草太は、トゥルーデのしかけたワナにより、しだいに追いつめられてしまう。しかし、母・小夜を前にした草太は、トゥルーデに対して自らの意志で「エルデの鍵」の力を発動させてしまう。

ついに草太が「エルデの鍵」を解放してしまい、さらにはフェレナンドも鍵の力を発動させてしまった。ついにサンドリヨンは２つの鍵を手に入れることに。エルデにはサンドリヨン城があらわれ、人々は混乱におちいってしまう。草太を助けに向かおうとする赤ずきんたち。ところが、暗黒魔法の力に取りこまれた草太の力が、彼女たちにおそいかかり…。

２つの鍵を手に入れたサンドリヨンは、エルデ侵略を開始する。さらに、草太とフェレナンドを体内に取り込んだまま、城と一体化するサンドリヨン。このままでは草太とフェレナンドはサンドリヨンと同化してしまう。傷つきながらも、草太たちを助けようとする赤ずきんたちだったが…。

サンドリヨンとの戦いも終わり、草太はおだやかな日々を過ごしていた。ただし、そんな彼のとなりには、赤ずきんやヴァルたちのすがたはなかった。エルデとファンダベーレというふたつの世界は、人の心が育まれるまで交わってはいけないのだ。しかし、草太は新しい「鍵」を手に入れていた。それは、たがいを信じるという大切な想いだった…。

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